封建禮教還強調夫權和重男輕女的思想，以為男子才智高於女子，男子可以娶妾，女子不准再嫁。李贄特別批判了男女不平等的偏見，同情寡婦再嫁。他肯定男女在才智上是平等的。他說：「謂人有男女則可，謂見有男女豈可乎？謂見有長短則可，謂男子之見盡長，女人之見盡短，又豈可乎？」
李贄對於「市民」、商人是抱有一定的同情的，他曾說：「且商賈亦何可鄙之有，挾數萬之資，經風濤之險，受辱於關吏，忍詬於市易，辛勤萬狀，所得者末。」因而使他對於封建的正統思想有所不滿。他積極主張「道不虛談」、「學務實效」，因而對戰國時期提倡變法圖強的歷史人物，明確加以讚揚，認為這些人「個個有葉定之學術，個個有必至之事功」，他說，李悝變法「行之魏國，國以富強」，吳起變法「用之魏則魏強，用之楚而楚伯」，韓非的著作則「益人意智」等。
李贄有一些譏諷封建官僚的言論，曾把官吏比作盜賊，比作老虎。但他對於歷史上的農民起義卻抱有反感，罵赤眉黃巢為盜賊，斥黃巾張魯等為妖賊，他甚至在《忠義水滸傳序》中，說「獨宋公明者，身居水滸之中，心在朝廷之上，一意招安，專圖報國」是「忠義之烈」，更明顯地暴露他妄圖用「招安」的辦法來瓦解農民起義的地主階級立場。
一般認為男子的見解高明，女子的見解低下，這是不對的，女子也可能有高明的見解。對於這種女子「恐當界男子視之，昏當羞愧流汗不敢出聲」了。李贄更讚美卓文君自己做主和司馬相如結婚的行為，他認為卓文君不向父母請示，自己決定再嫁，是很對的，如果向父母請示，一定不能通過，「斗筲小人，何足訓事！徒失嘉偶，空負良緣，不如早自抉擇，忍小恥而就大計」。這是對程頤等人「餓死事小，失節事大」的封建禮教說教的直接批判。主張婚姻自主，在當時是大膽的新思想。
李贄還深刻揭露了維護封建禮教的那些假道學的虛偽。當時，有一個陸王學派的道學家耿定向，以衛道者自居，反對李贄。李贄揭露耿定向的言行說：「試觀公之行事，殊無甚異於人者，人盡如此，我亦如此，公亦如此，自朝至暮，自有知識以至今日，均之耕田而求食，買地而求種，架屋而求安，讀書而求科第，居官而求尊顯，博求風水以求福蔭子孫，種種日用，皆為自己身家計慮，無一厘為人謀者。及寧開口談學，便說爾為自己，我為他人；爾為自利，我欲利他。……以此而觀所講者未必公之所行，所行者又公之所不講，其與言顧行，行顧言何異乎？」
耿定向實際上也只是求食求安，讀書做官，專門為自己打算；口頭上卻說為別人，言不顧行，行不顧言，盡說假話。李贄認為，這些偽君子們「反不如市井小夫，身履是事，口便說是事，做生意者但說生意，力田作者但說力田，鑿鑿有味，真有德之言，令人聽之忘厭倦矣」。
那些道學家偽君子不如「市井小夫」、「力田作者」的樸實。李贄還尖銳地指出：那些道學家們「口談道德而心存高官，志在巨富；既已得高官巨富矣，仍講道德說仁義自若也」。無情地揭露了當時道學家的虛偽與欺騙。
他宣揚這樣一種利己主義人性論，把地主、商人的貪慾和權勢欲以及私有制下農民手工業者所具有的私有心理都看做人類的本性。這種思想顯然是錯誤的；不過當時卻在一定程度上反映了市民階層的意識。
從他的基本態度和思想內容來看，可以說他還是屬於中小地主階層，同時他的思想在一定程度上反映了市民階層的觀點。
李贄甚至公開宣稱「自私」是人的天性，他說：「夫私者，人之心也，人必有私，而後其心乃見；若無私則無心矣。」這就是說，人的主觀意識的內容，就是自私自利。他又舉例說明：「如服田者利有秋之獲，而後治田必力；居家者利積倉之獲，而後治家必力；為學者利進取之獲，而後舉業之治也必力。」經營田地的人企圖佔有秋天的收穫，然後才努力管理田地；住家的人企圖佔有倉房積蓄，然後才努力管家；讀書的人企圖佔有陞官進職的便利，然後才努力鑽研書本準備考試。他認為這是自然的道理，必然的趨勢，不是可以說空話來反對的。他這樣認為人的一切活動都出於自私自利的動機。他又說「雖聖人不能無勢利之心」，「勢利之心亦吾人稟賦之自然」。
四、真理相對性的問題
李贄早年曾經有自發的反宗教傾向，他曾經自述說：「余自幼倔強難化，不信學，不信道，不信仙釋，故見道人則惡，見僧則惡。」可以說他早年曾經由生活的體驗而傾向於自發的唯物主義。但後來受王守仁與佛教禪宗的影響，接受了主觀唯心主義思想。
李贄的哲學思想基本傾向是主觀唯心主義的。在認識論方面，李贄的學說基本上也是唯心的。他承認「生知」，認為人人都是生知的。他說：「天下無一人不生知，無一物不生知，亦無一刻不生知者，但自不知耳。」這所謂生知的意義很不明確，但他顯然是講生知，是一種唯心主義的先驗論。
他不承認物質世界的獨立存在，他接受了佛家的唯心主義，講所謂「真空」，認為所謂「人倫物理」（社會生活與自然現象），都是「真空」的表現。他說，如果認為人倫物理即是人倫物理，即認為社會生活與物理現象都是自己存在的，就不對了，人倫物理只是「真空」的顯現。所謂「真空」，也就是佛教唯心主義所虛構出來的最高精神性的本體。
李贄在認識論上提出了真理相對性的問題，否認以孔子思想為絕對真理的傳統觀點，這在當時有巨大的進步意義。他指出，所謂是非，即正確與錯誤，是相對的，是隨時代的變遷而改變的。但他不能理解相對真理與絕對真理的聯繫，不承認真理有一個客觀的標準，於是陷入於相對主義的錯誤之中。
關於真理問題，李贄批判了一個錯誤（以孔子學說為絕對真理），卻又走到另一個錯誤（相對主義），由於他的出發點是唯心主義，所以才產生這樣的結果。
李贄曾經提出對於程朱學派客觀唯心主義的反駁，他認為，世界最初只是陰陽二氣，並沒有在陰陽二氣之上的理。他說：「有天地然後有萬物，然則天下萬物皆生於兩，不生於一，明矣。而又謂一能生二，理能生氣，太極能生兩儀，何歟？夫厥初生人，惟是陰陽二氣，男女二命，初無所謂一與理也，而何太極之有？以今觀之，所謂一者果何物，所謂理者果何在，所謂太極者果何所指也？」最初只是天地，只是陰陽二氣，只是對立，更沒有在天地之先的太極，在陰陽二氣之上的理，在兩之上的絕對的一。在這裡，他批判了客觀唯心主義的「理能生氣」的學說，具有樸素的唯物主義思想因素。
他又說過：「所格者何物，所致者何知？蓋格物則自無物，無物則自無知。」把格物致知歸結為無物無知，否認了客觀事物的存在，否認了知識的可能性，更是唯心主義的神秘主義了。
李贄也曾著重指出了所謂最高精神性本體與事物現象的相即不離的關係。他說：「著無山河大地，不成清淨本原矣，故謂山河大地即清淨本原可也。若無山河大地，則清淨本原為頑空無用之物，為斷滅空不能生化之物，非萬物之母矣，可值半文錢乎？」
他反對以孔子的是非為是非，這在當時是大膽的、進步的，表現了反傳統反教條的精神。但他只談到是非的隨時變化，沒有談是非的客觀標準。他更提出「是非無定」的觀點，他說：「人之是非初無定質，人之是非人也亦無定論。無定質則此是彼非並育而不相害；無定論，則是此非彼亦並行而不相悖矣。然則今日之是非，謂予李卓吾一人之是非，可也；謂為千萬世大賢大人之公是非，亦可也；謂予顛倒千萬世之是非，而復非是予之所非是焉，亦可也；則予之是非信乎其可矣。」「無定質」指沒有固定的本質，「是」可以不是「是」，「非」可以不是「非」，「是」可以轉化為「非」，「非」可以轉化為「是」。這樣，是非無定，就可以並存了，這樣，就否定了是非的客觀標準，也就否定了客觀真理，這就陷入於不可知論和懷疑主義。真理完全成為主觀的、個人的。列寧指出：「把相對主義作為認識論的基礎，就必然使自己不是陷入絕對懷疑論、不可知論和詭辯，就是陷入主觀主義。」又說：「馬克思和恩格斯的唯物主義辯證法無疑地包含著相對主義，可是它並不歸結為相對主義，這就是說，它不是在否定客觀真理的意義上，而是在我們的知識向客觀真理接近的界限受歷史條件制約的意義上，承認我們一切知識的相對性。」
所謂「清淨本原」也即是「真空」，是精神性的本體。假如清淨本原不能顯現出山河大地，就成了毫無作用的「頑空」、「斷滅空」或「太虛空」，也就不成其為「本原」了。他雖然強調所謂本原不是「頑空」，不是「斷滅空」，但畢竟認為山河大地物質世界以所謂清淨本原為根據。他的唯心主義是和佛教禪宗一致的。他所說的真空本體也就是所謂「妙明真心」，所以李贄說：「吾之色身，泊外而山河，遍而大地，並所見之太虛空等，皆是吾妙明真心中一點物相耳。」
這種明顯的主觀唯心主義思想是與禪宗主觀唯心主義哲學一脈相承的。
李贄指出，孔子的是非不應該是唯一的是非，是非是隨時改變的，不應該把孔子所說的話看做絕對的定論。他說：「前三代吾無論矣；後三代，漢唐宋是也。中間千百餘年而獨無是非者，豈其人無是非哉？鹹以孔子之是非為是非，故未嘗有是非耳。然則予之是非人也又安能已，夫是非之爭也，如歲時然，晝夜更迭，不相一也。昨日是而今日非矣，今日非而後日又是矣。雖使孔夫子復生於今，又不知作如何非是也，而可遽以定本行罰賞哉！」
李贄對韓愈以來儒家所宣揚的「道統」論也提出了批判。他認為，道不離人，人不離道，「道之在人，猶水之在地也。人之求道，猶之掘地而求水也。然則水無不在地，人無不載道也審矣。而謂水有不流，道有不傳，可乎」？這裡以「水之在地」比喻「道之在人」是不恰當的，但他的主要意思是肯定「道之在人」，「人無不載道」，道不是脫離人類生活而存在的。這裡的所謂道指生活規範。
就「人無不載道」這一點說含有樸素唯物主義因素。韓愈以為，堯舜至孔子的道統傳到孟子，孟子死後就中絕了。李贄指出，這種講法是極其謬誤的。「彼謂軻之死不得其傳者，真大謬也。」
宋代程朱學派自以為他們直接繼承了孟子的道統，李贄加以反駁道：「自秦而漢而唐而後至於宋，中間歷晉以及五代，無慮千數百年，若謂地盡不泉，則人皆渴死久矣；若謂人盡不得道，則人道滅矣，何以能長世也？終遂泯沒不見，混沌無聞，直待有宋而始開闢而後可也。何宋室愈以不競，奄奄如垂絕之人，而反不如彼之失傳者哉？」
這是說，如果像朱熹所說，漢唐都是無道，何以漢唐都能長久維持統治呢，到宋代道統又得到傳人了，何以宋代國力衰弱，反而不如道統失傳的漢唐呢，李贄指出，宋儒所宣揚的道統說，是自高自大，自我標榜，「好自尊大標幟」，乃是對於千百年人們的「詬誣」，「誣罔」。
李贄對「六經真」《語》、《孟》的批判，對「道統」論的反駁，表現了反教條、反傳統、反封建權威的精神，他雖然有相對主義的錯誤，但在批判封建正統思想方面，起了一定的積極作用。
李贄指出，做人不必傚法孔子，如果一定要傚法孔子，那孔子以前的人就不成為人了。他說：「夫天生一人，自有一人之用，不待取給於孔子而後足也。若必待取足於孔子，則千古以前無孔子，終不得為人乎？」
他又說：孔子也沒有教別人學孔子，「孔子未嘗教人之學孔子，而學孔子者務捨己而必以孔子為學……真可笑矣」。每一人應有他自己的作用，不必依傍孔子。他認為孔子本人就是這樣教育人的，所以顏淵問仁，孔子回答是：「為仁由己。」因此在形式上李贄又並不反孔，並且認為孔夫子與李老子、釋迦佛同為三大聖人。
李贄肯定了知識的相對性，這是正確的。但他否認真理的客觀標準又陷入相對主義，這就錯誤了。李贄的相對主義觀點是和他的主觀唯心主義聯繫在一起的。