義和團在山東巡撫毓賢的縱容下攻擊教會，殘殺教徒和傳教士，惹的外國公使向清廷興師問罪。清廷只好罷了毓賢的官，將其召回京城，然後派袁世凱去當山東巡撫。袁世凱到了山東後對義和團進行了血腥鎮壓，致使當地拳民紛紛逃往直隸京津一帶。而這時的山東原巡撫毓賢到了京城，開始向王公大臣們大肆吹噓義和團的「壯舉」，將其一步步神話，說他們個個刀槍不入。這樣才有了後來的眾多守舊分子向慈禧推薦義和團一說。光緒二十六年（1900年）五月，慈禧派軍機大臣趙舒翹等前往涿州、良鄉宣撫義和團。該月二十日深夜，有人送了一份洋人的照會給榮祿，要求慈禧立刻歸政於光緒。二十三日，清廷召開會議，決定宣戰。後來慈禧才發現原來那份照會是假的，是端郡王為了讓自己的兒子當皇帝所使的激將法，但為時已晚。次日，德國公使克林德在北京崇文門大街被戕，清軍及義和團圍攻東交民巷使館及西什庫教堂。二十五日，清廷正式下詔與各國宣戰。
六月起，義和團大規模進京，盡顯強盜本性，進行燒殺搶掠。不僅殺害傳教士，連信了教的中國人也全都殺害。七月十五日開始，義和團進攻聚集在宋家河的三千多名教民；三天後陳澤霖又帶2500名新軍加入；到二十日，義和團用炸藥包炸毀圍牆攻入，殺死了所有做最後抵抗的修女，然後對困在教堂中的1000名男女老少施以焚燒。當時只有50人從窗口逃出，加上被陳澤霖帶回北京的、被義和團賣為奴隸的、夜間逃出的，只有500人倖存。
義和團稱傳教士為「毛子」，教民為「二毛子」，「通洋學」、「諳洋語」、「用洋貨」等人被依次稱為「三毛子」、「四毛子」等，凡為「毛子」全部在殺害之列。因為其仇視一切帶有「洋」字，與「洋」人有關的東西，所以有用洋物者「必殺無赦，若紙煙，若小眼鏡，甚至洋傘、洋襪，用者輒置極刑。曾有學士六人倉皇避亂，因身邊隨帶鉛筆一支，洋紙一張，途遇團匪搜出，亂刀並下，皆死非命。」甚至有「一家有一枚火柴，而八口同戮者……」。對開明官紳，維新派人士，義和團更是變本加厲地進行殘害，並揚言要「拆毀同文館、大學堂等，所有師徒，均不饒放」。
因為義和團手上有所謂的「聖旨」，屬於「奉旨造反」，所以其威勢無人能匹，破壞程度，令人咋舌。
義和團的衰亡可以說從一開始就注定了，他們「刀槍不入」的神話在一支臨時拼湊起來的約20000人的「八國聯軍」面前徹底破滅了。可笑的是，八國聯軍已經打來了，義和團卻還仍然熱衷於燒教堂、殺教民的運動，甚至於為了報私仇，天津的義和團還從背後攻擊正在抵抗八國聯軍的清軍聶士誠部。最終，這場運動以簽訂《辛丑條約》告終。四億五千萬兩白銀，壓得中國人喘不過氣來。但是對義和團的評價，後人不能僅僅看表面現象，也不能單純地從他們的所作所為去說其是「土匪」，或者說「愛國人士」，評價他們需要充分認識其兩面性。
首先，義和團運動是發生在帝國主義時代、半殖民地半封建中國的一場農民反帝愛國運動。這是根本不變的性質，他們有其這樣那樣的局限性，但愛國的性質是後人無可否認的。當時，帝國主義的侵略給中國帶來了毀滅性的破壞，大量商品的傾銷，打碎了中國的「手織機」，摧毀了中國的「手紡車」，嚴重地破壞了中國社會經濟所固有的農業與手工業的結合，農民因此喪失了土地，無家可歸，手工業者因此陷於破產的境遇。特別是沿海、沿江地區的社會和它原來古代傳統的全部過去歷史斷絕聯繫。毛主席指出：「帝國主義列強侵入中國的目的，絕不是要把封建的中國變成資本主義的中國。帝國主義列強的目的和這相反，它們是要把中國變成它們的半殖民地和殖民地。」所以，這場運動一開始矛頭就集中指向外國侵略者，指向洋人，提出「扶清滅洋」的主要政治口號。當然，這一口號缺乏科學性，但同時也反映出華夏民族和西方列強已經不可調和的矛盾發展到十分尖銳的程度。而這種矛盾的尖銳性正好被慈禧之類權力熏心的人士所利用。
其次，義和團在仇視、反對帝國主義的侵略過程中，籠統排外，甚至仇視一切帶有「洋」字，與「洋人」有關的東西，處在當時的社會環境中，還是可以理解的，由於當時中國政府閉關鎖國，西方列強剛剛入侵中國，中西思想正在碰撞時期，中國的農民還不能夠正確認識外國侵略者帝國主義的本質，不能認清資本主義制度（西方現代思想）和侵略者的區別，準確地說他們的盲目是社會的局限所致。而他們所認識的資本主義是在中國大地上橫行霸道、無惡不作的西方侵略者，以及那些別有用心、用思想侵略中國的傳教士。大部分深入中國大小城鎮，乃至窮鄉僻壤的傳教士，都在幹一些不為人知的勾當，這些人成為直接壓迫農民們，侵害農民利益的披著羊皮的狼，所以他們才進行了幾乎是變態式的反帝、反洋運動。這種運動雖則有一定的狹隘、落後、盲目性，但反抗侵略是具有正義性的，絕不是帝國主義所宣稱的「黃種人仇視白種人」、「中國人仇視歐洲文明」。
列寧在《中國的戰爭》一文中這樣說道：「是的，中國人確實憎惡歐洲人，然而他們究竟憎惡哪一種歐洲人，並且為了什麼呢？中國人並不是憎惡歐洲人民，因為他們和歐洲人民並無衝突，他們是憎惡歐洲資本家及被資本家馴服的歐洲各國政府。那些到了中國只是為了賺錢的人，那些利用其被讚頌的文明只是為了欺騙、掠奪、暴行的人，那些對中國作戰只是為了獲得販賣毒害人民的鴉片權的人，那些偽善地以傳播基督教來掩護掠奪政策的人，中國人能不憎惡他們嗎？」列寧的話正是對謊言的徹底反擊。慈禧起用這群長期被封建思想控制的人，注定了他們的在運動中的一切錯誤行為。
第三，在義和團運動的整個過程中，義和團打著「扶清滅洋」的口號，其中「扶清」這裡並不能說就是指扶保清政府，而是指扶保中國。一方面這是一場以統治階級支持的反帝運動，另一方面當時的農民階級，各種政權意識和國家意識十分淡薄。由於各種封建因素的制約，使他們很難將「朝廷」和「國家」兩個概念區分得很清楚，如義和團告示中有這樣的文字：「扶清滅洋，替天行道，出力於國家而安於社稷，佑民於農夫而護村坊。」可見，義和團明顯地具有樸素的愛國主義思想。當然，義和團的揭帖中也有這樣的話，「先拆電線桿，後拆火車道，殺盡外國人，再與大清鬧」。這也就是說義和團在中華民族面臨生死存亡時考慮的還是先反帝，然後再反封建。「扶清」只是打的一張政治牌，為了爭取當時統治階級的支持,可他們萬萬沒想到這樣做卻是在給自己挖墳墓。
「扶清滅洋」口號模糊了義和團對清朝統治者的認識，從而讓群眾增添了對清王朝的幻想，麻痺和消弭了群眾的反清革命意識，喪失了對清政府的警惕性，也使得清王朝利用義和團，壓制、歪曲運動的健全發展，將義和團一步步推向萬劫不復的境地。最後義和團在運動中大受破壞，在為統治階級當炮灰的同時，還受盡殘殺，最後死無葬身之地，可悲、可歎、可憐。
後來諸多名人對義和團都有很多評價，如鄒容在其著作《革命軍》中說：
「有野蠻之革命，有文明之革命。」「野蠻之革命有破壞，無建設，橫暴恣睢，知足以造成恐怖之時代，如庚子之義和團，意大利加波拿裡，為國民添禍亂。」
魯迅在《因太炎先生而想起的二三事》中說：
「清光緒中，曾有康有為者變過法，不成，作為反動，是義和團起事……」
蔡元培在1916年說：
「滿洲政府，自慈禧太后下，因仇視新法之故，而仇視外人，遂有『義和團』之役，可謂頑固矣。」
李大釗在他著名的宣言性論文《東西文明根本之異點》（1918年7月1日）中說：
「時至近日，吾人所當努力者，惟在如何吸取西洋文明之長，以濟吾東洋文明之窮。斷不許以義和團的思想，欲以吾陳死寂滅之氣象腐化世界。」
雖然這些人都是後來「五四運動」之後的精英，但他們同樣犯了一個錯誤。他們在西學的熏陶下成長，卻未曾用客觀的角度去看待義和團的「起事」。在筆者看來，公正、真實地對義和團的評價應該具備以下三個要素：
第一，義和團行為固然是對西方文明向西方以外傳播的非理性的反作用，他們是在堂吉訶德般地維護腐朽的舊制度、舊文化，但他們的行為還是具有愛國主義因素，哪怕這種因素非常有限；
第二，義和團行為實質上是那些保守的清朝當政官員製造的災難。他們被以慈禧為代表的晚清權力政客所利用，而他們本身沒有文化，對西學幾乎一無所知，致使成為被人運作的工具；
第三，要正確理解、評價義和團運動必須按當時的社會現實和國家背景為準，不能單純地拿現在的眼光武斷。當時的中西思想碰撞是難以避免的，帝國主義對中國的侵略也必然會激起民眾的反抗，只有義和團走在了前面，而他的階級局限性是他徹底失敗了。
總之，義和團運動沒有能挽救中國，這是其開始就已經注定了的結果，他的暴行無論在什麼時候都不應該用任何手法去掩飾，因為那畢竟是歷史，但是其本身的愛國主義也同樣不能被抹殺，重新審視中華大地上那一段真實的歷史事實，無疑對中國的崛起是有很大的意義的。