正當國內白銀貨幣化進行得如火如荼之時，朝貢及海外貿易所提供的白銀解了明政府的眼前之渴。在山西鹽商家族引發政治大地震之前，以福建為主體的海商家族已經逼死了一個巡撫出身的副都御史朱紈，甚至連四任首輔的老臣夏言這樣的主戰派人物，也掉了腦袋。
整個明朝，海商絕大多數時候是以非法的角色活躍在海外貿易中的。他們甚至囂張到以武裝走私的方式公然對抗政府。從粵籍的陳祖義到閩籍的金子老、許光頭；從徽籍的許棟、王直到泉州籍的李旦、鄭芝龍，都是如此。
這些中國海上走私集團卻在無意中結成了一張遍及東亞、東南亞的商業網絡，並在不經意間成為葡萄牙、西班牙、荷蘭、英國等國家肢解中國朝貢體系前最後一道強有力的屏障，但他們仍走不出宿命，寄希望於海外貿易開放而不得，最後一個個身首兩端。
唐朝時，官府鼓勵外國和外族商人到大唐經商，並給予種種優惠條件，但對本地商業的發展卻有諸多抑制，除禁止商人入仕外，甚至禁止商人乘馬，並對出國經商者實行嚴格的審查制度，還明確禁止錦、綾、絹、絲、金、銀、鐵等出國。
明朝沿襲了唐朝對內開放弱於對外開放的格局。不僅如此，朱元璋還對朝貢體系進行了創新，賦予了朝貢與貿易一體化並均由官方壟斷的新內涵，於是鄭和下西洋成為明朝試圖以官方壟斷方式統籌外貿的象徵。
要瞭解明朝海商的命運，不能不從朱元璋對朝貢體系的創新和鄭和下西洋說起。
朱元璋創新：朝貢貿易一體化
明朝最早來中國朝貢的國家是高麗，這時它剛被朱元璋改名為朝鮮。
作為朝貢體系的一部分，明朝的四夷館是中國歷史上具有真正意義的翻譯機構。四夷館初設之時，隸屬翰林院，選國子監生學習翻譯之事。明朝著名學者、大學士邱浚的名著《大學衍義補》，可以看做是中國朝貢理論發展的一個高峰。他闡述了一個道理：國家富有萬國，固無待於海島之利。然中國之物自足於用，而外國不可無中國之物。大清皇帝由此引申出一句口頭禪：天朝上國，無所不有。
在北京大學教授韓毓海看來，周禮是用親戚關係治天下，周天子和各個諸侯是親戚關係。後來，中國人把這套親戚關係用於處理對外關係，從而形成了一個朝貢體系。到明朝，中國這種通過串親戚為名的朝貢貿易，以白銀為交易工具，最終推動世界從實物經濟過渡到了貨幣經濟時代。
明初，非入貢不許互市，朝廷賦予的朝貢是唯一准許的合法對外貿易，這種貿易體系由市舶司負責管理。市舶司負責查驗來華貢使身份、安排貢使食宿、管理口岸互市及抽分徵稅。
第一個市舶司設立於朱元璋建元稱帝之前的1367年，地點在之後鄭和第一次下西洋的出發點—長江口的太倉。洪武三年（1370年），該市舶司因離南京過近而被廢棄，另於浙江寧波、福建泉州及廣東廣州三處傳統口岸設置市舶司機構。其中，寧波通日本，泉州通琉球，廣州通占城、暹羅及後來的西洋諸國。
海盜騷擾次數的多寡是明朝開關對外口岸的重要參考。因沿海迭遭倭患，又有番商假冒貢使入貢，加上張士誠、方國珍等流亡勢力的存在，1374年，朱元璋關閉了所有對外貿易口岸，實行海禁。從此，明朝已有鎖國跡象。
但這並不能說明朝就沒有對外貿易發展，只不過對外貿易完全被朝貢貿易所取代。在台灣地區中央研究院人文社會科學研究中心張彬村看來，朱元璋的創造性體現在「把貿易和朝貢完全綁在一起」。他闡釋說：
明太祖改變了歷來的朝貢與貿易分開的做法，讓中外貿易只能在外邦的使節團來中國朝貢時，在特定的時間和地點，在禮部官員或港口的市舶司官員的監督下，公開進行；或者由朝廷派遣到海外的中國使節團，在外國順便做點買賣。將民間貿易的管道完全封閉的朝貢貿易制度，是史無前例的創舉。為了實現這個制度，明太祖頒行嚴格的「海禁令」，禁止中國人民私自渡航到海外，也禁止外國朝貢使節團以外的任何船隻到中國來，有時候甚至禁止人民在沿海的捕魚活動。
早在20世紀50年代，史學大家李劍農就指出，「明初海上之商業關係，已呈變態」，具體表現在：以市舶附於貢舶，優於貢直而免市稅；有貢則許市，非貢則否；宋元時的市舶商人持有的公憑公據，到明朝變成了貢使的勘合。凡定期入貢者，都提前頒發勘合，勘合不符者不被認可。
海盜入貢：缺位的私人海商
在實施朝貢貿易一體化的過程中，明政府三番五次對私人海外貿易作出限制，僅在明太祖洪武十四年到三十年間（1381~1397），就下達了至少6次與海禁有關的法令或命令：從禁止商民私通海外到不允許外來國家與中國「交通」，從禁止民間使用和買賣海外產品到禁止商民下海通商，從廢棄舟山群島上的昌國縣到責令舟山島及其他46島（山）居民內遷，一次比一次嚴厲。
《大明律》甚至規定：擅造三桅以上違式大船，帶違禁貨物去海外交易者，正犯要梟首示眾，全家發邊衛充軍。當然，海禁也並非禁一切航海活動，撐單桅小船，在近海捕撈魚蝦、采打柴木者，不受此限。之後，有關海外貿易的限制政策，不絕如縷。
朱元璋在洪武二十七年（1394年）頒布法令，禁止民間使用及買賣舶來的番香、番貨等海外產品，同時制定了制裁措施：「番貨到來，私買販賣蘇木、胡椒至一千斤以上者……發邊衛充軍」。為什麼要對蘇木、胡椒等香料作出特別規定？中國社會科學院歷史研究所研究員萬明以胡椒為例比價，結果顯示，朱元璋年間，明政府對海外各國朝貢附進貨物胡椒一項的給價，是原產地的20倍。
1405年7月11日宦官鄭和第一次下西洋。之後，每斤胡椒在中國的市價是原產地的10倍，比先前有大幅下降。甚至在1422~1424年，蘇木、胡椒還作為文武官員的折支俸祿出現。明政府規定春夏折鈔，秋冬支蘇木、胡椒，五品以上的官員折支占70%，五品以下折支占60%，這也是紙鈔貶值之際減少流通貨幣量的途徑之一。
到宣德九年（1434年），明政府又具體規定，京師文武官員的俸祿以胡椒（每斤100貫）、蘇木（每斤50貫）折鈔，到正統元年（1436年），折鈔的人群又擴大到北直隸衛所官軍，這種情形到成化七年（1471年）才終止。
如果發展民間貿易，勢必擾亂朝貢貿易的價格體系。當這種情形發生之日，也是香料作為宮廷奢侈品的角色向民間日用品轉化之時，明政府顯然不願看到這種情形的發生。
鄭和為什麼下西洋在國內外一直是一個見仁見智的話題。在政治上，有尋找下落不明的建文帝之說。在對外關係上，有人認為是為遠播大明王朝的威望，威懾周邊國家。在經濟上，有人認為是為維護明政府對朝貢貿易的壟斷，甚至有人認為其後期是為了尋找黃金白銀……各種說法都沒有定論。
鄭和第一次下西洋的時間比哥倫布發現美洲大陸早87年，比達·伽馬發現印度早92年，比麥哲倫首次橫渡太平洋發現菲律賓早114年。鄭和勞其心智地領導著一個載有2.7萬多人的龐大船隊，先後7次下西洋。1998年，美國《國家地理》雜誌評選過去1000年中世界上最有影響力的探險家，鄭和是唯一入選的東方人。
鄭和船隊的規模前無古人、後無來者。然而，15世紀末由西歐人主導而展開的全球性大航海時代，船隊規模雖然都很小，卻代表了一個海洋發展時代的到來。
鄭和下西洋比哥倫布、達·伽馬等人要早，這並非說西歐國家沒有更早的大規模的航海活動。就在鄭和第一次下西洋後的第十年，由葡萄牙國王率隊帶領的一支遠征隊從里斯本出發，開始了一系列對外擴張和海上探險活動。這支遠征隊由
19000名陸軍、1700名水兵、近200多艘戰船組成，當年便佔領了非洲北部重要的港口城市休達，它是扼直布羅陀海峽及地中海與大西洋之間的海上咽喉要道。
1492年哥倫布發現美洲。回國後，西班牙女王伊莎貝拉一世與之簽署了一項協議。該協議任命哥倫布為他所發現或取得的所有島嶼和大陸的元帥，並保有這些領地的出產、交換所得和開採出來的一切黃金、白銀、珍珠、寶石、香料和其他財物的1/10，完全免稅；他和他的繼承人永遠享有元帥職銜及相應的一切權利和特權。每當開闢出一個海區，後繼的民間海商要交納「執照」稅，方可進入規定的海域經營。
這是一個由航海和突破精神作先導而將王權、貴族、商人乃至海盜意志上升為國家意志的時代，而在鄭和下西洋中，中國私人海商顯然是缺位的。明朝的朝貢貿易體制根本容不下想在外貿上與大明皇帝平起平坐的海商，因此海商承擔了「海盜商人」的罵名。
明朝的朝貢貿易體系，無疑是政府對外採購的重要平台。對於朝貢使者來說，能納入明政府的官方採購渠道的東西，無疑意味著財富，尤其像香料這類東西，絕對是說一不二的暢銷貨，所以那些僑居國外的華人千方百計地想擠進這一管道。
林翠如曾在《光明日報》撰文指出，當時的日本、琉球、暹羅、爪哇、高麗、占城、蘇門答臘和榜葛剌等國都有以海外華人充當朝貢使團成員的情況發生。明朝曾多次派遣使者前往各國宣諭他們回國，但一紙詔令很難把海外華僑召回，不少久居海外的華僑，就見縫插針地作為外國使團成員，利用大明的朝貢通道保持與明朝的貿易往來。
以使者的身份出現，等於合法地納入了明朝的朝貢貿易體系。而一些無法進入這一體系的粵閩海商，只能以海盜的身份出現，從而成為明政府眼中的干擾者。
陳祖義便充當了這樣一個角色。他來自廣東潮州，明洪武年間全家逃到南洋入海為生。當明朝官方盯上他時，他已經成為盤踞在馬六甲的中國海盜王。陳祖義曾在三佛齊（今印度尼西亞的巨港一帶）的渤林邦國王手下當大將，國王死後，他自立為王。他也想到永樂皇帝那裡去進貢，可他的很多貢品並不是在本國港口準備好的，而是空船出發，一路搶，搶到什麼送什麼。
陳氏集團成員最多時超萬人，戰船近百艘，活動範圍包括日本、中國台灣、中國南海、印尼舊港（今巨港）等印度洋地區，總計有超過萬艘以上的過往船隻遭其掠奪，明朝有50多個沿海城鎮被其攻陷過，南洋一些國家甚至向其納貢。為此，朱元璋曾懸賞50萬兩白銀要陳祖義的首級。朱棣在位時，賞金更是高達白銀750萬兩。
此時的大明還沒有任何強大對手需要面對，日本海盜隔三差五的騷擾，儘管擾亂了日本對中國的蘇木貿易，但並不成氣候。蒙古在明朝初年中興之時，尋釁對抗尚不是時機，陳祖義的出現讓大明發現了一個目標。
彼此似乎都早有準備，當陳祖義膽敢對鄭和船隊有所覬覦時，他的舉動已經被視為對明朝貿易體系的衝撞和挑戰了，這直接導致他在鄭和第一次下西洋時被俘。最後，當著各國使者的面，他被朱棣下令殺掉。
角逐南洋：若隱若現的影響力