「扶清滅洋」的口號模糊了義和團對清朝統治者的認識，從而讓群眾增添了對清王朝的幻想，麻痺和消弭了群眾的反清革命意識，喪失了對清政府的警惕性，也使得清王朝利用義和團，壓制、歪曲運動的健全發展，將義和團一步步推向萬劫不復的境地。最終義和團在運動中大受破壞，在為統治階級當炮灰的同時，還受盡殘殺，最後死無葬身之地，可悲、可憐、可歎。
對於義和團運動，在現代很多人除了在中學課本上瞭解過一些，其他的想必都知之甚少。歷史課本上的幾句簡單的評語，幾乎能倒背如流，卻看不到多少歷史真面目，對其評價也僅是一知半解，不能做到歷史的客觀公正。現在回過頭去重新審視一下一百多年前那個發生著劇烈變化的年代。
當年義和團運動中發生的「教案」，並非單純的利益衝突，也並非單純的政治爭鬥，而是中西思想衝突，中學和西學的爭鬥。當時的中國人指責洋人的宗教宣揚「無君無父」，還有婦女若是信教則被視為「傷風敗俗」之事。比如1875年元月，荊州教案，旗營婦女誦經，被其夫逼殺。
中國古代文化與西方宗教文化的對立是造成後來仇洋情緒氾濫的根源。除此之外，當時人們的無知和愚昧也是造成這種敵視情緒的重要因素。比如通過自己的想像虛構一些現在看來極其荒謬的「洋鬼子罪行」，如在《反洋教書文揭帖選》有：
（洋）銀必取中國人睛配藥點之，而西洋人睛罔效，故彼國人死，無取睛事，獨中國人入教則有之。……（洋人）能咒水飛符，攝生人魂與奸宿，曰神合。又能取婦女發爪置席底，令其自至。取男童女童生辰粘樹上，咒之，攝其魂為耳報神，……甚或割女子子宮、小兒腎子，及以術取小兒腦髓心肝！
《庚子記事》中有：
（北京西什庫教堂）牆壁，具用人皮粘貼，人血塗抹，又有無數婦人赤身露體，手持穢物站於牆頭，又以孕婦剖腹釘於樓上，故（義和團）團民請神上體，行至樓前，被邪穢所沖，神即下法，不能前進，是以難以焚燒。又兼教堂有老鬼子在內，專用邪術傷人，固難取勝，反多受傷。
在當時廣為流傳的義和團揭帖中記載的類似控訴洋教的文字還有很多，儘管親身接觸，切身受過現代科學教育的人們不相信這些揭帖，但當義和團開壇做法，作為普通百姓，人們還是深信不疑。
義和團運動於19世紀90年代後半期起源於山東和直隸（指北京周邊地區），以「練拳」為名組織起來，主要針對外國人開展行動，如攻打教堂，反洋教等。1898年10月下旬，外國教會強行拆毀了玉皇廟，於是，趙三多在冠縣蔣家莊聚眾祭旗起義，攻打當地紅桃園等教堂，揭開了義和團運動的序幕。隨後義和團運動迅速興起，宛如滾雪球般從山東發展到直隸，波及半個中國，並於1900年夏進入北京。據史料記載：
1900年1月，慈禧不顧西方外交人員的抗議，發佈維護義和團的詔令。直隸總督裕祿於是由剿滅義和團，轉變成扶助義和團。除了向團民發放餉銀外，裕祿還邀請義和團的首領大師兄到天津開壇聚眾。於是山東的拳民湧入直隸。由天津至涿州、保定都有拳民起壇請神、燒教堂、殺洋人、殺清軍、並到處毀壞鐵路及電線桿等洋物。涿州知府更被三萬名拳民佔據。慈禧派軍機大臣協辦大學士剛毅和順天府尹趙舒翹到涿州調查。結果剛毅回京後，向慈禧報告「拳民忠貞，神術可用」。朝中莊親王載勳、端郡王載漪、輔國公載瀾亦主撫義和團，向洋人開戰。
5月28日，英國全權公使竇納樂覺得使館區有危險，要求泊在大沽附近的17艘外國戰船增援。337名外國水手及陸戰隊員於5月31日登岸，乘火車於當晚抵京，防衛使館區。另外89名德國及奧國陸戰隊員於6月3日抵京。
6月9日，慈禧調董福祥的武衛後軍進城，駐紮在天壇和先農壇附近。董軍中不少士兵參加了義和團。
6月10日，端郡王載漪出任總理各國事務衙門大臣。義和團拳民於同時開始大舉入京，最多時北京的拳民超過十萬。是日起，北京外國使館對外通訊斷絕。
6月11日，日本駐華使館書記杉山彬被剛調入京的清兵甘軍所殺，被開腹剖心。駐天津的各國領使組織二千人的聯軍，由英國的海軍司令西摩爾帶領，乘火車增援北京十一國公使館。因為鐵路被拳民破壞，西摩爾受阻於天津城外的楊村、廊坊一帶，與清兵及義和團展開戰鬥不利，退回城中，致使第一次試圖解除清兵和義和拳民對公使館的圍困失敗。該戰事被清政府及義和團認為是一次抗擊外敵的重大勝利，並被命名為「廊坊大捷」。
6月13日，義和團進入內城，當天燒燬孝順胡同亞斯立堂、雙旗桿（今外交部街西口外）倫敦會、八面槽（王府井）天主教東堂、燈市口公理會、東四五條西口的美國福音堂、交道口二條長老會、鼓樓西鴉兒胡同長老會、西直門內天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石駙馬橋安立甘會、宣武門內天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入（有42名法兵佔據）天主教北堂，2000多名基督教徒逃入東交民巷的使館區。拳民在北京放火燒掉教堂和一切與西洋有關的事物。
6月16日，前門一帶約千家商舖因老德記西藥房大火而被燒成廢墟，正陽門樓、北京24家鑄銀廠也遭燒燬。拳民同時四處破壞教堂攻擊教民，莊王府前大院被當成集體大屠殺的刑場。除了屠殺教民外，義和團更濫殺無辜，誣指許多市民(包括許多婦女小童)為白蓮教而燒死戮死，如據當時目擊者記載：「鄉民適趨市集，七十餘人悉縶以來；偽飾優伶冠服兒童戲物，指為白蓮教；下刑部一夕，未訊供，駢斬西市。有婦人寧家，亦陷其中，雜誅之，兒猶在抱也」；也有被公報私仇而殺者，如扶持義和團的莊親王載勳、端郡王載漪的好友副都統神機營翼長慶恆一家大小十三口因被尋仇於七月初被全部殺害。而義和團民的不同派別也互相武鬥殘殺。義和團、京師禁軍和甘軍也肆意姦殺婦女，不計其數。除了屠殺姦淫外，義和團及清軍也擄掠洗劫商戶平民，並將贓物公開拍賣。當時的權貴之家也不能倖免，如吏部尚書孫家鼐、大學士徐桐的家都被搶掠，徐桐(時年八十)更被義和團民拖出批鬥。是日慈禧召開御前會議後，一度發出勒令解散拳民的上諭。
6月17日聯軍攻佔大沽口炮台。慈禧收到此消息的同時，得到虛假情報，以為外國要求她歸政於光緒。慈禧態度作出一百八十度轉變，轉為支持義和團及向洋人開戰。命剛毅、載漪、載勳、載濂、載瀾統領義和團，載勳任步軍統領九門提督。
6月20日，德國駐華公使克林德代表各國前去總理衙門要求保護，途中被清兵伏擊（由於克林德曾經槍殺義和團眾，此次行為被認為是報復），釀成戰爭的導火線。
6月21日，清政府以光緒的名義，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奧十一國同時宣戰。
如果說義和團運動從一開始就是單純的民間運動的話，好好練你的拳，與政府也沒什麼關係，即使偶爾反一反腐敗者，也許不至於落到後來的悲慘境地。但他們很不幸，他們最終被權力人士所利用，捲入了一場政治風波，並且成為這場政治風波的犧牲品。
起初的義和團受到清朝政府當局的鎮壓，可後來卻被統治階級委以重任。那麼，是什麼讓統治階級在後來那麼看重義和團？
光緒二十四年（1898年）戊戌變法失敗，慈禧通過不流血政變重新實行訓政，將大清王朝的權力緊緊握在了手中。但是面對光緒皇帝屢屢違背自己的意願，慈禧心裡十分不痛快，認為光緒帝是一個不聽話的麻煩製造者，隨時都會威脅自己的權力，於是想到了廢掉光緒，另立新君。誰知光緒人緣極好，各國公使都喜歡開明的光緒，所以慈禧的打算招致各界嚴重不滿，各國公使聯合起來反對，慈禧只得作罷。光緒二十五年（1899年）十二月二十四日，慈禧召集群臣，再次試圖廢光緒，立端郡王載漪之子為皇子。然而兩天後，上海電報局總辦經元善糾集1200餘人聯名發電，極力反對廢立光緒，並且稱「各國有調兵干預之說。」這時候的慈禧已經對不聽話的光緒忍無可忍，決心要將其廢立。然而洋人的槍炮又使她十分畏懼，就在這時時，一樣被權力迷昏了頭的端郡王向其推薦了義和團。他在慈禧面前說義和團刀槍不入，不畏洋槍洋炮，義和團的神話也就從此快速遠揚。