章炳麟是一個資產階級革命家，不可能認識到人民群眾的革命實踐是獲得真知的泉源。他的「競爭出智慧」，並不是馬克思主義的實踐論。它的理論基礎是生物進化論，不是歷史唯物主義。但是，他依據「吃一虧長一智」這一樸素的唯物主義真理，斷言人的知識和才能是後天獲得的，而且是在鬥爭中獲得的，從而反對了保皇黨的「群氓無知」論，有力地打擊了改良派破壞民主革命的反動宣傳，在當時有很大的進步意義。在反對康梁改良派的鬥爭中，章炳麟還批判了康有為的先驗論的治學方法。他認為：「諸學莫不始於期驗，轉求其原，視聽所不能至，以名理刻之。」可是康有為卻從主觀主義出發，不要「期驗」，不講「明理」，任意附會、曲解古代的典籍，尋找什麼「微言大義」，其結果只能是「微言以致誣，玄議以成惑」。
在反對唯心主義的先驗論的鬥爭中，章炳麟還論述了感性認識和理性認識的關係問題。他認為，陸王一派的先驗論，排斥外物和感覺經驗，當然是錯誤的。可是後來的唯物主義者如顏元，為了反對陸王的先驗論，又把「格物」局限於演習禮節儀式，從事武備訓練和生產活動，從而反對讀書明理，又犯了另一種錯誤，即鄙視理論思維的錯誤。
不能從實用主義出發，不能搞先驗論，任意塗抹古人。章炳麟提倡的方法論，基本上是古文經學派考證古代文物典章的「樸學」作風，不是對社會歷史現象進行階級分析，揭示歷史發展的客觀規律。但是他要求尊重歷史事實，反對主觀虛構，宣傳了「實事求是」的唯物主義觀點，打擊了康有為利用古代文化典籍的研究，從事保皇宣傳的壞學風，在當時同樣有其進步的意義。
在反對改良派的鬥爭中，章炳麟之所以能夠提出許多唯物主義的見解，歸根到底是由於他早期對哲學基本問題的回答，堅持了唯物主義的路線。首先，他肯定了物質的客觀存在。他說「蓋凡物之初，只有阿屯，而其中萬殊」，肯定原子是構成萬物的最基本的物質。對於當時流行的「以太」說，譚嗣同曾經作過唯心主義的解釋，如他把「以太」說成是「心力」、「唯識之相分」或「性海」等，因而是「無形質」的。章炳麟對此作了明確的批駁。他說「或謂『性海即以太』，然以太即傳光氣，能過玻璃實質，而其動亦因光之色而分遲速。彼其實質，即曰阿屯」，「阿屯亦有形可量。以太流動雖更微於此，而既有遲速，則不得謂之無體」。「原質有形，即以太亦有至微之形，固不必以邈無倪際之性海言也」。
章炳麟根據當時自然科學的知識，堅持了物質客觀存在的唯物主義觀點。他又進一步闡發了客觀事物不依賴於人的意識而存在的觀點。他斷言，事物的性質如色、聲、味等是事物本身所固有的。例如，日光本來就有七種顏色，通過分光試驗才能看到，但不能因為平常看不到，便認為光無七色。他說：「以目之眚者，視火而有青炎，因是以為火之色不恆，其悖矣。」這是說，不能因為患眼病的人，見火光有青炎，因此就認為火沒有正常的顏色。他還指出，經常吃鹹東西的人，並不感到鹹東西怎麼鹹，但不能因此說鹹味沒有自己的特性，或者把鹹味歸之為舌頭的幻覺。由此，他得出結論說：事物的顏色，「雖緣眸子以為藪極（准的），有不緣者矣」。這是說，顏色雖然憑借眼才能看見，但顏色的存在並不依靠眼。又說：「分劑有細大，而淡鹹無亂味。」
這是說，人們感受鹹味的程度雖有不同，淡和鹹仍有客觀的差別。章炳麟的這些觀點，肯定了感覺是客觀事物的主觀映像，其內容具有客觀性，不是主觀自生的東西，堅持了從物到感覺的唯物主義路線，駁斥了那種把事物的性質歸之於感覺的主觀唯心主義的說法。
從肯定事物的性質獨立於人的意識而存在這個前提出發，章炳麟又論述了詞和概念的性質。他認為，詞和概念開始於感官對客觀事物的反映（「物各緣天官所合以為言」）。如眼看到紅東西的顏色，便用「紅」稱謂它。後來又依據事物的共同性質，給同類的事物起個名字，便產生了「共名」和「大共名」。
他認為，「共名」是抽像的東西，同感官所感受的具體內容並不一樣，可是它同樣有客觀的標準（「必非無成極」），不是人們恣意擬議出來的。據此，他指出，宗教家把「神」或「上帝」作為最高的觀念，認為它可以包容一切，然而「神」這個觀念卻不像「大共名」那樣是從不同的具體事物中抽像出來的共同屬性。它並不反映客觀存在，沒有客觀的內容，只能是主觀虛構的東西。在章炳麟看來，抽像的觀念有兩種：一種是反映客觀事物的共同性質，即類概念，又稱為「公言」；一種是不反映客觀事物的性質，不是從特殊中概括出來的。有神論的錯誤，就在於拋棄特殊而空談一般，其所謂一般，不過是主觀虛構的觀念。
他說：「宗教之士，知其宥（指一般）不知其別（指特殊），以杜塞人智慮，則進化之幾自此阻。」
章炳麟的這些議論，又肯定了思維內容的客觀性，認為它同感覺一樣，是事物的客觀性質在主觀意識中的反映，同樣不是主觀自生的東西。他堅持了從物到思維，從「實」到「名」的唯物主義路線。
他著重論述了理性認識的重要性。他說：算術、琴譜和書本上的理論，如同符號一樣，都是抽像的概念，但它卻可以概括具體的器物，幫助人們掌握具體事物的規律。例如學琴，不去彈琴，而終日講讀琴譜，當然是錯誤的，可是廢棄琴譜，不研究音律，也是不對的。又如讀書，不是說書沒有用處，而是說壞書沒有用處。不區別好書和壞書，對書本知識一概排斥，也是錯誤的。他還指出，不研究事物的普遍規律，不學習抽像的理論，局限於「水、火、工、虞」等具體事物的一個方面，只知道自己一方面的經驗，其結果就會像中國先秦和古希臘時代的哲學家那樣，把水或火說成是萬物的根源，「舉其樹枝以為大素」，把特殊的東西當成普遍的原理，學術就不會有進步了。
他還指出，社會歷史現象尤為複雜，如果不運用理性思維加以分析和概括，「不推其終始，審其流衍」，結果「維綱不舉」，不可能闡明歷史演變的真相，由此他得出結論說：抽像的理論，如哲學道理，只要本於「實事求是」的精神，不發空論，對人事總是有好處的。章炳麟對狹隘的經驗論所作的這些批評，基本上是正確的。但是，他在批評經驗論的同時，自己又犯了另一種錯誤——又把理性認識片面誇大了。他曾引證荀子的話說：只要內心清明，自然會瞭解事物的規律（「清明內景」）。又說，閒居靜坐，屏除耳目之欲，遠離蚊虻之聲，也可以得到關於事物的規律性的認識。這樣，又把理性認識吹脹了，走向了輕視感覺經驗的道路。
自1906年以後，章炳麟為了建立他的無神論的宗教，搬出來佛教唯心主義特別是唯識宗的理論體系，又大肆鼓吹起唯心主義的先驗論。1906年年底，他發表了《建立宗教論》，1908年又發表了《四惑論》。在這兩篇文章中，章炳麟打起唯心主義的大旗，公開反對唯物主義和唯物主義的反映論。
他企圖用這種說法來證明唯心主義的先驗論是唯一的真理。他把唯物主義的經驗論和唯心主義的經驗論混為一談，抹殺了經驗論中兩條路線的根本對立，從而陷入了唯心主義的泥淖。