後來，郭子興病死，朱元璋逐漸成為主帥，馬氏成為朱元璋的重要參謀之一。朱元璋每次出兵打仗，軍中的文書多交給馬氏辦理。史書記載，馬氏仁德慈善，有智計鑒斷之能，愛好文史，朱元璋每次出征，文書之類均交馬氏管理，即使在緊張倉促之中，馬氏也未曾丟棄過。至正十五年（公元1355年），朱元璋率兵從和陽渡江攻太平，和陽空虛，馬氏料定元兵必來劫掠義軍的家屬，便未經請示，就率領義軍家屬渡過長江。果不出所料，馬氏的隊伍剛到達長江對岸，元軍就向和陽進攻。
至正二十年（公元1360年），朱元璋同陳友諒會戰於南京。當時，陳友諒的勢力比朱元璋強大得多，很多人都認為很難取勝，城中人心惶惶，竟有人挖地窯埋藏金銀。馬氏卻把自己的金帛拿出來鼓勵將士，激勵士氣，結果，朱元璋大勝，消滅了陳友諒建立的「大漢」政權。至正二十七年（公元1367年），朱元璋又攻克了蘇州，俘虜了張士誠，於是，在掃平群雄之後，朱元璋於明洪武元年（公元1368年）做了大明的開國皇帝，冊封馬氏為皇后。
馬皇后跟隨朱元璋南征北戰，歷盡艱險，不僅常常參與軍事，在空閒時間，還帶領婦女趕製軍衣，可謂竭心盡智，勞苦功高，應算得上「開國皇后」。作為一個女人，這的確是難能可貴的，但最為難得的，是她在建國以後的表現。在她被立為皇后以後，朱元璋曾深情地對她說：「朕起自布衣，登得帝位，外靠功臣，內恃賢後，為朕司書，為朕隨軍，為朕親緝甲士衣鞋，種種勞苦，不勝枚舉。古稱家有良婦，猶國有良相，今得賢惠如後，朕益信古語不虛。」馬氏卻說：「妾聞夫婦相保易，君臣相保難，陛下不忘妾同貧賤，願無忘君臣同艱難。」馬皇后的話，可謂語重心長而又適得其時。
朱元璋把她比作唐代的長孫皇后，馬皇后謙辭不敢當，待到朱元璋要把馬皇后的宗族故舊請入朝廷，授以爵祿，馬皇后叩謝道：「爵祿所以待賢，不應私給外家，妾願陛下慎惜名器，勿徇私恩。」但朱元璋為了表示對馬皇后的感佩之情，還是追封了她的父母，並設廟四時祭拜。馬皇后的這番話，不僅令朱元璋倍加感動，就是放在數千年的中國歷史上，也不多見，今人聽來，尚猶自敬佩。
馬皇后起自寒微，一直不忘本色，雖貴為皇后，卻過著較為儉樸的生活。平時，她衣不重彩，多穿絲麻織成的練布，過去的破爛衣服什物也總是修補再用。但她並非吝嗇，在許多地方，她十分大方。一次，朱元璋視察太學，馬皇后聽說太學生有幾千人之多，便問他們的生活是怎樣安排的。當她得知太學生是由國家供應飯食時，便說：「太學生雖免去了饑寒之虞，但他們的家屬卻不一定有生活保障，希望能給那些家境貧寒的太學生以補助，讓他們的妻子老小不至挨餓受凍。」還特別建議設立了紅板倉，積聚財物贈送生員的家屬，以保證太學生無後顧之憂，安心讀書。
朱元璋剛開始製造紙幣時，屢次試制都不成功。一天，他夢見有人告訴他說，如果想製成紙幣，必須取秀才的心肝來才行。夢醒之後他想道：「這難道是讓我去殺讀書人嗎？」馬皇后聽他說了這個夢，就對皇帝說：「照我看來，秀才們所做的文章，就是他們心肝了。」皇帝聽了很高興，立刻命主管的官署找來秀才們進呈有關文章，加工來用，紙幣果然就製造成功了。
在明朝建國初年，宰相胡惟庸謀反案應是最大的謀反案之一，其株連之廣，在中國古代史上也是少見的。中國著名文學家、洪武朝大學士、太子朱標的老師宋濂因年紀已大，早已退隱林泉，離京師千里而居，但他的孫子宋慎知道胡惟庸謀反而未舉報，就被株連逮捕到了京城。馬皇后聽了，連忙跑去對朱元璋說：「聽說皇上要處死宋學士，不知是何緣故？」朱元璋說：「宋濂的長孫宋慎知情不報，形同謀反，屬大逆不道之罪，按律當誅，且應禍滅九族！」馬皇后求情說：「宋學士閒居浦江，早已不問政事，且離京城有千里之遙，根本不知其孫謀反的事，怎麼能處他以死刑呢？」朱元璋對謀反之事恨之入骨，所以不聽馬皇后的勸告，拂袖而去。到了吃晚飯的時候，只見馬皇后直落眼淚，朱元璋很奇怪，就問她是什麼原因。馬皇后說：「宋學士跟隨皇上四十多年，德高望重，四海敬仰，又兼滿腔赤誠，肝膽照人，出生入死，明昭目功。如今年逾古稀，卻要受刀斧之刑，我哪裡能吃得下這珍饈美味？」朱元璋聽了這番話，被深深地打動了，就免了宋濂的死刑，改為發配茂州。
所謂「狡兔死，走狗烹；飛鳥盡，良弓藏；敵國滅，謀臣亡」，這一點，在朱元璋一朝表現得尤為突出，馬皇后在諫阻殺戮、保護功臣方面，其做法也可謂前無古人。建國之初，明朝定都南京，但南京城牆不夠堅固完整，朱元璋準備修建，因國庫中資金缺乏，朱元璋就向民間募集資金。吳興人沈秀是一位深藏於江南小鎮的富商，用「富可敵國」四字形容，毫不為過。他一生精明蓋世，老來卻犯了兩個大錯誤：一是他自動捐款要求修半邊城牆，二是他修的這半邊比朱元璋修的那半邊提前三天完工。本來，朱元璋對沈秀主動要求修半邊城牆就大為不滿和嫉妒，覺得一個商人竟敢同皇帝平起平坐，且是用錢來修城牆，豈不是為沈秀自己立紀念碑，滅了他皇帝的威風？再加上比皇上提前三天完成，那就更是壓倒了皇上，有「欺君之罪」！朱元璋性情忌刻，哪裡能容，就找了個借口沈秀亂掘山脈，把沈秀捕入獄中，準備處死。馬皇后知道了此事，急忙前去問詢，朱元璋說：「民富敵國，是為不祥。」馬皇后抗言道：「國家立法，所以誅不法，非以誅不祥。沈秀雖富可敵國，卻並未犯法，為什麼要處他死刑呢？」朱元璋理屈詞窮，只得把沈秀改謫戍雲南，沈秀終於死在貶所。從此，江南富人吸取教訓，更加深藏不露。
馬皇后做了十五年的皇后，於洪武十五年（公元1382年）病重，醫治無效，群臣紛紛訪求名醫，督責醫官，馬皇后卻很平靜地對朱元璋說：「生死有命，禱祀何益？世有良醫，亦不能起死回生。倘服藥不效，罪及醫生，轉增妾過。」這種寧靜安詳而又慈悲的情懷使朱元璋及群臣大為感動。朱元璋問她有何遺言，馬皇后說：「妾與陛下起自布衣，賴陛下神聖得為國母，志願已足，尚有何言！妾歿之後，只願陛下親賢納諫，如是而已。」言訖而逝，年五十一歲。馬皇后的這番不是遺言的遺言，至為樸實而又至為深刻。自朱元璋及群臣百姓，聞馬皇后死訊，無不慟哭。
是年九月，葬馬皇后於孝陵，臨葬風雨雷雹大作，朱元璋以為不吉之兆，愀然不樂。送葬僧人宗泐口宣一謁道：
雨落天垂淚，雷鳴地舉哀。
西方諸佛子，同送馬如來。
朱元璋聽了，才轉憂為喜。馬皇后死後，宮中有很多追憶馬皇后的歌謠，其一曰：「我後聖慈，化行家邦，撫我育我，懷德難忘。懷德難忘，於萬斯年，毖彼下泉，悠悠蒼天。」
【評議】
這裡倒不是要為一位封建皇后樹碑立傳，而是因為馬皇后在中國歷史上確實是一個特例。她的特別之處主要表現在如下兩個方面：一、品德端正，處事得當。馬皇后身為郭子興的義女，朱元璋的妻子，其地位與作用都十分微妙。如果她存有私心或是處事不當，極有可能導致郭子興和朱元璋關係的破裂。如果真的出現了那種情況，不僅朱元璋當時死無葬身之地，就是對於郭子興和農民起義軍來說，也是一個極大的損失。馬皇后能夠以大局為重，不計較義父和丈夫一時的曲直得失，維護了他們的團結，發揮了朱元璋在農民起義軍中的作用，為義軍的勝利做出了傑出的貢獻。二、馬皇后既能輔佐朱元璋打天下，又能輔佐朱元璋治天下，如此善始善終，實屬難能可貴。貧賤而不餒，富貴而不驕，這是中國傳統的做人標準之一，在馬皇后身上確實體現出來了。至於大和尚頌她為救苦救難的「馬如來」，雖有過譽之嫌，也實在是不無道理。
在中國歷史上，皇帝多殘暴，後宮多穢亂，而馬皇后卻像一道耀眼光芒，劃破了黑沉沉的夜空，顯示出了人性之美，女性之美。實可謂斯人雖已逝，千載有餘情！