19世紀前上海行政軍事權力的基本結構是官紳結合，商人被排斥在政治領域之外，也不敢奢望有參政要求。中外貿易的迅速崛起和士紳階層對城市變化反應的遲鈍，將熟悉洋務的商人推上了政治舞台。
上海需要的就是帶有重商主義色彩的務實派官僚。當上道台之前，吳健彰已經是鹹齡的助手。更為重要的是，還有兩件事情促成了他的脫穎而出。一是在旗昌洋行進入上海的第二年，他就成為該行的首位中國股東。旗昌洋行是美國洋行中向中國走私鴉片歷史最久、規模最大的一家洋行。二是1848年，在英美的支持下，野心勃勃的吳健彰以大手筆捐資50萬兩白銀，出任上海候補道台兼江海關（上海海關）監督之職。
鹹齡被調離後，吳健彰如願以償地當上上海道台，成為中國近代最早涉足政治舞台的買辦。從此，吳健彰完成了由單純的買辦商人向政界要員的華麗轉身，成為上海乃至中國政經兩界的風雲人物，但與宮慕久相比，他遠談不上廉潔。他利用職權，肆無忌憚地從事投機活動，走私鴉片，貪污索賄，無所不為。
吳健彰被活捉後，就處置問題，小刀會內部產生了分歧。福建幫主張一殺了事，廣東幫主張勸降。劉麗川念同鄉之誼，下令勿殺。作為美國洋行的股東，美國駐華公使馬沙利在吳健彰被俘的當天，就致函劉麗川，表示願負保護之責。
劉麗川接信後，當晚就會見了馬沙利，表示吳健彰的安全沒有問題。之後，旗昌洋行派人到吳健彰被關押的地方，讓他脫去官服，扮成商店夥計模樣，著便服，戴墨鏡，持破傘，由兩名身強力壯的廣東人充當侍從，溜到城牆根，用事先準備好的長布條縋城逃脫。
吳健彰就這樣神不知鬼不覺地被放走了，出來後的吳健彰與小刀會勢不兩立，大肆屠殺起義軍。小刀會起義宣佈豁免3年賦稅錢糧，並鑄造貨幣，發展商業，保證糧食供應，打擊高利貸，受到民眾歡迎。吳健彰攻城不下，就通過放火的方式，對閩廣人清算自己補捕之辱，在小東門外羊毛弄、福建街一帶放火焚燒店舖民房，大火連燒4天，大片民居化為灰燼。1853年12月，連最為繁盛的小東門至大小南門，也沒有倖免，涉及店舖民房2000多間，「百年富庶精華」於一夕之間皆被抹去。
由寧波人創建的四明公所、徽州人所建的徽寧會館、泉漳會館、廣東會館、潮州會館、嘉應會館等，都被徹底燒燬，上海的商業中心也迅速向城外以北的租界轉移。起義被鎮壓後，閩廣人被逐出縣城，不准在城內居住，這讓秘密會社難以在上海立足。
對這種行徑，《北華捷報》也指斥吳健彰道，「禍首卻是一個理應保障而不應破壞同胞財產的人」，認為吳健彰是一個「完全失掉民心的道台」。
英、美、法當局曾聲稱對局勢保持「中立」，但為維護在華利益和趁火打劫，旗昌洋行帶頭拒繳海關關稅，以此想獲得在華特權。1854年4月，英美駐軍藉機襲擊了上海城內的清軍營盤。7月，清政府任命吉爾杭阿為江蘇巡撫，吳健彰受命與英、美、法當局談判。
吳健彰以出賣上海海關和租界主權，換取了英、美、法當局的支持。從此，上海海關由英、美、法三國委派的「稅務司」共管，上海租界建立了獨立於中國行政系統和法律制度以外的統治機構，所以，可以說小刀會起義在不經意間促成了上海租界的真正獨立，加快了上海國際化的步伐。
1854年8月，吳健彰以通夷養賊、貪贓枉法，而被革職抄家。他使出渾身解數，大肆賄賂查案官員，並捐助軍需，以求自保。當時太平軍正以排山倒海之勢進攻清軍，清政府也意識到「非和夷不能滅賊」，就策略性地起用吳健彰，以取得列強的支持。
1855年2月，吳健彰及英、美、法等駐軍將小刀會起義鎮壓了下去。1856年春，經大將向榮保薦，吳健彰留在向榮的江南大營效力，同時，咸豐帝還讓廣東督撫發還其原籍被查抄的家產。1859年，已近古稀之年的吳健彰，趁奉令赴粵之際，「以病返籍作終老計」，回鄉廣置田地，安享晚年。
小刀會起義之後，閩廣人在滬的生存環境遭到破壞，福建籍人口急劇下降，此後也未出現大規模的回升，福建人在上海的勢力逐漸淡出。後世有人觀察到，今日上海街道名稱少有來自福建縣市的名稱。上海閩商的整體退卻，從上海小刀會起義被鎮壓後開始，到民國時形成定局。蘇浙移民則大量流入，形成了近代上海移民的新格局。
上海的商業由商埠間貿易、中外貿易和城市零售貿易三大塊組成。在19世紀60年代之前，埠際貿易地位最為突出，這讓以食糖、棉、棉布、紙、木等沿海埠際貿易為主的閩商還有立足之地。19世紀60年代之後，中外貿易佔據了大頭，加之小刀會起義的影響，閩商地位一落千丈。
一個耐人尋味的現象是，粵商保持了其在上海的地位。其實，這個現象與以下三方面有關：一是上海的貿易及稅收結構；二是粵商對洋務的熟悉程度；三是政商界背景。
上海港在近代的興起，很重要的一點是與鴉片貿易有關。鴉片貿易在廣州是非法的貿易，在上海卻成為暢通無阻的商品。鴉片主要來自印度，它在1890年前一直是外國輸入中國最主要的進項，其次才是絲與茶。迫於國際社會的關注和壓力，鴉片貿易慢慢勢弱，並被棉布超越。
當時的英商寶順洋行、美商旗昌洋行和英商怡和洋行都靠鴉片走私起家。怡和洋行是英商四大集團中規模最大者，在滬的全部資產占英商在華全部資產的20%以上，初進上海時，其有12艘鴉片走私船。寶順洋行和旗昌洋行的規模、裝備與此大致相仿。這些鴉片走私船來往於香港、印度、上海之間。到1851年，怡和洋行進上海港的船隻共25艘，有18艘是全副武裝的鴉片走私船，其餘的運銷棉織品和雜貨。這一年，怡和洋行輸入的鴉片，佔上海走私輸入鴉片的32%。
鴉片生意中走來的粵商
儘管福建人是早期到上海最多的人，但他們在上海商界的力量也僅限於糖、海味、棉布、紙、茶等的帆船販運和批發代理業務，不如廣潮幫與洋行存在千絲萬縷的聯繫所引發的影響，也不具有與外國貿易的長期經驗。這一點讓粵商在上海商界一時無以取代，從而免於被完全清洗。
1857年，浙江人吳煦被派往上海主持捐厘總局。為籌集軍餉，清政府在太平天國運動中推出釐金制。吳煦所要解決的就是保證對抗太平軍的清軍的糧餉問題。在他看來，只有得到廣潮幫的協助，才能化危為安，他就奏准清政府設立廣潮義捐，讓上海廣潮商人承辦鴉片捐稅：每販出一箱鴉片，向清政府捐稅10兩銀子，並從中提出2兩作為局外經費，也就是回扣由廣潮土商巨戶分享。因為他知道，如果沒有商人團體介入徵收程序，將無法控制走私和逃稅。
1857年全年廣潮商人義捐為53萬兩白銀，1858年和1859年為140餘萬兩白銀，占同時期上海捐餉總量的25%，這是上海地方政府不得不畀予潮陽土商以壟斷權的原因所在。
1858年，清政府與英國代表在上海簽訂了《通商章程善後條約》，無奈同意將鴉片以洋藥名義進口，此舉標誌著清政府承認鴉片貿易的合法化。對此，蘇智良在《中國毒品史》中稱，潮幫煙商佔據上海這個中國最大的鴉片貿易城市，壟斷鴉片零售及煙膏的製造與販賣達60年之久。
這樣一來，廣東商民在上海的地位並沒有因小刀會起義而受到太大影響，反而獲得了承辦鴉片捐稅的壟斷權。之後，廣東人在上海的人數上升到20萬以上，並稱雄上海30年。
之後，另一位在鎮壓太平天國起義中驍勇善戰的香山人葉廷眷，深得清政府的賞識，1864年，他受李鴻章委派，主持上海會捕局，制訂《中外會捕章程》，使上海治安有所改善。也是這一年夏天，廣東人丁日昌成為上海道台，在李鴻章領導下，創辦江南製造局，之後一路升任福建巡撫，並架起中國第一條自建電報線。後因貪污被劾，丁日昌行疾辭職。
1867年，葉廷眷被委任為上海知縣。在1853年以前，廣肇幫就已在上海建立同鄉組織廣肇會館，小刀會起義失敗後，會館被清政府焚燬。1872年，在葉廷眷、買辦商人徐潤等倡議下，廣肇幫重建廣肇公所。廣東會館買辦商人唐景星、徐潤、鄭觀應在1870~1880年間因受李鴻章的讚賞，特別活躍。
老天是公平的，當它拿走了福建商人在上海的立足之地時，又給他們及他們的後裔打開了另一扇大門。在明清私人海上貿易中，福建商人向來是一馬當先。當福建人在上海待不下去時，他們再次拾起漂泊海外的傳統，放眼東南亞，並以此為活動半徑，形成了一個龐大的移民群體。1864年廈門海關稅務局報告說，在爪哇、西貢、海峽殖民地（新加坡、馬來亞等）的中國人大部分來自福建。
了不起的是，福建商人在山重水復疑無路之時，歷時一個多世紀的隱忍，在最近三四十年絕地而起，給了現代中國人一個無比驚人的發現。一個不容置疑的事實是，福建產生了全球最多的世界級華人。僅以其中的泉州商人來說，如今在中國台灣地區（以蔡萬霖、王永慶、辜振甫、施崇棠、施振榮為代表）、新加坡（以黃廷芳、李成偉為代表）、馬來西亞（以林梧桐、林國泰、駱清燕、劉耀全、陳志遠、林木榮、邱繼炳為代表）、菲律賓（以陳永栽、鄭周敏、吳奕輝、鄭少堅、施至成、陳永成、楊應琳為代表）、印度尼西亞（以黃奕聰、林天寶為代表）的世界級富豪大多來自這裡。而廣東產生的世界級富豪主要集中在香港、泰國，其中以潮汕商人較多。寧波商人在海外的活動，除香港外，主要集中在日本，次則馬來西亞。這兩個商幫產生的世界級富豪，遠難與福建商幫相比。
從這個角度來說，福建商人是中國商幫史上最悲壯的商人群體，但也正是這種悲壯，讓其與晉商陸路長途貿易的土氣，具有了某種異曲同工之妙，而這兩個商幫所演繹的波瀾壯闊的財富故事，也讓他們成為中國商幫史上最大的兩個商人群體。
如果說山西商幫在清朝時產生了中國商幫史上最早的一批跨越百年的商人家族，那麼另一批跨越百年的華商家族就產生於這批以福建籍華僑商人為代表的商人群體中，並一直延續至今。