爾時，阿難問救脫菩薩曰：「善男子！應雲何恭敬、供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命幡燈，復雲何造？」
己二救脫答
救脫菩薩言：「大德！若有病人，欲脫病苦。當為其人，七日七夜，受持八分齋戒。應以飲食及余資具，隨力所辦，供養苾芻僧；晝夜六時，禮拜、供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦此經，四十九遍。然四十九燈。造彼如來形像七軀，一一像前，各置七燈；一一燈量，大如車輪；乃至四十九日，光明不絕。造五色彩幡，長四十九傑手。應放雜類眾生，至四十九。可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。
問：雲何供養芯芻僧耶？
答：《消災軌》云：仍須請七僧。今謂若隨力，堪請七七僧彌善。
問：雲何一一皆須四十九耶？
答：魏塘約《易經》大衍之數而釋。今謂不爾。數用七者，如《成實論》廣明。今皆四十九者，以復七故為數之極。例如中有不過七七。何假大衍以消今文。
問：何謂四十九傑手？
答：傑手長一尺。故晉、隋二本，及《七佛經》，皆雲四十九尺。又准《七佛經》，應外造幡。故彼經云：造雜彩幡四十九首，並一長幡四十九尺。——案：考南山、靈芝撰述，佛傑手二尺，人傑手為一尺。今約人傑手言也。傑手者，謂以大母指與中指張開相去之間。尺約周尺，古今人考訂周尺量，有種種異說。且據清馮雲鵬《金石索》中所考者，一周尺等於清工部營造尺六寸四分強，其說較為近似。
問：應放雜類眾生，至四十九，作何釋歟？
答：秋篠引唐遁倫釋云：案《正法念處經》云：畜生有三十四億種類。此中言四十九者，應放水陸異類至四十九。
問：生類無量，何放七七？
答：有所表故。境有齊限，心應平等。
問：文中屢列七等數字，亦皆有所表歟？
答：一一以七數者，應表七覺。智慧發生，故雲七日；煩惱滅盡，故雲七夜。七覺生八正道，故雲七日夜受八齋戒。覺覺各具七覺，故雲四十九遍。佛之七覺，我之七覺，眾生七覺，三無差別，故雲造像七驅。覺覺各具七覺，故雲各置七燈。
丁二明攘災難二：初正明攘難，二答阿難問。戊初正明攘難二：初帝王，二臣民。（從重至輕，次第言耳。魏塘云：天子四海為家，臣妾億兆，一人有慶，兆民賴之；四方有罪，在予一人。故歲祲民疫，皆君休戚，所當急先求懺者也。且藥師之藥，先治此人者，一是責備賢者，二是一正君而天下定之道也。今謂非謂先治帝王之意。如戒經云：欲受國王位時，益轉輪王位時，百官受位時，應先受菩薩戒，非謂受菩薩戒，先被國王，次轉輪王，次及百官；況責備賢者，一正國定功在卿相，王何獨賢？隋本：但王不及臣民，以故而知先治之說，不通甚矣。）
己初帝王
復次，阿難！若剎帝利灌頂王等，災難起時。所謂：人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情，起慈悲心，赦諸系閉。依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根，及彼如來本願力故。令其國界即得安穩。風雨順時，谷稼成熟。一切有情，無病歡樂；於其國中，無有暴惡藥叉等神，惱有情者。一切惡相，皆即隱沒。而剎帝利灌頂王等，壽命色力，無病自在，皆得增益。
問：依前所說供養之法，何謂依前耶？
答：秋篠云：謂應依前七日七夜，自受持齋戒，乃至放雜類眾生等。——案：此文本唐疏。
問：今列七難，與《仁王經》中七難有異同歟？
答：與《仁王》有異。若類同者云云。
案：今據《義疏》文，列表如下：
人眾疾疫難 《仁王護國品》云：不但獲福，亦護眾難，若疾病苦難。
他國侵逼難 《仁王受持品》云：四方賊來侵國，內外賊起。他國即
自界叛逆難 外賊，自界即內賊。
星宿變怪難 彼云：二十八宿，乃至各各變現。
日月薄蝕難 彼云：日月失度，乃至二三四五重輪現。
風難——彼云：大風吹殺，乃至火風，水風。
非時風雨難 雨難——彼云：大水漂沒，乃至浮山流石。
過時不雨難 彼云：天地國土亢陽，乃至萬姓滅盡。
彼又云：大火燒國等，今文無。
己二臣民
阿難！若帝后妃主，儲君王子，大臣輔相，中宮綵女，百官黎庶，為病所苦，及余厄難；亦應造立五色神幡，燃燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香。病得除愈，蒙難解脫。」
問：文雲造幡燃燈等，與前二段文互有不同。何耶？
答：秋篠云：造幡燃燈，放生命等，具如前法，今此中有散雜色華，燒眾名香，當知前二亦有；前二所有，此亦非無，綺互為文耳。（文）今謂此中五法，皆是助行；必應稱藥師名，讀誦此經，文不言者，助助於正。
戊二答阿難問，二重問答。己初第一問答二：初問，二答。今庚初
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子！雲何已盡之命，而可增益？」
庚二答。
救脫菩薩言：「大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命幡燈，修諸福德。以修福故；盡其壽命，不經苦患。」
問：何謂橫死？
答：秋篠云：夫言橫死者，皆不定之業，此業若有順緣資助，則得延長，若無順緣資助，及屬違緣，則便短促。對彼順緣，壽長無延；若無此緣，壽短橫死故。是故我今勸造幡燈，修敬三寶等福德。以修福德等為資助順益命緣故，遂使是人，盡彼先業，所感壽命，終不中途更經枉橫苦患也。
己二第二問答二：初問，二答。今庚初。
阿難問言：「九橫雲何？」
庚二答二：初釋，二結。今辛初。
救脫菩薩言：「若諸有情，得病雖輕；然無醫藥及看病者。設復遇醫，授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔外道，妖孽之師，妄說禍福，便生恐動；心不自正，卜問覓禍。殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐。欲冀延年，終不能得。愚癡迷惑，信邪倒見。遂令橫死，入於地獄，無有出期。是名初橫。二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽淫嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所啖。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥厭禱咒咀起屍鬼等之所中害。九者、飢渴所困，不得飲食，而便橫死。」
問：九橫之文，古疏作何釋耶？
答：初橫中。秋篠云：無醫藥及看病者，以無資緣故而便致死。設復遇醫等，以遇違緣故而便致死。第二橫中，秋篠云：佛法之宗，無有因緣終不得果。因，謂名言熏習種子。緣有二種：以先業緣，由現發緣。此人今被王法誅戮，雖有名言種子為正因，及有先業為緣因，而無現在緣，如來隨順世俗，名為橫死，以無現緣故。又云：此人壽命是不定業，亦是殺生增上果；若遇順緣修福等資助，故不受王戮得壽命長。若不修福，攘昔殺緣，則被王戮，不得長壽，故得橫死云云。——案：秋篠釋第一橫已下，乃至第九橫，文義相似，今不具錄。唯撮要列表如下。
二——是殺生增上果
三——是逼惱他增上果
四——是焚燒有情增上果
五——是漂流有情增上果 若遇順緣修福等資助——則免難。
六——是食肉有情增上 如其不爾 則橫死。
七——是陷墮有情增上果
八——是行毒藥厭咒增上果
九——是奪有情增上果
案：上文皆本唐疏。
問：何謂覓禍？
答：即下文殺種種眾生等是。秋篠云：何但橫死而已，後由愚癡，信邪倒見，殺眾生故，乃入地獄，無有出期，豈不哀哉！
辛二結
是為如來略說橫死，有此九種。其餘復有無量諸橫，難可具說。
丁三明轉後報
復次，阿難！彼琰魔王主領世間名籍之記。若諸有情，不孝五逆；破辱三寶；壞君臣法；毀於信戒；琰魔法王隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情，燃燈造幡，放生修福，令度危厄，不遭眾難。」
問：青丘科此文為結，然歟？
答：今謂味復次字，非結上文。
問：此與上文何異？
答：上約病人，今約逆罪，故知非結。
丙三藥叉發誓二：初正明誓，二佛印勸。今丁初
爾時，眾中有十二藥叉大將，俱在會坐。所謂：宮毗羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞你羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毗羯羅大將。此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬。同時舉聲白佛言：「世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率皆同一心，乃至盡形歸佛、法、僧。誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂。隨於何等村城國邑，空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號，恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難；諸有願求，悉令滿足。或有疾厄，求度脫者，亦應讀誦此經。以五色縷，結我名字；得如願已，然後解結。」
問：以五色縷，結我名字；得如願已，然後解結。其儀軌如何？
答：秋篠引遁倫云：西域僧口傳言，以布縷結神名字也。謂若人臨厄難時，應請七僧，即請道場，令讀此經四十九遍。爾時施主，為藏結縷，作新匣長七寸，廣二寸。作匣竟，施主捧匣進七僧前，至心三禮，胡跪叉手，誓願所求。爾時，七僧一時發願讀經，一僧各讀七卷，七七四十九遍竟。每一卷節，各其神名處，息讀經。時施主進七僧前，以縷次第結其神名，後五神名者，七僧一時等唱，一一神名，而施主如前例結。結竟而取縷入匣閉戶，然後送七僧。待其難息，若得求已；更請七僧，如前先結十二神名字，次第還解也。
案《疏》云：每一卷節各其神名處，以縷結者，讀經七卷，即隨結前七神名。又雲後五神名者，即其餘也。又雲七僧一時等唱神名者，前已讀經竟，此惟唱五神名耳。
丁二佛印勸
爾時，世尊贊諸藥叉大將言：「善哉善哉！大藥叉將。汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。」
乙二佛說題名奉持
爾時，阿難白佛言：「世尊！當何名此法門？我等雲何奉持？」佛告阿難：「此法門名說《藥師琉璃光如來本願功德》；亦名說《十二神將饒益有情結願神咒》；亦名《拔除一切業障》。應如是持。」
問：亦名結願神咒。何以今譯本中無咒耶？
答：有二義：、神將白佛乃是神咒。雖《大品經》無一真言，帝釋白佛，般若波羅蜜，是大明咒，無上明咒，無等等咒；佛印可之。龍樹釋云：謂咒術能隨貪慾嗔恚自在作惡，是般若咒，能滅禪定佛道涅槃諸著，何況貪恚粗病；是故名為大明咒，無上咒，無等等咒。豈以無一真言而為疑耶！故隋本雲自誓，《七佛經》雲護持耳。、列神將名自是神咒。如《陀羅尼集經》法印咒也。
乙三大眾聞說奉行
時薄伽梵，說是語已。諸菩薩摩訶薩，及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士、天龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等。一切大眾，聞佛所說；皆大歡喜，信受奉行。
藥師經析疑終
弘一大師答佛學書局書（乙亥年）
前承惠書，謂今年藥師如來聖誕，擬別刊行專號，屬撰文以為提倡。近多忙碌，未暇撰文。謹述拙見如下，以備參考焉。余自信佛法以來，專宗彌陀淨土法門，但亦嘗講《藥師如來本願功德經》。講此經時，所最注意者三事：