朝廷中反魏忠賢的勢力按捺不住了，最先發動了對魏忠賢集團的旁敲側擊，都察院右副都御史楊所修上書彈劾魏忠賢黨羽。兵部尚書崔呈秀、工部尚書李養德、太僕寺少卿陳殷、延綏巡撫朱童蒙等人的父母都在他們任職時去世。按例，他們應該辭職回鄉守孝，但朝廷都酌情將他們留任。楊所修認為這有悖於「以孝治天下」的原則，希望皇上批准他們辭官回家盡孝。順帶著，楊所修也批評吏部尚書周應秋在這件事情上沒有恪守職責。按例，官員遭到彈劾要主動停職待罪，於是崔呈秀、李養德等人都陸續請求辭官，周應秋也請求罷官。就在大家把目光都聚焦在朱由檢身上時，新皇帝下達諭旨對崔呈秀等人表示安慰與挽留，譴責楊所修輕妄亂動，詆毀大臣。
朱由檢按部就班，不動聲色的表現反而讓魏忠賢慌了起來。魏忠賢始終是依附於皇權的太監，如果皇帝真要懲治太監，太監的選擇餘地極小。除非是造反，否則就是坐以待斃。魏忠賢還不具有造反的能力，現在又失去了客氏的後宮支持，於是他就出了一個昏招。他決定投石問路，讓心腹太監王體乾提出辭呈。王體乾是秉筆太監，負責奏章的批紅答覆。朱由檢對王體乾好言慰留，還勉勵他繼續為朝廷服務。
魏忠賢的這一招將鬥爭的主動權讓給了朱由檢。崇禎皇帝從容不迫地見招拆招，沉著應對，而魏忠賢一黨只能消極防備了。太監集團的權力最終是要通過王朝的文武官員體現出來的，作為被局限在宮中的太監，如果沒有宮外官員的支持，他們最終還是掀起不多大的風浪。為了自身利益，官員們會在奸臣和皇帝之間選擇效忠的對象。當朝野上下看到宮廷鬥爭的主動權轉向的時候，官員們的政治態度也開始轉變。大家紛紛轉向效忠朱由檢，以至於魏忠賢黨羽內部也出現了瓦解，一部分官員開始倒戈。
最先攻擊魏忠賢的是太監集團的重要成員——御史楊維垣。楊維垣將兵部尚書崔呈秀當做替罪羊進行了大義滅親的表演，他連續兩次彈劾崔呈秀「貪淫橫肆」「立志卑污，居身穢濁」。他用詳細的資料證明了崔呈秀是一個臭名昭彰的貪官，人稱「懸秤賣官」，也就是說崔呈秀像小販一樣將兵部的官職叫賣出去。楊維垣第一次彈劾的時候，朱由檢不置可否。後來見彈劾證據確鑿，言辭激烈，朱由檢准許革去崔呈秀的兵部尚書一職，令他回鄉守制。
崔呈秀的去職標誌著魏忠賢集團開始瓦解，官員們紛紛見風使舵，爭先恐後地抨擊昔日的九千歲。10月22日，工部主事陸澄源直接彈劾魏忠賢，此後，彈劾魏忠賢的聲音此起彼伏，成了崇禎朝初期的重要政治風向。在接連不斷的彈劾面前，魏忠賢壓力越來越大，終於在1627年10月27日向皇帝提出了「引疾辭爵」的辭呈。意思是請求辭職養病，計劃以退為進。
朱由檢只簡單批復：「許太監魏忠賢引疾辭爵！」然後直接命他去白虎殿為天啟皇帝守靈。魏忠賢接受了這個任務，可能是希望給自己一點時間緩和壓力，東山再起。然而他忘了，太監離開了宮廷，也就離開了權力。魏忠賢剛走，針對他的攻擊就更加猛烈。樹倒猢猻散，魏忠賢黨羽土崩瓦解。朱由檢「順應民意」，隨即將魏忠賢貶向朱元璋老家鳳陽的祖陵司香。客氏則被送到後宮浣衣局洗衣服，後來自盡。緊接著，魏客兩家的家產又全部被查抄。
在發配路上的魏忠賢招搖慣了，一行經由良鄉、涿州、新城、任丘、河間、獻縣，沿途還帶著40輛車的財寶和一千餘人的隊伍。11月6日，抵達阜城縣南關，在南關的旅館中，魏忠賢接到了人生中最後一道聖旨。夜裡，隨從作鳥獸散，魏忠賢自盡於懸樑之下。
這一切距離朱由檢的上台還不滿百日，小皇帝取得了徹底的勝利。朱由檢乘勝追擊，下令磔魏忠賢屍體於河間府，追斬崔呈秀於薊州，將自殺了的客氏重新凌遲。魏忠賢的勢力盤根錯節，直到崇禎二年三月，針對魏忠賢的清算工作才正式告一段落。在明朝案捲上這一大案被稱為「閹案」，在偏居東南的南明時期，明朝的士人官員還在清算「閹案」。
三朱由檢的性格之謎
崇禎元年（1628年）七月，戶科給事中韓一良給朱由檢上了一道奏折，引起了朝廷的軒然大波。
韓一良在奏折中認為，將害民僅僅歸咎於知府和知縣等地方官的不廉潔是不公平的。因為朝廷給官員頒發的薪水很低，而做官時上下打點都需要錢，官員們為了個人生活和前途必然形成制度性的集體腐敗。如果奏折的議論僅限於此，那麼韓一良的觀點可算是當時朝廷的「理論創新」。問題的嚴重性在於，韓一良在奏折中舉了具體的例子，將上上下下都給得罪了。他說，州縣官員進京朝覲皇上，打點主管官員一次至少要花三四千兩銀子，這些錢最終都要從老百姓身上搜刮。韓一良又不無誇耀地說他本人兩個月以來拒收的贈金就超過500兩，他還說自己還算是不會交際的人，其他上躥下跳的官員的收入就更加可觀了。韓一良最後得出結論：要嚴懲少數罪大惡極的貪污受賄者，讓文武官員都知道貪污的後果，樹立廉潔愛民的意識。
我們不知道韓一良為什麼要上這樣的奏折。也許他真的不會交際。然而朱由檢對這份奏折卻非常贊同，非常重視，幾乎是愛不釋手。
幾天後，朝廷專門召開一次廷議，就韓一良的奏折進行討論。朱由檢讓韓一良當著朝廷文武大臣的面，朗讀了自己的奏折。之後，他又命令大臣們互相傳閱奏折。平地一聲雷，就在大臣們細細品味奏折的時候，朱由檢當場決定破格提拔韓一良，任命其為右僉都御史。
朝廷上一二品的大員們的政治涵養顯然比韓一良這樣的中級官員要深得多，他們見過的風浪、闖過的波濤也比朱由檢要多得多。主管幹部和組織工作的吏部尚書這時候出來發言了，他首先高度評價了韓一良的意見，認為非常有意義，接著就引申說韓一良奏折中指出的弊端需要立即處理，既然韓一良已經指出來了，就請皇上命令他挑出官員們貪污腐敗的案例來，以便朝廷處理。
朱由檢一想，也對。韓一良既然指出了朝廷中貪污受賄的弊端，那他也一定能拿出具體的案例。所以，他當即命令新任的韓御史將朝廷中的蛀蟲抓出來。
韓一良一遇到實質性的措施，就退縮了。他不敢得罪朝廷大臣和地方官員，面對朱由檢的命令，只能支吾著說自己所言都只是風聞，並沒有針對任何確切的貪污腐敗案件。
朱由檢沉下臉來，不由分說命令韓一良在五日內奏明朝野的貪污腐敗官員。五天後，韓一良列舉了幾個魏忠賢的黨羽出來，說他們貪贓枉法。他希望拿已經失勢的魏忠賢餘黨說事，以痛打落水狗的方式不得罪在位的人。
韓一良的上奏大大低於朱由檢的期望，朱由檢責令韓一良當眾再次朗讀最初那份慷慨激昂的奏折。當韓一良讀到自己拒收賄賂500兩的時候，朱由檢厲聲打斷，追問500兩銀子到底是何人賄賂的？韓一良推說不記得了。朱由檢大怒，當即免去韓一良職務，關入監牢。
韓一良的失敗其實是朱由檢本人的失敗。他們兩個都不懂得政治的深淺，不懂明王朝政治操作的實際。韓一良的失敗斷送了個人仕途，而朱由檢的莽撞和不切實際的個性卻將明王朝送入了悲慘的深淵。
崇禎時期的明朝財政已經接近破產的邊緣，朱由檢為籌措白銀絞盡腦汁，宮中在萬曆年間儲藏了很多上等遼參，朱由檢下令在集市上出賣遼參，賣了數萬兩銀子補貼國庫。朱由檢開源的機會並不多，更多的是千方百計地節省朝廷開支。即位之初，朱由檢下令大幅度地裁撤驛站。明朝的驛站在傳遞信息、交通往來的同時也存在機構臃腫、效率不高、過往官員吃拿卡要等弊端。朱由檢認為裁撤可以杜絕腐敗，同時節約開支。裁撤驛站，據統計每年可以節約開支30萬兩白銀，但卻造成了大批驛卒失業，生活無著，於是他們大多參加了農民起義。後來打下北京的李自成就是崇禎初年被裁撤的驛卒之一。
當然，皇宮一年的開支就接近400萬，朱由檢不計後果的開源節流，結果收益只相當於皇宮一個月的開支。的確，從16歲登基開始，朱由檢生活儉樸，勤於政事，吃穿住行從不講究，聲色犬馬概不沾身，把所有的精力都投入到了國家治理中，有時通宵達旦地批閱奏章。據說朱由檢登基之初總覺得宮廷空氣中瀰漫著一種神奇的芳香，非常奇怪，最後他發現有個小太監坐在宮中的復獄內，手中持「迷魂香」，使室中瀰漫著一種奇異的幽香，以達到催情的效果。朱由檢馬上命人撤除這些小把戲，大發感慨地說：「皇考、皇兄皆為此誤矣！」他不像父兄那樣沉溺於宮闈艷事，而是一心治國圖強。朱由檢剷除魏忠賢勢力後撥亂反正，起用東林黨人，試圖解除內憂外患，挽救慢慢下沉的大明江山。但是具有個性缺陷的皇帝遇到了一個經不起折騰的王朝，歷史注定是一場悲劇。
正如前面所言，傳統貴族在成長過程中很容易產生自負、不切實際的皇子，再加上勵精圖治的心態，他們往往會給王朝政治產生消極影響。朱由檢就具備了傳統貴族的所有缺點和優點：自負、衝動、不切實際。獨特的成長背景又讓朱由檢擴大了這些優缺點，還有多疑、性急的個性。他僅憑改革祖宗朝政，扭轉政治頹勢的決心就對明朝內政外交進行了傷筋動骨的改革。當改革不如意的時候，朱由檢不是從王朝本身和自身出發總結經驗教訓，而是不斷強化自己的思想意圖，強力推翻障礙，推行改革發展。
朱由檢對改革抱有很大的希望，急躁地追求政績，而他的性急又往往起著消極作用。在外征伐的明軍將帥稍有敗績，非死即貶，朝廷棟樑之才多數是被朱由檢殺死的。在鎮壓李自成農民起義過程中，明軍主帥陳奇瑜被貶，熊文燦被斬，孫傳庭入獄。在遼東方面，洪承疇13萬大軍在朝廷一味催戰下陷入清軍重圍，全軍覆滅，明王朝山海關外軍事要地盡失。而這些人都各有能力、優勢和想法，只是不能與朱由檢的期望保持一致而已。漸漸地，朱由檢越來越懷疑外廷大臣，於是在清除魏忠賢的閹黨後又重用另一批宦官。他給予宦官行使監軍和提督京營的大權（掌握軍權的太監多數投降了李自成），大批宦官被派往地方重鎮，凌駕於地方督撫之上。朱由檢甚至將戶、工部尚書擱置一旁，派宦官總理戶、工二部政務。他的性急和多疑絲毫沒有減輕明朝的弊政，反而使矛盾更加激化。在找不到失敗的原因時，朱由檢就歸結為「天意」。他不斷反省，下罪己詔，減膳撤樂，結果都沒有奏效。
從袁崇煥一案可見朱由檢執政一斑。崇禎二年（1629年）十月，皇太極率10萬清兵繞境蒙古兵臨北京城下，北京戒嚴。袁崇煥聞訊帶兵兩日急行三百里，袁崇煥本應將來犯之敵阻擋在薊州至通州一線，在此展開決戰，以確保京城安全。但當他偵察得知敵兵已經越過薊州向西進發時，只是率兵跟躡，趕到河西務時，又不顧將領反對，率部前往北京，於次日晚抵達廣渠門外，大敗清軍。皇太極施反間計，捕捉兩名明宮太監，然後故意讓兩人以為聽見清將軍之間的耳語，謂袁崇煥與滿人有密約，皇太極再放其中一名太監回京。崇禎皇帝中計，以為袁崇煥謀反。半年後，袁崇煥以「通虜謀叛」、「擅主和議」、「專戮大帥」、「市米盜資」等十大罪狀的罪名磔死，開膛破肚，慘不忍睹。袁家兄弟妻子也被流放三千里。袁崇煥的死極大地打擊了軍心士氣，還引發了一系列前線將領投敵事件，致使前線態勢一發不可收拾。
套用現在的一句流行話，性格決定人生。朱由檢的性格不適合做一個挽救危局的君主，這就決定了他最後的悲慘命運。
四朱由檢的後宮
朱由檢的感情生活是幸福的，他擁有一位優秀的皇后周氏，這可能是他從政生涯最寶貴的財富。
周氏祖籍蘇州，後來徙居北京郊區大興。朱由檢受封信王，出宮就府的時候，朝廷為他挑選了一正兩副三位妃子。周氏就被立為正式的信王妃。當時主持為小叔子選妻子的嫂子張皇后在挑選之前覺得周氏瘦弱，可能不是陪伴朱由檢的有力角色。昭妃卻認定周氏：「今雖弱，後必長大。」朱由檢成為崇禎帝后，周氏被立為皇后。周皇后長大後，堅強賢惠，不失為歷史上的賢後。她吸取前朝經驗教訓，對後宮管理得有條不紊，使得朱由檢能夠集中精力處理災難深重的明朝祖宗基業。
一次，朱由檢在交泰殿與周皇后言語不合，盛怒之下把周皇后推倒在地，周皇后就以絕食抗議。朱由檢後悔了，覺得自己也做得不對，就派人給皇后送去貂袍，問及起居，委婉地表示道歉。像他這樣性格的人能夠主動道歉，周皇后的為人處事和在丈夫心中的地位可見一斑。