方以智，字密之，生於1611年（明萬曆三十九年），死於1671年（清康熙十年），安徽桐城人。他酷愛自然科學知識，自幼塾中誦讀之餘，即好窮物理，曾謂「不肖以智，有窮理極物之僻」。明清之季，西學東漸，方以智一面秉承家教，以《易》學傳世；一面又廣泛接觸傳教士，學習西學。經過孜孜不倦的努力，他終於在哲學和科學兩方面都取得了很大成就，達到了相當的高度。
方以智學識淵博，《清史稿》本傳中說：「以智生有異秉，年十五群經子史略能背誦。博涉多通，自天文、輿地、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥、技勇之屬，皆能考其源流，析其旨趣。」這一評價並不過分，他在許多領域都有自己的獨到見解。他在崇禎時，曾任翰林院編修。李自成率領農民軍攻入北京，方以智逃至南方，又受到巨奸阮大鋮等的迫害，輾轉到達廣東。明桂王建立永歷政權，任方以智為經筵講官，又被太監王坤誣劾免職。永歷三年，超拜禮部尚書、東閣大學士，固辭不就。永歷四年（1650年），清兵攻破桂林、廣州，方以智削髮為僧，表示決不降服清朝。出家後，改名弘智，別號愚者大師。
他早年著作有《通雅》、《物理小識》，晚年著作有《藥地炮莊》、《東西均》、《易餘》、《性故》、《一貫問答》等。此外有《浮山前後集》、《博依集》等。（《易餘》、《性故》、《一貫問答》等現僅有抄本。）
一、哲學與科學的關係
方以智論學術，區別了「通幾」和「質測」。所謂「通幾」指哲學，所謂「質測」指自然科學。他解釋「通幾」說：「通觀天地，天地一物也。推而至於不可知，轉以可知者攝之，以費知隱，重玄一實，是物物神神之深幾也。寂感之蘊，深究其所自來，是曰通幾。」
這所謂「幾」指細微的變化，亦即事物運動變化的內在源泉。「以費知隱，重玄一實」是說由現象認識本質，最深刻的本質也屬於客觀實際。「物物神神之深幾」即事物運動變化的最深刻的原因。「通幾」即是研究事物變化的深微根源的學問。
方以智論「通幾」和「質測」的關係道：「質測即藏通幾者也。有競掃質測而冒舉通幾，以顯其宥密之神者，其流遺物。」這是說，「質測」，即包含著「通幾」，那脫離質測的通幾，一定會陷於空虛。所以他又說：「學者勿欺而已，通神明之德，類萬物之情……或質測，或通幾，不相壞也。」這就是說，哲學與科學是相輔相成的，決非相互妨礙。方以智關於哲學與自然科學的關係的理解，可以說是非常深刻的。
方以智解釋「質測」說「物有共故，實考究之，大而元會，小而草木蠢蠕，類共性情，徵共好惡，推共常變，是曰質測」，「質」指實物（不是性質之質），「測」是考察。「質測」即對於實際事物進行精細的考察以發現事物運動變化的固有規律。
明代後期，西方天主教的傳教士開始到中國傳教，帶來了西方古代的以及哥白尼以前的自然科學。他們介紹西方科學的目的在於宣傳耶穌教的宗教教義。方以智研究了當時傳教士所輸入的自然科學，但堅決反對傳教士所宣揚的宗教思想。他說：「萬曆年間，遠西學入，詳於質測，而拙於言通幾。然智士推之，彼之質測，猶未備也。」又說：「太西質測頗精，通幾未舉。」
從西方傳入的自然科學有一定的長處，但連帶傳來的宗教思想是拙劣的，沒有價值的。方以智對於西方的文化知識採取分析的態度。當時有一些人接受了西方傳入的自然科學，同時也接受了耶穌教；另一些人反對耶穌教，也拒絕西方的自然科學。與這兩類人相比，方以智的態度是正確的。方以智批評耶穌教所謂上帝說：「所謂大造之主，則於穆不已之天乎，彼詳於質測，而不善言通幾，往往意以語閡。」
在「通幾」與「質測」之外，還有所謂「宰理」，即關於社會政治的學問。方以智說：「考測天地之家，律歷聲音醫藥之說，皆質之通者也，皆物理也。專言治教，則宰理也。專言通幾，則所以為物之至理也。」又說「儒者守宰理而已。聖人通神明，類萬物，藏之於《易》……學者幾能研極之乎」，「質測」是研究「物理」的，「宰理」是研究「治教」的，「通幾」則研究「所以為物之至理」即根本原理的。
方以智很強調總結前人經驗智慧的必要性。他說：「古今以智相積，而我生其後，考古所以決今，然不可泥古也。……生今之世，承諸聖之表章，經群英之辯難，我得以坐集千古之智，折中其間，豈不幸乎。」人類認識發展的過程是一個長期的積累的過程，後人應該總結前人所已經取得的智慧。方以智「大成貴集」的墨想是有深刻意義的。
他認為，所謂造物主，只能是「於穆不已之天」，即自然界的變化過程的總體。這是明確地從唯物主義觀點反對宗教的造物主觀念。方以智用中國固有的唯物主義思想反對當時西方傳教士所傳佈的宗教神學，這確實有重要的歷史意義。
二、唯物主義的自然觀
方以智的早年著作《物理小識》是一部科學知識資料類編，選錄了從古以來至明代後期關於自然科學的研究成果和傳說，書中也包含關於哲學問題的議論。
他認為，火是一切運動的根源。方以智雖然重視火的作用，但他認為火也是屬於氣的，所以他的哲學還是氣一元論，不能說是火的一元論。
方以智氣一元論的特色是他提出「氣形光聲為四幾」的嶄新學說。他說：「氣凝為形；發為光聲，猶有未凝形之空氣與之摩蕩噓吸，故形之用止於其分，而光聲之用常溢於其餘。氣無空隙，互相轉應也。」又說：「氣凝為形，蘊發為光，竅激為聲，皆氣也，而未凝未發之氣尚多，故概舉氣形光聲為四幾焉。」「四幾」是指四種變化狀態。形是氣所凝聚而成的，光聲是氣所發出的，都是氣的表現狀態。總而言之，都是氣；分而言之，是四種狀態。光聲都是物理現象，都是自然科學研究的對象。方以智把氣形光聲稱為「四幾」，即認為這是四種最基本的物理現象。
《物理小識》中所宣揚的哲學觀點基本上是唯物主義的氣一元論。《物理小識》說：「世惟執形以為見，而氣則微矣。然冬呵出口，其氣如煙；人立日中，頭上蒸畝，影騰在地。考鍾伐鼓，窗欞之紙皆動，則氣之為質，固可見也，充一切虛，貫一切實，更何疑焉？」氣較形為細微，但也是人的感官所能感觸到的，確然無疑是客觀實在。虛空中充滿了氣，具體的物都是氣所構成。
他又說：「一切物皆氣所為也，空皆氣所實也。」「虛固是氣，實形亦氣所凝成者。」無論虛實，都是氣。又說：「氣行於天曰五運，產於地曰五材，七曜列星，其精在天，其散在地，故為山為川，為鱗羽毛介草木之物。」星辰山河以及動植物都是氣所變成的。
方以智討論了關於五行的問題，認為基本只有水火二行。他說：「問中國言五行，太西言四行，將何決耶？愚者曰：豈惟異域，邵子嘗言水火土石而略金木矣。……《易》曰：一陰一陽之謂道，非用二乎？謂是水火二行可也，謂是虛氣實形二者可也。……直是一氣而兩行交濟耳。」五行統於二行，二行只是一氣。在水火二行中，火又是最主要的。他說「凡運動，皆火之為也」，「天恆動，人生亦恆動，皆火之為也」。「天道以陽氣為主，人身亦以陽氣為主。陽統陰陽，火運水火也。」
方以智強調理在氣中，他說：「聖人合虛實神形而表其氣中之理。……彼離氣執理，與掃物尊心，皆病也。理以心知，知與理來，因物則而後交格以顯。豈能離氣之質耶？」
他肯定了虛實神形都是氣的變化，肯定了理在氣中，而對程朱客觀唯心主義的「離氣執理」和陸王主觀唯心主義的「掃物尊心」，都進行了批判。他又說：「本末源流，知則善於統御，捨物則理亦無所得矣，又何格哉？」這也是說，理是物之理，離開物是找不到什麼理的。
方以智也講「理」和「神」。所謂理指事物運動變化的規律，所謂神指事物變化的內在動力。他說：「一切物皆氣所為也，空皆氣所實也。物有則，空亦有則，以費知隱，絲毫不爽，其則也，理之可征者也。而神在其中矣。」又說：「神不可測，而當前物則，天度同符……此則有所以為物、所以為心，所以為天者，豈徒委之氣質而已乎？」
理即是物則，也就是物、心、天的所以然，即一切事物的根本規律。理是絲毫不爽的，神是不測的，而不測之神即在不爽的理之中。這所講的神與理的關係，含混不明，總之是認為神與理是相互密切聯繫的。
方以智反對「捨物以言理」，也反對離器而言道。他說：「為物不二之至理，隱不可見，質皆氣也；征其端幾，不離象數。彼掃器之道，離費窮隱者，偏權也。」理在物中，道在器中，隱在費中。假如把道說成為超離器物以外的，那就偏謬了。他肯定了道器的統一關係：「性命之理必以象數為征。未形則無可言，一形則上道下器，分而合者也。」道器雖有區別，然而是不相離的。在理氣、道器關係的問題上，方以智在《物理小識》中堅持了唯物主義的觀點。
方以智在《物理小識》中也談到心與物的關係。他認為，心也是一物，而能認識天地萬物。他說：「盈天地間皆物也。……器固物也，心一物也。」又說：「天地一物也，心一物也，惟心能通天地萬物，知其原，即盡其性矣。」
一方面，心也屬於物；另一方面，萬物都是心的認識對象，心與物可以說有統一的關係。但方以智卻由此得出了心物不二的錯誤結論。他說：「即性命生死鬼神，只一大物理也。捨心無物，捨物無心，其冒耳。」又說：「日月星辰，天懸象數如此；官肢經絡，天之表人身也如此。……無非物也，無非心也，猶二之乎？」
沒有客觀的物質世界，也就沒有人的認識，「捨物無心」是正確的。客觀事物是心的認識對象，但對象並不依靠認識而存在。「捨心無物」是不正確的。方以智講「捨心無物」，這就陷入於唯心主義了。方以智的《物理小識》中的唯物主義思想是不徹底的。
方以智講神，有時把變化動力的神與人的精神作用的神混為一談。他說：「天以氣為質，以神為神。地以質為質，以氣為神。人兼萬物而為萬物之靈者神也。」
天地之神指變化的內在動力，人的神指精神作用，方以智把兩者混淆起來了。此外，關於鬼神是否存在的問題，方以智採用了依違兩可的態度，他說：「孔子言知幽明之故，鬼神之情狀，而岐伯曰道無鬼神，獨往獨來，蓋謂無入不自得，謂之不落禍福，鬼神無如我何，非曰無鬼神也。」
又說：「有以信致專者，即有以疑致畏者，即有以不信致勇者。……故曰有體物之鬼神，即有成能之鬼神，即有作怪之鬼神。權在自己，正己畢矣，彼如我何，聖人知之，故能轉物。」可見，他不否認鬼神的存在，又企圖對於鬼神的傳聞作出一定的解釋，而結論是不要怕鬼神。
在《物理小識》中，方以智還談到空間與時間的問題，提出了「宙輪於宇」的光輝命題。他說：「以推移之中消貪心，以規矩之宇辨物則，而一萬俱畢矣。去者已去，來者未來，今又逝也，貪執何為……灼然宙輪於宇，則宇中有宙，宙中有宇，春夏秋冬之旋輪，即列於五方之旁羅盤，而析幾類應，孰能逃哉？」
宙即古往今來的時間，宇即上下四方及中央的空間。宙輪於宇，即時間在空間中旋轉流逝。未來轉為現今，現今轉為過去。空間中的萬物都隨時間的輪轉而流逝。宙即在宇中，宇即在宙中，空間與時間不是彼此獨立的。方以智「宙輪於宇」的命題含有精闢的觀點，但只是思想的火花，沒有詳細的發揮。