如果疾情較輕，可以給孩子使用水楊酸鹽藥丸、灌腸劑或栓劑，比如柳氮磺胺吡啶(Sulphasalazine)和5-氨基水揚酸(5-ASA)。如果炎症比較嚴重，可以給他使用一個療程的類固醇灌腸劑、藥丸或進行靜脈注射，比如潑尼松(Prednisone)或丁地去炎松（Budesonide）。類固醇是強效藥，長期使用會引起一系列的副作用。因此，治療克羅恩病的挑戰是盡量減少類固醇的使用量。孩子可能需要停止服用其他有效的藥物，因為這些藥物可能會影響炎症，比如咪唑硫嘌呤（Azathioprine）、甲氨蝶呤（Methotrexate）和英夫利昔單抗（Infliximab）。有時，可以使用一個療程的抗生素（甲硝噠唑，metronidazole或環丙氟哌酸，ciprofloxacin）來控制症狀。
在一些克羅恩病例中，炎症會非常嚴重，孩子可能需要住院治療，實施腸道休息療法、靜脈注射營養和類固醇。偶爾，他可能需要外科手術。當克羅恩病的患者出現腸道部分狹窄，外科手術摘除狹窄部分也會有助於改善病情。
如果結腸也出問題了，孩子進入成年時，患結腸癌的風險就會略有提高。因此，現在就應該讓腸胃病學專家對孩子的病進行監控。
潰瘍性結腸炎。輕度的潰瘍性結腸炎可以用5-氨基水揚酸或柳氮磺胺吡啶治療。中度疾病可以用類固醇治療。重度的疾病則需要住院治療，進行輸血、腸道休息療法和靜脈注射營養。有時，強效免疫系統調節器，比如環孢黴素（Cyclosporine）和咪唑硫嘌呤，可以用來減少類固醇的使用。
在一些嚴重疾病中，比如在類固醇不起作用，或不使用類固醇病情經常復發時，孩子需要進行外科手術摘除結腸。結腸切除術需要兩種不同的手術程序，但它能夠治癒。
如果孩子不能實施結腸切除術，長大後，他患結腸癌的風險就會增加。建議患潰瘍性結腸炎超過10年的人，應該進行常規的纖維結腸鏡檢查。
腸套疊（Intussusception）
什麼是腸套疊？當腸的一部分（通常是小腸的末端）進入鄰近的一段腸裡（通常是大腸）時，就會發生腸套疊。腸套疊會導致腸梗阻。這種情況並不常見，每1000個孩子中會有2人出現此症。
腸套疊
當腸的一部分縮回去的時候，在大腸和小腸的交界處易發生腸套疊。
什麼引起了腸套疊？通常，我們不知道具體的原因。據說，最近的病毒感染導致腸的淋巴結髮炎引起了腸套疊。這些發炎的淋巴結能夠「引導」腸的第一段進入鄰近的腸管腔內。在大約5%的病例中，腸套疊是因為腸內存在可以確認的「引導點」。這個原因會導致潛在疾病，比如炎症性結腸炎、息肉、過敏性紫癜(HSP，henoch-schonleinpurpura)或腸內的淋巴瘤（癌）。
腸套疊的症狀是什麼？對兒童來說，腸套疊大部分發生在3個月至2歲間。孩子通常表現正常，症狀總是突然發生、反覆發作、逐漸惡化。孩子會萎靡不振，陣發性地哭鬧不安、屈腿、面色蒼白、多汗無力、可能會嘔吐，嘔吐物最終會變成暗綠色（膽汁）。所有這些症狀都是間歇性的，當孩子狀態好時，甚至能夠睡覺。最終，如果症狀繼續，套疊的腸會腫脹，被永久阻塞。這種情況比較嚴重，因為失去血液供給的腸會壞死。在之後的階段裡，孩子會出現暗紅色果醬樣的泡沫狀血便，腹部腫脹發硬。這就屬於外科急診了。
如何診斷腸套疊？醫生會依據你提供的病史做出判斷，那是標準的身體檢查。他也會為孩子做腹部超聲檢查，可能還會要求進行進一步檢查，以排除腹部疼痛的其他嚴重原因。
如何治療腸套疊？孩子需要住院緊急治療，進行空氣灌腸。在這個過程中，用小泵將空氣壓入直腸中，使用X射線成像。這樣做能減少或消除腸套疊。如果腸子破了，或空氣灌腸未能成功解決問題，有必要為孩子進行外科手術。偶爾，這個問題不需要治療，可以自我調整。有5%－10%的腸套疊會復發。在早期的診斷中，預後非常有用。
乳糖不耐症（LactoseIntolerance）
什麼是乳糖不耐症？乳糖分解酵素（Lactase），即乳糖酶是小腸內的一種酶，可以消化乳糖，這是一種包含在牛奶和奶製品中的糖。嬰兒小腸內乳糖分解酵素的含量最高，因為奶是其主要食物，然後，在3歲時，它的數量開始逐漸下降。在一些個體中，乳糖酶活性會大大降低，阻止了大量富含乳糖食物的正常消化。
乳糖不耐症是指由於乳糖酶活性低而導致奶製品消化困難的醫學術語，並不是指牛奶過敏。乳糖不耐症或者是原發性的，也就是說沒有明顯原因而形成的；或者是後天的，這意味著是由於某些疾病導致的。
當乳糖酶的產量逐漸下降到一定程度，阻止了所有攝入乳糖的消化，就會出現原發性乳糖不耐症。在某些人群中，尤其是亞洲和非洲人中，它更常見，同樣，它也會代代相傳。不過，任何背景的兒童或成人都會患乳糖不耐症。在任何時間，兒童、青少年或成年，都可能患上此病，但很少在嬰兒期出現。除了早產兒暫時出現外，很少有嬰兒從出生就有明顯的先天性乳糖不耐症。
後天乳糖不耐症是由於胃腸道感染，比如急性腸胃炎（StomachFlu）（參見病毒性腸胃炎，ViralGastroenteritis），或炎症性腸炎（參見炎症性腸炎），導致小腸內乳糖酶活性低而引起的一種疾病。在胃腸感染的病例中，不耐症是暫時性的，小腸治癒後會漸漸變好。
乳糖不耐症的症狀是什麼？在原發性乳糖不耐症中，每個孩子的症狀各不相同。無法消化的乳糖會進入小腸，使更多的水隨大便排出，導致大便稀鬆。小腸內的細菌會消化乳糖，產生氣體，引起腹部絞痛、腫脹和腸胃脹氣。大多數孩子在吃完含乳糖的東西，比如喝完一杯奶後，30分鐘到2小時會出現症狀。不過，由於許多不同的食物中都會有乳糖，有時很難將症狀與乳糖的攝入聯繫起來。一些孩子體內含有足夠的乳糖酶，能消化一些含乳糖的食物，像奶酪或酸乳酪，但高乳糖的產品，尤其是牛奶，會引發更多症狀。患原發性乳糖不耐症的孩子能夠健康成長，精力旺盛。篩查營養缺陷（比如貧血或低血清白蛋白）的血液檢查都是正常的。
醫生可能建議暫時不讓孩子食用奶製品，觀察其症狀。如果症狀減少，醫生可能會懷疑是原發性乳糖不耐症。不過，最好在進行氫呼吸試驗（HydrogenBreathTest）後再做出診斷。這是一項無創檢查，測量肺裡呼出氣體中氫的數量。如果孩子吃了或喝了含乳糖的食物，呼出的氣體中氫含量會上升，則表明患有乳糖不耐症。