從此之後，每當日本人想要攻打朝鮮人的時候，總是要先把這位神功皇后的「功業」重新炫耀一番，以激勵那些繼承神功皇后「事業」的子孫們。此後，掠奪朝鮮人便成為了日本人的一項基本國策。到公元5世紀的時候，經常渡海侵掠朝鮮半島的日本人在朝鮮半島南部建立了一個「任那」殖民政權，並以此為基地，大肆搶掠朝鮮人的財富。公元530年左右，日本人終於從朝鮮人那裡獲得了其夢寐以求的先進技術——百濟國同意向其貢獻五經博士、易博士、歷博士、醫博士、藥劑師、樂工、僧侶等高級知識分子，對促進日本文化的進步，趕上當時世界最先進水平起到了至關重要的作用。
公元552年10月，百濟國又向日本大和國貢獻了一尊釋迦牟尼的鎦金佛像和若干經卷，從此佛教傳入日本。
儘管朝鮮人源源不斷地給日本人提供財富和技術，日本卻並不滿足，繼續增兵擴大對朝鮮的佔領，無奈技不如人，公元563年，日本人被新羅軍隊趕出了朝鮮半島。日本人長達半個多世紀的侵朝戰爭才算告一段落。公元571年，多次策劃攻打新羅的欽明天皇一病不起，臨終前仍然念念不忘攻佔朝鮮半島。
就地理位置而言，日本孤懸海外，要向大陸發展，唯有先占朝鮮。
16世紀末，在日本列島，中部尾張國織田信長被刺死，部下大將豐臣秀吉（1536-1598年）繼續其統一日本列島的事業。天正十八年（公元1590年），豐臣秀吉統一全國後，深知各大領主如德川家康等對他的服從是不堅定的。而且在全國領地的重新分配中，豐臣秀吉所得的直轄領地並不佔有絕對優勢，只要德川家康等一些大武士聯合起來，他將處於劣勢。
因此，豐臣秀吉希望打擊這些大領主的勢力。將大領主所積蓄起來的人力物力，引向能夠消耗其實力的戰爭中去。於是，豐臣秀吉物色了朝鮮，作為製造這樣一場戰爭的目標。
此外，豐臣秀吉還企圖以陸軍通過朝鮮，從而入侵明朝。
豐臣秀吉的這一企圖，早已有之，早在征討毛利的時候，豐臣秀吉就寫信給織田信長說「臣必圖朝鮮，窺視中華，此乃臣之宿志」。在征服高野寺以後，在給一柳末安的信中也說「日本國之事自不待言，尚欲號令唐國」。1589年，他致書朝鮮國王：「吾欲假道貴國，超越山海，直入大明，使其四百州盡化吾俗，以施王政於億萬斯年！」
1592年4月（明萬曆二十年），日軍的先遣部隊渡過對馬海峽，於4月13日在釜山登陸，戰爭正式開始。這一年是壬辰年，所以朝鮮稱此役為壬辰衛國戰爭，中國稱萬曆朝鮮之役，日本則叫文祿、慶長之役（日本在慶長二年發動了第二次戰爭）。
小西行長首先在釜山登陸成功後，加籐清正率後續部隊繼續登陸，慶尚道的朝鮮水軍則徹底被九鬼嘉隆所敗，右水使元均竟自焚船艦，根本無法配合陸軍阻止敵人登陸。結果小西行長輕而易舉地拿下了東萊城。然後整個先遣隊按照計劃分成三路：小西行長猛進密陽，直指忠州；加籐清正則攻打彥陽、蔚山，企圖在忠州同小西行長會師，進而直逼京城（漢城）。黑田長政則越過秋風嶺北上，以策應友軍。與此同時，日軍水軍則攻佔了慶尚、全羅、忠清等道的沿岸地區。
同陸軍的接連勝利相比，日本水軍卻是連連受挫，因為他們所面對的是全羅道的水軍節度使李舜臣。此人弓馬嫻熟，精通兵法，尤其善水戰。4月20日，他就調動全道的水軍趕往慶尚道去重新編組被擊潰了的慶尚水軍。5月7日，在玉埔海面突然襲擊了停泊在這裡的日軍50艘艦艇，共擊沉了26艘，其後在追擊到永登浦時又破壞了5艘。緊接著李舜臣第二天在赤珍浦偷襲了日軍的補給船隊，又擊沉13艘。結果使得秀吉「水陸並進」的企圖失敗，陸軍的補給開始出現危機。
而此時的日本陸軍在佔領京城後兵分兩路：小西行長過開城向平安道進發，加籐清正攻打鹹鏡道，直抵中朝交界的會寧，這時朝廷宣祖已經逃到了義州。結果釜山登陸不到兩個月，陸軍就已經控制了除平壤以北，全羅道沿海外的全部朝鮮半島。要不是水軍慘敗，補給缺乏，無法擴大戰線，恐怕朝鮮不等中國出兵就已經滅亡了。
此時的大明王朝儘管朝政腐敗，但餘威尚存。明神宗萬曆帝朱翊鈞遂決定援朝以鞏固遼東和京師。於是明朝於1592年6月2日命令遼東撫鎮發精兵兩萬援助朝鮮。6月15日先鋒戴朝棄、史儒率部渡過鴨綠江，6月16日進駐朝鮮李王所在的義州。6月21日副總兵祖承訓、游擊王守官帶大部隊也進入朝鮮。
為了及時補給陸軍給養，日方九鬼嘉隆又派出了三路艦隊侵朝，同李舜臣艦隊在閒山島前展開決戰。閒山島水深，利於朝軍，一開始朝軍就利用小規模攻勢誘使日軍進入包圍圈中，待日軍全部進入後，隱藏在閒山島北的朝軍主力立刻擺開了鶴翼陣，同時從正面和側面擊潰了日軍。擊破了59艘敵艦、數千日軍，史稱閒山島大捷。這是被寫入馬漢《海權論》裡的著名戰例。之後李舜臣又在安骨浦完全消滅敵殘餘部隊。
7月17日拂曉，中日兩國軍隊終於開始發生衝突。祖承訓認為日軍「蠻夷野人，安能與天朝大軍抗衡哉？」輕率地調動全部兵力進攻平壤。當時連續降雨，道路泥濘，以騎兵為主的明兵很難施展威力。當衝入好像是空城的平壤時，立刻遭到了小西行長部的伏擊。日軍的火槍隊發揮了極大的威力，戴朝棄、史儒當場身亡，其餘兵將更是死傷慘重。祖承訓一天之內退到大定江，然後撤回國內。平壤攻防戰使本來對明朝尚有一定戒心的豐臣秀吉不可一世，立即派島津義弘增兵朝鮮，企圖從陸地支援小西、加籐、黑田部。
出乎豐臣秀吉意料，大明朝10月17日任命李如松為防海御倭總兵官提督，大規模援助朝鮮。李如松43000大軍於1593年1月3日進駐肅川，第二次平壤攻防戰宣佈開始。
1月6日，明軍包圍平壤，次日總攻開始。小西行長佔有地利，退縮在練光亭的土窟中用火槍不斷射擊，而李如松則憑借數量優勢強攻，同時以火攻對抗。雙方均傷亡慘重，連李如松坐騎也中彈而死。最後明軍疲勞過度，被迫撤退。但小西行長同樣筋疲力盡，無力再戰。小西行長連夜率殘兵跨過冰封的大同江，向南逃去。李如松派兵從後面追殺，又殲滅600餘人。一共消滅了1646名日軍、生擒5名，明軍傷亡為796人。
2月19日，明軍進駐開城。加籐清正此時已經將其屠掠一空，焚城南逃。2月27日，李如松領兩千人在漢城附近的碧蹄館同日軍發生遭遇戰，幸虧大將楊元趕來救援，才退回開城。當時京城日軍有4萬多人，是日軍的精銳部隊，絕對數就比朝中聯軍要多。李如松決定先確保開城一線，一邊等國內新增援兵，一邊整頓朝中聯軍。明兵部尚書還主張和談，而另一方面豐臣秀吉得知己軍受挫，糧餉不足，疾病流行，也打算撤兵。雙方不謀而合，雖然朝鮮國王極力要求復仇，但明朝還是決定和談。
3月22日，明使沈唯敬前往龍山同宇喜多秀家談判，議定日軍4月19日退出京城，明軍隨即進駐。5月2日，侵朝的日軍大部分退到了釜山一帶。豐臣秀吉不甘心就此失敗，遂一方面在慶尚、全羅道修了18座城堡，一方面運用外交手腕，派小西如安前往北京遞交日本的和談條件，開始了長達四年的打打停停的「和談」時期。
鑒於日軍可能不會再有大的軍事活動，明軍大半在1593年8月回到國內，只留下一萬人駐守朝鮮。李舜臣被朝廷任命為三道水軍節度使，實際上就是海軍的總司令官，整飭軍隊，建造戰船。而秀吉也不斷地利用談判時間補充兵力，運送武器給養，以備再戰。
明、日的談判一直持續到了1596年9月，仍然處於僵局狀態。秀吉認為日軍已經有能力再戰了，但首先他要設法除掉李舜臣。1597年1月，小西行長用秀吉的計策，派人在漢城散佈謠言，陷害李舜臣，結果李舜臣被捕入獄，被押送到京城。
得知反間計成功後，秀吉立刻於2月21日再度調動14萬陸軍和數萬水軍侵朝。從動員到集結就緒共花費5個月時間，在7月準備完畢。明朝因日本毀約大為震怒，也調動了川、陝、浙、薊、遼的陸軍和福建、吳淞的水軍，再度援朝。
7月7日，九鬼嘉隆要一雪前恥，一舉重創元均為首的朝鮮水軍，又配合陸軍水陸夾擊漆川島的朝鮮水軍，朝軍幾乎全軍覆沒，日軍控制了制海權。8月1日，14000日軍三路進攻全羅道，正好趕上明軍進駐全羅、忠清。大將楊元率3000人守衛南原，但寡不敵眾，2700餘人戰死，楊元負傷。
8月19日，明軍除守衛稷山外全線退至漢城，日軍佔領了全羅道全部地區。李舜臣重新被任命為三道水軍節度使，但此時他手中只有12艘船和120名士兵而已。於是李舜臣整頓了殘餘部隊，在碧波亭水域悄悄準備恢復實力。
9月7日黑田長政10000人分攻稷城和舒川，被明將解生打敗。這時明將邢玠和麻貴統兵四萬和朝鮮權粟元帥會師，大舉南進。豐臣秀吉情知不妙，加上李舜臣又在鳴梁海峽以少勝多，大敗日水軍，所以日軍連忙戰略後撤，令加籐清正守蔚山、小西行長守順天、島津義弘守泅川，形成沿海要點的守備態勢。
聯軍經過偵察，決定先進攻只有兩萬人的蔚山。12月23日午夜，明軍三路直搗蔚山，李如松交戰後佯退，會同友軍消滅了500餘日軍。正在監督西生浦的加籐清正連忙返回蔚山，親自守城。明軍連續四天猛烈強攻，仍舊沒有攻下城池，其間加籐清正也難以支撐，就送信給明軍乞求講和，被拒絕。雙方僵持之時，西生浦13000多日軍趕來增援。1598年2月9日，明軍屢攻不下，被迫撤退。
蔚山戰役後，雙方都調整了戰略。秀吉眼見反攻無望，只得繼續確保防線，在朝鮮南部站穩之後再蠶食朝鮮。而明軍雖經蔚山慘敗，但主力未損，而且國內又派陳遴和鄧子龍的水軍前來助陣。所以明軍開始同時進攻三座要塞：蔚山、泅川、粟林。同時明水軍和李舜臣的聯合艦隊控制了南朝鮮海權，切斷了日軍的退路。這時候在朝日軍只有6萬人，而中朝聯軍則有11萬之眾，明顯佔有優勢。
8月18日，征戰一生的豐臣秀吉因為朝鮮戰爭的失利，在氣急敗壞中病死於伏見城中。臨死前遺命退兵。這對朝鮮的日軍無疑是雪上加霜。小西行長進退不能，再次提出和談，並再度遭拒，只能堅守城堡，等待援軍。
9月20日，中朝聯軍水陸並進，向小西行長駐守的順天進攻，同時明軍還襲擊了晉州。一直到10月2日，順天仍未被攻破，而襲擊晉州的明軍已經佔領晉州，以近3萬人的強大兵力攻打泅川。本來戰況順利，但不料明軍火藥庫突然爆炸，結果全軍大亂，又遭日軍追擊，傷亡高達800多人。
到了11月，日軍的承受能力已經達到極限，小西行長再次準備厚禮送至李舜臣營中，希望和談，還是遭到拒絕。絕望的小西行長向島津義弘求救，島津於是集結近500艘船，企圖衝破聯軍防線，打通回國的渠道。在露梁海面，與陳遴、李舜臣的水軍展開最後一次大規模水戰。戰鬥中李舜臣、鄧子龍先後戰死，但島津的艦隊也被殲滅了200多艘。
12月上旬，日軍全線後撤，幸虧日本國內派兵救援，方屈守一隅，聯軍因為李舜臣之死而變得遲鈍，日軍終於大部分勉強撤回了日本。日本的這輪單挑無功而返。
戰爭結束後，朝鮮在漢城建了「大報壇」以感謝明朝相救，之後明軍回國，朝鮮對明的感激之情甚至持續到了清初。
因為豐臣秀吉之死和朝鮮戰爭的慘敗，剛剛恢復秩序的日本又陷入了文吏派與武將派的紛爭。德川家康（秀吉的大將）的嫡系部隊因為沒參加戰爭而絲毫未損，兩年後關原之戰爆發……德川幕府誕生。