最後，英國代表同意美國方面的觀點，英美兩國今後將基於如下假定而行事：無論如何印度擁有對克什米爾的合法權限。」RajendraKumarJain，US-SouthAsianRelations，1947-1982，RadiantPublishers，1983，p杄15杄這份備忘錄離克什米爾問題產生的時間很近，從其內容來分析，巴基斯坦懷疑蒙巴頓與尼赫魯勾結，把查謨和克什米爾土邦併入印度的觀點並非毫無依據。儘管如此，但無論是根據印度還巴基斯坦的觀點，有一點可以確定無疑的是，克什米爾問題最初是在外部因素影響下爆發的。
二、自由受限的土邦選擇
克什米爾問題一直受到世人關注，但它在印巴分治過程中並不是一起孤立的事件。在英國撤離印度的過程中，印度土邦是一個獨特而極其複雜的問題Hodson，H杄V杄，TheGreatDivide:Britain，IndiaandPakistan，Karachi:OxfordUniversityPress，1985，p杄22杄。在英印統治時期，特別是在1857年印度民族大起義爆發之後，英國保留了許多印度土邦，以之作為牽制印度民族運動的力量。隨著英國結束對印度的殖民統治，這些土邦都面臨著選擇歸屬。從前文的考證中可以看出，印度土邦可以自由地選擇自己的未來，在法律上存在獨立的可能性。然而，眾多土邦的經驗表明，土邦獨立的自由選擇即使在理論上是可行的，在實際中也被排除在外GowherRizvi，SouthAsiainaChangingInternationalOrder，NewDelhi:SagePublications，1993，p杄46杄。
《蒙巴頓方案》制定之前，國大黨在1947年初就已經與一些土邦達成協議，同意土邦出席印度制憲議會的代表一半由土邦立法機關選出，一半由王公指派。結果，有一批土邦如比卡索爾、帕提亞拉、巴羅達等參加了制憲會議。《蒙巴頓方案》把原計劃的印巴分治時間提前了約10個月，從而也使得土邦問題更加凸顯出來。蒙巴頓召開了土邦的談判委員會會議，該委員會是王公議院的一個執行委員會。在長時間的辯論中，委員們提出了各種意見。一些委員要求在權力移交以前，應該廢除最高權力，以便各土邦自由地作出自己的決定，而另一些委員持相反的意見。蒙巴頓認為，在最高權力廢除以後，各土邦可以完全自由地決定他們願意加入哪一個制憲議會G杄阿拉納著，《偉大的領袖真納：一個民族的經歷》，商務印書館，袁維學譯，1983年，第395－396頁。
1946年5月16日的《內閣使團方案》公佈之後，海德拉巴土邦的尼扎姆（Nizam，即土邦主）查特裡在5月17日求見印度副王魏菲爾，表示海德拉巴希望繼續與英國保持聯繫，對聲明中提到的基本權利、聯邦中央政府的財政權力、比拉爾的歸屬等問題提出了疑問。同一天，王公議院主席博帕爾土邦的納瓦布（Nawab，即土邦主）給魏菲爾副王寫了兩封信，對《內閣使團方案》中有關土邦的地位和權力等方面的條款提出不同的看法，對方案沒有給予土邦以足夠重視和恰當安排表示異議轉引自諶煥義著，《英國工黨與印巴分治》，社會科學文獻出版社，2004，第194頁。
穆盟與國大黨在判斷最高權力廢除後的形勢上有分歧。《蒙巴頓方案》在1947年6月3日公佈之後，蒙巴頓在6月13日召集穆盟和國大黨的領袖開會，討論這個棘手的問題。真納、利雅格特？阿里？汗和薩達爾？尼什塔爾代表穆盟出席會議。真納認為，最高權力結束以後，各土邦就是獨立自主的，它們可以選擇不加入印度或者巴基斯坦，但尼赫魯持完全相反的見解。為了避免過渡時期在行政管理領域出現混亂，蒙巴頓叫人起草了一份《保持原狀協定》，要求土邦的歸屬正式確定之前，與成立中的印度或巴基斯坦簽訂協定，保持雙方的既有關係。
這次會議成立了土邦部取代原有的英屬印度政治部，由它來掌管印度土邦的歸屬問題，分為印度斯坦土邦處和巴基斯坦土邦處，分別由薩達爾？帕特爾和薩達爾？尼什塔爾來領導。1947年8月2日，印度土邦部正式制定出一份詳細的《加入證書》，要求主權土邦的統治者簽署之後加入印度，把國防、外交和交通三項權力上交中央政府，其餘所有職權依舊留歸土邦政府掌管，中央不干預Lamb，Alastair，Incompletepartition:thegenesisoftheKashmirdispute，1947-1948，Karachi:OxfordUniversityPress，2002，pp杄94-95杄。
《蒙巴頓方案》公佈之後，土邦王公中出現少數人策劃土邦獨立的陰謀。國大黨堅決反對分裂圖謀。1947年6月15日，國大黨全印委員會通過決議，要求未參加制憲議會的土邦參加制憲議會，並宣佈決不承認任何土邦搞所謂的獨立。尼赫魯警告一切外國不得插手分裂印度林承節，《印度近現代史》，北京大學出版社，1995年，第728頁。聖雄甘地在一次與蒙巴頓會談中說，王公土邦是英國人留下的產物，是他們為了削弱印度對大英帝國的抵抗而建立的。克裡普斯沒有把它們納入中央政府的領導而造成了目前的問題。只要蒙巴頓鼓勵王公們獨立，國大黨就會認為，蒙巴頓是在通過把印度的合法領土巴爾幹化，並允許王公土邦這種人為製造的、不民主的時代產物來破壞新獨立的印度〔英〕菲利普？齊格勒著，《蒙巴頓傳》，仲大軍等譯，新華出版社，1989年，第212－213頁。
在英王的最高權力終結之後，國大黨不承認印度土邦具有獨立的權利；相反，穆盟認為印度土邦自此具有主權地位，可以保持獨立。1947年6月17日，真納宣佈：「隨著最高權力的終結，印度土邦將可以自由地加入印度斯坦制憲會議或者巴基斯坦制憲會議，或者保持獨立。……從憲法和法律角度講，隨著最高權力的終結，印度土邦將成為獨立的主權國家，它們自己將可以自由地採用任何它們喜愛的方式；它們可以不受限制地加入印度斯坦制憲會議，或決定保持獨立。穆盟的政策從一開始就是明確的。
我們不想干涉任何土邦的內部事務，因為它是個首先應該由土邦的統治者和人民之間解決的問題。那些根據其自由意志而希望加入巴基斯坦制憲會議，並要求與我們討論和協商的土邦，將會發現我們已經作好準備了並願意如此行事。如果它們希望保持獨立，以及希望與巴基斯坦進行協商或調整任何政治或其他相似的比如貿易或經濟之類的關係，我們將樂意與它們進行討論，並將達成一項對雙方互惠的安排。」Saiyid，Ameena，Jinnah:SpeechesandStatements（1947-1948），OxfordUniversityPress，2000，pp杄5-6杄
到1947年8月15日印度和巴基斯坦獨立時，在地理位置上處於印度自治領中間的土邦，除海德拉巴以及西印度卡提阿瓦半島的朱納加德、馬納瓦達爾和曼格羅爾以外，都加入了印度自治領，與巴基斯坦交界或在其境內的土邦巴哈瓦普爾、凱爾浦爾、卡拉特共10個土邦加入了巴基斯坦。朱納加德和海德拉巴的土邦主是穆斯林，他們拒絕加入印度。
朱納加德的領土約為3000平方英里，不超過100萬人口，距離巴基斯坦當時的首都卡拉奇約300英里。因為朱納加德瀕臨印度洋，有漫長的海岸線，因此與巴基斯坦的聯繫在理論上沒有任何阻礙。而且，國際上也有類似的例子，比如俄羅斯的加裡寧格勒和美國的阿拉斯加，都距離本土遙遠。朱納加德有些孤立的小塊地區分散在其他的卡提阿瓦國家，它們已經加入了印度；在朱納加德內部還有國中之國，其中最大的是曼格羅爾，儘管它是朱納加德的附屬國，卻表達了加入印度的希望。按理說，曼格羅應隨朱納加德一塊加入巴基斯坦，但實際上並非如此，它們要加入印度。
Lamb，Alastair，Kashmir:ADisputedLegacy（1846—1990），Hertingforbury:RoxfordBooks，1991，p杄127杄朱納加德的納瓦布在他的丞相沙阿？納瓦茲？布托（DewanShahNawazBhutto，即後來巴基斯坦的總統和總理佐勒菲卡爾？阿里？布托的父親）的支持下，在8月15日的政府公報裡宣佈朱納加德加入巴基斯坦。8月21日，印度土邦關係部秘書V杄P杄梅農寫信給巴基斯坦駐印度高級專員，指出朱納加德在地理上遠離巴基斯坦，而且其居民大部分是非穆斯林，抗議朱納加德納瓦布加入巴基斯坦的決定，說它缺乏人民意志的支持而無效Dasgupta，C杄，WaranddiplomacyinKashmir，1947-48，NewDelhi:SagePublications，2002，p杄21杄。隨後，印度對朱納加德實行經濟封鎖，切斷交通往來。
真納及其政府把朱納加德邦看作是爭奪查謨和克什米爾土邦最有力的一件武器QuotedinLamb，Alastair，Kashmir:ADisputedLegacy（1846—1990），Hertingforbury:RoxfordBooks，1991，p杄127杄。所以，朱納加德的納瓦布宣佈加入巴基斯坦之後，巴基斯坦政府並沒有立刻接受他的加入。9月12日，尼赫魯給巴基斯坦政府發去一份電報，表示印度準備接受通過公民投票來決定朱納加德土邦加入印度或者巴基斯坦結果。
9月13日，巴基斯坦政府最後通知印度，它已經接受朱納加德納瓦布加入巴基斯坦。卡提阿瓦半島的其他土邦主譴責朱納加德納瓦布加入巴基斯坦，當地局勢驟然緊張起來。印度政府派V杄P杄梅農到朱納加德，勸說土邦主撤銷其加入巴基斯坦的決定。土邦主沒有接見他，梅農同沙阿？納瓦茲？布托丞相進行了會談。梅農威脅布托說，在加入的問題上，如果不在朱納加德整個土邦的範圍內進行公民投票，那麼將產生嚴重的後果。他說，人民不會像牲口一樣被趕往這個或那個國家，應該讓他們自己決定自己的前途〔巴〕G杄阿拉納著，《偉大的領袖真納：一個民族的經歷》，袁維學譯，商務印書館，1983年，第399頁。
1947年9月30日，尼赫魯接受在朱納加德進行公民投票，邀請巴基斯坦政府把朱納加德的歸屬問題交由它的人民通過公民投票來解決。10月1日，巴基斯坦總理雅格特？阿里？汗表示，巴基斯坦願意接受在朱納加德舉行公民投票來決定該土邦的歸屬，作為一項平衡，他要求在查謨和克什米爾土邦也舉行公民投票決定該土邦的歸屬。隨著卡提阿瓦半島局勢的惡化，印度政府在1947年10月25日決定，干預曼格羅爾的形勢。這意味著印度實際上派軍隊穿過朱納加德的領土，從而故意侵略朱納加德Lamb，Alastair，Kashmir:ADisputedLegacy（1846—1990），Hertingforbury:RoxfordBooks，1991，pp杄127-128杄。10月22日，印軍佔領馬納瓦達爾，11月1日佔領曼格羅爾，11月8日佔領朱納加德。11月11日，利雅格特？阿里？汗發電報給印度政府，強烈抗議它佔領已成為巴基斯坦領土一部分的朱納加德，要求印度把朱納加德政府歸還給土邦的合法統治者土邦主。
海德拉巴位於印度西部的內陸，是印度土邦中最重要的一個，當時有1600萬人口，面積是82000平方英里。它的統治者尼扎姆是莫臥兒帝國的王公，也是一位穆斯林，拒絕加入印度。尼赫魯說：「像海德拉巴那樣的地方，四周全部被印度聯邦包圍，也沒有與世界其他地區聯繫的出海口，它必須是印度聯邦的一部分。從歷史上和文化上說，它是印度的一部分，從地理和經濟原因來看更絕對是印度的一部分；無論某些特殊的個人或個人集團的意志是什麼，這些都是不能被忽視的。