1640年，明清松錦之戰爆發，1642年洪承疇在松山被俘，祖大壽在錦州投降。松錦之戰標誌著明朝在遼東防禦體系的完全崩潰，在關外只剩下寧遠一座孤城。1644年，駐守山海關的明將吳三桂為了對抗李自成而降清。清攝政王多爾袞指揮八旗勁旅，日夜兼程入關，以吳三桂為前導，擊敗大順農民軍，進佔北京。
同年9月，清順治帝遷都北京，祭告天地祖宗，表示他已是全中國的君主。接著，清軍南下剿殺農民軍，北方的地主、官僚紛紛迎降，勾結清軍，鎮壓農民軍。與此同時，在南方，一些明朝遺臣擁立皇族建立了幾個小朝廷，史稱南明（弘光、隆武、紹武、永歷）。此外還有李自成的大順、張獻忠的大西政權。清朝於1645年滅大順、南明弘光；1646年滅大西、南明隆武、南明紹武；1662年滅南明永歷；1664年消滅大順殘餘勢力。清朝入關後歷經二十多年的戰爭，基本統一全國。1683年，清政府統一台灣後，在台灣本土內正式設立台灣府，隸屬於福建省管轄。
清軍在進軍江南的過程中，手段殘酷，特別是「留頭不留發，留發不留頭」的剃髮令，激起江南人民的強烈反抗，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷殘酷鎮壓，在揚州、嘉定、江陰等地進行了大肆屠城，史稱「揚州十日」、「嘉定三屠」。剃髮是清朝為了鞏固自己的政權所採取的手段，但超出了當時漢人的心理承受力。「身體髮膚授之父母，不可損傷」，是千年以來的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃髮不僅有違傳統，也是一種侮辱。因此這項政策遭到了傳統知識分子和下層民眾的激烈反抗。「揚州十日」、「嘉定三屠」一向被並列為清軍入關後的兩大暴行。
清代國母孝莊
在清軍入關、統一全國的過程中，有一位非常重要的女性—孝莊皇太后。她一生培育、輔佐順治、康熙兩代君主，是清初傑出的女政治家。她姓博爾濟特氏，名布木布泰，出生於蒙古科爾沁部，是貝勒寨桑的女兒。十三歲時，嫁給後金四大貝勒之一的皇太極為妻。1636年皇太極改號大清稱帝，被封為永福宮莊妃。1643年，他的兒子福臨（當時只六歲）即位，是為順治帝，孝莊被尊為皇太后。順治帝親政後，很想有番作為，也頗為中原文化所吸引，但終因他周圍尚未形成一支以他為主導的強有力的政治勢力，致使他在與朝中反對漢化的勳舊大臣的較量中敗下陣來，英年早逝。孝莊皇太后用她超人的智慧和威望，使得政權平穩過渡。1654年，她八歲的孫子玄燁又嗣帝位，為康熙帝，她被尊為太皇太后，史稱「孝莊文皇后」。在她的教導下。玄燁健康成長，一個未來傑出帝王的特質，在少年時代打下了根基。鰲拜集團剷除後，孝莊放手讓玄燁理政，讓他在實踐中得到鍛煉，又一再提醒他要謹慎用人、安勿忘危、勤修武備等。對於祖母的教誨玄燁非常尊重，重大事情無不先徵求意見，然後施行。孝莊生活儉樸，不事奢華，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟，全力配合、支持孫子的事業。
在他們的攜手努力下，清王朝從動亂走向穩定，經濟從蕭條走向繁榮，為平定三藩、統一台灣和邊疆用兵等大規模戰爭奠定了物質基礎。清王朝在康熙朝形成第一個黃金時代，其中包含了孝莊的一份功勞和心血。
孝莊是清朝歷史上一位舉足輕重、頗受關注的人物。在明末東北各族各部的混戰中，她作為政治聯姻的紐帶出嫁。在後金的一步步成功中，她逐漸捲入一場又一場政治鬥爭的漩渦，並展示出了她卓越的政治才華，逐步確立了穩固的地位並成為清初政壇上的一個一言九鼎的人物。她一生經歷清初三朝，正是由亂到治的關鍵歷史時期。她全力輔佐皇帝，調和清宮內部矛盾和鬥爭，對穩定清初社會秩序，促進國家的統一作出了重大貢獻，後世尊稱她為「清代國母」。
康熙智擒鰲拜
康熙即位的時候只有八歲。順治去世，遺詔命鰲拜與內大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆共同輔佐康熙皇帝，為輔政大臣。鰲拜早年就曾隨皇太極征討各地，戰功赫赫。他仗著自己掌握兵權，又欺負康熙帝年幼，獨斷專橫、飛揚跋扈。
康熙帝滿十四歲的時候，親自執政。這時候，另一個輔政大臣蘇克薩哈和鰲拜發生爭執。鰲拜懷恨在心，勾結同黨誣告蘇克薩哈犯了大罪，奏請康熙帝把蘇克薩哈處死。康熙帝不肯批准，鰲拜在朝堂上跟康熙帝起了爭執。康熙內心非常生氣，但是一想鰲拜勢力不小，只好暫時忍耐，尋找機會。
從那以後，康熙帝決心除掉鰲拜。他派人物色了一批十幾歲的貴族子弟擔任侍衛，這些少年個個長得健壯有力。康熙帝把他們留在身邊，天天練習摔跤。鰲拜進宮去，常常看到這些少年吵吵嚷嚷在御花園裡摔跤，只當是孩子們鬧著玩，並不在意。有一天，鰲拜接到康熙帝命令，要他單獨進宮商量國事。鰲拜像平常一樣大模大樣地進宮去。剛跨進內宮的門檻，忽然一群少年擁了上來將鰲拜團團圍住。鰲拜雖然是武將出身，力氣也大，可是雙拳難敵四手，被這些少年打翻在地。
鰲拜被抓進大牢，康熙帝宣佈鰲拜三十條罪狀。大臣們認為，鰲拜專橫跋扈，擅殺無辜，罪行纍纍，應該處死。康熙帝念及鰲拜的功勞從寬發落，改為將其終身監禁。
三藩之亂
清軍入關後需要對付李自成起義的力量和南明政府的反抗，自身兵力有限，所以不得不依靠明朝的降官。於是，在明朝降將中，耿仲明、尚可喜、吳三桂三人取得的功勞最多，所以均受封為王。他們所率領的軍隊成為八旗以外的重要力量。清軍統一全國之後，把八旗基本力量放置在北方，以保衛京師及駐防各重要地區，而南方就暫讓給他們去鎮奪。吳三桂駐守雲南，尚可喜駐守廣東，耿精忠（耿仲明之孫）駐守福建，這樣便形成了三藩。三藩擁兵自重，把持地方財政，欺壓百姓，儼然已經成了一個單獨的王國。
康熙親政後，敏銳地察覺到三藩已經成為國家的心腹大患，把它列為自己必須要解決的三件大事（三藩、漕運、河務）之一。雖然，康熙帝認識到三藩問題的嚴重性，但是當時財力和兵力有限，並不敢貿然行動。康熙十二年（1673年）3月，尚可喜主動請撤藩歸老遼東。康熙立即抓住機會，答應了尚可喜的請求，並對他的行為表示讚賞。康熙的行為引起了其他兩位藩王的警戒，於是他們也相繼請撤藩歸遼東以為試探。康熙以「撤亦反，不撤亦反」，果斷下令撤藩。11月，吳三桂發動叛亂，耿精忠、尚可喜的兒子尚之信及廣西將軍孫延齡先後響應，清政府軍事上並無準備，一時，三藩佔據了雲南、貴州、廣西、廣東、福建、湖南、四川等省，以及湖北、浙江、陝西、甘肅等部分地區。
1675年，吳三桂與清軍的對抗到了頂峰。吳三桂在湖南沿江佈置防禦工事，不敢再向北發展，康熙帝抓住機會調整戰略、安排兵力。他首先堅決打擊吳三桂，而對其他的叛變者卻實行招撫，通過分化反叛力量而孤立吳三桂。1678年，尚之信、耿精忠及陝甘的王輔臣相繼投降。同一年，吳三桂在衡州稱帝，國號周，年號昭武，開科取士。不久吳三桂病死，吳三桂的兒子吳世璠在貴陽即位，改年號洪化。1680年，吳世璠逃到雲南。次年，清軍攻入雲貴省城，吳世藩自殺，歷時八年的三藩之亂被平定。不久之後，朝廷在福州、廣州、荊州設八旗駐防，以加強對南方的控制。
平定三藩，對於清廷來說，是真正完成統一、確立穩定的皇朝統治的標誌。
康、雍、乾盛世
1661年，愛新覺羅·玄燁即位，是為清聖祖，年號改為康熙。他是清朝入關後的第二代皇帝，在位六十一年，是中國歷史上在位時間最長的皇帝。他八歲登基，十歲喪母，在其祖母孝莊太后的教導下長大成人。他雖年幼，卻年少老成，十六歲便剷除了鰲拜，繼而平定三藩叛亂，穩定了西南邊陲；重農治河，興修水利，發展了農業；收復台灣，擴大了大清的版圖；北拒沙俄，簽訂了《尼布楚條約》；西征蒙古，進一步穩定了大清的西北疆土。
康熙大帝好學上進，勤於政事，雄才大略，崇尚節約。他還組織編輯與出版了《康熙字典》、《古今圖書集成》、《全唐詩》、《康熙皇輿全覽圖》等圖書、曆法和地圖，為中華民族保存了豐厚的文化遺產。由於他的文治武功，我國多民族統一的局面得到鞏固發展，社會經濟出現了繁榮。
1722年，愛新覺羅·胤禛即位，是為清世宗，改年號為雍正，是清朝入關後第三位皇帝，在位十三年。雍正即位之初，吏治廢弛，貪污腐敗已然成風。他克服多方面的阻力，在全國上下大規模清查虧空，設立會考府，實行耗羨歸公，實行養廉銀製度，取締陋規等多項工作。由於他態度決斷，雷厲風行，清朝的財政狀況在短時間內得到明顯改善，官吏貪污、吏治腐敗的壞況都有很大的轉變，有「雍正一朝，無官不清」的說法。另外，雍正還對賦稅制度進行了重大改革，實行「攤丁入畝」，規定「地多者多納，地少者少納，無地者不納」，取消了人頭稅。這項措施對社會經濟的發展起了積極的作用。
可以說，雍正給他的繼任者乾隆皇帝留下了充裕的物質基礎、廉潔的幹部隊伍和清明的吏治環境。清高宗乾隆，名愛新覺羅·弘歷，是清朝入關後的第四位皇帝，在位六十年，後禪位於十五子顒琰（yongyǎn），即嘉慶帝，自己成為太上皇，他是壽命最長的皇帝。乾隆自幼就接受漢族傳統文化教育，四書五經，詩詞歌賦，書法繪畫，無一不精，文化修養很高，作詩多達四萬首。乾隆也認為自己在軍事上頗有成就，因此自稱「文治武功十全老人」。
乾隆即位後，以「寬猛相濟」理念施政，平定蒙古、新疆地區的叛亂，完善治理西藏，修建海塘，並主持編撰《四庫全書》。但是其晚年好大喜功，任用大貪官和珅，大興土木，又六下江南，耗費國家大量人力物力，整個清王朝也在乾隆末期由盛轉衰。
文字獄
1711年，有人告發在翰林官戴名世的文集裡，有對前明政權表示同情的語句，並且書中用了南明的永歷帝的年號，朝廷據此下令把戴名世打入大牢，判了死刑。這個案件牽連到他的親友和刻印他文集的，共有三百多人。另外有不少類似的案件，完全是牽強附會，挑剔文字過錯，甚至為了一句詩、一個字也惹出大禍。有一次，翰林官徐駿在奏章裡，把「陛下」的「陛」字錯寫成「狴」（bi）字，雍正帝見了，馬上把徐駿革職。後來再派人一查，在徐駿的詩集裡找出了兩句詩：「清風不識字，何事亂翻書？」於是挑剔說，這「清風」就是指清朝，這一來，徐駿犯了誹謗朝廷的罪，把性命也送掉了。因為這些案件完全是由寫文章引起的，人們就稱之為「文字獄」。