問：既雲經寶流行之處，應連向之持經科中，今何不爾？
答：雖躡向經寶流行，復有及聞名號之言，須知此舉聞持之益。
丁二如來許說二：初略許可，二廣印定。今戊初。
佛告曼殊室利：「如是如是，如汝所說。」
戊二廣印定二：初印向持經，二印向聞名（文但不次耳）。今己初。
曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者。應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之。散種種華，燒種種香，以種種幢幡，莊嚴其處。七日七夜，受八分齋戒，食清淨食。澡浴香潔，著新淨衣。應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情，起利益安樂，慈悲喜捨，平等之心。鼓樂歌贊，右繞佛像。復應念彼此如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。隨所樂願，一切皆遂。求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處百怪出現。此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者。惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。或有水、火、、刀、毒、懸嶮、惡象、獅子、虎、狠、熊羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蛐蜒、蚊虻等怖。若能至心憶念彼佛，恭敬供養。一切布畏，皆得解脫。若他國侵擾，盜賊反亂。憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
問：澡浴之文，《七佛經》云：日別三時澡浴清淨。不繁數歟？
答：《摩訶止觀》云：日三時洗浴，一日即一實諦也。三洗即觀一實，修三觀，蕩三障，淨三智也。《輔行》云：三時洗者，縱無他緣，亦須三洗，有所表故。
問：隨所樂願，一切皆遂，乃至得男女之文。魏塘云：一切皆遂句，則該四教聖賢三昧辯才，願生佛國等出世正求；下四即遂世間淺深富壽之求。其說然歟？
答：今謂初二句，總舉。求長壽，別列。所舉壽等，豈一切外；若知一切皆遂，乃是出世正求，誰言富壽等四，但是世間倒求，文似語近，意實窮遠。故釋四求者，應例觀音《普門品》疏釋之。
問：水、火、虎、狼等文，魏塘謂：此皆滅世間之惡，不必約《普門》煩惱業報釋之。其說然歟？
答：今謂如請《觀音經》云：一切怖畏，一切毒害，一切惡鬼虎狼獅子。聞此咒時，口即閉塞，不能為害。疏云：一切怖畏者：歷十種行人，各各有怖畏也。作惡鬼虎狼者，例如《金光明》，初地至十地，皆有虎狼獅子之難。此中十人乃無事中虎狼，約煩惱法為虎狼也。須知但雲滅世間惡，使藥師利益局在界內，其咎莫大；況一切之言，豈指少分！
己二印向聞名
復次，曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事余天。唯當一心，歸佛法僧，受持禁戒。若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒。於所受中，或有毀犯，怖墮惡趣。若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生。或有女人，臨當產時，受於極苦。若能至心，稱名、禮讚、恭敬、供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身份具足，形色端正，見者歡喜。利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。
問：何謂菩薩四百戒？
答：《法藏》云：菩薩戒以十善為根本，十善者，言信等五根，無貪等三，及與慚愧合為十善。一一經十，合為百數。此各有四：自持，他持，讚歎，隨喜。如是即成四百戒也。（文），神謨、遁倫，皆述此說。
問：何謂苾芻尼五百戒？
答：《南山行事鈔》云：問：律中僧列二百五十戒，戒本具之。尼則五百，此言虛實？答：兩列定數，略指而言。諸部通言，不必依數。約境相明，乃有塵沙。律中尼有三百四十八戒，可得指此而為所防。准《智論》云：尼受戒法，略則五百，廣說八萬。（文）
丁三因阿難稱讚三：初如來問，二阿難答，三如來稱讚。今戊初
爾時，世尊告阿難言：「如我稱揚彼佛世尊藥師琉璃光如來所有功德。此是諸佛甚深行處，難可解了。汝為信不？」
問：諸佛甚深行處，如何釋耶？
答：《金光明經》序品初云：如來游於無量甚深法性諸佛行處。並方等部，彼此義同。釋迦所游，藥師所住，二無差別，體性全一，故引大師彼疏釋之。彼云：微妙三諦，故言甚深；非是二乘下地菩薩之所逮及，故言甚深也。又非別有一法，名為甚深；即事而真，無非實相；一色一香，莫非中道；皆中道故，即是甚深。諸佛行處者，正顯佛智甚深；佛智甚深故，行處亦甚深；行處甚深故，佛智亦甚深。舉蓋顯函，正在此也。
戊二阿難答二：初明持經不疑，二明持名難信（若夫持經不疑，以何持名難信；若夫持名難信，以何持經不疑？何況跡示三果非庸常人，豈有一信一不信耶？一縱一奪，譬勵後來耳）。今己初
阿難白言：「大德世尊！我於如來所說契經，不生疑惑。所以者何？一切如來，身、語、意業，無不清淨。世尊！此日月輪，可令墮落；妙高山王，可使傾動；諸佛所言，無有異也。
己二明持名難信
世尊！有諸眾生，信根不具。聞說諸佛甚深行處，作是思惟，雲何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利。由此不信，返生誹謗。彼於長夜，失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮。」
戊三如來稱讚（此中單舉持名躡阿難答故也。）文五：初反斥，二正宗，三簡非，四校歎，五結歎。今己初
佛告阿難：「是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑；墮惡趣者，無有是處。」
己二正示
阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解。汝今能受，當知皆是如來威力。
己三簡非
阿難！一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所繫菩薩。
問：何謂唯除一生所繫菩薩？
答：秋篠云：一生所繫菩薩者，即一生補處菩薩，如彌勒等也。道理通論，初地以上菩薩，各得無分別智，地地別證真如法界，於佛所成名稱功德，隨分信解。今言唯除一生所繫者，據因位之中信極者而言，以此菩薩因中見性分明，故作此說非謂一生以外，皆不信解也。（文）——案：此文本唐疏。
己四校歎
阿難！人身難得；於三寶中，信敬尊重亦難可得；得聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。
己五結歎
阿難！彼藥師琉璃光如來無量菩薩行，無量善巧方便，無量廣大願。我若一劫、若一劫餘而廣說者，劫可速盡；彼佛行、願、善巧、方便，無有盡也。」
問：文雲無量廣大願者，於前十二大願外，更有無量廣大願耶？
答：非也。凡諸菩薩，皆發總別二願。總則四弘，別則數異。若開出之，即是無量廣大願耳。
丙二救脫明益三：初明救病患，二明攘災難，三明轉後報。丁初明救病患二：初正向佛明，二答阿難問。戊初正向佛明二：初正明，二結勸。己初正明二：初正明苦相，二略出懺儀。（有生已來誰無病患，如薄拘羅雖無頭痛，未離無明。止觀十境，通稱病患。蕅益所謂眾生良藥無如病，思之思之！）今庚初
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫。即從座起，偏袒右肩，右膝著地，曲躬合掌，而白佛言：「大德世尊！像法轉時，有諸眾生，為種種患之所困厄，長病羸瘦，不能飲食。喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前，父母、親屬、朋友、知識，啼泣圍繞。然彼自身，臥在本處，見琰魔使引其神識，至於琰魔法王之前。然諸有情有俱生神，隨其所作，若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時彼王推問其人，算計所作，隨其罪福而處斷之。」
問：見琰魔使，引其神識，至於琰魔法王之前。古疏作何釋耶？
答：秋篠云：若其患人，決定令死，則受鬼身，容可琰王別遣鬼為使，而引取之。如其未決定死，則未受鬼身，何有鬼身，有得引生人之識！不可別人之識在別鬼身中，若不在鬼使身中，識心既不孤游，雲何可引得至琰魔王前？當知此是藥師如來及經之威力，令得患人第六意識見分之上，起此三種行解相分：為琰魔王，為王使，為己身，為自神識所依隨使之行至琰王前。其實，神識未曾離身，若是本識隨所捨處，則死成屍，不可說離身；若是六、七等識依本識故，而得現起；若離本識，無種子故，無由得生；是故八識俱無離身孤行之理。此蓋如人夢中夢現見師僧，或復父母，遣使來喚，夢現見己身隨使而行，遠至師僧及父母前，當知師僧或復父母、使人、己身，皆是第六意識見分上，現此三種相分；似有去來，實無去來。所以然者，以一切心及心所取境之時，非如燈明舒光照物，不同鐵鉗動作取物；但如明鏡遠照，影現鏡中，如人在遠，遙見日月，此亦如是。
藥師如來，及經威力，令彼患人，見如此相，似有往來，實無往來。故《涅槃經》云：若有聞是《大涅槃經》，言我不用發菩提心，誹謗正法，是人夢中，見羅剎像，心中布懼。羅剎語云：咄！善男子！汝今若不發菩提心，當斷汝命。是人惶怖覺已，即發無上菩提心。是人命終，若在三惡及在人天，續復憶念菩提之心，以是義故，是大涅槃威神力故，能令未發心者，作菩提因-案：此文本唐疏。《義疏》云：此是唐靖邁疏意。今謂云云，茲略不錄。
問：有俱生神，隨其所作，若罪若福皆具書之，盡持授與琰魔法王。古疏作何釋耶？
答：秋篠云：言俱生神者，若約實而言，神即識也，俱生神者，即阿賴耶識。以阿賴耶識，是受生之主，與身俱時而生，故名俱生。隨諸有情所作罪福，皆薰在阿賴耶識中，故言隨其所作，乃至皆具書之。或是琰魔王為令罪人無有妄拒，伏本所作故，化作俱生神，從生已來書其罪福，或是藥師如來及經威力，現作俱生神書其罪福。言盡持授與琰魔法王者，由阿賴耶識中，具有罪福種子為因緣，藥師如來及經威力為增上緣，令罪福相分，現於患人第六意識之上。令琰魔王他心智起，盡見患人罪福之相，義稱盡持授與。或琰魔化作俱生神，或佛及經現俱生神，授與亦然。——案：此文本唐疏。《義疏》有別解，茲略不錄。
庚二略出懺儀
時彼病人，親屬知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來；請諸眾僧，轉讀此經，燃七層之燈；懸五色續命神幡。或有是處，彼識得還，如在夢中，明瞭自見。或經七日、或二十一日、或三十五日、或四十九日，彼識還時，如從夢覺；皆自憶知善不善業，所得果報。由自證見業果報故；乃至命難，亦不造作諸惡之業。
問：燈七層，幡五色，有何義歟？
答：青丘有釋。今謂燈有七層，應表七覺。《止觀》云：燈，即慧也。《輔行》云：慧燈圓照。幡有五色，應表五陰。
問：燈幡之二，同是供具；如其表法，一是法門，一是正報、何為不齊？
答：五陰乃是四念處也，同是七科法門而已。
問：或有是處，彼識得還，如在夢中，明瞭自見。曰或，曰如，是何義歟？
答：秋篠云：謂有實死，雖復修福，識不得還；或因修福故，彼向王使所引之識，得還身中。二理不同，故復稱或。如在等者，秋篠云：此亦即是夢，以夢類夢，故稱為如——案：此文本唐疏。
己二結勸
是故淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號；隨力所能，恭敬供養。」
戊二答阿難問二：初阿難問，二救脫答。今己初