山西票商真正發達是在太平天國運動以後，起義軍切斷了清政府的運銀官道，清政府被迫在1862年12月允許票號匯兌京餉。戰爭讓清政府增加了對票商的信任，並在事實上形成了這樣一個結果：票商先於外資銀行成為官方最大的金融及理財合作夥伴，官僚們也會將自己的錢放到票號生息，這拓寬了票號的吸儲範圍。票商從原來的草根起家時代進入到了政商結合時代。
1853年，一場突如其來的物價上漲
1851年，太平天國運動（1851~1864）爆發，兩年後，一次因銀根緊縮而造成的物價上漲，在北京悄悄爆發。
1853年1月太平軍攻克武昌，人數增加到50萬。3月，太平軍攻佔南京，將南京改名為「天京」。同年，另一支農民軍──捻軍也揭竿起義（1853~1868）。一時，風聲鶴唳，舟楫不通，南北商船，聞風裹足。
日昇昌票號較早對戰爭做出反應，時任日昇昌大掌櫃的程清泮，首先收撤了中南部成都、重慶、廣州、漢口等地分號。1853~1856年，山西票號第一次出現大規模的撤莊行為，各號收撤了長江流域漢口、蕪湖、揚州、南京等地的分號，並在太平軍北征逼近京津地區時，暫時從京津地區撤莊或收縮業務。
1853年3月，繁華的北京城幾乎在一夜之間陷入蕭條，一半以上的商舖歇業，幾萬名百姓失去生計。之所以會出現這種局面，是因為北京的賬局、票號收緊了銀根。當時清政府並沒有自己的金融中樞可資調控，市場的金融信息主要通過民間的反應得以體現。
1853年，北京共有賬局268家，其中山西商人開設的有210家，其次為順天府商人。在清朝宗室惠親王綿愉看來，「伏思天下之廣，不乏富庶之人，而富庶之省，莫過廣東、山西為最」。他估計，在京貿易的山西商民因戰爭歇業回家，讓京城一下子少了數千萬兩資金。
由於山西人開的票號、錢鋪、賬局，只收不放，或索性收業返鄉，商戶周轉資金髮生困難，大部分陷入停業狀態，而太平天國起義以來，清政府的大量財政被挪用到了戰事上，僅到1853年就已經支出了2700多萬兩白銀，而戶部銀庫到這一年的6月中旬，存銀僅剩下22.7萬多兩。
於是，民間捐輸提上日程。1853年，程清泮捐給清政府750兩銀子。這場全民捐款活動，從1852年2月開始持續了多年。到1853年正月底，各省督撫將軍及所屬文武官員捐銀129萬兩，紳商士民捐銀424萬餘兩。最為搶眼的還是山西各界的表現，捐銀159.93萬餘兩，居各行省之首，占捐款總額的37.65％。為此，山西還與陝西、四川在鄉試、生員招生上獲得了增加名額的獎勵。
這次捐輸持續到1855年11月，山西紳商共捐銀303萬兩，實際交銀287萬餘兩。平遙日昇昌李氏家族這一年內捐了1萬兩，從財東李箴視到其弟弟、三個本家兄弟，每人捐輸都得了一個官銜。
不僅如此，李箴視還為故去的父親、祖父、曾祖父都捐了官銜，兄弟72人及家族同輩男子12人均捐了文武頭銜，而李家的女性也都請封「宜人」、「夫人」頭銜。毛鴻翽家裡從父親到玄孫上下五代31名男子，也都捐得「將軍」、「大夫」官銜。
因賠款所需，第一次鴉片戰爭時山西紳商派捐200多萬兩白銀，但民間的捐輸並不能從根本上解決問題。另一方面，鴉片貿易使白銀大量外流，導致銀貴錢賤，以銅錢計算的物價不斷上升。
為解決皇室和財政危機，從1853年起，清政府開始在北京集中濫鑄濫發大面額的銅鐵大錢，加劇了由於票號、賬局等撤離京城所導致的混亂。銅錢面額價值劃分為15個等級，咸豐元寶甚至當百上千，物價猛漲。
作為一個龐大的消費城市，北京的糧食、雜貨均靠外地運入，農戶運農產品進城，換回的大錢回到本地便不能使用，自然不願再進京販運。外地商人運貨到京，銷售而得的銅鐵大錢，七八千文才能換銀一兩，而京城外面不過4000文即可換銀一兩，商人利益明顯虧折，由是貨物不能源源運入，京城貨價自然昂貴。1斤麥面京城外鄉鎮售價不過十六七文，城內則需三十七八文。到1853年年底，1兩銀與京票的兌付比例已經從1︰2000飆升到1︰4000。
1862年，進入政商時代
清政府對各省的財政收支，歷來用京餉和協餉的辦法來進行宏觀調控。上解朝廷的稱京餉，它是對各地承擔的清政府的官吏俸祿、八旗軍費、皇室費用等支出的總稱；而由戶部指定有盈餘的省份將財政收入的一部分，調撥給那些需要但入不敷出的省份，叫協餉。
但是，無論是京餉還是協餉，歷來奉行的都是各地官府的解餉委員會裝鞘運解，但1828年，浙江省盈餘餉項的解京發生了一點小變化，沿途還是由解餉委員會押解，但到部投文領批、銀鞘交庫都由票號商人辦理，結果浙江省受到懲處。道光帝為此重頒上諭，凡解押京餉，每個環節都不得假借商人之手。
那時，山西票號誕生的時間不長，根基尚淺，由票商辦理銀鞘交庫，還難以贏得清政府的信任。1854年，第二批官銀錢號，即「五宇官號」（宇升、宇恆、宇謙、宇泰、宇豐）設立。清政府倣傚民間票號、錢莊用銀票來兌付會票或期票的做法，用發行的「京錢票」來收兌寶鈔。這種辦法被都察院左都御史和淳稱做「不必抑勒驅迫，而財源已裕於不覺」，但由此引發了京城的金融混亂和物價上漲。1861年，銀票兌付比高達1︰30000。
隨著票鈔日益貶值，清政府不得不下令京錢票「一概停發」，並限令在1867年前收回。1853~1861年期間，大錢和票鈔的發行量共合銀6024.9萬兩，佔這一時期清政府國庫收入8667.3萬兩的69.5%。
因太平天國農民軍起義和上海的崛起，廣東省財政陷入了非常窘迫的境地，撥解京餉的資金多向票號借墊。到1864年太平天國起義被鎮壓，粵海關因關稅徵收無幾，不夠湊撥，就向山西協成乾、志成信票號各借銀5萬兩匯兌，由稅收項下提撥歸償。
1857年，英法聯軍在第二次鴉片戰爭中佔領廣州，1859年6月佔領天津，1860年10月攻入北京。此前後太平軍佔領蘇州，石達開轉戰四川，北至京師，南至廣州，東至蘇州，西至成都，山西票號出現了更大範圍的撤莊。開設票號最多的平遙幫，損失嚴重，日昇昌開設的日新中及聚發源、義興永、隆盛長、萬成和、萬盛成、光泰永、隆和永等票號，無法維持，相繼關閉，程清泮被迫辭退員工19人，收撤京師、張家口、開封、長沙等5個分號。
1861年，各省應解京餉700萬兩白銀，直到當年農曆8月時，北京戶部僅收到100多萬兩白銀。這時，太平軍與清政府進入決戰階段，戰爭阻塞了交通，使清政府爆發了嚴重的財政危機，清政府被迫在1862年12月允許殷實票號匯兌京餉。從此，在官方主動的情況下，票號與清政府扯上了千絲萬縷的聯繫。
在解禁令到達各省之前，江西巡撫沈葆禎在1863年4月首次交給新泰厚票號匯兌10萬兩京餉進京。江西的先行和清政府的解禁，讓廣東、湖南、湖北等地紛紛效仿。
但好景不長，1863年9月，戶部認為，部庫多收一批匯兌，京城就少一批實銀，以此奏請同治帝批准禁止用票號匯兌京餉的命令。同年，在杭州經商的徽州商人胡雪巖在上海開設阜康銀號，從此票號業有了所謂西幫（山西幫）和南幫兩大派系。
此後戶部又先後三次禁止商人匯兌官餉，但從來沒有被真正禁止過。也就是從1863年開始，山西票號進入了一個快速發展的時期。在此後的10年時間裡，票號數量從14家發展到28家，票號的主要業務逐漸由匯總經營民間銀兩轉向巨額公款。
這些存放在山西商人手中的公款是不計利息的，通過匯兌和經營這種沒有成本的資金，山西商人獲得了巨大的收益。直到1903年10月，因為庫款見絀，甚至連戶部尚書鹿傳霖也從銀庫中提取白銀100萬兩，放在京師票號裡生息。就這樣，政府庫銀交給商人生息的做法應運而生。到1904年4月16日，上海關稅收入和賠償款，也被清政府准許拿出70%，外放生息。
從武漢到上海：票號業務中心的轉移