馬六甲很快恢復了往日的平靜，貿易繼續興盛。
鄭和下西洋前兩年，也就是1403年，朱棣復置浙江、福建、廣東三市舶司。因諸番來華漸多，明政府遂在三市舶司分別建造專門接待外國商使的館驛，福建曰「來遠」，浙江曰「安遠」，廣東曰「懷遠」。
貢使團到達京師後，除朝見皇帝、進行「貢」與「賜」的禮品交換外，還被允許在隸屬禮部的會同館與中國商人進行一定規模的互市，這也屬朝貢貿易的組成部分。
貢使沿途往返的車、船、食宿均由官府供給，朱棣要求各級官員對「遠人來歸者，悉撫綏之，俾各遂所欲」，儘管一些貢使有恃無恐，橫行霸道，騷擾鄉民不可勝言，但官民以為朝廷招懷遠人，「無敢與較」。朱棣說：「朝廷取四夷，當懷之以恩。今後朝貢者，悉以品級賜繼，雖加厚不為過也。」
在鄭和第六次下西洋後一年，有16國遣使臣1200人同時隨鄭和來華。整個永樂年間，各國貢使團來華多達318次。除了一些王子、王妃外，還有4個國家的國王8次來華訪問，這也是前朝所不曾見過的。
貢使團附帶來華貿易的商貨被特旨免稅，但照例有抽分，並由政府出高價收買其中的大部分。明朝永樂年間的朝貢不看重花銷，不拘商稅，盡在禮數與威嚴，這注定了鄭和下西洋是中國朝貢史上最為輝煌和最為璀璨的一幕。《劍橋中國明代史》對永樂帝的文治武功作出了高度評價：
永樂帝留給明代後來的君主們一項複雜的遺產。他們繼承了一個對遠方諸國負有義務的帝國、一條沿著北方邊境的漫長的防線、一個具有許多非常規形式的複雜的文官官僚機構和軍事組織、一個需要大規模的漕運體制以供它生存的宏偉的北京。這只有在一個被建立帝國的理想所推動的朝氣蓬勃的領袖領導下才能夠維持，這個領袖能夠不惜一切代價，並願意把權力交給文官，以保持政府的日常職能。
維持頻繁的朝貢貿易，並不僅僅取決於其繼任者的執政素質和政治影響，更何況明朝具有文治武功的皇帝寥若晨星。因為是以和平的方式，所以鄭和下西洋並未在南洋留下駐軍及基地，僅滿足於非常規的外交聯絡。儘管如此，明政府仍換來了在100多年間甚至更長時間內，在南洋若隱若現的政治影響力，直到葡西商人闖入。
馬六甲是這種政治影響力的一個縮影，它猶如一面多稜鏡，映襯出遞次出現在這裡的暹羅商人、明朝海盜商人、鄭和下西洋船隊、印度古吉拉特商人以及後來的葡萄牙商人的身影，他們構成了馬六甲的古代史。
這些接踵而至馬六甲的商人不約而同衝著一種商品而來：香料。它與中國的絲綢、瓷器及之後的茶葉一樣，曾經左右著世界貿易的格局。馬六甲特殊的戰略位置，讓它成為世界上最大的香料市場，每年從這裡產出的香料被運往中國以及通過地中海轉口到歐洲。
馬六甲最初的主人是暹羅商人，這個又叫滿剌加國的馬六甲王國，在1405年脫離暹羅宣佈獨立，並於同年與明政府通好納貢，尋求明政府的庇佑。永樂九年至宣德八年（1411~1433）間，馬六甲王國的使臣來華朝貢達15次之多，國王更是5次親自前來。規模最大的一次在1411年，拜裡米蘇拉親率妻子陪臣540多人到南京面見明成祖朱棣。
鄭和七下西洋，至少5次靠岸馬六甲。依托馬六甲作為中轉站，鄭和在馬六甲設立倉庫。法國史學家布羅代爾認為，中國在馬六甲興起及其在維護亞太——印度洋貿易網中發揮了作用：如果馬六甲不是向中國輸誠納貢，「暹羅和爪哇無疑會一口吞掉這個因地方政治的偶然機遇而誕生的小城市」。
但在布羅代爾看來，中國在此地的影響力不比印度，馬六甲的外國商人中以古傑拉特（現巴基斯坦東北部旁遮普省城市）和卡利卡特（現印度南部城市）的穆斯林商人居多。
古傑拉特是當時屬於印度坎貝的另一名稱，這是1406年鄭和與1489年葡萄牙達·伽馬兩位東西方航海家共同登陸過，並最後去世的地方。古傑拉特的商人在蘇門答臘、爪哇與馬六甲同樣站穩了腳跟，控制了轉手銷往地中海的大部分香料和胡椒。印度在對外關係方面遠比中國開放，就這樣再次顯示了它潛在的優勢，並與伊斯蘭和瀕臨地中海的近東地區的商業網連成了一片。
作為當時最大的馬六甲香料消費國，明政府以馬六甲為中樞，保持與南洋、印度洋的暢通以符合國家利益，中國的興趣也在於限制暹羅侵犯馬六甲和爪窪向馬六甲的擴張。暹羅政府也注意到了來自中國的壓力，幾乎每年都派納貢使團到中國並從中得益。暹羅曾對馬六甲動武，要求馬六甲成為其藩屬國但最終失敗，以此為標誌，明朝的朝貢貿易圈出現了漠視宗主國權力的離心力，此時馬六甲王國只認中國為其宗主國，就遣使向明朝皇帝控告，明政府的保護到這時還有效果。古傑拉特商人黃雀在後，也分享了中國的存在給馬六甲地區所帶來的政治平衡與潛在利益。在1408年、1419年、1436年，明朝在協調暹羅與占城、蘇門答臘、馬六甲王國之間的糾紛上發揮了積極作用。
微小的關稅：政府忽視的外貿需求
面對出手闊綽的明朝，朝貢國及其商人都看得精明透亮：畢恭畢敬是獲取更多利益的最好辦法，所以都竭盡所能地呈上朝貢物品，甚至是正常量的幾十倍。明政府最初規定日本進貢刀不超過3000把，但之後日本進貢數量增加到9900多把，最多一次達到37000多把。會發生這種事情，原因就在於朝貢物品的利潤豐厚，比如第三次的9900餘把日本刀，明朝出價每把5000文，而這些刀在日本的售價每把不過800~1000文。
在朝貢貿易制度下，外國使團帶來的商品分為「進貢品」和「附搭物」兩類。前者與皇廷交易，朝廷對應有賜物；後者與中國官方交易，因討價還價的餘地較大，使得永樂以後的官僚可以為減輕明朝的財政負擔而在減少附搭物數量和壓低價格上盡職。
增加本朝與外番的感情及貿易聯絡，是鄭和下西洋的初衷，但來華朝貢的繁雜及逾越規製程度偏大，又讓明朝在財力上和精力上不勝其煩。胡椒和蘇木利潤驚人，但其在朝貢貿易中所佔的比例和份量並不清楚，所以也不能說明官方在其中有利可圖，否則車駕郎中劉大夏就不會上奏說：「三保下西洋費錢糧數十萬，軍民死且萬計，縱得奇寶而回，於國家何益？」
明朝官員對朝貢貿易並不樂見其成。在這種情況下，鄭和下西洋的收穫，顯然並不能用簡單算經濟賬的方式來計算。
永樂時政府還有底子，在1412~1424年建造的1800艘海船中，有1700多艘是在前6年造成的，其中包括著名的寶船。造一艘大船的代價是近1000擔（近60噸）大米。這對於當時每年有3000萬擔大米收入的明政府來說，尚可接受。在6年間製造1700艘船，即每年平均耗費28.3萬擔大米，不到國家全年大米收入的1%。南宋初，政府財政總收入不滿1000萬貫，市舶收入達150萬貫左右，占財政總收入的15%；元朝建朝的前26年，市舶收入中僅黃金一項就達3400兩，占歲入黃金之數的1/6以上。
也有官員提出要對附搭物徵稅，朱棣回答說，「商稅者，國家抑逐末之民，豈以為利？今夷人慕義遠來，乃侵其利，所得幾何，而虧辱大體多矣」，徵稅之想遂作罷。
為什麼朱棣不把徵稅看在眼裡呢？張宇燕、高程從另一個角度給出了一種解讀，那就是民間海外貿易在朱棣看來是雞肋。他們在《海外白銀、初始制度條件與東方世界的停滯》中對此予以解答：
根據達維南特的計算，17世紀的英國，在政府每年收入的330萬英鎊中，僅來自海外貿易的進口稅就大約有130萬鎊，約占39.4％。光榮革命後，政府得自貿易和國內製造業的收入每年可達200萬英鎊，占政府總收入的相當比例。荷蘭公民在戰時繳納給政府的賦稅占年收入的比例超過1/3，和平時期的賦稅約為年收入的1/4，其中大部分由商人承擔。同時代的中國情況卻大為不同。黃仁宇估計明末全中國每年總收入為3700萬兩白銀，其中田賦收入在併入許多雜項稅目後，總計約銀2100萬兩，役銀1000多萬兩，鹽課200萬兩，雜色項目400萬兩。向長途販運的大商人和海商主要徵收鈔關稅和番舶抽分（列入雜色項目之內），分別為34萬兩和7萬兩，兩項總和僅佔全國總收入的1.1％左右，約為帝國來自土地收入的1/90！
此文的結論是，國家無法從商人集團的發跡中獲得更多經濟上的好處，因此出面支持對外擴張和貿易掠奪的「決心」和「意志」明顯不足，當時在歐洲國家出現的重商主義風潮無法在中國形成氣候，而這一風潮曾在西方興起的進程中起到了重要的作用。
儘管繼任者仍然堅持朱棣關於帝國的遠見和他所奠定的政治基礎，但《劍橋中國明代史》認為，永樂帝的直接繼承者都不具備這種英勇的品質。最關鍵的是，每況愈下的經濟已經不足以支撐講究排場的朝貢貿易。
台灣地區中央研究院人文社會科學研究中心張彬村認為，鄭和的航海活動就是永樂皇帝為實現朝貢貿易而推動的最昂貴投資。黃仁宇推測，鄭和下西洋所需費用約在白銀600萬兩，相當於當時國庫年支出的兩倍，而這還不包括造船等各地支出的費用。
明政府每年接待貢使的花費也在不斷增大，甚至有應接不暇之嫌。於是明政府對朝貢間隔期、貢船數目、隨船人數、進境路線及停泊口岸等都作出了較多限制性規定，譬如，限定占城、真臘、暹羅及西洋諸國每三年才可以到廣州港一貢。日本定例10年一貢，入寧波港，人數不得超過300人，船不得超過3艘。琉球入泉州港，兩年一貢，人數不得超過100人等，外國貢使團前來的次數也隨之消退。
這種措施外寬內緊，很快就見到了效果。然而，張文德卻發現了一個令人感到奇怪的事實：在弘治（1487~1505）統治的18年間，馬六甲王國對外貿易興盛，《明實錄》卻沒有反映過一次馬六甲王國使臣前來朝貢的信息。
1433年鄭和航海活動中止後，馬六甲王國繼續興旺昌盛，古吉拉特商人越來越多地來到馬六甲。張文德推測，馬六甲王國不來朝貢的原因，很可能是它更重視與印度西北各港口穆斯林的貿易，或者是它一時還顧不過來。
朱棣死後，文官們發動輿論攻勢，竭力貶低、醜化鄭和航海下西洋的活動。現在，有關鄭和下西洋的檔案很多都找不到了。這是一件讓人欷歔的事，對此，史上有劉大夏藏匿和焚燬兩說，但不管怎樣，為數不少的文官集團成員與鹽商或海商家族之間有著千絲萬縷的聯繫，對制止國家壟斷和控制海外貿易發揮了關鍵作用。
太監與文官之爭：海外貿易「夾心化」
明朝對太監的重用，是從朱棣開始的。