在剷除鰲拜之後，康熙又面臨著一個十分棘手的問題——曆法之爭。在順治時期，西方的傳教士就進入了中國，湯若望等一批人還受到了特殊的優待。在這一時期，湯若望用西方較為先進的算法推算出了一部天文曆法，順治把他任命為「通玄法師」，並任欽天監監正（國家天文台台長）。這套曆法在當時是較為準確的，但有一個叫楊光先的人投靠鰲拜，上書清廷，說湯若望在《時憲歷》的封面上印上了「依西洋新法」字樣，是要清朝屈服西方，是「陰行邪教」，如果廢了黃帝以來的中國天文曆法，那就要把堯舜以來的禮儀制度都要廢掉。在鰲拜的支持下，楊光先出任欽天監監正，朝廷的許多大臣也都主張廢除洋法，用中國的舊曆法。禮部、刑部還做出了決定，殺了一批主張用洋曆法的大臣。虧了太后的保護，湯若望才免於一死。但從此朝廷形成了兩個曆法派。
康熙本人對曆法了無研究，不能做出決斷，但他知道不能用祖宗的規矩來壓制西洋的先進的東西。在剷除鰲拜以後，康熙想實事求是地解決這一問題。於是，他一邊派傳教士南懷仁去推算比較兩種曆法，一邊自己刻苦學習，瞭解了曆法的大概。經過研究和使用，楊光先的曆法屢屢出錯，因此，康熙廢了舊曆法，推行新曆法，並以實事求是的態度同大臣們講明道理，較好地解決了新舊曆法之爭，也顯示出了康熙認真求實的態度，為他進一步贏得了威信，群臣都不敢把他當小孩子對待了。
當時最棘手的問題是平定「三藩」，尤其是吳三桂勾結朝臣，收實心腹，對朝廷的錢糧大加揮霍挪用，在雲南招兵買馬，積極備戰，那是早晚必反的。康熙的態度極為明確，那就是堅決削藩，不能姑息養奸。不過，康熙也有自己的打算，他想，叛亂晚發生一天，就對自己有利一分，因為從年齡來講，自己會一天天地長大，而吳三桂會一天天地老下去，自己會準備得越來越充分，而吳三桂則只會越來越不得人心。
康熙十二年（公元1673年），尚可喜年老多病，把藩事交於其子尚之信代理。尚之信掌權以後，殘忍好殺而又多行不義，尚可喜受不了其子的挾持，便上書請求撤藩，要求告老還鄉，並讓其子襲爵。這一年，康熙十九歲，許多大臣都認為不宜撤藩，但康熙認為這是撤藩的大好時機，當即允許。
當時，吳三桂的兒子吳應熊在北京，聽到這一消息後，立即飛馬報告了雲南的吳三桂，吳三桂又告知了福建的耿精忠，兩人均感驚慌，因為他們害怕撤藩，在幕僚的勸說之下，吳三桂與耿精忠均於這年的十月上書請求撤藩，說了一些「仰墾皇仁、撤回安藩」之類的話，其實際用意是在試探朝廷的態度，這一點，清廷大臣們一眼就看出來了。
圍繞著是否撤藩這一問題，清廷展開了激烈的爭論。絕大多數大臣找出種種理由來推搪，認為不可撤藩，其實只有一個原因，就是害怕吳三桂等人造反。只有兵部尚書明珠、刑部尚書莫洛等幾個大臣主張撤藩。幾次討論，都未取得共識。這時，康熙十分決斷地指出：「三藩久握重兵，蓄謀已久，今撤也反，不撤也反，與其晚撤，不如早撤。只是一邊撤藩，一邊準備應戰罷了。」於是，康熙派出使者，催促三藩撤藩。
接到允許撤藩的詔書以後，吳三桂等人知道弄巧成拙，只好佯裝恭順，敷衍清廷使者，暗地裡加緊反叛的準備工作。清廷的使者見吳三桂一味遷延時日，不願離開雲南，就要回去報告。吳三桂見已無法可想，就殺掉了使者和雲南的行政長官巡撫朱國治，於康熙十二年（公元1673年）十一月悍然舉行叛亂。
吳三桂自稱「天下都招討兵馬大元帥」，尚之信、耿精忠也隨之造反。叛亂的形勢正如康熙當初估計的一樣，一開始氣勢是很凶的，很快就打入了湖南，四川、廣西一帶的文、武官員也附和響應，半個中國都燃起了叛亂的戰火。這嚇壞了清廷的一些官員，他們主張向吳三桂等叛軍屈服，甚至割長江以南給叛軍，還有的人要求殺了當初主張撤藩的人。在這種情況下，康熙果斷地做出了決定，下令處死了吳三桂留在北京做人質的兒子吳應熊、孫子吳世霖。這樣，朝廷官員知道，朝廷再也沒有退路，只有同吳三桂等叛軍決一死戰，清廷因此統一了思想，堅定了信念。而吳三桂等叛軍也知道對清廷的要挾已失去了作用，只能死拼到底。但大部分將領也因此開始離心了。
康熙面對「三藩」之亂並不驚慌，而是首先確定正確策略，認為「三藩」之亂以吳三桂為首，其餘多是脅從，若能擊敗吳三桂，其餘叛軍不難攻破或是收服。這樣，康熙就調兵遣將，重點向吳三桂進攻，對川、陝一帶的脅從叛軍，反覆進行說服爭取工作。康熙的這一招十分奏效，在不長的時間裡，吳三桂就被分化瓦解，被阻困在了湖南。
康熙十七年（公元1678年），康熙收復了瀏陽等湘地的許多城池，吳三桂知形勢不好，趕快過一過皇帝癮，撕下了「復明」的假面目，於三月二十三日在衡山祭天，自稱皇帝，改元昭武，改衡州為定天府。同年八月，吳三桂病死。吳三桂死後，其孫吳世璠即位，退據雲南，後昆明城破，吳世璠服毒自殺。吳世璠被斷頭送京，吳三桂被掘墳折骨。耿精忠、尚可信等人也早已被殺，川陝等地也已平定。至康熙二十年（公元1681年），亂了八年之久，折騰了十多個省份的「三藩」之亂終於被徹底平定了。
在平亂之中，康熙的英明睿智表現在三個方面，一是堅決平叛，臨亂不驚；二是方針正確，先攻吳三桂，分化收服其餘；三是調兵遣將，指揮得當。平叛過後，這位少年天子已經二十八歲了，到這時，他已成為一位較為成熟的政治家。
康熙於六十八歲去世，在他後來的四十年裡，更立下了不朽的功勳。在統一中國，使台灣回歸方面他做出了傑出的貢獻。鄭成功從荷蘭人的手裡奪回了台灣，本想作為抗清的海外基地，但壯志未酬，於三十九歲（康熙元年，公元1662年）去世。其後，鄭氏子孫和部將互相爭鬥，一直未能振作。康熙二十二年（公元1683年），康熙派施琅攻入台灣，並及時制定政策，和平解決台灣問題。在康熙的正確指導下，鄭成功的部將投降。康熙在台灣設置一府三縣，並讓鄭成功歸葬南京。
對於西北部的准葛爾部的叛亂侵擾，康熙數次親往征討。經過艱苦的奮戰，終於平定了中國的大西北。
在抗擊沙俄侵略的衛國戰爭中，康熙的決策也很正確，他指揮大軍趕走了沙俄侵略軍，並訂立了《中俄尼布楚條約》。這一條約劃清了中俄的國界，為中國爭取了大片的領土。
另外，康熙本人在科學方面還有一定的貢獻。他少年時期就學習天文曆法，後來還倡議學習數學，設立「算學館」，培養了一批數學人才。在醫學方面，他極力推廣中國古老的種痘免疫法，收到了良好的效果，並尊重由西方傳來的用金雞納治瘧疾的方法。在地理學上，他還花費心血測繪中國地圖。在農學方面，他也能親自培育出一個新的品種。
康熙大帝不論從哪個方面來看，都是中國歷史上十分優秀的皇帝，不僅在成年以後做出了突出的貢獻，就是在少年時期所做的除鰲拜，解決新、舊曆法之爭，平定「三藩」之亂三件事，也足以證明他是一位非凡的人物了。
【評議】
平心而論，除掉近代史上的幾十年，清朝在中國歷史上並不是一個很壞的朝代，起碼要比明朝好得多，清朝的前幾位皇帝，的確還都是很有作為的，尤其是康熙大帝，在中國歷史上恐怕很難找出幾個這樣的皇帝來。為什麼會出現這種情況呢？別的原因先不說，也許與滿清入主中原以後，總是擔心自己的統治能力有關。在這種擔憂之下，比起以前的朝代來，多少增加了一些兢兢業業的精神。
或許是一個新崛起的民族更有活力？就像康熙因為有自由的童年生活反倒比那些受到嚴格教育的許多前代皇帝更容易做出成績一樣？這都很難說。
在中國歷史上，有兩次少數民族入主中原，一是蒙古族建立了元朝，一是滿族人建立了清朝，但他們都在某種程度上或淺或深地認同了漢族的文化，他們佔領了中原，浸淫了這種文化，卻又在這種文化中衰敗下去，這又該怎樣解釋呢？這裡好像既有令人無法抗拒的魅力，又像一張令人無法突破的網，我們就一代一代地在這有始無終的圈中循環下去！