凡例
一、經文據《麗藏》玄奘譯本，與世所習誦者異。
二、科依義疑（錄者案——扶桑體具實觀述：《藥師琉璃光如來本願功德經義疏》三卷，收入日本《大正藏》中）。
三、問多增文，答據《義疏》，間或遺略，時有潤文；而觀解表法多缺。
四、唯引他文而略疏釋，引文止處，未易見者，旁加（文）字。
五、若屬私意，則上冠「案」字，以區別也。
六、案經謂此文唐疏者，指《藥師本願經疏》（隋本），唐慧觀撰。系敦煌石室所發現之佚本。
七、經文句讀，據大師寫本。（目次中甲一之「一」，即內文子目之「初」字。） 八、析疑文標點，乃後人所加。
《藥師經析疑》，原系弘一律師遺稿。弘公圓寂後，該稿經圓拙法師整理完成，圓師並囑余籌印。數年前余曾請慧劍居士協助付梓，但因緣未能圓滿，故於中止，僅就岷市先印一千餘本。慧劍居士崇仰弘一大師，其情殷誠，曾撰寫《弘一大師傳》流通行世，今又再印《藥師經析疑》及《弘一大師文鈔》，以供世人同饗，囑余為序，故略述其因緣，以表贊喜！
菲律賓三寶顏福泉寺沙門傳貫民國丙辰六十五年二月十二日敘
藥師琉璃光如來本願功德經
問：若依台宗，說玄義五重，今應如何分判耶？
答：玄義五重：人法為名；正法寶藏為體；如來因果為宗；與拔功德為用；大乘方等為教相。
、人法為名者。魏塘云：藥師琉璃光如來是人名，本願功德是法名，此說是也。青丘、秋篠及長谷，同以藥師為喻者，此等不知從德立名。
、正法寶藏為體者。正謂中正，法謂妙法，貴重為寶，句容為藏。與華嚴之諸法實性相，方等之實相如來藏，般若之佛母，法華之秘要之藏，涅槃之三德秘藏，金剛寶藏，同出異名。下文云：於其國中有二菩薩摩訶薩，乃至悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏。若正法寶藏非經體者，二菩薩雲何奉持耶？雖魏塘云：諸佛甚深行處為體者，今所不取。何者？諸佛言通，甚深歎行，行字是宗，處字非體。如下文云：流行之處。故行處字不正指體。
、如來因果為宗者。本願二字，是如來因；其餘九字，是如來果。魏塘以願行方便為宗，引下文證者。今謂此昧宗致。既是因果，豈非因而不該始末耶！
、與拔功德為用者。此與魏塘同。彼云：此經始終，只明拔苦與樂。
大科為三：初序，二正宗，三流通。甲初序分二：初通序，二別序。今初
如是我聞。一時，薄伽梵游化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下。與大苾芻眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、人、非人等，無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
問：廣嚴，梵語舊雲毗捨離等。秋篠云：此是城名，而隋譯本稱為國者，誤歟？
答：非也。國總，城別耳。《西域記》云：吠捨厘國（即是隋雲毗捨離國）。週五千餘里。吠捨厘城，已甚傾毀，其故基址週六七十里，宮城週四五里。
問：諸經列聲聞眾數，每雲千二百五十人，今何甚多？
答：聚散隨緣，何必一概。而經列千二百五十人者，如《南山》云：重其初故。又八千何多，如《金光明》雲九萬八千。
問：凡諸列眾，何故數全耶？
答：《大論》釋云：若過若減，皆存大數。
乙二別序三：初文殊請，二如來許，三文殊領。今丙初
爾時曼殊室利法王子，承佛威神。從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌。白言：「世尊！惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願，殊勝功德。令諸聞者，業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故。」
問：像法轉時，是何義耶？
答：長谷云：轉者，變也，恐指末法。今謂不爾。《七佛經》中，雖於此雲末法之時，其後救脫章則雲，於後末世像法起時。對佛滅後，雖蒙末名，實是像法。秋篠云：轉者，起也。其說則是。
丙二如來許
爾時，世尊贊曼殊室利童子言：「善哉善哉！曼殊室利。汝以大悲，勸請我說諸佛名號本願功德。為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟。當為汝說。」
丙三文殊領
曼殊室利言：「唯然願說！我等樂聞。」
甲二正宗分二：初舉依正名號，二明本誓利益。今乙初
佛告曼殊室利：「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃。佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。」
問：藥師在東方者，魏塘云：震方為群動之首，甲木又發生之相，以藥治病，貴乎起死回生，不當同金方肅殺之號。其說然歟？
答：八卦釋經，起自李長者，此是一期之說，何必拘泥。有物於此，自東觀之為西，自西觀之在東。西觀豈但生長，東觀不定肅殺。故東方過十殑伽沙佛土，應雲西方有世界名淨琉璃；西方過十萬億佛土，應雲東方有世界名曰極樂。須知諸佛有無量德，應有無量名，莫認一名而固執矣。
又諸佛各有別緣，且示方位。皆悉無不豎窮橫遍，故密教五大云：大悲胎藏包合萬行，且在東方生長萬物之首。金剛智界顯現萬德，且在西方成就萬物之終。此是隨方布教標幟，非謂真如法界定有方面。四方四佛，亦復如是，只是標幟，非謂定位。（文）斯言得之。
問：前文殊請雲，唯願演說諸佛名號；世尊許雲，勸請我說諸佛名號。何至於此，但約一佛？
答：若約《七佛經》，七豈非諸。若約今經，乃是《華嚴》：一身一智慧，力無畏亦然之義。故下文云：如我稱揚藥師如來所有功德，此是諸佛甚深行處。又云：若聞藥師如來名號，此是諸佛甚深所行。須知請諸答一，理不乖背。
乙二明本誓利益二：初明依正莊嚴，二明種種功德。丙初明依正莊嚴二：初正明本願，二明佛土及侍。丁初正明本願三：初標，二列，三結。今戊初
曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願。令諸有情，所求皆得。
問：何謂願耶？
答：願是要求之名。又《摩訶止觀》云：發願者，誓也。若無誓願，如牛無御，不知所趣。願來持行，將至所在。願有四種：眾生無邊誓願度，依苦諦立。煩惱無邊誓願斷，依集諦立。法門無盡誓願知，依道諦立。佛道無上誓願成，依滅諦立。初二願拔眾生苦集二諦苦，後二願與眾生道滅二諦樂，此四為總願。而今佛十二，彌陀四十八等，皆是別願。《止觀輔行記》云：一切菩薩凡見諸佛，無不發於總願、別願。應知總，總於別；別，別於總。故彼別願，不出四弘而緣四諦。（文）下文十二大願中，魏塘約四諦分、不失旨矣。
案：今據魏塘直解文、列表如下。
依滅諦二願 第一願 佛道無上
第二願 誓願成
生善與樂
依道諦三願 第三願 法門無盡
第四願 誓願知
第五願
依苦集二諦共七願 初先出三苦 第六願 眾生無邊
第七願 誓願度
第八願
煩惱無邊
二間明集諦 第九願 誓願斷
三重出三苦 第十願 眾生無邊
第十一願 誓願度
第十二願
戊二列。
第一大願：願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時。自身光明，熾然照曜無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相，八十隨好，莊嚴其身。令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世，得菩提時。身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住；焰網莊嚴，過於日月。幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
問：儒胤云：初願約應，次願約報。其說然歟？
答：初願約三身。光明照耀，即報身；相好嚴身，即應身；其所莊嚴，乃是法身。次願亦爾。身下三句，應也；光下五句，報也。所淨、所住，無非法身。
第三大願：願我來世，得菩提時。以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物；莫令眾生，有所乏少。
問：青丘、秋篠，以第三第四願為出世間門，而第三願約人天乘者。其說然歟？
答：此說局矣。晉云：無量眾生飢渴，何隔出世耶。
問：此願與最後二願何異？
答：長谷云：後別，此總。今謂不爾，皆是別願。此重權實二智，後在衣食，故不同也。
第四大願：願我來世，得菩提時。若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。若行聲聞、獨覺乘者；皆以大乘，而安立之。
第五大願：願我來世，得菩提時。若有無量無邊有情，於我法中修行梵行。一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
問：何謂還得清淨？
答：因懺戒復，故雲還得。《止觀》云：大乘許悔斯罪。罪從重緣生，還從重心懺悔，可得相治。無殷重心，徒懺無益。（文）故欲至心發露，宜修藥師妙懺。
第六大願：願我來世，得菩提時。若諸有情其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾瘖啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
問：第六大願中，先列諸苦，聞我名已下，次第翻上。應如何分配耶？
答：青丘云云。
案：今據青丘古跡記文，列表如下。
（意）
其身下劣 醜陋釋身
下劣 端正
頑愚 釋意
下劣 黠慧
諸根不具 盲聾乃至白癩 釋眼耳舌
身根不具
諸根完具
癲狂釋意根不具
種種病苦攝鼻等病 無諸疾苦
第七大願：願我來世，得菩提時。若諸有情眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家；貧窮多苦。我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂；家屬資具，悉皆豐足。乃至證得無上菩提。
問：第七大願中，先列諸苦，我之名號下，次第翻上。應如何分配耶？
答：秋篠有釋。今不取。今謂云云。
案：今據《義疏》文，列表如下。
眾病逼切 多苦 眾病悉除，身心安樂。
無救
無歸 家屬豐足
無醫無藥-貧 資具豐足
無親無家-窮
問：藥師除病救苦，是其本旨。但眾病悉除，足矣。雲何便復證得無上菩提？
答：揚氏有釋，今不取。今謂不盡一品無明，豈真眾病悉除。以知證得菩提，是真病除。
第八大願：願我來世，得菩提時。若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身。聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相。乃至證得無上菩提。
問：揚氏謂轉女成男，為來世受男身者。其說然歟？
答：不爾。長谷云：今願現世轉女成男。其說則是，以符《七佛經》故。
第九大願：願我來世，得菩提時。令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見。漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
問：漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提者。秋篠釋云：漸修菩薩十地之行，因中漸出四魔罥網，終至菩提究竟出離。其說然歟？
答：如是釋者，速證之義不成。今謂三教紆曲，故雲漸修；皆入圓住，故雲速證。若就圓論者，此約理外七種方便，漸入圓因，謂之漸圓。當知往前作意，未免漸修；住上任運，故速證耳。
第十大願：願我來世，得菩提時。若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮。及余無量災難陵辱，悲愁煎迫，身心受苦。若聞我名，以我福德，威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世，得菩提時。若諸有情，飢渴所惱，為求食故，造諸惡業。得聞我名，專念受持。我當先以上妙飲食，飽足其身。後以法味，畢竟安樂而建立之。