逢年過節或是謝恩上表，總免不了要寫一些歌功頌德的話，誰知這些文人卻大遭其殃。最為怪誕的是杭州學府教授徐一夔為本府起草的《賀表》裡有「光天之下，天生聖人，為世作則」之句，這本是極盡頌揚的話，誰知朱元璋見了大發其火，他說：「『生』者，僧也，這是罵我當過和尚；『光』則禿也，說我是個禿子，『則』音近賊，是說我當過盜賊。」這位拍馬屁拍到驢腚上的教授，只好嗚呼哀哉了。在這種嚴酷的文字獄的統治之下，文人學士只好縮頭縮腦，別說高談闊論，發表什麼政治見解，就是平時說話作文，也要小心萬分，否則，不知什麼時候，橫禍就會飛到自己的頭上。
朱元璋用這些手段改善了吏治，鞏固了他的統治，樹立了他的威信。同時，他對於一些謀反或是不馴的功臣，也決不手軟，胡惟庸謀反案和藍黨大獄，不僅是明朝的兩次大獄，也是中國歷史上著名的大獄，這兩次大獄共殺死了四五萬人，朝廷官員幾乎為之一空。自此以後，朱元璋的權力「棘杖」上的確沒有扎手的硬刺了。
在明朝的開國功臣之中，武臣立功最著者，當推徐達、常遇春，文臣立功最著者，當推李善長、劉基。劉基是一位奇人，他洞察世事，無有不中，因此，他對朱元璋封賞的官職，多次拜辭不受，因為他知道朱元璋生性忮刻，很難容人，跟他共事長久，必不免有殺身之禍。而李善長卻官至右丞相，封韓國公，有驕矜之態。朱元璋對他漸感不滿，想換掉李善長，讓劉基為右相。劉基說：「善長是有功的老臣，能夠調和各將的人際關係，不宜馬上把他換掉。」朱元璋很奇怪地問道：「善長多次說你的短處，你怎麼多次說善長的長處呢？我想讓你做右相，不知怎樣？」劉基頓首說：「換相好比換殿中的柱子，必得用大的木材，若用小的木材，不折斷也必定仆倒，我就是那種小材，怎能當右相呢？」朱元璋問：「楊憲如何？」劉基說：「憲有相材，無相器。」又問：「汪廣洋如何？」又答：「器量偏淺，比憲不如。」又問：「胡惟庸如何？」劉基急忙搖頭道：「不可！不可！區區小犢，一經重用，必至轅裂犁破，禍且不淺了！」
不久，楊憲因誣陷他人而被處死，李善長又被罷去相職，胡惟庸逐漸升為丞相。他聽說了劉基對自己的評價，懷恨在心，就誣陷了劉基的兒子，又害了劉基。劉基憂憤成疾，被朱元璋派人護送回青田，不久去世。害死了劉基之後，胡惟庸更加意氣洋洋。他恃權自專，朝中生殺陟黜之事，不待奏聞，就自行決斷；對於送來的奏章，他也先行拆閱，凡不利於己者，就藏匿不報。朝廷勢利之徒，蜂擁而至，胡家珍寶金帛，積聚無數。魏國公徐達看不過去，就給朱元璋上了密本，說胡惟庸奸邪，應加誅除。朱元璋沒有相信徐達的話，反給胡惟庸知道了這件事，因此，胡惟庸對徐達懷恨在心。於是，胡惟庸就私下裡買通了徐達家裡的看門人，讓他誣告徐達，誰知弄巧成拙，這計謀被自己的守門人報告了徐達，反而遭到了朱元璋的懷疑，每天上朝都提心吊膽，恐怕遭到不測之禍，等了幾天，竟然沒事，才逐漸放下心來。
胡惟庸自此收斂了一陣，後來覺得自己應當再找個牢靠的靠山，就看上了李善長，李善長雖不當丞相了，但朱元璋還是十分看重他，經常出入宮廷。胡惟庸請人做媒，把女兒嫁給了李善長的弟弟李存義的兒子，胡惟庸有了李善長這一靠山，不覺又趾高氣揚起來。正巧，胡惟庸定遠的老家宅中的井裡忽然長出了竹筍，高及數尺，一班趨炎附勢之徒都說是極大的吉兆，又有人說胡惟庸家的祖墳上每天晚上有紅光照耀天空，遠及數里。胡惟庸聽了，更覺得是吉兆，越發得意。
恰在這時，德慶侯廖永忠，因擅自使用皇帝的龍鳳儀仗而被賜死，平遙訓導葉伯巨上書勸諫朱元璋，說他分封太多，用刑太繁，求治天下之心太過迫切，結果使得朱元璋大怒，把他捕入獄中，活活餓死。安吉侯陸仲亭擅乘驛車，平涼侯費聚招撫蒙古無功，均被朱元璋下旨嚴厲責罰。汪廣洋罷相數年，由胡惟庸推薦，重登相位，不久又因劉基案被貶謫，汪廣洋知道胡惟庸的不法行為，但一直替他隱瞞，在二次罷相之後，出居雲南，不久即被賜死。朝廷官吏屢屢得咎，使得朝廷之上人心惶惶，深怕禍及己身。尤其是汪廣洋被賜死，更使胡惟庸覺得震動，他認為朱元璋遲早要懲治自己，就下定了反叛的決心。
首先，把那些遭到朱元璋懲治而心懷不安的官吏爭取過來，結成黨羽，然後又托親家李存義去他的哥哥李善長那裡探聽口風，李善長知道這是禍滅九族的事，起初不肯應允，經李存義再三說明利害，最後默許了。從李善長的態度裡胡惟庸得到了鼓舞，加緊了謀反的準備活動。胡惟庸把一些亡命之徒結納為心腹，又暗地裡招募了一些勇士組成衛隊，並把天下兵力部署情況瞭解得一清二楚，再派人去同東南沿海一帶的倭寇聯繫，引為外援，還結交了一些掌握兵權的人，準備一旦事發，就起兵響應。他又秘密結交日本派來的貢使，作為事敗之後的退路。
胡惟庸在覺得一切準備完畢之後，就於洪武十三年（公元1380年）正月，奏告朱元璋說京宅井中出了一眼甜泉，乃是大吉大利之兆，請朱元璋前去觀看。朱元璋竟信了他的話，車駕從西華門出發，準備前往。就在這時，內使雲奇突然闖入蹕道，勒住了朱元璋的馬韁繩，極力勸阻朱元璋，說是不可前往，由於情勢太急，雲奇聲調急促，以至不能說得明白。朱元璋見此情景大怒，以為雲奇放誕不敬，就喝命左右用金錘撾擊。雲奇斷了胳膊，仆倒在地，氣息奄奄，但卻用手指著胡惟庸的宅第方向。這時，朱元璋突然明白了，忙登上高處向胡惟庸的宅第方向看去，但見胡宅中隱隱透出兵氣，朱元璋大驚，立即發兵前往捕捉。
不一會，羽林軍就將胡惟庸及埋伏的甲士捉拿歸案，經人對質，胡惟庸無法抵賴，只得承認。胡惟庸被牽至市曹，凌遲處死。
朱元璋當然不肯罷休，他派出官吏，四處拷掠，把胡惟庸一案的新賬舊賬一同清算，由擅權枉法到私通日本、蒙古，再到串通李善長等人謀反，由此牽連到的胡惟庸的親族、同鄉、故舊、僚屬以及其他關係的人皆被連坐族誅，先後殺掉了三萬多人。
又過了十二年，藍黨之獄又成。涼國公藍玉，是著名的武將，也是開國功臣，但為人桀驁不馴。藍玉與太子朱標是間接的親戚，往來很親密。藍玉在北征時看到燕王朱棣的行止，深感不安，回來後對太子說：「我看燕王在他的封地裡實在是太有威風了，其行止不亞於皇帝。我還聽說燕地有天子氣，願殿下細心防備，免生不測。」太子為人生性忠厚，不願生事，就對藍玉說：「燕王對我十分恭順，決不會有這樣的事。」藍玉見太子不信，只好自找台階說：「我蒙受殿下的恩惠，所以才秘密地告訴你涉及利害的大事。但願我說的不中，不願被我言中。」
不久，太子病死，朱元璋覺得燕王朱棣為人陰鷙沉穩，很像自己，就想立他為太子，但一些大臣反對，覺得於古禮不合，也對其他皇子無法交待，朱元璋只得立了朱標的兒子做皇太孫。燕王朱棣見太子已死，無人替藍玉說話，在入朝奏事的時候就對朱元璋說：「在朝諸公，有人縱恣不法，如不處置，將來恐成尾大不掉之勢。」朱棣雖未明指藍玉，但大家心裡都清楚，藍玉曾在太子面前說過朱棣，朱棣現在要施行報復了，再加上「縱恣不法」四字，更是確指藍玉。
在這種情況下，藍玉竟還率性而為，一點也不約束自己。他出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌衛的叛帥，自以為功勞更大了，愈覺得意洋洋，本以為回朝後定會大有封賞沒想到朱元璋根本就不理他。到冊立皇太孫時，他滿以為會讓自己做太子太師，卻沒想到自己還是太子太傅，反倒讓馮勝、傅有德兩人做了太子太師。藍玉十分憤怒，扯著袖子大喊道：「難道我還做不得太子太師嗎？」他這一番鬧騰弄得朱元璋更不高興。
自此以後，藍玉上朝奏事，沒有一件能夠獲准，但藍玉不僅不知收斂，還更肆無忌憚，即使陪皇上吃飯，也出言不遜。一次，他見朱元璋乘輿遠遠經過，便指著說：「那個乘輿的人已經懷疑我了！」此語一出口，大禍即來。其實，藍玉並未像胡惟庸那樣謀逆，只是「禍從口出」罷了。錦衣衛聽到了這句話，立刻告及藍玉謀反，並說他與鶴慶侯張翼、普定侯陳垣、景川侯曹震、舳艫侯朱壽、東莞伯河榮、吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等人設計起事，欲劫皇上車駕，朱元璋聽了，正想殺人而找不到借口，便不問青紅皂白，一齊拿到朝廷，並親自審問，再打入刑部大牢，以假作真，全部殺死。
僅此還嫌不足，凡與藍玉偶爾通信的人，也不使漏網，四面構陷，八方株連，朝廷中的勳舊，幾乎一掃而空。此次前後共殺一萬五千餘人，與胡惟庸案殺人並算，共計近五萬人。
至此還不罷休，藍黨之獄過後年餘，穎國公傅友德，奏請土地，不僅不准，反予賜死。宋國公馮勝，在缸上設板，用碌碡打稻穀，以作打穀場，聲響遠震數里，有仇人狀告馮勝私藏兵器，朱元璋把他召入廷內，賜以酒食，說是決不相信別人的謠言。馮勝喜不自禁，誰知剛剛回到家裡，即毒發而死。定遠侯王弼，在家裡曾歎息說：「皇上春秋日高，喜怒無常，我輩恐怕很難活下去了！」這一句話，果然被特務告密，立即賜死。
這樣一來，開國功臣已所剩無幾，即便有幾個，也早已遠離朝廷，不涉政事了。徐達、常遇春、李文忠、湯和、鄧愈、沐英六人得保首領，死皆封王，但徐、常、李、鄧四人都死在胡藍大獄之前，沐英鎮守雲南，總算偏遠無事，只有湯和絕頂聰明，潔身遠引、解甲歸田，絕口不談政事，享年七十多歲，得以壽終正寢。縱觀中國歷史上的各個朝代，把開國功臣殺得如此徹底的，確實應數明代。
朱元璋從改變官制、改善吏治、嚴格法令、壓制輿論、殺戮功臣和特務統治六個方面集中權力，鞏固他的統治地位，可以說收到了相當的成效。自洪武年間及其以後，明代的君權確實在相當長的時間內沒有旁落過，至於燕王朱棣起兵爭位，那是皇帝家裡自己的事了。
【評議】
歷史的血腥至今猶能聞到，權力的「棘杖」又何曾一時光滑可手過呢？殺了近五萬人來鞏固皇權，試圖為子孫後代削出一把可以揮壓萬民而又光滑可手的權力之杖，其結果怎樣呢？還不照樣是叔侄爭位、宗室相殘？還不照樣是奸佞迭出、禍亂相行？
孟子說：「不嗜殺者能一之。」其意是說以仁行事才能得天下、保天下。但這一萬古不變的信念，在歷史上實現了多少，今天還是否適合，也許是個很值得探尋的課題。