1517年10月31日，馬丁·路德以驚人的勇氣在維登堡教堂門上貼出了《關於贖罪券的九十五條論綱》，簡稱「九十五條論綱」，就贖罪券問題提出異議，要求進行爭辯。他在論綱裡說：教皇無權免罪，他只能宣示和確證上帝對罪愆的赦免；當錢落入錢箱叮噹一響，貪婪和愛財的慾念就會增加；基督教徒凡誠心懺悔者，不用免罪符也可以赦罪免罰。他還指出，符券販賣者們關於免罪之道所作的胡亂宣傳，會影響人們對教皇的尊敬，比如說，人們會問，既然教皇比當代最富有的人還富有，為什麼他不拿自己的錢財來修繕聖彼得大教堂，而要用貧苦的信徒們的錢財呢？路德提出論綱的時候，並沒有公開反對教皇，也沒有想到要發動大規模的改革運動，但實際上論綱否定了教皇和教會的權威。所以，論綱猶如「放出閃電」傳遍德意志，在德意志引起廣泛討論，激起了德意志民族反對羅馬教廷的風潮，接著在西歐引起強烈的反響，揭開了歐洲宗教改革的序幕。
1520年8月，他發表了《致德意志的基督教貴族書》，在信中痛斥羅馬教廷對德意志的專橫、掠奪，主張君權神授，呼籲世俗君主建立不受羅馬教廷控制的民族教會，企圖以民族的世俗權威取代凌駕於國家之上的神權。
隨著宗教改革的深入，閔采爾領導農民和平民掀起了新一輪宗教改革。閔采爾也主張信仰得救，但他認為信仰就是人的理性，號召用暴力手段實現社會變革，建立人人平等的「千年天國」。1524年∼1526年，德意志爆發了大規模的農民戰爭。戰爭遍及德意志的大部分地區，全國大約有三分之二的農民參加了鬥爭。在農民戰爭中，教會的寺院、教堂被搗毀，教會財產流失，教士的威信掃地，農民戰爭動搖了天主教會在德意志的統治地位。
馬丁·路德的宗教改革還為歐洲的其他國家和地區的宗教改革開闢了道路。發生在德國的這場改革很快波及了歐洲的其他國家和地區，加爾文教和英國國教先後創立，形成了基督教三大新教教派。
英西戰爭
西班牙是15、16世紀的海上霸主，到了16世紀下半葉，英國完成統一也開始推行殖民擴張政策，兩國間爆發了爭奪海上霸權的激烈戰爭。
西班牙擁有龐大的艦隊，英國起初不敢正面交鋒，於是採取海盜手段掠奪財富，打擊西班牙力量。這期間英國招募和支持的大量海盜在大洋上對西班牙商船甚至軍艦大肆劫掠，作戰得力還被封官晉爵，英國以高官厚祿招募大批富有實戰經驗的海盜為皇家海軍所用。英國的海盜活動使西班牙遭受了巨大損失。西班牙試圖報復，組織暗殺英國女王伊麗莎白，扶植前蘇格蘭女王瑪利亞上台，但陰謀被伊麗莎白識破，於1587年處死了瑪利亞，同年英國海盜公然襲擊了西班牙本土港口，搶劫了西班牙國王的私人財寶船，西班牙決心征討英國。在信奉天主教的瑪利亞被處死後，羅馬教皇頒布詔書，號召對英國進行聖戰。西班牙藉機擴編了艦隊，命名為「無敵艦隊」。
1588年5月，擁有130多艘戰艦，3萬多人，1124門火炮的「無敵艦隊」由沒有海戰經驗的西多尼亞公爵統帥出航。7月到達英吉利海峽，英國艦隊尾隨前進不斷以分隊騷擾，逐漸耗盡了西班牙軍艦的彈藥，英艦經過重新補給後於7月28日夜用火船偷襲了在敦刻爾克附近駐泊的「無敵艦隊」，西班牙艦隊大亂，英艦隊全速追擊，第二天上午9時雙方交火，英艦以縱隊靠近西班牙艦隊利用側舷炮密集射擊，「無敵艦隊」混亂不堪彈藥耗盡，無法組織有效的抵抗，被徹底擊潰，西班牙自此喪失了制海權。
之後，英國派出海軍和海盜配合繼續掃蕩西班牙海上力量，西班牙為彌補國庫空虛瘋狂掠奪美洲殖民地，但財富大部分在海上被劫掠，1702年，西班牙滿載價值2000多億英鎊財寶的「黃金艦隊」遭150多艘英荷聯合艦隊攔截，西班牙人焚燬了大部分船隻，其餘被聯合艦隊俘獲，所獲數百億英鎊。此後西班牙日漸衰落，英國獲得了海上霸主的地位，建立了龐大的殖民帝國。
尼德蘭革命
自16世紀以來，尼德蘭城鄉資本主義發展迅速。北方以荷蘭、澤蘭兩省的工商業最為發達，毛織業、麻織業、造船業極負盛名，航海業和漁業的水平相當高。阿姆斯特丹等城市出現大規模的、集中的手工工場。農村中的大部土地掌握在大富商手中，北方諸省在經濟上與西班牙聯繫很少。南方諸省的手工工場也有廣泛發展。在農村，資本主義農場的經營形式也出現了，安特衛普成為當時世界上最重要的商業中心之一，但南方諸省在經濟上與西班牙及其殖民地有密切聯繫。
經濟的發展引起階級關係的變化。北方的貴族階級逐漸與資產階級接近，變為新貴族。市民階級也在急劇分化。西班牙統治者查理一世和腓力二世及其控制的天主教會推行專制主義，任意破壞尼德蘭各省區和城市的特權，勒索大量捐稅；設立宗教裁判所，殘酷迫害新教徒。這一政策嚴重地束縛了尼德蘭資本主義的發展，加劇了階級矛盾和民族矛盾。
16世紀60年代初，加爾文教新教徒多次舉行反對天主教會的武裝暴動。1565年荷蘭省督威廉一世組織「貴族同盟」，次年4月向西班牙駐尼德蘭總督瑪格麗特呈遞請願書，提出停止宗教裁判所的活動等項要求。這說明新貴族和資產階級再也無法忍受西班牙的統治。尼德蘭革命形勢成熟。
1566年8月，尼德蘭爆發反對天主教會的聖像破壞運動。同年10月參加起義者達數萬人。後由於資產階級和貴族同盟的動搖、妥協，1657年春運動遭鎮壓。同年8月，西班牙國王腓力二世派阿爾法為尼德蘭總督。阿爾法設「調查騷亂委員會」，血腥鎮壓尼德蘭革命者，並推行新的稅制。尼德蘭人民在南方密林中，組成「森林乞丐」游擊隊；在北方沿海，組成「海上乞丐」游擊隊，英勇反抗西班牙的暴政。
1572年，北方各省舉行大起義，解放了荷蘭、澤蘭兩省的大部。同年8月威廉一世被推為北方各省執政。南方革命形勢也日趨高漲。1576年9月4日，布魯塞爾爆發起義，推翻了西班牙在尼德蘭的統治機構。1576年11月8日，南北各省代表締結《根特協定》，恢復南北統一，共同反對西班牙的統治。懾於革命的不斷深入，在西班牙增兵的情況下，西南幾省貴族於1579年1月23日結成阿拉斯同盟，宣佈承認腓力二世對尼德蘭的主權，天主教神聖不可侵犯。北方7省和南方部分城市為對抗西南幾省貴族的背叛，於同年1月6日結成烏得勒支同盟，規定建立統一的軍隊，採取統一的稅率、幣制和度量衡制，制定共同的軍事、外交政策。同盟促使北方7省完全擺脫西班牙的統治，為聯省共和國的成立奠定了基礎。
1581年，由北方各省代表組成的三級會議宣佈廢黜腓力二世，正式成立聯省共和國。由於荷蘭省在聯省中的經濟和政治地位最重要，因此亦稱荷蘭共和國，簡稱荷蘭。隨後，荷蘭在軍事和外交上取得反西班牙鬥爭的勝利。1609年1月9日，西班牙國王腓力三世被迫與荷蘭簽訂《十二年停戰協定》，在事實上承認了荷蘭的獨立。尼德蘭革命在北方獲得完全勝利。
尼德蘭革命以加爾文教為旗幟，以城市平民為鬥爭的主力，推翻了西班牙在尼德蘭的專制統治，在歐洲建立第一個資產階級共和國，為資本主義在尼德蘭北部的發展開闢了道路。
三十年戰爭
13世紀以後，哈布斯堡王朝統治下的神聖羅馬帝國皇權日益衰微，各邦諸侯割據稱雄。信奉新教（路德教、加爾文教）的諸侯和信奉舊教（天主教）的諸侯在宗教糾紛的掩飾下爭奪地盤和反對皇帝專權，並分別組成「新教聯盟」和「天主教聯盟」。哈布斯堡王朝極力限制新教活動，爭取舊教諸侯重振帝國皇權，並得到羅馬教皇、西班牙和波蘭貴族的支持。法國為稱霸歐洲，力圖使德意志保持分裂狀態，支持新教諸侯反抗皇權；丹麥、瑞典早已覬覦北海和波羅的海的德意志領土和港灣；荷蘭和英國則不願帝國勢力在北歐擴張，英國還企圖削弱西班牙的勢力。因此，這些國家都支持新教聯盟。
神聖羅馬帝國皇帝馬蒂亞斯企圖在捷克（波希米亞）恢復天主教，指定斐迪南二世為捷克國王。斐迪南二世下令禁止布拉格新教徒的宗教活動，拆毀其教堂，並宣佈參加新教集會者為暴民。1618年5月23日，武裝群眾衝進王宮，把皇帝的欽差從窗口拋入壕溝，史稱「擲出窗外事件」，它成為三十年戰爭的開端。
第二年，起義軍進攻奧地利，包圍了維也納，斐迪南驚恐萬分，急忙向天主教同盟求救。1620年，提利率領天主教聯盟軍隊2.4萬人攻入捷克，擊敗起義軍。1620年11月，曼斯菲爾德統帥的新教聯盟軍和提利天主教聯盟軍在布拉格決戰，新教盟軍很快被擊潰，起義者被血腥鎮壓。1620年底，西班牙軍和天主教聯盟軍攻入普法爾茨，1623年再度擊敗新教聯軍。
天主教聯盟的勝利威脅到了德意志新教諸侯，1625年丹麥在英、法、荷盟國的支持下和新教聯盟聯合向帝國皇帝發起進攻，很快攻入德國西北部，曼斯菲爾德率英軍佔領捷克西部。1624年皇帝起用華倫斯坦僱傭軍。4月華倫斯坦擊敗曼斯菲爾德，之後擊敗丹麥，控制了薩克森地區。丹麥被迫於次年5月同皇帝簽訂《呂貝克和約》退出德意志。
丹麥失敗後皇帝和天主教聯盟勢力擴張到波羅的海，引起瑞典的不滿，1630年瑞典國王古斯塔夫?阿道夫二世在法國支持下率軍在奧德河口登陸，在盟國支持下迅速攻佔了德國北部和中部的大片領土。1631年7月，瑞典軍和提利僱傭軍進行維爾本會戰，提利潰敗，同年9月17日，雙方集中主力進行布賴滕菲爾德會戰，瑞典和薩克森聯軍依靠古斯塔夫創造的全新戰術大敗提利，1632年4月古斯塔夫帥新教聯盟軍在萊茵河再次擊敗提利殘部，提利陣亡，瑞典軍進而驅逐西班牙軍佔領萊茵區。皇帝再次起用華倫斯坦，華倫斯坦學習了古斯塔夫戰術並切斷了瑞典軍後勤補給線，阻止了瑞典軍的攻勢，1632年11月兩軍在呂岑決戰，瑞典軍獲勝，但雙方均損失慘重，古斯塔夫二世陣亡，這使得瑞典軍停止了擴張。
1634年9月，天主教和西班牙聯軍在納德林根會戰中擊敗瑞典和新教聯軍，瑞典軍主力損失殆盡，失去了德意志中部的薩克森和勃蘭登堡領地。
1635年，法國直接出兵德意志、尼德蘭、意大利、西班牙。瑞典軍趁機再次侵入德意志中南部。1642年11月瑞典軍再次在布賴滕菲爾德擊敗皇帝軍，此時丹麥卻向瑞典宣戰，於1644年擊潰瑞典荷蘭聯合艦隊，不久瑞荷聯合艦隊殲滅了丹麥海軍，丹麥退出戰爭。1645年3月，瑞典軍在捷克重創皇帝軍，同年8月法軍又在納林根會戰中擊敗皇帝軍，皇帝丟失大部分德意志領土，1648年法瑞聯軍在處斯馬斯豪森會戰中徹底擊敗皇帝軍。同年10月神聖羅馬帝國和參戰各方簽訂《維斯特伐利亞和約》，三十年戰爭結束。
三十年戰爭是第一次對立集團間爆發的歐洲大戰，反哈布斯堡集團取得勝利，法國取得歐洲霸權，瑞典取得波羅的海霸權，荷蘭和瑞士徹底獨立；德意志遭到嚴重破壞，神聖羅馬帝國名存實亡，西班牙進一步衰落，葡萄牙獲得獨立。這場戰爭過後，新教取得了合法的地位，教皇的權勢一落千丈，從此對歐洲政治的影響微乎其微。