梁思成曾經這樣回憶那段生活：「在菜油燈下，做著孩子的布鞋，購買和烹調便宜的粗糧，我們過著我們父輩在他們十幾歲時過的生活但又做著現代的工作。有時候對著外國雜誌和看著現代化設施的彩色繽紛的廣告，真像面對奇跡一樣。」
林徽因和梁思成在這裡整整生活了６年。這是貧窮與疾病交困的６年，與世隔絕的６年。這裡生活條件非常艱苦，即使是兩華里外的李莊鎮，也只不過是個萬把人的鎮子，談不上什麼糧菜供應，生活條件比在昆明時更差了。林徽因不得不抽出大量的精力來操持家務，這是她最苦惱的一件事，每當大段大段時光在無聊的家務勞作中流逝，她便莫名其妙地想發火，可是家務又不得不做。
李莊的貧困生活和潮濕氣候，讓林徽因的肺病越來越嚴重，身體消瘦得厲害，幾乎不成人形。她大部分時間只能臥床不起，而家裡能提供她養病的「軟床」也只是一張搖搖晃晃的帆布行軍床。偶爾有朋友從重慶或昆明帶來一小罐奶粉，就是她難得的高級營養品。整個李莊沒有一所醫院、一名正式的醫生，惟一的一支體溫計被兒子打破後，林徽因竟有大半年無法測量體溫。
李莊的６年大概是林徽因一生中情緒最抑鬱的時期。困於戰爭與疾病，幾乎失去和所有朋友的聯繫。病榻上的閱讀成了她最大的享受。關於這６年，林徽因曾經在給費慰梅的信裡寫著：
「我們遍體鱗傷，經過慘痛的煎熬，使我們身上出現了或好或壞或別的什麼新品質。我們不僅體驗了生活，也受到了艱辛生活的考驗。我們的身體受到了嚴重的損傷，但我們的信念如故。現在我們深信，生活中的苦與樂其實是一回事。」
雖罹重病，但仍保持她的創造天賦和堅毅樂觀態度，並以此感染周圍的人。梁思成曾說：「在戰爭時期的艱難日子裡，營造學社的學術精神和士氣得以維持，主要應歸功於她。她在李莊完成了詩作《一天》、《憂鬱》等，論文《現代住宅設計的參考》；協助梁思成編著英文註釋的《圖像中國建築史》，更不要說梁思成在李莊完成了中文的《中國建築史》；試圖把他和營造學社其他成員『過去１２年中搜集到的材料系統化』。」
梁從誡曾經回憶當年梁思成和林徽因為躲避日本人的轟炸，跟著營造學社在李莊的情景。梁從誡和母親聊天，問：「如果日本人打到四川你們怎麼辦？」林徽因特別平靜地回答：「中國讀書人不是還有一條老路嗎？咱們家門口不就是揚子江嗎？」實際上她是表現了傳統知識分子的氣節。梁從誡後來說：「我當時看著媽媽，我就覺得她已經不是我熟悉的那個媽媽了，她好像變成另外一個人，面對死亡，那樣超脫。」
梁思成在後來回憶中也寫道：「剛到李莊不久，就到重慶去為營造學社籌點款，而後徽因就病倒了，一病不起，到現在已有３個月。３月１４日（１９４１年），她的小弟林恆，就是我們在北總布胡同時叫『三爺』的那個孩子，在成都上空的一次空戰中犧牲成仁。我只好到成都去幫他料理後事，直到４月１４日才返家，我發現徽因的病比她在信裡告訴我的要嚴重得多。儘管是在病中，她勇敢地面對了這一悲慘的消息。」
在同一個信封裡，有林徽因的一張字條：「我的小弟，他是一個出色的飛行員，在一次空戰中擊落一架日寇飛機，可憐的孩子，他自己也被擊中頭部而墜機犧牲了。」
老金在信中這樣寫他：「從開戰以來，他隨航校從一個地方遷到另一個地方，１９３９年夏天到了昆明。１９４０年春以優異的成績畢業，在全年級１００多個學員中名列第二。短短幾年內，他已成為一個老練的飛行員，一個軍機駕駛員。他得到了自己選擇的事業，完成了他的使命，他是死得其所。」
因對她弟弟的悼念和她為其他８個「兄弟」（在晃縣認識的年輕學員）陣亡的傷痛結合在一起。３年後，她寫了一首詩：
哭三弟恆
——三十年（１９４１）空戰陣亡
弟弟，我沒有適合時代的語言
來哀悼你的死；
它是時代向你的要求，
簡單的，你給了。
這冷酷簡單的壯烈是時代的詩
這沉默的光榮是你。
假使在這不可免的真實上
多給了悲哀，我想呼喊，
那是——你自己也明瞭——
因為你走得太早，
太早了，弟弟，難為你的勇敢，
機械的落伍，你的機會太慘！
三年了，你陣亡在成都上空，
這三年的時間所做成的不同，
如果我向你說來，你別悲傷，
因為多半不是我們老國，
而是他人在時代中輾動，
我們靈魂流血，炸成了窟窿。
我們已有了盟友、物資同軍火，
正是你所曾經希望過。
我記得，記得當時我怎樣同你
討論又討論，點算又點算。
每一天你是那樣耐性地等著，
每天卻空的過去，慢得像駱駝！
現在驅逐機已非當日你最理想
駕駛的「老鷹式七五」那樣——
那樣笨，那樣慢，啊，弟弟不要傷心，
你已做到你們所能做的，
別說是誰誤了你，是時代無法衡量，
中國還要上前，黑夜在等天亮。
弟弟，我已用這許多不美麗言語
算是詩來追悼你，
要相信我的心多苦，喉嚨多啞，
你永不會回來了，我知道，
青年的熱血做了科學的代替；
中國的悲愴永沉在我的心底。
啊，你別難過，難過了我給不出安慰。
我曾每日那樣想過了幾回：
你已給了你所有的，同你去的弟兄
也是一樣，獻出你們的生命；
已有的年輕一切；將來還有的機會，
可能的壯年工作，老年的智慧；
可能的情愛，家庭，兒女，及那所有
生的權利，喜悅；及生的糾紛！
你們給得真多，都為了誰？你相信
今後中國多少人的幸福要在
你的前頭，比自己要緊；那不朽
中國的歷史，還需要在世上永久。
你相信，你也做了，最後一切你交出。
我既完全明白，為何我還為著你哭？
只因你是個孩子卻沒有留什麼給自己，
小時我盼著你的幸福，戰時你的安全，
今天你沒有兒女牽掛需要撫恤同安慰，
而萬千國人像已忘悼，你死是為了誰！
１９４５年８月，日本侵略者宣佈無條件投降。消息傳來，貧病交加的林徽因、梁思成夫婦欣喜若狂，８年的離亂終於結束了，好像陷進古井裡的人，一下子看到了陽光。可是梁思成當時不在李莊，在重慶正與兩位年輕的作家在美國大使館食堂共進晚餐。
林徽因慶祝的方式是極其特別的，她拖著病骨支離的身體，坐轎子到茶館去。這是她４年來第一次離開她的居室，以茶代酒，慶祝抗戰的勝利。梁思成興致勃勃地回到李莊鎮後，把家裡僅有的一點錢，買了肉和酒，還請了莫宗江一起相慶。林徽因也開了不喝酒的戒，很痛快地飲了幾杯。
在這同時，林徽因為另一樁事心情一直很沉重。營造學社經費來源完全中斷，已無法再維持下去，劉敦楨與陳明達已先後離去，留下的也人心散亂。梁思成覺得，中國古建築研究，經過營造學社同人數年努力，已基本理清了各個歷史時期的體系沿革，可以告一段落，戰後最需要的是培養建設人才。
她後來寫信給費正清，歡迎他去李莊，還說：「告訴慰梅，上個星期天我又坐轎子進城，還坐上再冰的兩個男友用篙撐的船，在一家飯館吃了面，又在另一家茶鋪休息，回來途中經過足球場，從河邊的茶棚裡看了一場排球賽。
「前一天我還去了再冰的學校，穿了身休閒服，非常漂亮，還引起了轟動！但現在那難得的陽光日子消逝了、被遺忘了。這星期的天氣灰而多雨，看起來似乎不像是真的。
「如果太陽能再露臉，而我身體又能恢復到像樣的程度，不管天氣冷不冷，哪怕就為了好玩，也要冒險到重慶去。我已經把我的衣服整理好、縫補好，準備動身，當適合的時候，我收拾行裝來找你應該沒問題。但天一直在下雨……而且也沒有船。顯然你從美國來到中國要比我們從這裡去到重慶容易得多。」
林徽因和梁思成商量著，先到重慶看看病，再到昆明會會老朋友，建議西南聯大負責人梅貽琦在清華大學增設建築系。過了一段時間，他們搭乘史語所一輛去重慶的汽車，一大早就上路了。去之前，史語所的朋友們勸她：「林小姐，還是到協和醫院去治療吧，重慶畢竟不是北平。」
到了重慶，林徽因大部分時間待在中研院招待所裡，那時費慰梅來華在美國大使館當文化專員，繼李莊相會不久，她們又第二次在重慶見面。費慰梅有時開車帶他到城裡去玩，有時開車到郊外南開中學去接在那裡讀書的兒子小弟，有時開車到美國大使館食堂一同就餐，有時到她和費正清剛剛安頓下來的家裡小坐。
當她的身體允許的時候，費慰梅還帶她們全家去看戲和電影，林徽因和兒子小弟還參加了馬歇爾將軍在重慶美新處總部舉行的一次招待會，在那裡見到了共產黨的高級領導人周恩來，「基督將軍」馮玉祥等名人。
抗戰勝利使林徽因看到恢復正常工作與生活的希望，與金岳霖、張奚若、錢瑞升等老友重聚也給她帶來了歡樂，但病魔卻在時時威脅著她。林徽因通過梅花殘枝對綠陰、園子，對西山夕陽和飛鳥的眷戀，表達了對未來、對生命的渴望，寫下了《對殘枝》和《對北門街園子》等詩篇。
李歐·艾婁塞（ＬｅｏＥ１ｏｅｓｓｅｒ）醫生，著名的美國胸腔外科醫生，當時在戰後的重慶中國善後救濟總署（ＣｈｉｎｅｓｅＮａｔｉｏｎａｌＲｅｌｉｅｆａｎｄＲｅｈａｂｌｌｉｔａｔｉｏｎＡｇｅｎｃｙ）服務。當他知道林徽因長期患肺病後，慨然答應到招待所宿舍去看她。在用聽診器做了簡單的床邊檢查和詢問她的病歷後，他說斷定她兩片肺和一個腎都已感染。他告訴梁思成，林徽因病情嚴重，將不久於人世。她那短暫而多彩的一生，在幾年內，也許是５年，就會走到盡頭。他沒有告訴她，她也沒有問，但聰明的林徽因全都知道。