從對封建專制主義君權論的批判出發，譚嗣同進一步批判了封建等級制度和維護等級制的綱常名教。他認為，名教既非「天命」，又非「天理」，是「由人創造」的，是在上的用來壓制在下的工具。他揭露說：「君以名桎臣，官以名軛民，父以名壓子，夫以名困妻，兄弟朋友各挾一名以相抗，而仁尚有少存焉者乎。」正是因為有名教，「數千年來，三綱五倫之慘禍烈毒，由是酷焉矣」。因此，他又批判了「忠、孝、節、義」等封建舊道德。指出，君主也是人民中一分子，而且比普通人低下，人民之間無相互為死之理，人民更無為君主盡忠死節的道理；父母和子女都是天的兒子，父子的關係是「平等」的，平等為上，孝是次要的；男人和女人「同為天地之菁英」，夫婦關係是「平等」的，「重男輕女」是世界上「至暴亂無禮之法」。
他把資產階級鼓吹的自由、平等和博愛總稱之為「仁」，把他宣傳變法維新的哲學著作稱之為「仁學」。《仁學》的實質就是宣揚資產階級的人道主義。
據此，他指出，綱常名教是和「仁」相對立的，他說「仁之亂也，則於其名」，而朋友一倫所以可貴，就是因為它體現了「仁」的精神。據此，他又把清王朝的「閉關絕市」和「重申海禁」的政策宣佈為「不仁」。他所講的「仁」，就是資產階級的「自由、平等、博愛」的代名詞。譚嗣同認為，「仁」，出於人的「本性」，是「人道」的本質，古今中外無不同，任何惡勢力都不能消滅它，這就是「人性善」。因此，他又把「仁」宣佈為人類最高的理想，認為按著「仁」的原則建立起來的社會是：「人人能自由」，既無國界，又無戰爭；「彼我亡，平等出」；「君主廢，則貴賤平；公理明，則貧富均」；「千里萬里，一宗一人」。總之，在這個社會中，一切差別對立都消除了。他把這個理想的王國稱之為「大同」世界。
封建地主階級講的「仁」，是鞏固封建等級制度和封建宗法關係的工具。譚嗣同按近代資產階級的觀點解釋了「仁」。他說：「仁以通為第一義。」
所謂「通」，是說沒有阻塞和隔閡。按照他的解釋，「仁」有四方面的含義：一是「上下通」，即打破在上的和在下的界限，如君民的界限，貴賤的差別；二是「中外通」，即打破中國和外國的界限，同西方國家通教，通學，通政，通商；三是「男女內外通」，即打破男女的界限，宗族的界限；四是「人我通」，即打破別人和自己的界限，人與人之間「相親相愛」，他認為打破這些界限，便實現了自由和平等。他說「通之象為平等」，「有等級者通之而無等級」。
譚嗣同的人道主義是在19世紀末中國的資產階級剛剛興起的歷史條件下提出來的，它的主要鋒芒在於打擊封建等級制度和綱常名教以及閉關自守的思想，宣傳了民主主義的平等精神，在當時有一定的進步意義。但是，正如馬克思和恩格斯所指出的，資產階級代表在同封建勢力鬥爭時，總是把自己說成是全民利益的代表，整個受苦人類的代表，打起人道主義的旗幟，作為爭取人民群眾的思想武器。他們所鼓吹的自由、平等和博愛，實際上並不代表勞動人民的利益，只代表資產階級的利益。恩格斯揭露說「這個理性的王國不過是資產階級的理想化的王國」，「平等歸結為法律面前的資產階級的平等，被宣佈為最主要的人權之一的是資產階級的所有權」。
譚嗣同的人道主義也是這樣，而且打上了資產階級改良派的烙印。
為了宣揚資產階級的自由、平等和博愛，譚嗣同把「仁」宣佈為「人道」的本質，宣揚了抽像人性論。為了論證抽像的人性論，他把歷史上一切有關「愛」的說教都搬了出來，宣稱他所講的「仁」，就是孔子的「仁愛」，墨子的「兼愛」、佛教的「慈悲」和基督教的「視敵如家」。他同康有為一樣，企圖召喚過去的亡靈來為自己鬥爭。最後，他得出結論：中國今日最需要的是「慈悲救世」的精神，愛一切人的宗教精神，人人都把對方當成人，「我視人平等」，「人視我平等」，人人都博愛，中國就可以得救，世界也就太平了。他說「慈悲為心力之實體」，「非慈悲則無以度之」。毛主席說：「在階級社會裡就是只有帶著階級性的人性，而沒有什麼超階級的人性。」譚嗣同所鼓吹的「人道」和「人性」，顯然是地主資產階級的人性，不過他口頭上不這樣說，卻說成是唯一的人性。他所說的「愛一切人」和「慈悲救世」的精神，說穿了，不過是叫人們「愛」資產階級而已。
譚嗣同的人道主義歸根到底是為改良主義的政治路線服務的。他企圖通過人道主義的說教，希望帝國主義和封建勢力發善心，放下屠刀，立地成佛；希望他們發慈悲心，放棄對中國人民的壓迫和奴役。他企圖用資產階級人性論的宣傳代替階級鬥爭和革命，甚至企圖通過人道主義的說教使勞動人民服從資產階級的奴役。這完全是唯心主義的幻想。
六、譚嗣同的相對主義理論
譚嗣同在為資產階級改良派的變法維新運動作論證中，同樣也宣傳了進化論的思想。他認為，天地萬物都是變動不居的，「今日之神奇，明日即以腐朽」。他還用當時天文學的知識指出：「吾身所附麗之地球，本變動不居，而凡泥不變之說者為逆天矣。」
這就是說，變化運動是自然界的普遍規律。在這個問題上，譚嗣同發揮了王夫之「天地之化日新」的觀點，反覆強調天地萬物只有不斷更新才有生命力的思想。他認為：「天地以日新，生物無一瞬不新也。」「新也者，夫亦群教之公理也。」
他指出，天地萬物以及人的體貌呼吸無時不在變易，無時不在更新。如果沒有更新，宇宙萬物也就毀滅了。他說：「天不新，何以生，地不新，何以運行？日月不新，何以光明？四時不新，何以寒暑發斂之迭更？草木不新，豐縟者歇矣；血氣不新，經絡者絕矣；以太不新，三界萬法皆滅矣！」因此，他深情地讚歎說「新之為言也，盛美無憾之言也」，「言新必極之於日新；始足以為盛美而無憾，執此以言治言學，固無往不貴日新矣」。
據此，他激烈地抨擊了那些「斷斷然日不當變法」的「守舊之鄙生」。他認為，這些人不懂得「日新」的道理，是「自斷其方生之化機」，而終將「成為極舊極蔽一殘朽不靈之廢物而已矣」。
他又指出，這些「守舊之鄙生」到處自詡為「好古」，喋喋不休地引經據典「以爭於今」。如果真是「古而可好」，那「又何必為今人哉」，「奚不自殺以從古人」呢，因此，他說這種人實際上是十分可悲的，他們生於今而好於古，很像莊子所說的那種「心死」之人。對這種人，給他們一個謚號，叫「至愚」，那是最恰當不過的了。這是對當時守舊的封建頑固派極其辛辣的諷刺。譚嗣同的日新說，肯定了事物運動變化的永恆性，承認事物不斷更新，反對了守舊不變的頑固思想，反映了資產階級改變封建專制主義的要求，在當時是有積極作用的。
在論述事物變化日新的思想中，譚嗣同也在一定程度上表露了一些關於對立統一的辯證法思想因素。如他說：「日新烏乎本，曰：以太之動機而已矣。獨不見夫雷乎，虛空洞杏，都無一物，忽有雲雨相值，則含兩電，兩則有正有負，正負則有異有同，異則相攻，同則相取，而奔崩轟殉發焉。」這裡，譚嗣同通過雷是由正負相反的兩種電相接觸而發生，闡發了「異同攻取」的觀點，接觸到了矛盾對立而鬥爭、統一的問題。他還認為，萬物的產生也是由於「振微明玄，三伍錯綜，而有有矣。有有之生也，其惟異同攻取乎」！
這就是說，「異同攻取」，對立面的統一和鬥爭是萬物產生的原因。譚嗣同受到西方自然科學關於物質不滅理論的影響，還在一定程度上看到事物的生滅存亡都是相對的、互相聯繫的。他說：「比如陶埴，失手而碎之，其為器也毀矣；然陶埴，土所為也，方其為陶埴也，在陶埴曰成，在土則毀；及其碎也，還歸乎土，在陶埴曰毀，在土又以成。」他稱這種情況為「對待」，說：「有此則有彼，無獨而有偶焉，不待問而知之，辨對待之說也。」看到事物的發生和運動起於「異同攻取」。看到事物之間的互相聯繫和「無獨而有偶」，這些都是譚嗣同思想中的合理的辯證法因素。
然而，他並不認為事物內部矛盾對立和統一是運動變化的根本原因，不承認對立面的鬥爭是絕對的。相反，他認為應當調和矛盾，以至取消一切對立、差別，把沒有矛盾對立的狀態看成是事物最高的境界。因此，譚嗣同在他的「仁學」體系中提出了「破對待」，即取消矛盾對立的觀點。譚嗣同並沒有由此走向辯證法，他雖然在一定程度上看到了事物內部存在著「異」、「同」的矛盾對立和統一，而且認為這種矛盾對立和統一會引起事物的運動變化。
除了用佛教主觀唯心主義理論來「破對待」外，譚嗣同還無限誇大事物的相對性，以致根本否認事物在一定時間和空間上的質的規定性，從而否定了客觀事物的差別和對立。在他看來，事物的變易歸根到底是剎那生滅的過程，事物都是隨生隨滅，沒有相對的穩定性。例如，就時間的變化說，他說：「日析為時，時析為刻，刻析為分，分析為秒忽，秒忽隨生而隨滅，確指某秒某忽為今日，某秒某忽為今日之秒忽，不能也。」
他在《仁學》中宣稱：「仁以通為第一義。」什麼是「通」的表現呢？他說：「通之象為平等。」如何才能達到「平等」呢？他又說「無對待，然後平等」，「無無然後平等」。這是說，只有消除一切「對待」，即矛盾對立，才能達到「平等」。這也就是他說的「仁一而已，凡對待之詞，皆當破之」。
譚嗣同提出「破對待」，要求實現平等，是針對封建等級制的不平等而發的，這在當時政治鬥爭中有它的進步意義，但在理論上則是完全錯誤的。上面曾經講道，譚嗣同看到事物性質的相對性和一切事物都是相互對待而存在的，但是，他從這裡卻導致了否定事物的質的規定性，否定事物的對立矛盾，陷入了主觀唯心主義和相對主義。
譚嗣同從否定事物的對立鬥爭，得出了事物只有循環、只有量變，而無質變的形而上學結論。例如，他認為，事物的差別歸根到底只是由於構成該物體的質點的數量不同而已，並沒有質的差別。他說「或增某原質，減某原質，則又成一某物之性」，但「就其本原言之，固然其無性」。又如，在他早期思想中是承認事物有成毀的，他曾說：「有成有毀，地與萬物共之……既成乎物而有形矣，無無毀者也。」
同樣，人和萬物都可分為無數之「質點」，而「每分之質點，又各有無數之分」，而「窮其數可由一而萬萬也」，所以不能確指某者是「我」，無法確定「我」的身體的存在。由此，他得出結論說：事物的變化，「旋生旋滅，即生即滅。生與滅相授之際，微之又微，至於無可微，密之又密，至於無可密。夫是以融化為一，而成乎不生不滅」。這是說，構成事物的要素，分秒都在生滅，生滅之間的差別也是微乎其微，因此，生和滅也可說沒有差別，生滅也可以說是「不生不滅」。
譚嗣同在這裡把事物的變動絕對化，而根本否定了事物的質的規定性。他就是用這種相對主義的辦法去「破對待」，取消事物的一切差別、矛盾。
但是，到了《仁學》中，他錯誤地運用了當時自然科學關於物質不滅的思想，把它與相對主義混同起來，從而認為事物「但有迴環，都無成毀」，「但有變易，復何存亡」。這正是一種形而上學的觀點。