慧遠所謂的「無明」和「貪愛」，是說人們對現實生活中的差別、苦難看得太認真。這樣會造成人人「私其身」、「戀其生」，對現實社會的不合理要起來反抗，從而影響地主階級政權的鞏固。由此可見慧遠宣揚的佛教因果報應，叫人不要為「無明」、「貪愛」所牽累，就是要人們安於現實的階級壓迫，不計較當世所受的壓迫和苦難，不要「私其身」、「戀其生」而起來反抗，危害統治者的利益。
慧遠是虔誠的佛教徒，他對佛教三世輪迴、因果報應的宗教迷信說教深信不疑，他從佛教一切皆空的觀點，進一步論證了因果報應的迷信思想。他專門寫有《三報論》和《明報應論》等著作來說明因果報應的存在。一個人的遭遇結果，沒有一個外來的主宰者，而完全是自身情感活動招致的。慧遠的結論是「因情致報，乘感生應」。這種自作自受的因果報應，慧遠認為有快有慢，有先有後。
承認三世輪迴、因果報應的迷信說教，就必須要有一個主體的承受者。因此，必須奠定其理論基石——神不滅論。慧遠對於神不滅論的論證主要有以下論點。
慧遠認為，首先，「神也者，圓應無生，妙盡無名……感物而非物，故物化而不滅」。這是反對中國古代唯物主義思想家把精神也看做一種物質性的「精氣」，從而認為「精粗一氣」、「神形俱化」的理論的。其次，神既然是不滅的，那麼神是如何從一個形體轉到另一個形體中去的呢？慧遠認為，這就像火傳給薪一樣。他說：「火之傳於薪，猶神之傳於形；火之傳異薪，猶神之傳異形。」
他認為，神不是物質性的東西，「夫神者何邪？精極而為靈者也。精極則非卦象之所圖，故聖人以妙物而為言」。神是一種非常精靈的東西，是沒有任何具體形象的，所以不可能像具體的萬物那樣用形象來表示，連「聖人」也只能說它是一種十分微妙的東西。一般人「以常識生疑，多同自亂，其為誣也，亦已深矣」（同上）。這是說，把「精力」、「粗」都看成「一氣」的見解是自相混亂，荒謬已極。他認為，神的作用是無所不在，無處不有的。神與萬物相感應，變化無窮，而神自身則是「無生」、「無名」的。為了論證他的神是「物化而不滅」的理論，他還引述中國古代道家的唯心主義論據。他引文子說黃帝講「形有靡而神不化，以不化乘化，其變無窮」，莊子「死為反真」，「萬化未始有極」等論據，得出結論說：「不思神道有妙物之靈，而謂精粗同盡，不亦悲乎！」雖然身體是不斷變化的，但神是永遠不滅的。
把形神關係比作薪火關係，原是東漢唯物主義者桓譚最先使用的。桓譚用薪火之喻原是說明「燭無火亦不能獨行於虛空」的「形亡神滅」的唯物主義原則的。但是這種比喻本身是很不確切的，他不能完全表達精神祇是人的一種屬性，在理論上是有漏洞的。慧遠就是用火由這塊木柴傳到另一塊木柴，來論證神也可以由這個形體傳到另一個形體去的。
慧遠在這裡是搞了一個邏輯上的詭辯，因為他所講的木柴或形體都是指的某一塊具體的木柴或某一個具體的形體，而當他講到火由這塊木柴傳到另一塊木柴，或神由這個形體傳到另一個形體時，他就不講某一具體木柴的火或某一具體形體的神，而是講的一般的火或神。因此這樣的比喻在邏輯上是根本錯誤的。後來佛教徒正是利用了這個漏洞，用同樣的薪火之喻來論證神不滅。慧遠並不理會這種錯誤，因為這樣的荒謬邏輯是他神學唯心主義體系所需要的。他說，「睹火窮於一木，謂終期都盡耳。此曲從養生之談，非遠尋其類者也」。這是說，那種看到某一塊木柴燒完了火也滅了，因而就認為，木柴燒完，柴與火同時都滅盡的看法，只是一種對養生說的曲從，並沒有深究一下火與柴的根本關係。只有像他說的火可以傳異薪，某一薪可以有盡時，而火都永遠傳下去，才能證明精神可以不依靠任何一個具體的形體而獨立自存、永不消滅。
慧遠關於神不滅的論證在當時有很大影響，當時許多反對佛教的人也沒有能從理論上根本駁倒他。直至南北朝梁代的唯物主義者范縝才比較徹底地從理論上駁倒了神不滅的宗教唯心主義理論。
三、「不真空論」與「物不遷論」
僧肇，生於384年（東晉孝武帝太元九年），死於414年（東晉安帝義熙七年）。他是當時著名的佛經翻譯家鳩摩羅什的大弟子之一，是東晉南北朝時期重要的佛教神學理論家。他對當時在中國流傳的大乘空宗和魏晉玄學各派的唯心主義理論進行了研究，認為各派的唯心主義理論都不夠徹底，還不能充分和正確地表達佛教大乘空宗所謂「空」的唯心主義基本理論。
因此，他從更徹底的唯心主義立場，對佛教和玄學各派理論進行批判性的總結，建立起自己的哲學體系。他的主要著作有《不真空論》、《物不遷論》、《般若無知論》等，收集在《肇論》一書中。《物不遷論》中所論述的是世界有無變化、生滅、運動的問題。《不真空論》中闡述的對象是「有」、「無」即「色」、「空」問題。
僧肇的唯心主義哲學體系，從「本」、「末」，「有」、「無」，「名」、「實」，主體、客體等都沒有獨立的本性，即沒有質的規定性，論證世界原來是「空」的；從事物、現象之間絕無連續性，論證「空」的世界是永恆不變的；從必須去掉一切世俗的認識，即「惑智」，才能達到佛教所謂的「真智」，論證對「空」的認識只能用「無知」的「般若」。僧肇在這裡涉及了本體論、方法論、認識論等哲學基本理論的各個方面。他的唯心主義形而上學理論對以後佛教唯心主義理論有很大影響。
[1]「不真空論」。僧肇研究了當時流傳的空宗各派對空宗根本理論「空」的各種不同說法。他說，有的只是簡單地從主觀方面排除萬物對心的干擾，但並沒有否認萬物的存在。這一派的優點是保持心神安靜，錯誤是沒有根本取消客觀物質世界的存在。有的就事論事，只從物質現象不能自己形成，證明它不是物質的，而沒有從根本上認識到物質現象本來就不是真實的。有的疏重於「無」，一發言就講「無」，認為「非有」就是沒有「有」，「非無」就是沒有「無」。所以，僧肇認為，以上各種說法，都不能正確地、圓滿地表達出「空」的含義。
僧肇認為，空宗理論所以講「空」，不過是告訴人們「非有非真有，非無非真無耳」。就是說，空宗關於「空」的理論，並沒有簡單地否認「有」和「無」的存在，而只是告訴人們這些「有」和「無」都不是真實的存在。所以他認為，不能從字面上來理解「空」的意義，一講「非有」就一定是沒有這個「有」，一講「非無」就一定是沒有這個「無」，而要從實質上來理解「空」的意義，即「有」和「無」都是不真實的存在，因此世界是「空」的。
僧肇這種理論的目的是企圖調和一下「本無未有」的理論與一般人認為物質現象是客觀實在的常識見解之間的矛盾。他認為「本無末有」的唯心主義理論，把「無」說得太絕對了，容易與一般人的常識對立起來，因而不利於佛教理論的宣傳和為人們所接受。他說，佛教真理（「真諦」）與世俗見解（「俗諦」）兩種說法雖然不同，其實它們的道理並沒有差別，並不是絕對對立的兩個東西。世俗的見解是從世界的現象方面看，因此認為萬物是有，佛教真理是從世界的本質方面看，因此認為萬物是非實有。僧肇反對在「有」之外或「有」之上還有一個「無」的本體的說法，他認為應當是「即萬物之自虛，不假虛而虛物也」，就是說，應該從萬物本身去認識它的虛假，而不應該另立一個虛無，然後再說萬物是虛假的。
在僧肇看來，承認現象的存在與認為世界的本質是「空」的兩者之間並沒有矛盾。因為客觀物質現象，雖然是假的，不是真實的存在，但不能就此簡單地認為這種假象也是不存在的。他說：「譬如幻化人，非無幻化人，幻化人非真人也。」彷彿一種幻覺產生的人像，並不是沒有幻化人這回事，而只是說幻化人不是真實的人罷了。因此，他認為正確地說，物既是「非有」又是「非無」。
僧肇一方面根據佛教「緣起」說（「緣」指各種條件，而主要是指主觀的願望、行為等條件）的唯心主義理論證明物的「非有非無」。他說，現象既從「因緣」而生，因此它沒有獨立的本性（「自性」），不是獨立、永恆的存在，不是真實的「有」；同時，它確實又由「緣」而起，因此，又不能簡單地說它是不存在，是絕對的虛空。
萬物果然有它所以不存在的一面，也有它所以不是不存在的一面。從它有所以不存在的一面說，雖然存在，卻不能認為是存在，從它有所以不是不存在一面說，雖然不存在，卻不能認為是不存在。因為，我們說的不能把那種不存在認為是不存在，那是因為這種不存在不是絕對的虛空；我們說的不能把那種存在認為是存在，那是因為這種存在是不真實的存在。所以，僧肇又說：「萬物果有其所以不有，有其所以不無。有其所以不有，故雖有而非有；有其所以不無，故雖無而非無。雖無而非無，無者不絕虛；雖有而非有，有者非真有。若有不即真，無不夷跡，然則有無稱異，其致一也。」因此，如果認識到存在不是真實的，不存在不是毫無形跡，那麼「有」和「無」雖然稱謂不同，而它們達到的結論是一樣的。
另一方面，僧肇又從哲學上常講的「名」、「實」關係來說明萬物的「不真」。他說：「夫以名求物，物無當名之實。以物求名，名無得物之功。物無當名之實，非物也；名無得物之功，非名也。是以名不當實，實不當名。名實無當，萬物安在？」這是說，從物的名稱去尋求物，物沒有與這名稱相當的實在。從物去探求名，名也沒有達到反映物的功用。物沒有與名稱相當的實在，可見它不是名所指的物；名沒有達到反映物的功用，可見它不是物的名。因此，名不和它的實相當，物也不和它的名相當。名與實既然互不相當，哪裡還有什麼所謂萬物呢？「故知萬物非真？假號久矣。」所以說，萬物本來就不是真實的，叫它做「物」，從來就只是一種假的稱號。
僧肇認為，佛經就是通過佛教真理觀闡明「非有」的道理，又通過世俗的見解闡明「非無」的道理，從而把這兩者結合、一致起來。聖人之所以能夠以不變應萬變，歷種種迷惑而永不迷惑，就是因為他「即萬物之自虛，不假虛而虛物也力，認識到萬物本來就是虛幻的，而不是憑借把萬物說成是虛幻的，然後才認為是虛幻的。僧肇這種「形象不即無，非真非實有」的「不真空論」，比起簡單地講「心空」、「本無」等佛教唯心主義要精緻得多了。因此，他的欺騙性也就更大。
[2]「物不遷論」。一般常識的見解，認為萬物都是變動不居的，可是佛教神學所要追求的卻是一個永恆不變的「極樂世界」。如何解決這兩者之間的矛盾，而使佛教理論得以自圓其說，改變人們一般常識的見解，這就是僧肇著《物不遷論》的理論意義。
違反佛教真理，會使人迷惑本性以至喪失本性；與世俗的見憩翠不合，又會使睇教理論沒有說服力。如何來調解這個矛盾呢？僧肇仍然運用調解「有」、「無」的「不真空論」的辦法。他說「動靜未始異而惑者不同」，因此，主張應該「即動而求靜」。他認為：「尋夫不動之作，豈釋動以求靜，必求靜於諸動。」就是說，佛教經典所謂的不變，並不是教人們離開了變化去尋求不變，而是要在變動中去認識不變。僧肇這種形而上學的理論，比起漢初董仲舒直截了當地宣佈「天不變道亦不變」的形而上學理論，又要精緻得多了。僧肇在《物不遷論》中認為，講變與不變的道理是很不容易講清楚的。一般通常的見解認為物是在變動著的，可是佛教理論認為世界是根本不動的。因此，造成了這樣的問題：「談真則逆俗，順俗則違真。違真則迷信而莫返，逆俗則言淡而無味。」宣揚佛教真理，就會與世俗的見解不合；照顧了世俗的見解卻又違反了佛教的真理。
僧肇是如何來「即動以求靜」的呢？他是通過對運動、變化的唯心主義歪曲解釋來論證世界是不變的。
首先，他認為一般人所謂事物的變化的根據是，過去的事物不會延續到現在，所以說事物是變動的，而不是不變的。其實這恰好說明事物是不變的，證明「物不相往來」。他說：「求向物於向，於向未嘗無；責向物於今，於今未嘗有。於今未嘗有，以明物不來；於向未嘗無，故知物不去。復而求今，今亦不往。是謂昔物自在昔，不從今以至昔；今物自在今，不從昔以至今。」