東晉南北朝時期，由於當權的地主統治階級有意識的提倡，佛教迅速地流傳和盛行起來。當時地主統治階級上層門閥世族，在政治上、生活上越來越腐化墮落。這些世世代代過著寄生生活的門閥世族，沒有任何本領，唯一的就是靠他們的門第、出身。因此，他們對佛教宣揚的靈魂不滅、三世輪迴、因果報應等宗教迷信思想十分感興趣。他們借此來論證他們剝削寄生生活和政治特權地位的合理性。南朝梁武帝蕭衍甚至宣佈「唯佛一道是為正道」，以佛教為國教。
一、佛教思想的傳入和盛行
佛教是外來的宗教。佛教在公元前6世紀—前5世紀產生於印度，相當於我國春秋時代，距今有兩千五百多年的歷史，是最早產生的世界宗教。相傳佛教的創始人是悉達多，族姓喬達摩，是北天竺迦毗羅衛國國王淨飯王的兒子。他大約生活於公元5世紀中葉，與孔子同時而略早。他一生的傳教活動在印度北部、中部、恆河流域一帶。釋迦牟尼是佛教徒對他的尊稱。「佛」是所謂「覺悟」的意思，指他覺悟了「絕對真理」。
佛教作為一種宗教，與其他一切宗教一樣，利用當時人們對自然和社會的客觀規律尚不能作出正確說明、還不能完全掌握自己的命運的情況，通過宗教虛構和詭辯，製造了一套相當精緻的宗教迷信說教和神學唯心主義體系。它以把現實生活看成是一切痛苦的根源為出發點，編造「三世輪迴」、「因果報應」、「神不滅」等謊言，虛構極樂淨土（天堂），地獄等宗教世界。它以「佛」為最高教主（上帝），以超脫輪迴、投身淨土（進入天國）為最高目標。
據中國文獻記載，佛教於公元1世紀時傳入中國，相傳公元67年（東漢明帝永平十年）開始有漢譯本佛經。佛教剛傳入中國時，東漢王朝統治者規定不允許漢民出家當和尚，少數寺院也只是為西域來華經商的商人設立的。當時一些人對佛教教義的瞭解也只是把它看成與中國黃老方術思想差不多的東西。他們認為老子講「無為」、「去欲」，佛教也講「息心去欲」、「清淨無為」，或者把佛看成與中國當時流傳的神仙差不多。例如認為「佛身長一丈六尺，黃金色，項中佩日月光，變化無方，無所不入」。直至三國時牟子《理惑論》中也還有類似的記載，佛「恍惚變化，分身散體，或存或亡，能小能大……蹈火不燒，履刃不傷，在污不染，在禍無殃，欲行則飛，坐則揚光」。這裡講佛能飛騰變化，刀火不傷、避免災殃等與中國所謂的神仙完全一樣。
魏晉南北朝時期占統治地位的意識形態是唯心主義玄學，佛教神學為了在社會上站住腳，擴大它的影響，也就必須依附於唯心主義玄學。所以，那時流傳的佛教神學理論大都是玄學化了的佛教神學，許多著名的佛教僧侶也都精通玄學，口談「三玄」，把佛教神學理論與玄學理論結合起來進行宣傳。當時，雖然也有一些佛教徒想按照佛教神學本來的理論進行宣傳，或建立獨立的中國式的佛教理論，但終究不能完全擺脫玄學的影響。這一時期翻譯的大量佛教經典，都帶有濃厚的玄學色彩。
這時傳入中國的佛教理論，主要是大乘佛教（後期佛教）以《般若經》為中心的空宗理論。大乘空宗的理論，宣揚一切皆空，不僅客觀物質世界是虛假而空的，而且我本身的存在也是虛假而空的。它立教的宗旨就是要完全破除人們對於主客觀世界是真實存在的任何念頭，認識世界原是虛假的、空的，從而達到超脫塵世而成佛的境界。大乘空宗這種理論與玄學唯心主義講的世界本原是「無」的理論相似。因此，它很容易與玄學結合起來，而為當時的統治階級所接受和傳播。
二、慧遠的禪學唯心主義
慧遠，生於334年（東晉成帝成和九年），死於416年（東晉安帝義熙十二年）。中國東晉時人，居廬山，與劉遺民等同修淨土，為淨土宗之始祖。他是東晉最博學的佛教學者道安的弟子。21歲時，偕同母弟慧持前往太行山聆聽道安法師講《般若經》，於是悟徹真諦，感歎地說：「儒道九流學說，皆如糠秕。」於是發心捨俗出家，隨從道安法師修行。據《高僧傳》中記載，慧遠「少為諸生，博綜六經，尤善《老》《莊》」，對儒、道經典有很深的研究，以後又隨道安出家研究佛教理論。
他離開道安後，長期住在廬山，聚徒講學和翻譯佛經達三十餘年。同時，慧遠雖然居住廬山，但廣交達官貴人，因此他的影響遍及大江南北，以至深入宮廷。他的主要著作有《沙門不敬王者論》、《明報應論》、《三報論》等，後來收集在僧佑編輯的《弘明集》中。當時佛教徒對大乘《般若經》中所講的「空」的意義有各種不同的理解。
道安對佛教講「空」的理解基本上與王弼的玄學唯心主義「本無末有」、「崇本息末」的「貴無」思想差不多。道安雖然講，萬物的形成和變化是「出於自然」，沒有一個「造物主」，這比簡單地認為世界是有一個人格神的造物主創造的宗教說教要巧妙多了。但他認為在有萬物之前世界是一個空無狀態，因此，得出結論說「無在元化之前，空為眾形之始」，這就根本否定了世界物質第一性的唯物主義觀點。雖然他表面上也否定無中生有的說法，但他認為「無」、「空」是萬物的根本，在萬物之「先」、「始」，而且要人們「崇本息末」，不要執著於物質世界，而要認識和恢復到世界本無的境界，其結論還是要把世界歸結為一種精神性的根源。
慧遠進一步發揮了道安的「本無」理論。他認為，萬物的生成、變化都根源於精神感情活動，如果不使感情發生，也就沒有萬物的發生、變化。
所以他說：「有靈則有情於化，無靈則無情於化。無情於化，化畢而生盡，生不由情故形朽而化滅。有情於化，感物而動，動必以情，故其生不絕。」而要使感情不發生，就必須認識萬物以至人的本性都是虛幻而不真實的，也就是說是「本無」的。他說：「無性之無，謂之法性。」為什麼「法性」是「無性」，而「無性」的「法性」又能生出萬物呢？慧遠搬來了佛教的「緣起」說。他說：「法性無性，因緣以之生。生緣無自相，雖有而常無。」這就是說，萬物的生成都是各種「因緣」（條件）的暫時湊合，沒有獨立的本性，所以雖說是「有」，而實際上是「無」。
慧遠的神學唯心主義是與現實矛盾密切聯繫的。他針對當時社會上反佛鬥爭中提出的問題，著重論證了兩個問題。一是論證佛教教義與中國封建政治制度和傳統思想之間的一致性；一是進一步論證佛教三世輪迴、因果報應等宗教說教的理論基礎——靈魂不死不滅論。
關於第一個問題，表面上是要解決佛教教義與中國傳統思想之間的矛盾，實際上則反映了當時僧侶地主階級與一般世俗地主之間的矛盾。
慧遠在《法性論》中簡明地敘述了佛教所謂的最高精神實體和達到佛教最高精神修養境界的關係。他說：「至極以不變為性，得性以體極為宗。」這是說，佛教所謂的最高的精神實體是以永恆不變為「性」的，而要達到宗教的最高精神修養境界就必須體認這個實體，也就是說要超脫一切現實生活和世俗的見解。這樣，佛教所謂的最高實體和超脫一切現實變化的最高精神修養境界，實際上是二而一的東西。佛教的最高實體也就是一種超脫現實世界的永恆不變的最高精神境界。
慧遠在另一段話中說得更具體了。他說：「反本求宗者，不以生累其神；超落塵封者，不以情累其生。不以情累其生，則生可滅；不以生累其神，則神可冥。冥神絕境，故謂之泥洹。」「涅槃」是佛教所宣傳的一種絕對安靜、無思無念的最高神秘精神狀態。只有體認了佛教所謂的最高實體的人，才能不以生命來拖累他的精神世界；只有根本超脫現實世界一切俗務的人，才能不以各種情感來拖累他的生命。這樣，就可以達到停止一切思慮和情感活動（「冥神絕境」），即「涅槃」的境界。
由於地主統治階級上層的信奉和提倡，佛教到東晉南北朝發展極盛，大小都市廟宇林立，出家僧侶數目劇增。據《南史》中記載，由於佛教僧侶可以免稅、免役，投身佛寺的人數極多，致使「天下戶口幾亡其半」。這樣，從事實際生產的人口減少，又要供給大批僧侶的吃、穿和揮霍，大大地加重了勞動人民的經濟負擔，廣大勞動人民和地主階級的矛盾加劇。同時，這時不少佛教寺院都有了獨立的經濟，形成了一個僧侶地主階層。他們大量佔有土地和勞力，並且享有種種政治和經濟的特權，與一般世俗地主也發生了矛盾。因此，當時產生不少激烈反對佛教的思想家。
最初，反對佛教理論的思想家，大都是從佛教是外來宗教，與中國傳統思想、道德觀念不合這點著眼的。其後，根據佛教教義，僧侶是出家人，是超脫了世俗的，對皇帝也不行跪拜禮，這也觸及了世俗最高統治者的絕對權威。因此，在東晉時也還展開了一場關於沙門（僧侶）應不應該敬王的爭論，這也從一個側面反映了世俗地主與僧侶地主之間的小矛盾。慧遠著手來解決這個矛盾。他在《答桓玄書》中說：「如令一夫全德，則道洽六親，澤流天下，雖不處王侯之位，固已協契皇極，大庇生民矣。」「是故內乖天屬之重，而不違其孝；外闕（缺）奉主之恭，而不失其敬。」這是說，如果一個人信了佛，他的道行業績就可遍及六親，以至整個天下，因此，他雖然沒有處於王侯的地位，從事實際政治統治，但他的作用已經是協助了帝王對人民進行治理。所以說，僧侶出家表面上看來背離父母子女的天生關係，實際上並沒有違背孝的道德規範，同樣，僧侶形式上不對帝王行跪拜禮，實際上也並沒有失去敬的原則。所以，慧遠認為，「釋迦之與堯孔，發致不殊，斷可知矣」。
佛教教義與中國傳統的思想和政治制度、道德規範並沒有矛盾，而且在根本上是一致的。本來佛教與中國傳統的統治思想之間並沒有根本利益上的矛盾，它們都是為鞏固封建統治制度服務的，只是在理論形式上和採用的方法上有某些不同而已。慧遠實際上是調和兩者的矛盾，而使兩者合而為一用。
關於第二個問題，涉及佛教宗教的根本理論問題。佛教用三世輪迴、因果報應等宗教虛構來為社會十分不平等的貧富貴賤現象的合理性作論證，宣揚一個人現世或者下世的貧富貴賤，都是他自身前世或現世為善作惡的結果。根據這種宗教的虛構，善惡行為的因果報應，前世、現世、來世的輪迴，必須有一個主體的承受者。人的肉體是要消滅的，佛教不承認如同中國道教所說的人可以長生不死、肉體成仙的虛構。這樣就只能由一個精神實體來承受輪迴、報應。當時反對佛教的唯物主義思想家，在理論上集中駁斥了佛教三世輪迴、因果報應的虛妄，同時也就涉及對承受輪迴、報應的精神實體存在的批判。
關於這樣一個虛構的精神實體的存在，在印度佛教中是不明確的。因為根據佛教一切皆空的理論，他們認為如果承認有一個獨立的、不滅的精神實體存在，同樣也會引起種種煩惱以至阻礙超脫輪迴、報應而成佛。用他們的話來講，這就叫「我執」，也必須破除。但沒有一個承擔者，輪迴、報應的虛構就將落空。因此，印度佛教各派千方百計地用各種曲折、隱晦、神秘的說法竭力迴避把輪迴、報應的承受者看成一個實體，而把它描繪為一種無實體的意識活動或行為作用等。實際上，不管他們如何講，總還是一個承受輪迴、報應的精神主體。
因此，佛教傳入中國後，一般人根據其三世輪迴、因果報應的理論，認為精神（靈魂）不死不滅似乎是佛教理論的當然前提。東漢人就認為，佛教理論「又以人死，精神不滅，隨復受形。生時所行善惡皆有報應」。三國時支謙譯「法句經」也講「神以形為廬，形壞神不亡」等。慧遠正是適應了中國一般人對佛教理論的認識，結合中國傳統的思想，進一步從理論上明確論證了「神不滅」論，奠定了佛教三世輪迴、因果報應的理論基石。
他說：「應有遲速，故報有先後。」有的是當世就受報，這叫「現報」；有的來世受報，這叫「生報」；有的「經二生、三生、百生、千生，然後乃受」，這叫「後報」。佛教這種輪迴、報應的說教也比中國傳統的只講現世受報，或父母作善惡而子孫受報應的說法要精緻得多，對人們的思想毒害也要深得多。這裡講的一世就是一個輪迴，只要你不去掉「無明」、「貪愛」等世俗的感情，你就永遠不能超脫「輪迴」，生生世世擺脫不了現實世界的種種苦惱。只有相信佛教的說教，把一切都看成「空」，才能不為「無明」、「貪愛」等錯誤感情所牽累，從而超脫輪迴，投身西方淨土極樂世界（天國），永證佛果，即成佛。