作為朱元璋的四子，朱棣是在與侄兒建文帝的奪權鬥爭中登基的。在這一過程中，宦官發揮了重要作用。馬和，濃眉大眼，體態健美，且聰明伶俐，才智過人，忠於職守，出入戰陣，屢建奇功，在河南鄭家壩戰役後，因戰功赫赫，被賜予「鄭」姓，他就是領銜下西洋的鄭和。
朱元璋曾有對太監任用的限令，但朱棣突破了其父的禁令，還將鄭和晉陞為四品內官監太監，這是宦官中最高的級別。明初，市舶司由市舶提舉司負責管理，但朱棣即位初年，市舶宦官取代了市舶提舉司，從而改變了明初貿易管理體制。在唐朝，向海外貿易商人徵收市舶稅，也由宦官主管。
就這樣，市舶宦官，與市舶所在的三省鎮守、巡撫、三司等官員，構成了朝貢貿易事實上的多頭領導。市舶宦官以皇帝欽差身份常駐地方，來歷不凡，口銜天憲，權勢顯赫。
根據儒家倫理，經商是一種低等且有損榮譽的職業。作為士農工商末等的商人，與文人的身份、地位相去甚遠，所以明朝也明令禁止王公及其後裔們由科舉入仕或經商，這些人在破落後，寧可做文人、藝人，甚至為匪作盜，也不肯經商。
他們的生活來源，也就是俸祿的籌集工作就落在了宦官身上。宦官，在明朝成為緩衝經商與儒家倫理衝突乃至皇帝與大臣體制裂痕的一道奇妙的隔板。15世紀初，皇室成員數量增長，國庫不堪重負，不得不將親王的祿米由5萬石降到1萬石，宦官地位提高也就發生在這一時期。
英宗在位的正統年間以後，宦官勢力膨脹，市舶宦官經常兼任或轉遷提督地方軍務、海道、鹽政、珠池等職，插手地方事務，凌駕於地方當局之上，在貿易管理中具有統領全局的權勢。到16世紀，供養皇室男性成員的開支超過了全部官史俸祿的總和。不久，僅此一項開支便超過了政府稅收的總額。
由文藍主編的《宦官的歷史》一書詳述了宦官在明朝政治經濟領域中的份量：
明代宦官出任與經濟相關的職務，更是數不勝數，主要有市舶司、鹽稅司、採辦、織造、燒造。明初，設置廣東、浙江、福建三口對外通商，設市舶司管轄，由宦官出任。永樂以後，市舶司由宦官出任成為定制，除了管理對外貿易事務，市舶司太監還能請旨節制、提督沿海軍隊，應對突發事變。明代皇莊設有觀倉太監。草場亦由宦官管理。不僅如此，明代中央政府直轄的漕倉，初歸戶部，後亦加派宦官監督。明代初年，即委派宦官監督、核查各地稅務……明永樂年間，還曾派宦官核查礦物。景泰年間，開採浙江、福建銀礦，命宦官提督管理。
美國學者牟復禮指出：「禮儀性的禮物交換以外的各種貿易和交換，至少在名義上是為了取得供皇室使用和享受的物品而進行的。這樣，一切對外貿易都掌握在宦官手中，以皇帝私人利害關係的名義來經營，一般不受制於朝廷所制訂的政策。」所以，由太監領銜的下西洋，其所代表的是由皇室統領和壟斷的海外貿易，這與文官所代表的民生利益，有著不可避免的衝突。
明朝中後期的皇帝大都懶於政事，像嘉靖、隆慶和萬曆三位皇帝，甚至一二十年不上朝，於是皇帝「批紅」的大權被放到了太監手裡。司禮監的秉筆太監負責用紅筆批示處理意見是否可以執行，而掌印太監則負責複審、蓋章，擁有太監中的「一號人物」之稱，像劉瑾、馮保、魏忠賢等人就是司禮監中的佼佼者，他們可以說是權傾天下，用明末思想家黃宗羲的話說則是，有宰相之實。
就這樣，司禮監實際上成為皇帝與外廷、內閣之間的政務樞紐。1449年，明英宗朱祁鎮受親信太監王振的慫恿，御駕親征。在王振的盲目指揮下，明軍全軍覆沒，23歲的明英宗朱祁鎮被生擒，釀成「土木堡之變」。
2001年，《亞洲華爾街日報》將明朝太監劉瑾列入過去1000年來全球最富有的50人名單。至於他的財產，據清趙翼記載，劉瑾被抄家時有黃金250萬兩，白銀
5000餘萬兩，其他珍寶細軟更是無法統計。僅銀子一項，就相當於明朝60年的國稅收入。
有關劉瑾的資產總量，歷來說法不一，但作為明朝傳說中最富有的宮廷太監，劉瑾成了道德範本中貪權攬財的典範，這是太監權力在明朝政治、經濟領域膨脹的結果。
在韓毓海看來，明朝是中國歷史上皇權與士大夫衝突最激烈的朝代，那時皇權與六部之間的衝突可用僵持來描述。朱元璋在位第13年時，廢除了自秦以來輔佐天子處理國政的宰相之位，這是中國政治制度的極大變動，從此天子直接面對六部，六部有建議權而天子獨攬決策權。為彌補無宰之職所形成的空缺，皇帝另設內閣大學士，為天子襄理文墨。
作為皇帝代言人的內閣大學士和司禮監，與士大夫的代言人六部之間的衝突進一步加劇。在杜車別看來，明朝政治一個最核心的特點就是輿論控制權和政治權力的分離獨立。由司禮監太監掌握的錦衣衛和東廠的出現，彌補了皇權的萎縮。
儘管錦衣衛並不是宦官，但宦官掌握的東廠所用的小特務都是從錦衣衛中挑選出來的，二者在組織上互相滲透。同時，錦衣衛和東廠的宦官首領私交都很深，而且錦衣衛中的高級官員都是宦官子弟，在人事上也有著千絲萬縷的聯繫。明朝時，宦官滲透到了司法的各個領域，但其對軍事的滲透力則不如唐朝。
錦衣衛和東廠的存在，加劇了宦官與文官集團的矛盾。對於兩者之間的鬥爭，《劍橋中國明代史》這樣寫道：
在明代的大部分時期，控制政府決策權的主要鬥爭是在皇帝的兩套顧問班子之間進行的。一套班子來自士大夫集團。他們的組織基礎是翰林院及它對內閣職務任命的壟斷。這個集團容易產生派系活動和正當的政策分歧，但是在大部分士大夫心目中，這類分歧不過是倫理和思想價值觀念總的一致下的一個枝節部分。與之競爭的一個集團是皇帝的私人的官僚機器——宦官——連同他們管理皇宮的以司禮監為首的24個宦官機構。
在宦官權熾之時，文官集團也顯現出了與前朝不一樣的氣象。隋代首開了以文字水準代替血統作為選拔依據的考試，是為科舉制度。之後，平民出身的進士在數量上開始壓倒世族。在之前的九品中正制下，「上品無寒門，下品無士族」，重要官位幾乎為門閥貴族所獨享，但在隋唐時期，政府並不曾允許商人入仕。儘管執行並不一定到位，但隋文帝開皇十六年（596年）下詔，工商不得仕進，唐制也規定工商雜類不得預於仕伍。
之後的朝代取消了這一規定，下層平民出身的官僚日益增多。有商人背景的家族開始重點投資培養子弟讀書，讓他們通過科舉考試進入仕途，因為他們深知，要與官僚階層結合的途徑多種多樣，最可靠的莫過於讓有直接血緣關係的家族成員成為官僚階層的一分子。
晚明時期，商人後裔人數佔到進士和舉人總數的3/4以上。明清兩代共考取進士51000人，其中商業最為興旺的江南地區有7800餘人，約占1/6，他們絕大部分都是商業富戶的子弟。據《兩淮鹽法志·科舉志》記載，明代兩淮共取進士137名，其中徽、陝、晉籍佔到106名；共取舉人286名，徽、陝、晉籍有213名；均占總數的70%以上，而他們基本都是商人的子弟。
中國士農工商社會秩序中的士商界限，自宋朝開始，已經有了長達幾百年的模糊歷程。特別是到明朝以後，士商界限已經模糊到身具理學大師和官員雙重身份的王陽明為商人寫墓誌銘的程度。1523年，當王陽明為商人方麟做這件事時，他並不知道，這是中國士商史上的破天荒之舉。之後，晚明名士、曾經官至南京禮部尚書兼太子太保的湖北人李維楨，也為浙江衢州府龍游商人李汝衡立了傳，以表彰這個世代經商的家族樂善好施的品性。士商界限的模糊歷程，一直持續到晚清。1905年科舉制度被取消，士商力量的演變由原來的模糊狀態發生質變，最終導致了清朝的覆亡，這是後話。
在科舉制度之下，宋明時的平民知識分子力量急劇上升，但與宋朝依靠高俸祿籠絡文官不同，明政府對文官實行的是低俸祿，黃仁宇在《中國大歷史》中這樣寫道：
他（朱元璋）的文官組織充其量也不過8000人，薪給之低，即依中國的標準看來，也算特殊，因為朱元璋自己以農民而為天子，在他的心目中，官僚之為人民公僕，就必定要照字義上成為公僕。在類似情形之下所有稱為「吏」者，也另成一系統，尚且是官僚組織之下層。多數的吏員系奉召服務，一般不給酬，如果他們有薪給的話，最多亦不過維持家室的食米而已。
在杜車別看來，宋朝對文官的優厚待遇，讓相當一部分文官脫離出身階層，而形成另一個相對獨立的官僚階層。這個官僚階層即便僅僅從自身利益的角度來說，也會贊同國家加強對工商業的控制，增加財政收入來源，但明朝的低俸祿、苛刻的待遇，以及輿論控制權分散在民間和眾多知識分子手中的情況，又讓文官不得不依舊依附在原來的階層上，才能獲得輿論的好評以及長遠地站穩腳跟，這樣文官在更大程度上被推向了民間利益階層尤其是商人階層的利益體。
太監凌權及晚明的增稅問題，無疑讓文官集團的微詞達到高峰。銅錢的歷史命運也與太監有關，萬曆末年，「萬曆三大役」（寧夏之役、播州之役和援助朝鮮抗擊倭寇之戰）的爆發，讓銅錢的鑄造速度達到了登峰造極的程度。沙朝振在《明朝錢幣的鑄行》中列舉的數據表明，1593年以前，全國鑄錢局只有60座錢爐，到1593年時增加到了100座，1603年時，戶部等機構新開250座錢爐，應天府也添了100座，一年便增加了350座。本來戶部只管紙鈔，工部管鑄錢，此時寶鈔已停，戶部改鑄錢，此事一開，全國各地紛紛效仿，一時全國有多少錢爐竟無法統計。
即便如此也沒能解決皇廷資金供給緊張的局面，大批礦監和稅監被派往各地，他們橫徵暴斂，一時又激起民憤。到1618年，太倉儲銀只剩下12萬兩，也就是在這一年，明被後金大敗，撫順失守，萬曆皇帝不得不解開私囊，來填補兵部50萬兩的赤字。當時東御府儲銀仍有300多萬兩，礦監和稅監功不可沒。
1621年，天啟帝下令招錄3000多名宦官，竟有2萬閹人前來申請。那年由稅監監鑄過一種天啟小錢，初鑄的時候，每文有一錢三分重，以55文折銀一錢；天啟二年秋天，每文就減為7分許。以後，由於鑄局人員的舞弊，鑄錢更加輕小，銅的成色也由銅七鉛三降為銅鉛各半，有些地方鑄的錢甚至只有兩三成銅，其餘儘是鉛砂，擲到地上就會碎掉。
人們的不滿在稅監殺人事件後爆發，蘇州市民發起了席捲蘇南各州縣的拒用天啟錢運動，持續10個月之久。這時，市場上充滿了幣值相同、金屬含量不等的金屬貨幣，而金屬含量高的銅錢被人們私藏在家中，劣幣驅逐良幣的現象出現。
到1629年，明政府每年向在朝的官僚、貴族發的俸祿只有15萬兩，還不到國家財政預算的1%。按每年固定俸銀的平均數計算，文官的俸銀平均每人10兩，武官不到5兩，士兵不到2兩。到此時，明朝離滅亡已經不遠了。