在闡發變化日新的思想中，康有為吸收了中國古代《易傳》中的一些樸素辯證法思想，並且把它同當時傳入的西方近代自然科學結合起來，也曾表露了一些關於事物對立統一的思想。他說：「若就一物而言，一必有兩。《易》云『太極生兩儀』。孔子原本天道，知物必有兩，故以陰陽括天下之物理，未有能出其外者。」據此，他批評周敦頤《太極圖說》中關於「太極動而生陽，動極而靜，靜極而生陰」的說法，認為「元與太極，太一，不可得而見也。其可見可論者，必為二矣」。所以，他又說：「孔子窮極物理以為創教之本，故系易立卦不始太極，而始乾坤、陰陽之義也。」「生物之始，一形一滋，陰陽並時而著。」康有為這裡肯定就每一事物來說，必定是同時具有陰陽兩方面的屬性，是有其合理因素的。他還吸收了當時一些自然科學的知識對此加以補充說：「理皆有陰陽，則氣之有冷熱，力之有拒吸，質之有凝流，形之有方圓，光之有白黑，聲之有清濁，體之有雌雄，神之有魂魄，以此八統物理焉。」
用「陰陽」來「括天下之物理」，表述事物內部的矛盾對立，這本來是古代樸素辯證法的一個直觀、籠統的概念。康有為把它與近代自然科學中關於氣、力、質、形、光、聲等物中的矛盾對立結合起來，表明了他高於樸素辯證法的地方。但他把「神之有魂魄」也歸為最根本的「物理」的內容，又表現了他的非科學。
戊戌變法失敗後，康有為思想完全落伍了，他以所謂按照「循序漸進」原則，現在只能實行「君主立憲」來反對資產階級民主派所領導的民主革命運動，至此，他完全背離了他早年反對封建頑固派，提倡變革的進步立場，而向形而上學的不變論投降了。
三、「仁愛」哲學
康有為早期曾吸收了古代一些樸素唯物主義的觀點，認為「萬物皆始於氣」，「既有氣然後有理」，從而批判了程朱理學「理在氣先」的唯心主義觀點，說：「朱子以理在氣之前，其說非。」
他的學生梁啟超在概括他的哲學思想核心說：「先生之論理，以仁字為唯一之宗旨，以世界之所以立，眾生之所以生，國家之所以存，禮義之所以起，無一不本於仁，苟無愛力，則乾坤應時而滅矣。……其哲學之本，蓋在於是。」所謂「仁」，也就是「不忍人之心」。康有為宣稱「不忍人之心」，是「人人皆有之」的「愛質」，它是「萬化之海，為一切根，為一切源……人道之仁愛，人道之文明，人道之進化，至於太平大同，皆從此出」。
康有為在《春秋董氏學》中，又提出了「元為萬物之本」的觀點。他說：「元為萬物之本，人與天同本於元，猶波濤與漚同起於海，人與天實同起也。」這裡，他把「人」與「天」說成是「同起」，「同本於元」，在一定意義上是對「天」的至上性和神秘性的否定。這也是他接受了當時自然科學影響的反映。
「元」是什麼呢？他曾引何休《春秋公羊傳》中注的話說：「元者，氣也。無形以起，有形以分，造起天地，天地之始也。」所以，他又說「浩浩元氣，造起天地」，「天地之本，皆運於氣」，「天地萬物同資始於乾元，本為一氣」等。從這方面看，康有為所謂的「元」與「氣」等同。而「氣」，就他所引「《列子》中謂天地空中之細物」一條，和他所說的「天地之間，若虛而實。氣之漸人，若魚之漸水……故無往而不實也。……若自至精之物推見，則氣點之聯接極粗」等說法看，他所理解的「氣」在一定意義上是一個物質性的概念。同時，他還把古代關於「氣」的概念，同西方近代自然科學中的某些物質概念如電、元素、以太等聯繫起來，因而表現出某些唯物主義的因素。
康有為既把「氣」當做一種永恆而獨立存在的精神實體，那麼他「萬物皆始於氣」的命題也就變成了由精神產生萬物的命題了。他首先用「物我同氣」來否定「物我」的差別。他說：「物我一體，無彼此之界；天人同氣，無內外之分。水之周於全地，電之遍於長空。……物即己而己即物，天即人而人即天。」
在他看來，「山河大地，皆吾遍現；翠竹黃花，皆我英華」。也正是這樣，他把精神看得比物質更重要、更根本。他說：「魂用事者為大人，魄用事者為小人。……故大人者，在先養其魂靈，統御其體魄而已。」又說「魂靈者，清明光潔，端莊粹一」，「卓然立青雲之上，不物於物而造物」。至此，康有為「元為萬物之本」，「萬物皆始於氣」的命題，完全成了主觀唯心主義。
康有為的主觀唯心主義哲學思想，更表現在他「以仁為本」的「仁愛」哲學體系中。他曾說：「孔子本天，以天為仁，人受命於天，取仁於天。凡天施、天時、天數、天道、天志，皆歸之於天，故屍子謂孔子貴仁。」又說：「仁者，在天為生生之理，在人為博愛之德。」
康有為的主觀唯心主義「仁愛」哲學，是以「性善」論為基礎的。在人性論問題上，康有為早期是贊同告子「生之謂性」的思想，而反對孟子「性善」論的。他說「告子生之謂性，自是確論」，「性者，生之質也，未有善惡」，「凡論性之說，皆告子是而孟子非」。據此，他也批評了程朱理學分「性」為「氣質」、「義理」的說法。他說：「分性為二，有氣質、有義理……蓋附會孟子。實則性全是氣質，所謂義理，自氣質出，不得強分也。」
康有為早期這些關於人性的論述，雖然沒有什麼新鮮的思想內容，但在當時來講，是具有一定的反封建禮教束縛的現實意義的。然而，由於資產階級改良派的軟弱本性，他們看不到反封建的真正力量所在，只是一心幻想「聖明的皇上」一旦能以「慈悲」為心，實行變法維新。所以，康有為最後又不得不陷入孟子的先驗「性善」論的泥坑。特別是在戊戌變法失敗後，他更是竭力鼓吹「性善」論。他說：「不忍人之心，仁也，電也，以太也，人人皆有之，故調人性皆善。」
所以，如果「人絕其不忍之愛質」，則「人道將滅絕矣」。這完全是從孟子那裡販賣來的主觀唯心主義理論，他把人的道德觀念、主觀精神說成是先天的，而且是天地萬物的根源。他曾說：「人之性命雖變化於天道，實不知幾經百千萬變化而來。其神氣之本由於元，溯其未分則在天地之前矣。」
這是說，人的「性」、「命」或「神氣」都是先於天地就存在的。他還進一步發揮了孟子「萬物皆備於我」的主觀唯心主義理論，認為：「天下雖大，我身為本，若無我身，即無天下國家。」又說：「人之靈明，包含萬有。山河大地，全顯現於法身；世界微塵，皆生滅於性海。廣大無量，圓融無礙，作聖作神，生天生地。」這又是把孟子的主觀唯心主義與佛教的唯心主義雜糅在一起了。康有為的這些思想對譚嗣同的《仁學》有重大的影響。
但是，以上這些僅僅是康有為哲學思想中偶爾透露出來的一些合理因素，而他的整個哲學體系則是主觀唯心主義的。就在他對於「元」和「氣」的解釋中也充滿了唯心主義、神秘主義的內容。如他把「元」形容為「無臭、無聲，至精、至奧」，又說：「孔子發此大理，托之《春秋》第一字，故改『一』為『元』焉，此第一義也。老子所謂『道』，婆羅門所謂『大梵天王」耶教所謂『耶和華』。」
這裡，他把「元」和婆羅門教的至上神「梵天」，基督教的至上神「耶和華」相提並論，也就把「萬物之本」的「元」神化了。關於「氣」，康有為的認識是十分混亂的。他經常把「氣」比喻成「電」，但他並不是用這一比喻來論證「氣」的物質性，相反，卻論證了「氣」是一種神秘的精神力量。如他說：「光電能無所不傳，神氣能無所不感。」
這裡「神氣」指的是一種精神活動，他認為人與人、人與天地萬物之間就是由這種「神氣」的相感應而溝通起來的。「神氣」，他又稱為「知氣」，而「知氣者，靈魂也，略同電氣，物皆存之」。
康有為講的「氣」完全是一種精神實體。這從理論上來講，是由於受到當時西方庸俗唯物主義的影響，把精神現象看成是和物質一樣的東西。所以，他甚至認為，這種「知氣」如果能「養之久者」，更能達到「團聚不散」，並「可附人他體」，甚至「隨附百體，頻歷生死，益增神靈，絕無障礙」。
這就是說，精神和物質一樣是可以獨立存在的，而且是永恆存在的。
而且他還把發揚「人人皆有之」的「仁愛」之心看做實現「大同」理想的關鍵，說什麼「以其本有愛質而擴充之，因以裁成天道，輔相天宜，而止於至善，極於大同」。正因為如此，他把人的「仁愛」之「性」，看做天地萬物生成、變化以至社會發展的「根」、「源」。這也就是他「仁愛」哲學的唯心主義的理論歸宿。
四、譚嗣同的「仁學」哲學
譚嗣同早年曾以古代樸素唯物主義的「氣」的概念，以後又運用西方自然科學中假設的一個物質概念「以太」，來解釋客觀世界的物質統一性。後來，他受到唯心主義，特別是佛教唯心主義的影響，完全陷入了唯心主義的泥坑。譚嗣同在《仁學》中構造的哲學體系是十分雜廣的。他企圖融合中學與西學、科學與宗教、唯心與唯物於一體。
在譚嗣同的早期著作中，他繼承了王充、張載和王夫之的樸素唯物主義思想，同時吸取了從西方傳入的天文學、物理學、化學和生物等自然科學知識，提出了一種以「元氣」為基礎的唯物主義自然觀，而且對佛教、道學的唯心主義進行了一定的批判。
他把「元氣」看成是天地萬物的根本。他說：「元氣綱組，以運為化生者也。」「天以其混沌磅礡之氣，充塞固結而成質，質立而人物生焉。」
這是說，宇宙充滿「元氣」，「元氣」凝固起來，形成各種物質元素，然後形成各種天體和人物。後來，他又把組成這些物質元素的「氣」，歸結為「以太」。他說：「原質猶有七十三之異，至於原質之原，則一以太而已矣。」又說：「任剖某質點一小分以至於無，察其為何物所凝結，曰惟以太。」他依據地質學和生物學的知識，說明生物進化的過程。他說「考察僵石（化石），得其生物」，「以究天地生物之序，蓋莫先螺蛤之屬，而魚屬次之，蛇龜之屬又次之，鳥獸又次之，而人其最後焉者也」。他宣稱：「凡為仁學者，於佛書當通華嚴及心宗，相宗之書；於西書當通《新約》及算學、格致、社會學之書；於中國當通《易》、《春秋公羊傳》、《論語》、《禮記》、《孟子》、《莊子》、《墨子》、《史記》及陶淵明、周茂叔、張橫渠、陸子、王陽明、王船山、黃梨洲之書。」
然而，全面考察一下譚嗣同「仁學」的哲學體系，實際上是以佛教唯心主義為歸宿的。他明白地說過：「嘗謂西學皆源於佛學，亦惟西學，而佛學可復明於世。」