第一，定都天京後，導致太平天國的革命目標發生變化。在定都天京之前，太平天國唯一的革命目標是推翻清王朝的統治。但定都天京之後，除了這個既定的目標之外，又添了掃清天京外圍、鞏固天京和充實財源兩個革命目標。太平天國定都天京不久，清軍就在天京附近設「江南大營」、「江北大營」以圍困天京。這樣，太平天國首要的革命任務就必須打退圍困的敵人，掃清天京外圍，以確保天京，而且洪秀全坐鎮天京和打退敵人圍攻必須有充足的財政支持。這樣一來，推翻清王朝統治反而退到次要的地位。
第二，建都之後，無形之中樹立了更多的敵人，加大了對清王朝的鬥爭難度。畢竟南京作為江南的富裕之地，早在列強入侵之前就富賈林立，聚集著大量的地主富人。列強入侵後，隨著慢慢地滲透，列強在此也存在大量的既得利益，而這種利益是通過不平等條約獲取的，對這些不平等條約，太平天國是不予承認的，無疑極大地損害了侵略者的利益。這就導致中外勢力公開勾結，剿滅太平軍。
第三，太平天國過早定都南京，容易滋生驕奢淫逸腐敗思想和行為。南京位於江南，一直是清政府重要的糧餉供應地，經過長途跋涉的太平軍十分驚歎這裡的富庶。但就是這種富庶催生首義諸王到南京後迅速腐敗，而腐敗正是太平天國失敗的另一個重要原因。在這樣腐朽生活下，我們就不難理解太平天國諸王之間的自相殘殺，最後導致「天京變亂」，致使太平天國元氣大傷。
以上分析看上去不無道理，但仔細深究，破綻百出。天國敗在都城選址一事上的說法完全是一種武斷。歷史上眾多王朝都建都南京，輝煌者不在少數。筆者認為建都南京是明智之舉。拿下南京之後，太平軍當時面臨的形勢極為嚴峻。一是北方大部分地區和全國大部還是清政府控制，清軍力量依然龐大，反清任務也依然艱巨；二是各地的地主武裝、團練，如後來的曾國籓的湘軍、李鴻章的淮軍，由於太平天國的革命宗旨，包括其土地政策，嚴重損害了地主階級的根本利益，自然會讓地主武裝死心塌地地效忠清政府，成為太平軍的勁敵；三是虎視眈眈的外國勢力，雖然早期沒介入絞殺太平軍行動，持觀望態度，但後來太平天國奉行反侵略、不賣國、不妥協的外交政策，使西方列強選擇了聽話的清政府，二者共同對付太平天國。
針對於此，太平天國只能選擇南京落腳。在當時，沒有一個穩固的根據地，後勤沒有保障很難獲得勝利，而南京正是這樣一個非常理想的革命根據地。後來清王朝和外國勢力發生戰事的時候，外國侵略者不也是在江南毀壞清軍糧道，然後逼其就範的嗎？而且江南一帶向來富裕，且人文資源豐富，在這裡建都，一方面可以壯大聲勢增加天國的影響力，與清王朝分庭抗禮；另一方面又可使部隊得到必要的休整和補充，吸納更多的人才進來，以做長期鬥爭的準備；同時，還可以北上中原，直搗北京，奪取最後的勝利。
正因為這些得天獨厚的戰略因素，當天國定都南京的消息傳到清廷之時，清廷大震，咸豐皇帝更是寢食難安，惶惶不可終日。而且一夜之間，各地義軍蜂起雲湧，掀起一股前所未有的反清浪潮。
那麼這樣一來，太平天國上順天時，下順民意，而且佔有了南京這個地利，攻城伐地，取代清朝，應該是大勢所趨、人心所向了。但洪秀全僅僅在南京做了十年的皇帝夢。同治三年，也就是公元1864年，曾國藩指揮的湘軍攻克了天京，歷時14年、勢力遍佈18個省、攻克城池600餘座的轟轟烈烈的太平天國運動宣告失敗了。
這是多麼幸運的一件事——太平天國的滅亡拯救了中國。我們試想如果太平天國果真成功了，奪得了全國的統治權，將會如何？中國的歷史是不是又將進入一個漫長的高壓統治、封建專制社會？對中華民族而言那不啻於一場千古不遇的大浩劫，而且以拜上帝教這樣中世紀形態的極端意識形態來替代儒家文化，只能使中國出現大倒退，使民族陷入萬劫不復的境地。所以筆者對曾國藩的「剿匪」行為，拍手稱快。太平天國是逆歷史潮流而動的一股黑潮，它的結果是在中國復辟中世紀的政教合一的野蠻統治，神漢巫婆通過裝神弄鬼玩弄人民於股掌之間——這就是太平天國的實質！而清政府儘管其極其腐敗無能，但他們的制度還符合起碼的人倫，符合起碼的人性，允許老百姓過普通世俗的生活的，而太平天國卻讓人民父子、兄弟、夫妻分離，永遠處於戰時狀態——不如此，天國就要覆滅，這顯然是不符合實際，也違背社會發展的。
最後，太平天國是謝幕了，它將粉末撒盡，終究難逃滅亡的厄運。究其失敗的原因主要包括以下幾個方面：
第一，腐敗嚴重，上下離心。洪秀全定都南京之後就喪失了進取心。從1853年3月進入天京到1864年6月離世，11年間從未邁出城門一步，只有東王楊秀清生病，他坐了64人抬的大轎出宮，去看楊秀清。其餘時間都在他的太陽城金龍殿坐享榮華，其威儀和氣派可想而知。
一位英國人在其遊記中寫到天王府的「盛景」：有一次他在王宮前經過時，忽然間鼓聲、鈸聲、鑼聲與炮聲交作。一向旁人打聽，才知道原來是天王進膳的時間，直至膳畢，聲音才停止。此時：「聖門半開，好些軟弱可憐的女子或進或出，各提盤碗筷子及其他用品，以侍候御膳用。各種物品大都是金製的。」「天王有王冠，以純金製成，重八斤；又有金製項鏈一串，亦重八斤。他的繡金龍袍亦有金鈕。他由內宮升大殿臨朝，亦乘金車，名為聖龍車，用美女手牽而走。」
洪秀全定都南京後更加驕奢淫逸，對女性進行大加蹂躪。他的後宮就是婦女的牢籠。太平天國與中國其他封建王朝一樣，實行一夫多妻制。天王洪秀全擄美女無數，全充當後宮享樂之用，並且還為這些後宮之女規定了許多奇怪的清規戒律，如禁止女子抬頭看他，「起眼看主是逆天，不止半點罪萬千。」「看主單准看到肩，最好道理看胸前，一個大膽看眼上，怠慢爾王怠慢天。」真是荒唐之極。
另外，為了體現「國威」，太平軍進入天京後，大興土木。宣稱：「正是萬國來朝之候，大興土木之時。」其實當時除了他自封的那幾千王侯，並無一國來朝。天王府的規模氣勢恢宏，損耗人力物力無數。《盾鼻隨聞錄》卷五記載，這座宮殿的裝飾為「雕鏤工麗，飾以黃金，繪以五彩。庭柱用朱漆蟠龍，鴟吻用鎏金，門窗用綢緞裱糊，牆壁用泥金彩畫，取大理石鋪地。」此還不算，之後不久，天王府又進行了第二期、第三期擴建工程，揮霍、浪費程度難以想像。
在大興土木之時，由天王封下的天京其他諸王顯貴也爭相奢侈誇富，大搞華麗排場，如輿馬定制，從「兩司馬」乘4人抬黑轎開始，逐級加大。東王楊秀清出行乘48人抬的大黃轎，夏日乘轎下設玻璃注水養金魚的水轎，每次出行時前後儀仗數里，像賽會一般。而天王洪秀全從不出宮門，宮內有美女牽的金車，宮外常備64人抬龍鳳黃輿，奢侈至極。
第二，內部的紛爭斷送了太平天國的大好前程。洪秀全領導的太平天國滅亡不可忽視的另一個重要因素是窩裡鬥。太平天國初期隊伍人數猛增，然而1856年，韋昌輝殺楊秀清及親信6000多人，之後諸王開始相互屠殺。當石達開來天京懲罰韋昌輝後，太平軍已經損失十幾萬人，至此太平天國的實力大減，內部四分五裂，逐漸走上了滅亡的途徑。
1851年，天王洪秀全在「永安建制」時，命其他四王歸東王楊秀清節制。而南王馮雲山及西王蕭朝貴相繼戰死後，權力更加集中在楊秀清一人身上。在太平天國前期，天王雖然地位在各王之上，然而在制度上只是一個虛君，實際權力都由正軍師，即東王楊秀清控制。
太平天國定都天京後，東王楊秀清與其他諸王的關係越來越差。一方面因為東王的權力要比其他諸王高；另一方面楊秀清嗜權如命，性格暴虐。舉個例子，北王的親戚因為跟東王的親戚發生財產爭執而激怒了東王，東王命北王議罪，北王只好把親戚五馬分屍。即使是對天王洪秀全，楊秀清也多次假裝「天父下凡」以杖刑威嚇。
天京事變後，翼王石達開開始處理政事，不過這個時候的天王洪秀全卻疑神疑鬼，害怕石達開會突然發動政變，於是開始重用其兄弟，目的就是牽制石達開。這樣一來，石達開也不高興了，終於在1857年帶領自己的軍隊出走，嚴重削弱了太平軍的力量。同時太平天國內人心開始渙散，軍事形勢迅速逆轉。這時，清軍抓住這個大好機會，加緊圍剿太平軍，轉頹勢為攻勢，扭轉了不利的局面。
太平天國是近代中國歷史上規模最大的一次農民起義運動。它在短短幾年內就席捲大江南北，幾乎將清王朝徹底推翻。但如此浩大轟烈的運動，最後還是避免不了失敗的慘痛結局。
「龍椅」還未坐穩，自家兄弟就如此互相屠戮，這種得志便猖狂，空前的腐敗程度恐怕也只屬於歷史上的太平天國。如果說洪秀全真有一點歷史上其他的開國君主的氣魄，有一些梁啟超等人的新式思維，那麼太平天國或許會是另一番景象，中國的歷史也將會得到改寫。只可惜洪秀全和歷史上其他鄉野匹夫一樣，僅僅是草莽英雄，並不具備一個政治家的素質和領導人的眼光、胸懷，使得整個太平天國葬送在了他的手上。當然，我們也可以設想，假如沒發生所謂的天京事變；假如天國的東南西北各王能夠融洽相處、心有靈犀；假如他們的軍事策略和行動都是正確的，最後它推翻了清王朝的統治，奪取了政權，建立了真正的太平天國，那時候，它能夠像當年承諾的那樣，實現「有田同耕，有飯同食，有衣同穿，有錢同使，無處不均勻，無人不飽暖」的社會嗎？它如何抵制外來侵略，如何管理國家，如何讓中國走向獨立、富強與現代化？
對太平天國運動，繼馬克思做出反應之後，他的老戰友恩格斯也說，「古老中國的末日正在迅速到來。……過不了多少年，我們就會看到世界上最古老的帝國做垂死的掙扎。同時，我們也會看到整個亞洲新紀元的曙光。」這種世紀偉人孤獨、一廂情願的話，顯得多麼蒼白無力，多麼淒涼和無奈。
太平天國運動最後淒涼謝幕了，其悲涼的結局留給後人無數的設想。如今的南京，再現繁華，走在古老的舊街上，人們或許還能想起「金陵之夢」，想起昔日輝煌過的太平天國，觸摸歷史上那些或隱或現的傷口，但是其殘留的余渣，卻讓人始終嗅不出英雄的味道。當太平天國的輓歌響起，無數無辜的生命隕落，歷史的車輪輾著他們的鮮血前進，卻淹沒了他們的聲容笑貌，令人暗自啜泣。