努爾哈赤死後，他的兒子皇太極繼位，建立了清朝。皇太極是中國歷史上少有的一位具有雄才大略的皇帝，他採取正確的戰略，暫時放棄寧遠，轉而攻打朝鮮。就當時明清而言，雙方都需要一段休戰時間，以便實行各自的作戰計劃。明方需要築城、練兵，清方則要進攻朝鮮，掠奪財富，鞏固統治。在這樣的局勢下，袁崇煥提出與皇太極和談，皇太極表示贊同，但明皇帝和許多大臣堅決反對，滿清從來都是附庸國，皇太極不夠談判對手的資格。
袁崇煥和皇太極商議和談時，皇太極利用這個機會打敗了朝鮮，袁崇煥也加緊修築錦州中左、大小凌河等地的防禦工事，並派出援朝軍隊，只因為朝鮮很快投降，明軍也就退了回來，沒有和清軍發生衝突。
皇太極進攻朝鮮的戰爭取得了重大的勝利，財物得到了補充，局勢也穩定下來，但他看到袁崇煥修城池，練兵馬，勢力越來越強大，如不加緊攻擊，愈加難圖，況且求和又不成，於是，皇太極決定「以戰求和」。
天啟七年（公元1627年），皇太極率大軍攻打遼西的許多軍事重鎮，攻陷了大小凌河，隨即又攻錦州。從五月十一日到六月四日，將領趙率教率領明軍與皇太極展開激戰。清軍損失慘重，但還是沒有將錦州攻下來。皇太極見攻錦州不成，就轉攻寧遠。袁崇煥嚴陣以待，成竹在胸，兩軍相接，激戰兩天，雙方損失都很慘重，但皇太極還是沒攻下寧遠。皇太極再轉攻錦州，但錦州城守堅固，清兵死傷枕藉，無法攻克。當時正值炎熱季節，清軍不少士兵中暑得病，士氣低落，皇太極不得不撤圍回瀋陽。
寧錦之役，明軍取得了勝利，但作為主帥的袁崇煥並沒因此而受重賞，只是升了一級官。其根本原因在於袁崇煥不是魏忠賢的同黨，袁崇煥當年中進士的主考老師和推薦他做遼東防務的人都是東林黨的首領，因而，雖有「寧遠大捷」和「寧錦大捷」，袁崇煥還是討不到魏忠賢的歡心。這時，魏忠賢見袁崇煥威勢日增，便指使同黨，攻擊袁崇煥不去救錦州。袁崇煥只好辭職，回老家廣東去了。
這年八月，愛捉迷藏和做木工的熹宗皇帝死了，因無子嗣，由他的親弟弟朱由檢繼位，改年號崇禎。崇禎帝當時才十七歲，他年紀雖小，卻十分精明能幹，與他哥哥大不相同。他不動聲色地翦除了魏忠賢的閹黨，然後逼得他自殺，巧妙又乾淨地除掉了朝廷的一個毒瘤。魏忠賢死後，附和他的大臣或殺頭或充軍，被魏忠賢排擠的袁崇煥被重新起用。
崇禎元年（公元1628年）七月，袁崇煥從老家應召來到北京。崇禎召見了他，問他遼東防務事宜，經過一番深談，可以說對他言聽計從。袁崇煥提出了諸如糧草供給保障，排除干擾等要求，崇禎都一口答應，至於具體的守遼東策略，袁崇煥認為可用以下三原則：一，以遼人守遼土，以遼土養遼人；二，守為正著，戰為奇著，和為旁著；三，法在漸不在驟，在實不在虛。」崇禎的確是有一番事業心，對袁崇煥的這些提法，都表示了贊同和照辦的意思。崇禎賜給了袁崇煥一柄尚方寶劍，以表示他對袁崇煥的信賴和支持，讓他去總督寧遠防務。
但袁崇煥尚未到寧遠，那裡就發生了兵變，原因很簡單，軍隊沒有糧餉。當時中央無力，財富均被各級官員和地主刮走，國庫空虛，拿不出錢來發軍餉。袁崇煥建議用內帑（即皇宮中的錢）來發餉，崇禎是一個愛財如命的人，聽後十分生氣，從此對袁崇煥有了看法，不再像以前那樣信任他了。
不久以後，袁崇煥誅殺皮島大將毛文龍又引起了崇禎的疑忌。
皮島是遼東南部海中的一個島嶼，地勢十分重要，北可聯清，東可控朝鮮，西南則可衛護膠東半島的蓬萊、登州。皮島守將毛文龍曾抗滿清有功，但他後來成了魏忠賢的乾兒子，還貪污橫行不法，並曾寫信給皇太極說：「爾取山海關，我取山東」。袁崇煥為了安定形勢，消除隱患，便於崇禎二年（公元1628年）七月伏兵捉住了毛文龍，宣佈了他的十二條罪狀，請出尚方寶劍，將他誅殺。
袁崇煥向崇禎報告了誅殺毛文龍的原因和經過，崇禎十分驚訝，認為他擅殺大將，別有用心。但因當時正依靠袁崇煥來抗清，就未加責備。
皇太極知道自己的力量敵不過明朝，所以一直想議和，但崇禎極其傲慢，根本不予承認，雖經袁崇煥從中調停，總是不能成功。於是，皇太極於崇禎二年（公元1629年）十一月，率兵十餘萬，繞開袁崇煥駐防的寧遠，從西路直奔北京，經過艱難的行軍，攻進了長城，進迫遵化，明軍紛紛潰退。清軍攻克遵化，巡撫王元雍自殺，山海關總兵趙率教也戰死在遵化城下。清軍攻下遵化後，直撲京師。這時袁崇煥率兵，火速來援，並沿途留下軍隊以截斷清軍退路。袁崇煥於十一月十日抵薊州，但清軍繞過薊州西進，接連攻下三河、香河等城，袁崇煥又急忙帶兵去保衛京師，駐兵於北京廣渠門外。
清軍的猛烈進攻嚇得崇禎魂飛魄散，京師一片慌亂。現在袁崇煥來了，崇禎心神略定，對他讚賞備至。袁崇煥認為部隊疲勞，要求入城休息，但崇禎心中十分疑忌，藉故推托不許其部隊入城。袁崇煥又要求屯兵外城，崇禎也不答應，只是催促他快與滿清軍隊交戰。
袁崇煥以兩晝夜三百餘里的速度緊急增援京師，已是人困馬乏，但在崇禎的催促之下，不得不與滿清軍隊接戰。仗打得非常艱苦，兩軍相持了很久，袁崇煥身穿鎧甲，衝鋒陷陣，兩脅下受了幾處箭傷。後來滿清軍隊終於不支，退到南海子邊休整。
崇禎見滿清軍隊沒有退遠，便急不可耐地催促袁崇煥追擊，甚至圍殲敵人。這時雖然明軍來了幾路人馬，袁崇煥也統一了指揮權，但決戰時機很不成熟。萬一出城決戰，滿清軍隊以置之死地而後生的態度來與明軍拚命，明軍很有可能潰退。如果發生了這種情況，那北京城就頃刻而下了。因此，袁崇煥的堅守不戰是正確的。
但崇禎卻懷疑袁崇煥了，認為他是擁兵自重，要挾制自己，就算不是謀權篡位，至少也是要強迫自己採用他一貫與滿清議和的主張。這麼一想，崇禎那顆剛愎自用而又傲慢的心就受到了很大的傷害。
此時，滿清軍隊在城外大肆燒殺搶掠，使得京郊的百姓大受其害，且崇禎身邊的太監也多在京都置有田產，都深痛自己大破其財。想來想去，這怨憤就潑在了袁崇煥的身上，說清兵是袁崇煥引來的，是想要挾皇上與清人議和的。一時之間，這些輿論不知怎麼就漫天而起，甚至大罵袁崇煥是「漢奸」，弄得人心惶惶，真假不分。竟有人站在北京城的城牆上往城下袁崇煥士兵的頭上扔石頭，一邊扔一邊罵「漢奸兵」，把士兵砸死砸傷。
崇禎知道了這一消息，疑心更大，恐慌起來。恰在這時，皇太極依照《三國演義》上的「群英會蔣干中計」一節，使起反間計來。
就在這以前，清軍捉到了兩名明宮派在城外負責養馬的太監，一個叫楊春，一個叫王成德。在撤回途中，皇太極派副將高鴻中，參將鮑承先、寧完成等人監守。這三人是歸降滿清的漢人。到了晚上，鮑承先與寧完成二人依照皇太極所授的密計，大聲「耳語」道：「這次撤兵，並不是我們打了敗仗，那是皇上的妙計，你看到麼？皇上單獨騎了馬逼近敵人。敵軍中有兩名軍官過來參見皇上，商量了好久，那兩個軍官就回去了，皇上和袁崇煥已有密約，大事不久就可成功了。」兩名太監正躺在旁邊，把這些話聽得十分清楚。第二天，姓楊的太監見敵人撤退時十分慌亂，便趁敵人的「疏忽」逃奔而歸，並馬上把這些話報告了崇禎。
崇禎聽了這些話，以他多疑而又忮刻的性格，當然是馬上相信了。他立刻召袁崇煥進宮，在宮中將其逮捕下獄。袁崇煥的部將祖大壽等人見狀，驚慌莫名，只好出城等候。三天之後，聖旨到來，說袁崇煥以通敵謀反罪被捕，只問袁崇煥一人，餘者不問，將士聞訊大哭，還有的將士破口大罵，頓足而號。如果此時有人倡議，說不定真會反了。
祖大壽當然極為悲憤，他即刻率軍回錦州，途中遇見馳援的袁軍主力，瞭解了北京的情況後，也當即掉頭而回。
祖大壽掉頭而回，崇禎大為恐慌，他深怕清軍再來攻城，連忙派人去讓袁崇煥寫信，召回祖大壽。這實在是一個奇怪的邏輯，既不肯正式下詔讓袁崇煥寫信，又派各部官吏前往勸說。袁崇煥先是不肯寫，認為這種做法於情理不通，既不奉明詔，於獄寫發書召兵回京，無異於私人行為，但崇禎無論如何不肯向袁崇煥認錯。在群臣的勸說之下，袁崇煥「以國家為重」，寫信召回祖大壽。祖大壽本把崇禎派的使者看做敵人，但有袁崇煥的親筆信，他遲疑不決。這時，祖大壽的母親說：「如果您不回軍，只能加重袁督師的罪名，如果您回去收復一些地方，打一些勝仗，或許能救袁督師出獄。」祖大壽聽了母親的話，率師返回，沿途攻陷了清軍佔領的兩座城池，也就是斷了清軍的兩條歸路。
皇太極聽說袁崇煥下獄，大喜過望。他本來已攻克了北京以南二十公里處的良鄉，立刻回師盧溝橋，破了所謂的「車軍」，又大破明軍四萬多人，擒獲和斬殺了一些明軍的高級將領，京師大震。但聽說祖大壽率兵返回，懼怕歸路被截，便寫了幾封議和信，領兵從山海關緩緩而退。
清兵一退，崇禎又感心中大定。是時，朝野之上，軍隊之中替袁崇煥辨冤求情的人極多，紛紛上書，連孫承宗也寫詩說：「東江千古英雄夢，淚灑黃龍半不平。」還有許多人情願以身代之。袁崇煥也在獄中寫信，讓部下安心抗敵，半年之後，明軍把清軍趕出了長城。
這半年之中，袁崇煥再有什麼樣的罪行也該調查清楚了，也該做出決定了。不，早不殺袁崇煥，晚不殺袁崇煥，清兵退出長城以後就殺袁崇煥。
【評議】
一般認為，袁崇煥之死是禮部尚書兼東閣大學士溫體仁收買袁崇煥部將謝尚文偽造通敵證據而致，但細細推測起來，恐怕並非如此簡單。崇禎剛愎自用，如無他的授意，一個小小的溫體仁縱有天大的膽子也不敢妄殺袁崇煥。恐怕究其根本原因是在於崇禎剛愎，不肯認錯，不肯做服輸的表示吧！
剛愎之君，崇禎至為典型，後來在同李自成的反覆較量中，表現得尤為突出。他雖宵衣旰食，面上絕無昏庸淫樂之君的樣子，倒是顯出一副明君的派頭，但細細想來，他所做決斷大多出於一己的猜測，且不聽人言，心胸極其狹窄。在殺袁崇煥十五年後，崇禎自縊於煤山，其時只有一太監相隨而死，真可謂是「孤家寡人」了。
剛愎而失人心，以至於此！
想袁崇煥死日，北京人情洶洶，莫不欲食肉寢皮。群眾的眼睛在長遠的歷史時期中是雪亮的，但芸芸眾生的眼睛時刻都是亮的嗎？
「今日的一縷英魂，昨日的萬里長城。」若袁崇煥英魂不泯，他是怨清軍、怨崇禎、怨溫體仁還是怨民眾？抑或無所不怨而又一無所怨呢？
若發一聲歷史的浩歎，那是「是非成敗轉頭空」；若想去解釋一下這漫長的古代史，就會發現哪種理論都無法使人滿意。也許，它本來就是一段無頭的冤案！