其中有一種被稱作「SQE（SupplierQualityEngineer）」的職位，中文名叫作「供應商質量管理」。
這是蘋果公司一個行蹤極其隱秘的人群，但是他們的工作直接關乎iPhone的生產和交貨。這些人需要長期派駐供應商的工廠工作，需要隨時解決蘋果供應鏈上可能出現的問題，並能夠有效控制蘋果的供應商。
而對於蘋果的代工廠來說，蘋果的SQE們是讓他們又愛又恨的一群人。蘋果的這些駐廠員工會幫助供應商解決一些生產上遇到的問題，並盡可能為他們提供各種幫助。當然，SQE們又是很難伺候的一群人，他們對產品品質有著苛刻的要求，並對供應鏈的整個環節進行高度管控，這讓蘋果的代工廠商在很大程度上淪為了蘋果的執行部門。
SQE們同樣是所有蘋果供應商都想巴結的對象，但是這些人卻不能拿供應商任何一分錢，收受哪怕一點點小禮品，甚至都不能吃供應商請的一頓飯，否則都要受到公司嚴厲的處罰。
這些SQE需要對蘋果的量產機型落實供應商審核工作，從進料、生產到出貨，進行首樣檢查並對生產能力進行研究，確保供應商按流程生產，確認關鍵工序和流程的控制，確保所有原料經過檢驗並符合蘋果公司的標準和要求。
同時，蘋果的SQE們還需要溝通協調處理各種異常（來料異常、產線異常、市場不良等），針對問題的出現，推動供應商落實整改和預防措施，並搜集和分析數據，以便跟蹤改進情況。此外，SQE們要經常對蘋果的供應商進行稽核，對供應商的情況進行評估考核，並向蘋果公司作報告。
眾所周知，富士康的深圳工廠生產著風靡全球的iPhone手機。按照2010年年底的數據，這裡每日出貨iPhone4手機13萬—14萬部。
蘋果公司每次都是以2000萬部左右的iPhone訂單數量下單，由於iPhone在全球一直供不應求，因此深圳富士康的iPhone生產線幾乎從來都是滿負荷運轉。
按照富士康內部流傳出來的說法，蘋果公司之所以沒有加大訂單數量，一方面有屏幕供應問題，另一方面也是蘋果公司一貫的飢餓營銷策略，有意造成市場缺貨。
每天，借助深圳發達的物流網絡，iPhone的零部件從世界各地運到深圳富士康組裝——芯片從韓國三星的工廠運來，觸摸屏從廈門和蘇州的工廠運來，顯示屏從韓國LG的工廠運來……這些零部件最後在深圳完成組裝，因此每台iPhone背後都有一行小字：「DesignedbyAppleinCalifornia，AssembledinChina」（由蘋果在加州設計，在中國組裝）。
郭台銘曾對外透露：「史蒂夫（即史蒂夫·喬布斯）為什麼要把iPod、iPhone全部交給我做？因為只有我能做。」
蘋果交到富士康的只是一種設計。能否在工業上實現？能否實現量產？量產出來的產品能否完整實現設計師預期的效果？生產成本能否控制在規定的範圍內？能否在規定的時間生產出巨量的產品並及時交貨？這些對所有代工廠商來說都是未知數，但只有富士康能把這些未知數變成確定的答案。據郭台銘說，iPhone裡有相當多的專利是富士康自己的，富士康與蘋果的關係，是「交叉授權」的關係，所以富士康賺到的絕不僅僅是手工費。
由於蘋果對產品保密高度看重，因此蘋果一向不希望自己的產品交給更多的廠商來供貨。
抓住蘋果的這一特點，富士康近年加速了自己的垂直整合，在上、下游收購了一大批和蘋果相關的企業。
例如，富士康旗下的中國台灣面板製造巨頭奇美電，現在已經成功打入了蘋果iPad的供應鏈。富士康入股的正達光電，則是蘋果的玻璃加工商之一。而富士康旗下的鴻准，又是iPad的機殼主供應商。
然而種種跡象表明，在這樣一個全球化分工體系中，富士康作為最終組裝廠商，並沒有太高的自由度可言。以蘋果為代表的國際消費電子廠商發明了一整套供應鏈控制方法，對產品製造的環節進行高度控制。
下面我們可以從《三聯生活週刊》採訪到的一位化名為劉曉菲的手機部件供應商口中瞭解這一過程。這個供應商專門為諾基亞手機提供某一種零件。
劉曉菲透露，諾基亞、富士康與劉曉菲之間構成了一個有趣的博弈關係。劉曉菲說，儘管富士康為諾基亞代工手機，但是並沒有採購零部件的權力，必須向諾基亞指定的供應商採購，價格由諾基亞和供應商之間約定，富士康只是一個「搬運工」。
於是，在這樣的三方合作中，富士康先銷售一種物料給劉曉菲的公司，然後劉曉菲將其加工為諾基亞手機部件，再以諾基亞制定的價格賣給富士康。由於部件價格由品牌商制定，富士康很難從供應鏈上賺到差價。
「富士康非常強大，也非常強勢，它幾乎可以生產任何配件，但是品牌手機廠商並不希望它壟斷配件市場，所以通過指定供貨商與價格的方式維持市場的競爭格局。」劉曉菲說，「否則我們這些廠商沒有活路，都會被富士康擠垮的。」
在這個過程中，蘋果、諾基亞這樣的大客戶會向富士康發送一份「代工詢單」（RequestForQuotation）。在這份單據中，有關原材料部分，在品牌、質量、數量上均已指定，不僅如此，與此後續相關的物流、維修、培訓、用工上也都有清晰、明確的計算。甚至精明的客戶也把用工量算得清清楚楚，生產線上需要多少工人，檢修人數都在合同中作了明確的標示。客戶只是按照較高的人力成本的價格支付給代工企業，簡而言之，代工企業掙的就是人力成本間的差值。
近年，代工企業的利潤率已大不如前，由於廠房、機器費用很難打折，所以富士康要想創造更多利潤，只能加強對人力成本調控，最大限度地降低人力成本。
在劉曉菲與富士康的合作中，他需要首先充當甲方，隨後充當乙方。「開始走的是客戶門，很受禮遇，交貨的時候走的是供應商的門，要接受嚴格的檢查。一輪生意做下來，既走了『人門』也走了『狗門』。」劉曉菲在接受《三聯生活週刊》採訪時說。
然而，僅僅做到這些並不夠，在殘酷的國際競爭中，客戶對於富士康（代工企業）的要求還遠沒有結束，交貨期與交貨質量是緊緊懸在代工企業頭上的一把利劍。不少國際代工合同規定有類似這樣的違約條款，「如遲交一隻集成電路，那麼就要賠償一台電腦」。
由於富士康生產的產品都是客戶的頂級機密，因此富士康的保密措施也十分嚴格。
富士康的廠門、辦公樓門和車間門有三道掃瞄門禁，任何存儲設備和照相設備都不允許帶進去，如果發現員工帶進去U盤，會被立馬開除。
2009年，富士康員工孫丹勇就因為丟失了iPhone手機的樣機，受到「環安課」（環境安全管理）的搜查、詢問後跳樓自殺，一時間引起軒然大波。
孫丹勇，25歲，雲南曲靖人，哈工大2008屆工商管理本科畢業，就職於富士康。2009年7月16日凌晨3時33分許，孫丹勇從12樓跳樓自殺。
事起一部丟失的iPhone。富士康公司交其郵寄給蘋果公司的16部iPhone樣機少了1部。孫丹勇在接受公司調查期間跳樓自殺。
在孫丹勇自殺後，其大學同學調出事發前數小時的聊天記錄，稱孫丹勇在接受調查時遭到非法搜查、禁閉和毆打，引發網絡熱議。
2009年7月18日上午，一位自稱是孫丹勇的同學在天涯論壇發帖，稱孫丹勇之死跟富士康在調查中使用非常規手段有關。
網帖稱，孫丹勇主要負責富士康公司iPhone4N90的導入。在給蘋果寄產品時一共為16台樣機，但客戶只收到15台，這讓蘋果懷疑富士康有洩密的可能，給了富士康非常大的壓力，這壓力就落到孫丹勇頭上。因孫丹勇是負責郵寄的，所以環安課便拉他去盤問。
「毆打、非法搜查、非法拘禁……」這是網帖描述的細節。
該網友還貼出孫丹勇自殺前長達數千字的與同學高歌的聊天記錄。聊天中提及的內容大部分和孫丹勇所接受的調查有關，孫丹勇列舉了自己所受的遭遇和心理感受。
據富士康提供的孫丹勇自述材料提及，孫丹勇在7月9日下午從生產線拿到iPhone，清點數量後用保密封條封住，因當天沒有主管開放行單，便暫存起來第二天發貨。7月10日下午5時許，取樣機的人來了，孫丹勇便打開紙箱讓他們自己確認數量，而他自己當時因為忙不在現場，但孫丹勇回來後取機人稱少了一台，孫丹勇自己重新點一遍確實少了一台。當時懷疑樣機可能是丟在生產線上了，孫丹勇把放樣機的地方和打包的地方找了一遍，但還是沒能找到，週六又仔細翻找無果。7月13日晚上8時許，他告訴了主管。
7月15日下午3時許，孫丹勇女友阿春發信息給孫丹勇，問什麼時間回來吃飯，但沒等到回復。下午5時許，阿春再次發信息，孫丹勇回復下班後再吃。但過了一會兒，孫丹勇帶著三個同事（兩男一女）回來，一進來就說搜一下，但沒有搜到要找的東西，孫丹勇又和同事走了，並讓阿春先吃飯。
「親愛的，不好意思，明天回家去吧！我出事情了，千萬不要和我家裡人講，不要和我聯繫，第一次求你，一定要答應噢！真的很對不起你……」阿春接到這條信息時，是7月16日午夜1時48分。她瘋了一樣給孫打電話，但都沒人接，直到凌晨4時許，民警找到了她。
此後，針對網絡盛傳的富士康顧姓「環安課」課長對孫丹勇採用不適宜手段，如搜家、關禁閉等，富士康表示公司已對網絡中提及的所謂顧姓「環安課」課長停職、停薪，並交由公安部門調查。