2003年5月，據說一份有關寡頭們可能醞釀政變的政治咨詢報告擺在了普京面前。作為回應，在2003年6月的一個政府發佈會上，克里姆林宮特別安排的第一個提問的問題就是有關「寡頭革命」的。普京當時的回答是：俄羅斯決不會「允許個別商界人士為其公司利益而影響國家的政治生活」。「不同意這一原則的。」普京補充說，應該記住那些已失敗的人的前車之鑒，「一些人永遠地消失了，另一些人則遙不可及」。他指的是流亡海外的別列佐夫斯基與古辛斯基。
霍多爾科夫斯基決定一意孤行，在他看來，與克里姆林宮保持一致，已變成值得嘲笑的一件事。他和政治實在走得太近了，近得甚至連普通的俄羅斯人都開始懷疑，他到底是商人還是政治家。
不過普京不是葉利欽，這個前克格勃和寡頭之間並沒有說不清楚的關係，他甚至因為堅決反對寡頭而擁有了大批選民。
對列別傑夫的被捕，《獨立報》表示，一個人被戴上了手銬，感到難受的是另一個人。因為，列別傑夫是霍多爾科夫斯基控制下的尤科斯石油公司的重要股東，普京還是希望霍多爾科夫斯基能夠放棄他的政治狂想。
接下來發生的事情，把兩個強人都推上了對抗之路。
2003年7月4日，霍氏參加了美駐俄大使館的獨立日慶祝會。7月5日，霍氏被檢察部門傳喚。接著，他去美國愛達荷州參加有比爾·蓋茨、沃倫·巴菲特等重量級人物在場的商業聚會。
很多人認為，霍多爾科夫斯基的這次遠行，是他脫離俄羅斯的危機最好的機會，但令人驚訝的是，在美國的聚會結束後，霍氏回到了莫斯科。「我以為他會流亡，」一個俄羅斯大亨說，「但是他決心成為一個持不同政見者。」
「他不會妥協，」在英國流亡的別列佐夫斯基表示，「一些人能停止表現自我，選擇虛偽；另一些人則認為自己的觀點是重要的，這便是霍多爾科夫斯基。他不會讓他們擊垮自己。」
回到祖國的霍氏表示，他確信俄羅斯的新民主能夠幫助和保護他在尤科斯的權益。他不但沒有偃旗息鼓，反而借列別傑夫的被捕事件來公開批評普京政權，認為普京是在向集權時代倒退。尤科斯也在全俄各地大樹「我們團結在一起」的戶外廣告牌，其公司網站上也出現了「狙擊尤科斯」的專題討論。
在這一年的10月中旬，霍氏約見了自己的私人律師。當時在場的律師回憶，霍氏表示知道自己將會被逮捕，並已為此做好準備。對前來採訪的西方媒體，霍氏也做如是表示，並說他仍然非常年輕，非常富有，當局終有一天會釋放他，在這之後，他將繼續自己的「戰爭」。他甚至開玩笑說，自己把頭髮理短，就是為自己被當局抓進監獄做好準備。
直到10月25日，在被捕前最後一次接受採訪時，霍氏仍保持著對普京政權的蔑視。「他們需要表明，即便是這個國家最透明的公司，也不是安全的。」
所有一切的結束用了不到五分鐘。
莫斯科時間2003年10月25日凌晨五時許，一架「圖134」專機降落在俄羅斯新西伯利亞市托爾馬喬沃機場，準備加油，但還未停穩就被十多輛警燈閃爍的軍車團團包圍。這些全副武裝、頭戴面罩的特種部隊士兵和身穿黑色制服的特工很快衝入機艙，大喊「聯邦安全局，槍放地上，否則開火」！
在七寡頭或流亡或沉寂的21世紀的第三個年頭，他們中最後的希望，也被擊碎了，霍多爾科夫斯基成為了又一個階下囚。
在像好萊塢電影情節般地被捕後，霍多爾科夫斯基被關押到俄羅斯著名的「水兵寂靜」監獄。該監獄是上世紀50年代修建的，專門用來關押重要政治犯。三天後，他被轉移到條件較好的莫斯科四號監獄。俄羅斯檢察官在霍氏被捕當日對他進行了審訊，隨後立即把他送上了刑事法庭，要求法庭批准逮捕。對於這次逮捕的理由，檢察院指出是霍多爾科夫斯基犯有詐騙、逃稅、偽造公文、利用欺騙手段給別人造成財產損失、侵佔財產和拒不執行法院判決等七項罪行，其中一些事項與10年前收購國有資產有關。根據國際文傳電訊社的報道，莫斯科法庭判定，霍多爾科夫斯基應被監禁。而俄總檢察院表示，霍多爾科夫斯基的公司及其下屬機構非法攫取的資金和逃稅金額總共超過10億美元。如果對霍氏的所有指控都成立的話，他可能最多被判入獄10年。
在入獄後不久，霍多爾科夫斯基通過律師發表聲明說：「我並不對我所做過的任何事感到遺憾，我也不對今天發生的事感到遺憾。」此後，接近他的人士表示，霍氏正在考慮參加明年3月的總統大選，即便是在獄中。
八天後，被羈押在監獄中的霍多爾科夫斯基表示自己將辭去總裁職務，今後也不在合併後的尤科斯—西伯利亞石油公司擔任任何職務。外界認為，因涉嫌巨額逃稅和欺詐等犯罪行為被羈押的霍多爾科夫斯基此舉正是為了將他的案件與整個公司業務分開，以減少公司遭受的損失。而尤科斯公司組建新董事會則是為了穩定當前局勢，避免公司的正常業務受到嚴重影響。
2003年11月11日，俄羅斯莫斯科市巴思馬尼區法院作出裁決，拒絕了霍多爾科夫斯基要求保釋的上訴，這意味著霍氏將按照檢察院的要求，被至少拘押到12月30日。
2003年12月22日，霍多爾科夫斯基在莫斯科一個法庭出庭，接受有關對他羈押期延長問題的聽證。俄總檢察院又要求再把他的羈押期延長三個月。
2004年3月19日上午，莫斯科一家地方法院再次開庭，對霍多爾科夫斯基進行了將近七個小時的庭審。最後判決將霍氏羈押候審期限定為當年5月25日。
這一天，霍多爾科夫斯基依舊在做一個關於自由的夢想。在法庭上，他把自己的想法告訴了一些記者：「我相信自己沒有犯罪。某些人一直在指責我干涉政治，我認為這種指責毫無道理。俄羅斯目前的經濟需要什麼需要政治支持。政治應該為經濟建設服務。只有這樣，俄羅斯的經濟才能高速發展。等恢復自由後，我會一如既往地堅持自己的追求，去為社會多做些好事。」語氣強硬的霍多爾科夫斯基說。這卻成了他最後的強硬發言。
１０天後，俄羅斯《商業日報》刊出了一封霍氏在獄中完成的「悔過書」——《俄羅斯自由主義危機》。在這封信裡，他無奈地寫道：「我們應該結束懷疑總統合法性的所有行動，因為這是毫無意義的。不管我們是否喜歡弗拉基米爾·普京，我們都應該認識到俄羅斯總統不是一個普通的人，總統是保證國家統一和穩定的機制，也許是上帝阻止我們讓這一體制崩潰。」
這位石油大亨甚至把過去的第一宿敵普京描述成「自由民主主義的捍衛者」，在文章中，他說：「是的，普京既不是一個自由主義者，也不是民主派，但他仍然比我們國家中70%的人口更嚮往自由和民主。」此種表態，被全球媒體看作是霍多爾科夫斯基自２００３年10月被捕以來首次向克里姆林宮公開妥協。
不過一切已經太晚了，以俄羅斯司法程序，一般的案件從檢察機關交由法院審理，必須在50—80個工作日內對案件作出判決。霍多爾科夫斯基從2003年10月25日被捕，到2003年12月下旬法院作出延期一個審理程序，推到次年3月25日。2004年3月19日，法院再次推遲一個審理程序，延期到5月25日。這已經說明遊戲將是沒有時間終點的，由於參與這場政治遊戲的玩方太多，牽涉到重大的國家利益，普京似乎也難以在一時準確地平衡入局各方的力量。
普京會不會考慮在完成3月總統大選後釋放這個「敵人」呢答案是否定的，也許他太謹慎了。普京並沒有在5月宣誓就職後釋放霍氏，繼續在監獄裡等待審判是霍多爾科夫斯基唯一的選擇。
2004年，霍多爾科夫斯基明顯老去了，因為他最後的資本也開始風雨飄搖。
2004年12月19日，俄羅斯聯邦財產基金會對尤科斯公司旗下最大的子公司尤甘斯克大部分股份進行公開拍賣，起拍價預定為86億美元。名不見經傳的「貝加爾金融集團」出人意料地以93.7億美元的價格購得了尤甘斯克公司76.79％的股份。僅僅用了五分鐘，霍多爾科夫斯基曾經擁有的這個掙錢機器就成了別人的產業。
12月22日，國有的俄羅斯石油公司又吞併貝加爾這個尤科斯的神秘買家，從而收購了剛剛拍得尤科斯子公司尤甘斯克76.79%股份的貝加爾金融集團公司，成為這些股份的新持有者。這使尤甘斯克最終又回到了國家的控制之中。而在這次收購後，尤甘斯克與俄天然氣工業股份公司、俄石油公司並到一起，從而可躋身世界最大石油公司的行列。
也許這才是普京苦苦等待的一天。而隨著大量尤科斯公司旗下子公司被拍賣或者收購，以及政府要求其償還所欠稅款，尤科斯最終的命運，似乎只有破產。
沒有多少人對霍多爾科夫斯基的未來再抱有希望了，而我們的話題也要回到2005年3月，霍多爾科夫斯基被《福布斯》富豪榜認定仍舊擁有22億美元的財產——但這又有什麼用呢
在與強權的俄羅斯和普京的鬥爭中，他的命運已經被注定：和所有歷史上的寡頭一樣，或者流亡，或者默默無聞老去，或者在監獄中等待一個重新審判的時刻。
倒掉的世界：俄羅斯「七大寡頭」
談到俄羅斯的富豪，永遠繞不開寡頭的話題，據說在寡頭經濟最厲害的時候，俄羅斯的七個集團曾經控制著俄羅斯85%的財富。
事實上，俄羅斯的寡頭一直就是世界經濟領域的一個奇觀，這些「寡頭」主要指在20世紀90年代俄羅斯私有化過程中一夜暴富的大資本家。1996年3月的一天，葉利欽秘密召見了七個金融寡頭，他們是聯合銀行總裁別列佐夫斯基、大橋銀行總裁古辛斯基、國際商業銀行總裁維諾格拉多夫、首都儲蓄銀行總裁斯摩稜斯基、阿爾法銀行總裁弗裡德曼、梅納捷普銀行總裁霍多爾科夫斯基、俄羅斯信貸商業銀行總裁馬爾金。雙方達成了一項協議：銀行家提供財政支持，確保葉利欽連任；葉利欽則承諾維護寡頭的經濟利益。這就是後來的「七大寡頭」。
這七個人都是頭腦靈活、敢於冒險的「精英」，他們幾乎都大學畢業，年齡在40—50歲之間，有的得過國家獎金，有的還是科學院通訊院士。這些人加上統一電力公司總裁丘拜斯，基本上控制了國家的油氣、動力、冶金業和金融業，並在一定程度上操縱了輿論。
雙方第一個回合的較量發生在1998年。這一年，俄羅斯私有化造成的不合理分配結果首次顯現出來，一場金融危機伴隨著通貨膨脹席捲全國。時任總理的普裡馬科夫曾經試圖對付這些經濟寡頭，同時要「改善國家管理」，限制寡頭對政權的控制，但最後遭到罷黜。在第一個回合的較量中，寡頭們佔了上風。
而國家的勝利則在第二回合，這個回合的主角是普京。2000年5月，普京就任總統幾個月後，便開始對經濟寡頭進行打擊，首先拿挑戰其內外政策的古辛斯基和別列佐夫斯基開刀，以洗黑錢、侵吞國家財產和詐騙罪對他們提出起訴。兩人拒不出庭，逃到國外，被俄總檢察院通緝。當局隨後又指控波塔寧等五名財閥侵吞國家財產或偷稅。
的確到了寡頭們付出代價的時候了。正如普京所說：「俄羅斯有一部分人瞬間暴富，變成了億萬富翁，這是通過佔有國家財富的方式實現的，他們的財富是國家賦予的，是免費賦予的。連他們自己都承認他們億萬富翁的頭銜是國家任命的。」他要開始收拾這些由自己統治的這個國家任命的億萬富翁，而在這個以強勢著稱的俄羅斯政治領袖面前，所有的寡頭都倒下了。讓我們像快餐一樣消費時裝，消費，消費，再消費！