他所說的「絕對本體」，其實，就是佛教所宣揚的擺脫肉體束縛的靈魂，這種精神的實體，同其他有神論所虛構的「神」或「上帝」，沒有本質的區別。正因為如此，後來他終於又承認了靈魂不死和生死輪迴的迷信，說什麼人證得「阿賴耶識」本體，就可以「超脫輪迴」，同「佛」一樣，永遠脫離「器世界」（物質世界），永恆地安樂了。辛亥革命後，他更加露骨地宣揚起靈魂不死的迷信，說什麼人死以後，不是一切都消滅，精神現象（指感覺、思維和喜怒哀樂等心理活動）可以變壞，但精神的實體並不消滅（「心體不滅」），從而又得出結論說：古代無神論者講無鬼神，只是說，死後幽靈尚未轉生，並非人死精神消滅。這樣，他又成了有神論和有鬼論的鼓吹者了。
章炳麟對宗教迷信的分析，初步揭露了宗教產生的認識論的根源。他後來又把這種認識論上的根源概括為兩點：一是來於人的「所知障」，即對自然現象的規律尚不理解，以為在自然界之上有一個實體支配自然現象的變化；一是來於人的「煩惱障」，即為饑寒苦疾所迫，感到死亡無日，以為有一神秘的東西支配自己的命運，祈求從它那裡得到幸福。總之，他認為「神」是人類自己製造出來的幻想。德國資產階級無神論者費爾巴哈認為，上帝只是人的幻想的產物。章炳麟在反對有神論的鬥爭中，達到了同費爾巴哈相類似的結論，為我國無神論史增添了新的財富。但是，他的無神論，正如馬克思在批判費爾巴哈時指出的：「費爾巴哈把宗教的本質歸結於人的本質。但是，人的本質並不是單個人所固有的抽像物。在其現實性上，它是一切社會關係的總和。」
章炳麟最後把宗教歸之為人的「血氣心智」的產物，把宗教的起源說成是基於人的求生慾望和無知的心理，他所理解的人，是自然的人，不是階級社會中的人。因此，他不能揭露出宗教產生的社會根源。相反，他認為，宗教在社會上有著增進人們道德的作用，說什麼「若沒有宗教，這道德必不得增進」。而且，革命黨人要想樹立革命的道德，就要有自己的宗教。這樣，他又為宗教的存在保留了地盤。從這種歷史唯心主義出發，他終於提出了建立一種所謂「無神教」的口號，而且把佛教說成是無神的宗教，大肆鼓吹起佛教唯心主義的哲學，使他從唯物主義轉向了唯心主義。
此外，他還宣揚了因果報應論和宿命論等迷信。章炳麟作為一個無神論者，當他堅持唯物主義的世界觀時，他的無神論思想就比較徹底，當他轉入唯心主義時，他的無神論就顯得軟弱無力了，而且終於投降了有神論。
四、章炳麟的革命精神與虛無主義
章炳麟在反對有神論和康、梁改良派的鬥爭中，又研究了人的知識和才能的來源問題。在這個認識論的問題上，他最初是一個唯物主義者，後來卻陷入了佛教的主觀唯心主義。他的認識論總的說來，具有唯理論的傾向。
他曾批判了王守仁的唯心主義認識論，認為王陽明學說的根本錯誤在於「立義至車」，即從一個最簡單的抽像觀念（「良知」）出發，處理各種複雜的事物，這種哲學是從佛教禪宗那裡搬來的。他說，研究學問和處理問題，應當像古代法家指出的那樣，「以法為分，以名為表，以參為驗，以稽（考）為決」，即用法令規定事物的名分，用名稱表達事物的實際，通過檢證和考核來判斷是非。
後來，他在同保皇黨的論戰中，進一步駁斥了王守仁的「良知」說。梁啟超等保皇派把他們的「君主立憲」論說成是出於「良知」，說什麼「人不服從其良知，是日非人」。章炳麟駁斥說：人們的政治觀點同樣不是生來就有的，嬰兒並不知道什麼是政治，更談不上分辨「主義」的是非；長大了，有所見聞，加以比較，才有政治見解。
他認為，這就是今人所提倡的科學精神，而王守仁的學說是同這種精神相對立的。他還指出，王守仁的「致良知」的命題，在邏輯上是自相矛盾的。他揭露說，既然「良知」是先天的，就不應講「致」，如果必待後天努力才發揮出來，那就不是「良知」了。他對王守仁學說的駁斥，表現了唯物主義的立場。
他指出，保皇派把他們的政論歸之為「良知」，這同王守仁當年把他效忠於昏君的行為說成是「良知所信」一樣荒唐可笑。在這裡，他同樣堅持了唯物主義的觀點，駁斥了改良派的唯心主義的先驗論。章炳麟還談到了關於人的智力的形成問題。他認為人的智力不是先天決定的，是在生存競爭中形成和發展起來的。他說，生物的官骸在競爭中總是「蛻其故用而成其新用」，使用它的官能則進化，不使用它的官能則退化。人類的智力也是這樣，在競爭中，用其智力則聰明，不用其智力則愚蠢。這是說，人的智力是後天獲得的，同樣宣傳了唯物主義的觀點，是和唯心主義的「生知」說對立的。依據這種唯物主義的觀點，章炳麟在同改良派的論戰中，進一步駁斥了康梁宣揚的所謂中國民智未開、人民智力低下、不能行民主共和的謬論。章炳麟批駁說：「人心之智慧，自競爭而後發生。今日之民智，不必恃他事以開之，而但恃革命以開之。」
他認為，人民的革命觀念和革命的才智都是在實際鬥爭中形成的。如明末的李自成，並非生來就有救民濟困的思想，而是因為被饑寒所迫，而揭竿而起，後來在實際鬥爭中形成了革命觀念。又如義和團初起時，只講「扶清滅洋」，後來在鬥爭中增長了智慧，從而提出了「掃清滅洋」的口號。最後他得出結論說：人民在革命鬥爭中一定會樹立起民主觀念，能夠管理好自己的國家，民主之興，是勢所必至，不可阻擋。
他還認為，社會歷史現象的變化是有規律可循的，有其因必有其果，「因以求果，果以求因」，就會弄清禮俗政教演變的趨勢，絕不能像康有為那樣，主觀虛構一套「三統」、「三世」的公式，硬套在歷史事件上，像算命一樣，預知未來。後來，他還指出，研究學術一定要「實事求是」，研究歷史，如同「寫真」一樣，「悠短黑白，期於肖形而止」，把美的說成醜的，把醜的說成美的，都是錯誤的。