在前文《中國古代同性戀一觀》中已經提及，我國早在殷商時期就已經有禁止「比頑童」的律法。這一歷史痕跡說明兩個問題：一是當時同性戀風氣很嚴重，二是說明它對人類社會的穩定及發展有危害。不過，從西方殘酷迫害同性戀者的歷史來看，在中國的典籍裡，至今還沒有看到對同性戀大規模殘酷迫害的記載。究竟是什麼原因導致這樣的不同？又是什麼原因使中國在殷商時期就已經禁止同性戀風氣？
前文《中國古代同性戀一觀》已經論述，中國對同性戀的禁止大概來自於中國人最早的哲學「一陰一陽謂之道」的陰陽哲學觀。其次，便是儒家哲學的性觀念。那麼，還有什麼原因呢？從人類與自然鬥爭的歷史來看，性崇拜是早期人類的最重要的也是最根本的崇拜，它說明性的生育能力是人類對性的第一要求。在這種情況下，同性戀不能生育，它自然地就受到限制。這是至今我們在中國人的思想中發現的原因。
但古代西方世界對同性戀仇視的原因是很清楚的。這也大概是後來同性戀問題成為西方宗教、學術、科學所探討的重要原因之一。從某種角度來說，它困擾著西方人的精神。
在基督教還沒有完全深入民心之前，在古羅馬，尤其在古希臘，同性戀風氣曾盛行一時。當時的一些大學者如蘇格拉底、亞里斯多德、柏拉圖等都是同性戀者，在他們的思想中，男子是最乾淨、最美的，同性戀自然便是高尚的。但在此後興起的猶太教以及基督教對同性戀的認識大相逕庭，都把同性戀視為十惡不赦的大罪。其原因之一也與中國人的認識相同，即它違背了性的生育和繁衍的神聖之道。同中國人一樣，那時的西方人，結婚而不生育也被視為大罪，更別說同性戀了。
同性戀的苦日子從宗教開始了。在基督教看來，同性戀是最嚴重的罪行，因為它不僅反上帝（連柏拉圖都說，人本來是「男男合一」、「女女合體」、「男女共體」三類人，但由於要反對宙斯，結果被宙斯一劈為二，同性戀就是在這種情況下產生的），同時在獨身、禁慾的條件下，修士和修士、修女和修女之間很容易發生同性戀，如果不對同性戀進行鎮壓，就危及教會自身的生存。大概這後一個原因更為重要，所以教會對同性戀的迫害首先在內部。公元567年，基督教會在第二次圖爾宗教大會上宣佈，禁止兩個男修士同睡一張床，以後又禁止兩個修女同睡一張床。後來，教會就和當地統治者聯合起來一起懲處同性戀了。公元538年，拜占庭帝國皇帝查士丁尼在把羅馬法和教會法綜合的基礎上頒布法律，說同性戀「引起饑荒、地震、瘟疫」，對個人則「喪失靈魂」，因此，為防止國家和城市的毀滅，必須嚴禁，懲罰的手段之一是公開示眾後加以閹割。誰知這一說法在公元541年至544年真的得到了「應驗」：拜占庭發生大鼠疫，人們都歸罪於同性戀者。
大概也就是從這個時候起，同性戀與「魔鬼」、「不可預知的疾病」（在《古蘭經》中也有這樣的警示）等聯繫在一起了。關於這一點，中國人也有人這樣認為，但沒有科學依據。比如，漢哀帝為之斷袖的董賢、被符堅寵幸的慕容沖、陳文帝陳蒨和陳子高，都活得不長，不知道是不是與疾病有關。在記載中，《清稗類鈔》裡記載的那位宿娼狎優的翰林朝官，死時的症狀與現在所說的艾滋病卻有幾分相似：「汙血淋漓，陽脫於騾車中，懷中猶抱一優。」還有《聊齋》中的為契好（廣東一帶把同性戀稱為契好）報仇的董九郎，用後庭引誘契好的仇家，不久便真的使仇家病發身亡，不知道跟什麼病有關。
中國人對兄妹婚的認識是較早的，也是較為科學的，認為「近親結婚，其子不繁」，但對於同性間的性行為會導致什麼疾病卻沒有多少科學的記載。人類對同性戀會導致疾病的認識主要是基督教。《聖經》中提到過一個罪惡之城，就是位於死海邊的索多瑪城。該城的居民罪孽深重，令上帝忍無可忍而降下大火和硫磺予以毀滅。什麼罪孽呢？公元一世紀亞歷山大人斐諾說，該城的居民犯的罪是同性戀：「索多瑪城的居民不顧自然法則，狂飲烈酒，暴食美味，進行不自然的性交，他們不僅縱慾於女人而使別人的婚姻破裂，而且違反自然，男性間相奸。結果，當他們想要小孩時，卻發現自己已無法生育，因為他們的精子不育了。」正統教會接受了這種認識，認為同性戀會帶來災難。
可笑的是，宗教一方面由於禁慾而導致同性戀的發生，同時，又反過來迫害同性戀，如果上帝知之，又作何感想呢？這大概是西方與中國對待同性戀不同態度的原因之一。
在歐洲長達1000年之久的暗雲密佈的中世紀，基督教會對同性戀者的迫害十分殘酷，直至處於火刑。法國在大革命前夕，對同性戀者要施以火刑，直到《拿破侖法典》公佈，才對同性戀者採取了較為人道的態度。到了19世紀的維多利亞時代，那時雖然很少對同性戀者採取野蠻的刑罰了，但同性戀行為仍被視為非法。愛爾蘭19世紀的宗教法律還規定要把同性戀者絞死。到了19世紀末，現代性科學開始興起，不少性學先驅如赫希菲爾德、靄理士等都提出要以科學的態度對待同性戀，反對打擊與迫害同性戀者，於是社會上視同性戀為罪犯的態度開始轉變。但是，在20世紀30年代德國納粹分子上台後，又瘋狂地迫害同性戀者。在希特勒執政期間，共迫害死40萬同性戀者。至今在柏林的菩提樹下大街仍有悼念這些死難者的紀念碑。
這便是整個西方同性戀的苦難史。始於宗教，終於科學。