第十二大願：願我來世，得菩提時。若諸有情，貧無衣服；蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持。如其所好，即得種種上妙衣服。亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足。
戊三結。
曼殊室利！是為彼世尊藥師琉璃光如來應正等覺，行菩薩道時，所發十二微妙上願。
丁二明佛土及侍者：初總標，二別明，三結勸。今戊初。
復次，曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來行菩薩道時，所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫，若一劫餘，說不能盡。
戊二別明二：初佛土，二侍者。今己初。
然彼佛土，一向清淨。無有女人，亦無惡趣，及苦音聲。琉璃為地，金繩界道；城闕宮閣，軒窗羅網，皆七寶成。亦如西方極樂世界功德莊嚴，等無差別。
問：秋篠謂淨琉璃土為報土，其說然歟？
答：報土雖勝，不接凡夫。台宗以西方為同居淨土。西方既爾，東方亦然。又據下文，有二菩薩次補佛處。既有補處，知同居土。
問：既與西方等無差別，何遣八士引導西方！
答：佛事門頭，等無差別。隨機門時，隨彼所好。
己二侍者
於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照。是彼無量無數菩薩眾之上首；悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏。
戊三結勸。
是故曼殊室利。諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界。
丙二明種種功德二：初滅惡，二生善。丁初滅惡四：初慳貪，二破戒，三贊毀，四乖離。戊初慳貪二：初舉過，二獲益。己初舉過二：初生報，二後報。今庚初。
爾時，世尊復告曼殊室利童子言：「曼殊室利！有諸眾生，不識善惡，唯懷貪吝。不知佈施，及施果報。愚癡無智，闕於信根。多聚財寶，勤加守護，見乞者來，其心不喜。設不獲已，而行施時，如割身肉，深生痛惜。復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身，尚不受用；何況能與父、母、妻、子、奴婢、作使，及來乞者。」
庚二後報。
彼諸有情，從此命終；生餓鬼界，或傍生趣。
問：本譯今雲，餓鬼旁生，晉雲地獄。應如何合會歟？
答：境有三品，於心亦然，此約中下品說。若晉本所云：恐就心境上品言耳。
己二獲益二：初在彼憶念，二轉生獲益。今庚初。
由昔人間，會得暫聞藥師琉璃光如來名故。今在惡趣，暫得憶念彼如來名。
庚二轉生獲益。
即於念時，從彼處沒，還生人中。得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂；好行惠施，讚歎施者；一切所有，悉無貪惜。漸次尚能以頭目手足，血肉身分，施來求者；況余財物。
問：此獲益文，如何翻上而分配耶？
答：青丘云云。
案：今據青丘古跡記文，列表如下。
不識惡。 畏惡趣苦，不樂欲樂。
不識善，唯懷貪吝，不知佈施，及施果報。好行惠施，讚歎施者。
愚癡無智。 得宿命念。
闕於信根。多聚財寶，勤加守護。 一切所有，悉無貪惜。
見乞者來，其心不喜，乃至及來乞者。漸次尚能，乃至況余財物。
戊二破戒二：初舉過，二獲益。己初舉過二：初自過，二及他。庚初自過二：初示過，二示報。今辛初
復次，曼殊室利！若諸有情，雖於如來受諸學處，而破屍羅。有雖不破屍羅，而破軌則。有於屍羅、軌則，雖得不壞，然毀正見。有雖不毀正見，而棄多聞；於佛所說契經深義，不能解了。有雖多聞，而增上慢。
辛二示報
由增上慢，覆蔽心故；自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。
庚二及他二：初現報，二後報。今辛初。
如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情，墮大險坑。
辛二後報
此諸有情，應於地獄、旁生、鬼趣，流轉無窮。
己二獲益
若得聞此藥師琉璃光如來名號，便捨惡行，修諸善法，不墮惡趣。設有不能捨諸惡行，修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號。從彼命終，還生人趣。得正見精進，善調意樂；便能捨家，趣於非家；如來法中，受持學處，無有毀犯。正見多聞，解甚深義；離增上慢，不謗正法，不為魔伴。漸次修行諸菩薩行，速得圓滿。
問：同聞藥師名號，或便捨惡修善，不墮惡趣，或不能捨惡修善，先墮惡趣，乃生人趣者。是何故歟？
答：秋篠云：有情業有輕重，根有利鈍。若業輕根利者，現聞佛名，即能捨惡行善不墮惡趣。若業重根鈍者，要先墮惡趣深生厭離，更聞佛名，方生人趣。 （文）——案：此文本唐疏。
問：此獲益文，如何翻上而分配耶？
答：秋篠云云。
案：今據秋篠記抄文，列表如下。
雖於如來受諸學處，乃至而破軌則。 無有毀犯。
有於屍羅、軌則，乃至然毀正見。 正見。
有雖不毀正見，乃至不能解了。 多聞，解甚深義。
有雖多聞，而增上慢。 離增上慢。
由增上慢，乃至為魔伴黨。 不謗正法，不為魔伴。
戊三贊毀三：初舉過，二明報，三獲益。今己初
復次，曼殊室利！若諸有情，慳貪嫉妒，自讚毀他。
問：青丘、秋篠、魏塘等，釋慳貪嫉妒自讚毀他，互有不同。今須宗何說歟？ 答：諸釋皆非。今據青丘釋《梵網》自讚毀他戒云：《瑜伽》戒本謂：為欲貪求利養、恭敬，自讚毀他；是即多分以貪究竟。若無所得，但由嫉妒，以嗔究竟。
（文）以故乃知今文所云，即是或起慳貪，或嫉妒心，而自讚毀他。其主意在自讚毀他，不在慳妒，又對余三釋之文，亦應如是釋也。
己二明報
當墮三惡趣中，無量千歲，受諸劇苦。受劇苦已，從彼命終，來生人間。作牛、馬、駝、驢，恆被鞭撻，飢渴逼惱。又常負重，隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢。受他驅役，恆不自在。
己三獲益
若昔人中，曾聞世尊藥師琉璃光如來名號。由此善因，今復憶念，至心歸依。以佛神力，眾苦解脫。諸根聰利，智慧多聞。恆求勝法，常遇善友。永斷魔罥。破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生老病死憂悲苦惱。
戊四乖離二：初舉過，二獲益。今己初。
復次，曼殊室利！若諸有情，好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他。以身語意，造作增長種種惡業。展轉常為不饒益事。互相謀害，告召山林樹塚等神。殺諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉羅剎婆等。書怨人名，作其形像，以惡咒術而咒咀之。厭媚蠱道咒起屍鬼，令斷彼命及壞其身。
問：文雲以身語意，如何分配上文耶？
答：青丘有釋，今不取。今謂好喜乖離是總稱耳，斗是身業，訟是語業，惱亂屬意。
案：眾生，新譯為有情。故此經中多作有情。亦有數處仍作眾生者。如此段文雲殺諸眾生；前文中第二大願雲幽冥眾生；第三大願雲莫令眾生；慳貪章雲有諸眾生；後文中阿難章雲，有諸眾生；救脫章雲，有諸眾生；又雲雜類眾生；又雲殺種種眾生。此或是隨宜潤文，或亦疏於檢校歟！
己二獲益
是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號。彼諸惡事，悉不能害。一切展轉皆起慈心，利益安樂。無損惱意，及嫌恨心；各各歡悅。於自所受，生於喜足。不相侵陵，互為饒益。
丁二生善二：初生淨土，二生善道。戊初生淨土二：初舉機，二明益。今己初 復次，曼殊室利！若有四眾：苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及余淨信善男子、善女人等。有能受持八分齋戒，或經一年、或復三月受持學處。以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法，而未定者。
己二明益
若聞世尊藥師琉璃光如來名號。臨命終時，有八菩薩乘神通來，示其道路。即於彼界，種種雜色眾寶華中，自然化生。
問：各有淨土，何以示導西方耶？
答：如《心地觀經》云：或一菩薩多佛化。是也。
問：應生極樂何品耶？
答：難以定知。或上三品，文雲具諸戒行故。或中二品，文說持戒故。或雖秉戒而回向心弱者，生中下品或下三品。豈止極樂，生十方者亦然。故晉本云：若欲生十方妙樂國土者，亦當禮敬藥師琉璃光佛，若欲得生兜率天上見彌勒者，亦當禮敬藥師琉璃光佛。
問：十方兜率亦引導否？
答：或不導，經不說故。或導，願力無邊故。
戊二生善道二：初正明，二轉報。今己初。
或有因此，生於天上。雖生天中，而本善根亦未窮盡；不復更生諸餘惡趣。天上壽盡，還生人間。或為輪王，統攝四洲，威德自在；安立無量百千有情，於十善道。或生剎帝利、婆羅門、居士、大家，多饒財寶，倉庫盈溢；形相端嚴，眷屬具足；聰明智慧，勇健威猛，如大力士。
問：何謂因此，及本善根？
答：因此者，秋篠云：因此聞藥師如來名故。長谷云：指戒善也。今從秋篠，符晉本故。本善根者，秋篠云：謂本出世善根，或聞藥師如來名號善根。今用後解。
案：秋篠二段文，皆本唐疏。
己二轉報
若是女人，得聞世尊藥師如來名號，至心受持，於後不復更受女身。
問：何謂於後？
答：後謂後報。上文第八大願現身轉者，例如《法華》龍女現身變成男子，此是後報，例如《法華藥王品》中約命終後。故《七佛經》中，前大願雲即於現身轉成男子，此文亦云於後而已。
問：《七佛經》中於此文後有說咒文，他譯皆無。後人常取《七佛經》中咒文及其前後之文四百餘字，增入今本，謂為完足。其說然歟？
答：同是佛語，糅雜無妨。《七佛經》本，別行於世；今本不增，有何不足。如《法華普門品》偈，什公不譯。荊溪判云：此亦未測什公深意。今可例云：此亦未測奘公深意也。
甲三流通分
問：諸師將經末爾時阿難白佛言，雲為流通分，今何不然？
答：曼殊救脫及以藥叉發誓弘經，豈非流通。
流通分三：初諸士發誓弘經，二佛說題名奉持，三大眾聞說奉行。乙初諸士發誓弘經三：初曼殊發誓，二救脫明益，三藥叉發誓。丙初曼殊發誓三：初對佛發誓，二如來許說，三阿難稱讚。丁初對佛發誓二：初正誓，二利益。戊初正誓二：初聞名，二持經。今己初。
爾時，曼殊室利童子白佛言：「世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號。乃至睡中，亦以佛名覺悟其耳。」
己二持經
世尊！若於此經受持讀誦，或復為他演說開示，若自書、若教人書，恭教尊重。以種種華、香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養。以五色彩，作囊盛之；掃灑淨處，敷設高座，而用安處。爾時四大天王與其眷屬，及余無量百千天眾，皆詣其所供養、守護。
問：以伎樂供佛，是何意歟？
答：《大智度論》云：問曰：諸佛賢聖是離欲人，則不須音樂歌舞，何以伎樂供養？答曰：諸佛雖於一切法中，心無所著；於世間法，盡無所須。諸佛憐愍眾生故出世，應隨供養者，令隨願得福故受。如以華、香供養，亦非佛所須，佛身常有妙香，諸天所不及，為利益眾生故受。
問：出家諸眾，亦應以伎樂供佛歟？
答：《法華經方便品》記云：音樂供養者，有出家內眾，音樂自隨，雲供養者。自思己行，與何心俱。雖有此文，必須裁擇，《梵網》誠制，何待固言。祗恐供養心微，增己放逸，長他貪慢，敬想難成。
戊二利益
「世尊！若此經寶流行之處，有能受持。以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德及聞名號，當知是處，無復橫死，亦復不為諸惡鬼神，奪其精氣；設已奪者，還得如故，身心安樂。」