依據這種自然觀，他批判了佛教的虛無主義本體論。他說：「釋氏之末流，滅裂天地，等諸聲光之幻，以求所謂空寂。此不惟自絕於天地，乃並不知有聲光。」這是反對佛教唯心主義以聲光為「虛幻」從而把物質世界說成是虛幻的謬論。他指出：「天地非幻，即聲光亦至實，聲光雖無體，而以所憑之氣為體。」這是說，宇宙中沒有真空的領域。他用氣一元論，論證了物質存在的普遍性，駁斥了虛無主義。最後，他得出結論說：「古聖人正五色以養明，定六律以養聰，豈能憑虛無而創造哉？亦實有是物而不容廢也。」
這是肯定物質世界是真實的，又駁斥了佛教的出世主義。他指出，佛老崇拜「虛無」，和「實學」相對立，是變法維新的一大障礙。因此他又提出了「毀天下寺觀廟宇」的主張，要求把寺廟變為「議院學堂諸公所之用」，把寺廟的財產作為籌備變法的費用。
依據這種自然觀，譚嗣同還批判了程朱理學的唯心主義，指出，宇宙中充滿「氣」，不能離「氣」而講「理」。他說「豈有理之所至，而氣之所不至乎」，他認為，宋明道學的錯誤在於把「理」和「道」看成是「虛懸無薄」的東西，同樣是變法維新的一大障礙。對於程朱理學的「道」體、「器」用的唯心主義，他也曾明確表示反對。他認為：「故道，用也；器，體也。體立而用行，器存而道不亡。」
因此，他譴責道學說：「自學者不審，誤以道為體，道始迷寓徜恍，若一幻物，虛懸於空漠無朕之際，而果何物也耶？於人何補，於世何濟。」他認為，在民族危亡的關頭，「不一講求維持挽救工農商賈之道，而安坐飽食，以高談空虛無證之文與道」，只有亡國滅種。據此，他還駁斥了道學家所虛構的「先天圖」、「太極圖」、「五行八卦」以及讖緯、卜相、占驗等各種神怪迷信，認為這些東西無非是提倡「虛妄」，愚弄人民。他得出結論說：「必如西人將種種虛妄一掃而空，方能臻於精實。」以上這些都是譚嗣同思想中表現出來的唯物主義因素，而且由於他依據近代自然科學給予補充、論證，從而又帶有某些機械唯物論的因素。但是，譚嗣同並沒有由此而走向唯物主義，相反卻提出了一整套唯心主義的哲學體系。
把物質性的「以太」，與精神道德觀念的「仁」混淆等同起來，這是譚嗣同在理論上走向唯心主義的一個轉折點。正是由此，譚嗣同在「仁為天地萬物之源，故唯心，故唯識」的命題下，明確地宣佈：「以太者，亦唯識之相分，謂無以太可也。」所謂「唯識之相分」，是佛教否定客觀物質世界真實存在的一種唯心主義謬論，他認為，客觀物質世界只是主觀意識所變現出來的一種虛假的現象。
不僅如此，他還認為：「且眼耳所見聞，又非真能見聞也。」為什麼呢，他論證說：「眼有簾焉，形入而繪其影，由簾達腦而覺為見，影既緣繪而有是，必點點線線而綴之，枝枝節節而累之……迨成為影，彼其形之逝也，亦已久矣；影而待腦而知，則影一已逝之影，並真影不得而見也。……眼耳之果足恃耶否耶？鼻依香之逝，舌依味之逝，身依觸之逝，其不足恃，均也。」這是說，感覺不僅不能得到客觀事物的真形，甚至連得到的影像也不是真實的。所以，他的結論是：「恃五以接五，猶不足以盡五，況無量無邊之不止五。」
總之，譚嗣同認為憑借感官去認識世界是根本不可能的，也就是說客觀物質世界是不可知的。相反，如果用佛教「轉識成智」的神秘的「知」，又是無所不識的。
在他的「仁學」體系中，譚嗣同把物質性的「以太」與道德觀念「仁」等同起來。他受到康有為「仁愛」哲學思想的影響，認為「仁為天地萬物之源」。他和康有為一樣，借用中國古代「仁」的觀念來宣揚資產階級的自由、平等、博愛思想，這是當時政治鬥爭上的需要。為此，他們又都企圖從理論上來闡明為什麼「仁」體現了平等、博愛的道理。就譚嗣同來說，他的理論說明是：「仁以通為第一義。」所謂「通」，包括「中外通」、「上下通」，「男女內外通」、「人我通」。照譚嗣同的說法「通之象為平等」，所以上述四方面的「通」，也就體現了中國與外國的平等、上下的平等，男女的平等和人與人之間的平等。從這方面來講，譚嗣同認為：「以太」是「所以通之具」，也就是說，「仁」是世界的本體，而「以太」只是體現「仁」的「通」的性質的工具。因此，他有時也說：「天地間亦仁而已矣。」
在認識論上，譚嗣同也完全搬用了佛教法相宗的唯心主義理論。首先，他否認人的思維活動是物質運動的產物。他說：「夫人固號為有知矣，獨是所謂知者，果何等物也？謂知出乎心，心司紅血紫血之出納，烏睹所謂知耶？則必出於大腦，割腦而察之，其色灰敗，其質脂，其形窪隆不平，如核腦仁，於所謂知，又無有也。」那麼，人之「知」究竟為何物所生呢？他回答說：「其動者，意識也，大腦之用也；為大腦之體者，藏識也。其使有法之動者，執識也，小腦之體也；為小腦之用者，前五識也。」又說：「吾大腦之所在，藏識之所在也。」由此可見，譚嗣同並不把形如「核桃仁」的物質的大腦看做產生「知」的本體，而是把佛教法相宗所虛構的精神性的「藏識」、「執識」看做產生人的意識的本體。
如上所述，「藏識」既是人的意識的「本體」，又是天地萬物的「根源」，那麼人對天地萬物的認識，歸根結底無非是「藏識」自己對自己的認識而已。所以他又公然聲稱：「吾貴知，不貴行。」為什麼呢？他說：「事知亦知，不知亦知。是行有限，而知無限；行有窮，而知無窮也已，且行之不能及知，又無可如何之勢也。」
應當指出，譚嗣同這裡所「貴」的「知」，指的是佛教所謂「轉識成智」的「知」，這種「知」既然是由「藏識」轉變而來，當然是「無窮」、「無限」的。至於常人的「知」，那他認為是不可能認識世界的。他曾明確表示，客觀世界存在著人的「思力之所必不能到」的領域。
由於他輕視「行」在認識過程中的主要作用，必然輕視感性認識的作用。他認為，常人的感覺器官只有「眼耳鼻舌身」五種，它們所接觸的也僅只是「色聲香味觸」五者而已。然而「以法界虛空界生界之無量無邊，其間所有，必不止五也明矣，僅憑我所有之五，以妄度無量無邊，而臆斷其有無，奚可哉」！
五、對封建綱常的名教批判
譚嗣同，字復生，號壯飛，生於1865年（清同治四年），死於1898年（清光緒二十四年），湖南瀏陽人。
他是19世紀末資產階級改良派中的激進人物，當時新文化運動中反對封建舊禮教的勇敢戰士。1895年，中日甲午戰爭爆發，他發出了救亡圖存、變法革新的號召，並且在湖南組織了學會，熱心追求西方資本主義文化，積極提倡新學。
1896年，他以父命到南京候差，感到十分苦惱和困辱，又跟當時的宣揚佛教的楊文會研究佛學，受了佛教唯心主義的影響。1897年，他又回到湖南，和梁啟超等一起辦時務學堂、南學會、《湘報》等，積極開展維新運動。1898年，他到北京參加了康有為主持的新政。政變失敗後，被捕下獄。
被捕前，有人勸他逃走，他說：「各國變法，無不從流血而成，今日中國未聞有因變法而流血者，此國之所以不昌也。有之，請自嗣同始。」他終於在封建頑固派的迫害下犧牲了。他的著作有《譚嗣同全集》。他的哲學著作有《思篇》、《報貝元征書》、《仁學》、《以太說》、《論全體學》等。
譚嗣同是我國近代史上資產階級陣營中第一個起來向封建的綱常名教挑戰的啟蒙思想家。1896年，在改良主義運動的影響下，他寫了著名的哲學著作——《仁學》，發出了沖決封建網羅的號召，和封建主義展開了一場大論戰。
在帝國主義瓜分狂潮的刺激下，他從資產階級的愛國主義立場出發，譴責了賣國投降的封建王朝。他認為，列強勢力已侵入內地，要塞被霸佔，權利被奪去，財源枯竭，人民窮困，中國已處於亡國滅種前夕，只有變法維新，中國才能得救。他向清王朝提出警告：再不進行變法，人民只有走武裝起義的革命道路。他說：「志士仁人求為陳涉、楊玄感，以供聖人之驅除，死無憾焉。」
譚嗣同從批判清王朝的殘酷統治出發，進一步批判了中國幾千年來封建專制的獨裁政體。他揭露說：封建帝王窮竭天下人民的生命膏血，供其一人之享樂；設立各種法律，叫人民俯首帖耳，串受酷刑之苦；他把自己說成是「天子」，「挾一天以壓制天下」，用「天命」來愚弄人民，這是世界上「至不平等」的事情。
他認為，君主不善，「人人得而戮之」，無所謂「叛逆」，「叛逆」一語是封建帝王捏造出來恫嚇人民的；中國人把服從君主的統治美其名為「忠義」，以相誇示，「真不知人間有羞恥事」。從而他得出結論說：君主本來是人民「共舉」出來的，先有民而後有君，不是君擇民，而是民擇君；君主好比大家推選出來管理財務的辦事員，不稱職，就應該把它廢掉。
譚嗣同在反對封建主義的鬥爭中，竭力提倡自由、平等和博愛，鼓吹民主主義和人道主義，以此作為批判封建主義意識形態和推行改良主義政治路線的理論根據。他是中國近代史上宣揚資產階級人道主義的代表人物之一。譚嗣同對清王朝的抨擊，在當時說來，是非常大膽的言論。他受了太平天國農民革命運動的影響，在他的政論中含有反對清王朝的傾向，使他成了改良派中的激進的思想家。
由此，他得出結論說：所謂「三綱」，是封建帝王用來奴役四萬萬人民的枷鎖，是「獨夫民賊」制定「一切刑律制度」的準則，它不僅迫害了人的身體，而且禁錮了人們的思想。他控訴說「三綱之懾人，足以破其膽而殺其靈魂」，「不惟關其口，使不敢冒言，乃並錮其心，使不敢涉想。愚黔首之術，故莫以繁其名為尚焉」。
他認為，五倫之中，只有朋友一倫沒有流弊，體現了平等、自由和獨立自主的原則，其他四倫都應變為朋友的關係。最後，他又批判了兩千多年來封建專制主義的思想體系。他認為，維護等級制度的學說始於荀子和法家，唐代的韓愈作了闡發，到了宋明道學，變本加厲，更為殘酷。從而他又得出結論說：兩千年來的政治都是秦政和大盜，兩千年來的舊學都是苟學和鄉願，大盜和鄉願互相勾結壓迫人民；中國人「但讀宋明腐儒之書」，「自命為禮義之邦」，實際上卻是「人間地獄」。