假如我估計不錯的話，您這本著作問世以後，必然招致非議，甚至會引來惡意中傷，對於此事，請您一定不要放在心上，不必為此苦惱。您要記著一點——您的思想給那些渴望自由的人帶來光明。至於那些惱人的犬吠，您完全不用理睬。請相信，您周圍的朋友會跟您一起並肩作戰，他們是具有一定戰鬥力的。儘管你曾經就這個問題給我提出過意見，但是，我相信，我這點戰鬥力還是有些威力的。我正在摩拳擦掌，等待他們的進攻……
對於《物種起源》賴爾的態度跟赫胥黎相比，大不相同。就像達爾文評價的那樣，賴文是一個明朗、謹慎、果斷的人，他的觀點還極具創造性。達爾文提出的一些設想，他通常會提出許多不同的意見，如果確實沒有不同意見，他依然不會停止懷疑。另外，他非常珍惜科學工作者的勞動成果。
因此，當賴文看到達爾文多年的研究成果問世時，他在心裡為他的老朋友高興。接著賴爾稱讚了這本書推理嚴密、內容高度集中。但是，賴文不會忘記提出意見，他指出，為了方便讀者閱讀，應該盡快出版一個新的版本，在論證那些抽像的原理時，增加一些具體的事例。此外，賴文還提出了一系列的異議、意見和一些讓他覺得困擾的問題。
首先，賴文指出達爾文在列舉事例時，用到像眼睛這樣完善的器官是不合時宜的。在他看來，達爾文應該把這個例子加以發展，提出一些更詳細地證據。如若不然，乾脆將這個例子去掉。接著，他指責達爾文對前一輩進化論學家的忽視。最後，賴文指出了他和達爾文的根本分歧：他無法接受達爾文有關人類起源的主張，對於達爾文提出的人和猿有種屬關係深表懷疑。
沒過多久，赫胥黎信中的預言果然出現了。看到達爾文的觀點，堅持物種不變論的人們群情激奮。世界創造說的盲目擁護者們也開始躁動不安。一些自然哲學家們也表現了不滿。達爾文在《物種起源》一書中說：「在人類的起源和他們的歷史上，陽光普照。」這句引起了許多人的強烈不滿，因為他顛覆了人們心中由來已久的一個想法——人在生物中處於完全「特殊的」地位，而且還這樣趾高氣揚。從烏莫夫教授的一篇紀念達爾文的文章裡，我們找到了這樣的話：
當時，不管是本國還是歐洲各國，很多對生物學不太瞭解的人，都極力反對達爾文的觀點。在他們看來，自己遭到了極大的侮辱，因為在達爾文的理論裡，人類和猿類擁有同一個祖先。
1859年11月《英國科學協會會報》上刊登了一篇《物種起源》書評，自此以後，各種各樣的批判鋪天蓋地向達爾文襲來。評論者認為該書的核心問題是人類起源問題。作者在敘述自然選擇理論的時候，曾這樣批評道：
從少數相當遠的祖先著手來探索物種起源理論，帶有一定的樸素成分……因此，我們也可以得出：最早的植物是白菜，而最早的動物是魚，當然也可能是鯨魚……如果說猿猴經過自然選擇演變成了人類，那麼人類將會演變成什麼？
接著，評論者又從達爾文的書中引證一些不同的觀點——地質記錄的不完全，缺乏中間環節，在某些地質層中的突然出現一大批的物種等，來駁斥進化論。
最後，書評抨擊道：
在德高望重的老一輩科學家身上，達爾文先生並沒有抱太大的希望。他把希望寄托在年輕人身上，這些年輕人正處在叛逆的年紀，渴望掙脫身上的枷鎖……然而對我們而言，只需要把這本書看做一本普通的讀物就好……不過，我們不得不承認這本書是值得關注的，而且理應得到關注。在有學問的博物學家自會給作者一個公正的評價。在這裡，我們可以肯定一點，作者若要一意孤行，堅持自己的主張，一定會迎來一場殘酷地論爭。對於這一理論，神學家有權作一番評判，因為作者另立一套複雜的、把神排除在的創造的理論，是沒有意義的。眾所周知，新的物種是由上帝創造的，為什麼非要藐視上帝呢？現在，我已經將作者以及著作介紹給讀者，接下來輪到聖學院、大學院、教士和博物院作出裁決。
看到這篇書評後，達爾文曾這樣給虎克寫道：「有趣的事情發生了。有人居然把上帝也牽扯進來，而且還鼓動一幫信徒前來處罰我，這樣做有失君子風範。雖然他沒有明確提出要燒死我，可他已經把乾柴都準備好了……」
但是，令人驚訝的事情又發生了：對於達爾文無神論思想的攻擊行動，不是從神學雜誌開始的，而是首先出現在自然科學雜誌上。
地質學家塞治威克公然對達爾文發難，他的文章語氣刻薄，讓人無法容忍。需要特別指出的是，這個人曾經是達爾文的老師，在達爾文環球旅行前，一度和他前去考察地質。
接著，達爾文的《物種起源》受到全國範圍的關注，所有英國境內的報章雜誌都開始發表評論。然而，情況對達爾文越來越不利，在這些評論文章裡，大多都是反對之詞。
不過，偶爾也會出現例外。一天，影響力很大的《泰晤士報》上刊登了一篇沒有署名的文章，此文極為精彩，而且對《物種起源》一書給予了高度的評價。從文章的獨到風格中達爾文看出了端倪，他明白這篇文章出自赫胥黎之手。不過，他也知道赫胥黎並不是《泰晤士報》的撰稿人。
這篇評論的產生完全是一次巧合：《泰晤士報》的主編給記者魯克斯佈置了一個任務，讓他評論《物種起源》一書。儘管魯克斯是一位非常優秀的新聞記者，但是，由於很少涉獵自然學科方面的知識，這項工作他很難勝任。於是，有人建議他前去請教赫胥黎。他找到赫胥黎以後，兩人達成共識，由赫胥黎執筆撰寫書評，魯克斯只需要完成開場白。後來，兩人圓滿地完成了這次合作。就這樣，書評得以在上《泰晤士報》上發表了，極大地提高了《物種起源》的聲望。
可是，這種正面的書評只是一個插曲。在當時，充滿惡意的反駁佔了大多數。達爾文面對直截了當的發難——惡語相向和侮辱，總是一笑置之。不過，他也有惱火的時候，他無法容忍一些評論者肆意歪曲自然選擇學說。曾經一度，達爾文的自然選擇學說已經完全喪失了它的本來面貌，成為學術史上的一次重大的「冤假錯案」。
可恨的是，這些所謂的批評家們根本是在混淆是非，他們從來不給達爾文辯駁的機會，只是一味地將他的觀點隨意編排，加以譏諷，為此，達爾文苦悶至極。1860年6月，他向賴文傾訴說，目前，他最擔心的是，這種接連不斷的攻擊，會讓有心瞭解進化學說的人，望而卻步，甚至還可能讓一些已經接受該學說的人，中途倒戈。這段時間，他甚至開始懷疑自己的能力，不能確信自己是否已經把自己的思想表述明白。他給虎克的信中這樣寫道：
現在，我覺得是自己錯了，我是世界上最笨的一個人，但是，有一點我不明白，難道說賴文、您、赫胥黎、卡本德、愛沙·葛雷和華生，你們這些人也都無可救藥了嗎？……也許，時間唯有能給我一個答案，能說明一切。
在另外一封信中，我們能明顯體會到達爾文的沮喪。信的內容是這樣的：「許多人還是很難接受我的進化論，看來，要想得到廣泛的認可還需要花費很長的時間，到底有多久我也說不清楚，也許像物種變化一樣緩慢？我快被這些敵對的暴風驟雨摧毀了，逐漸地喪失了還擊能力，也許，我會在失敗裡了此殘生了。」
在達爾文最難挨的那段日子裡，赫胥黎再一次向他拋去了橄欖枝。赫胥黎是確實像達爾文的一個「總代理人」，替他擺平了許多障礙。
這一次，赫胥黎準備了許久的戰鬥力，終於派上了用場。
1860年6月，「英國科學協會」在牛津召開會議。《物種起源》是會議的焦點話題。6月21日，道賓尼博士作了一個名為「論植物性別的終極原因兼論達爾文的《物種起源》一書」的報告。做完報告以後，赫胥黎被邀請發表意見，但是，他拒絕了。他直言不諱地對會議主席說：「在座的多數聽眾都不夠理智，會讓感情影響他們的判斷力，在他們面前談論科學是不明智的。」
其實，早在會議召開之前，赫胥黎和虎克聽說，英國的芝威柏特和牛津的主教韋伯福斯會在會議上發言。他們明白這樣的安排顯然是為了攻擊達爾文，所以兩人都決定放棄這次會議。可是，在一個偶然的機會下，赫胥黎和詹博思（《創造的痕跡》一書的作者）碰面了，在他的強烈要求下，赫胥黎決定出席會議。後來，虎克也一同列席了。
值得一提的是韋伯福斯主教，他是一位數學家，對自然學科一竅不通。前來參加會議前，有人給他灌輸了一大堆反對達爾文的思想。他是宗教界的代表，有一定的影響力，得知他將和達爾文的進化學說有一場正式的較量時，許多人爭相參加會議，其中不乏一些宗教界人士。這次會議，到會人數有七千多人。
下面我們重點講講這位主教。在會議上，韋伯福斯發表了一番言辭尖刻的演說，字字句句極盡嘲諷之能事。他知道赫胥黎作為達爾文學說的擁護者，絕對不會善罷甘休，因此，在演說結束之後，他向赫胥黎提出了一個無禮的問題：「赫胥黎教授，請您回答一下是您的祖父，還是祖母來自於猿猴呢？」
他的話音剛落，整個會議廳裡一片哄笑。赫胥黎很冷靜地接受了挑戰，他逐一指出了韋伯福斯在發言中對自然史的重大誤解，接著他不卑不亢地說道：「因為自己的祖先是猿猴就感到恥辱是不應該的，真正感到羞恥的是這樣一種人——他心浮氣躁又巧舌如簧，在自己應該出現的活動範圍裡取得一些成績還不夠（這些成績本身就值得懷疑），還偏要對自己不擅長的科學領域橫加干預。他只顧誇誇其談，不惜用一些不著邊際的議論，混淆大眾的視聽，甚至，他巧妙地利用宗教中的一些偏見轉移聽眾的注意力，讓他們遠離一些問題的核心……」
赫胥黎的發言博得一陣熱烈的掌聲。後來，赫胥黎和韋伯福斯的這場論爭成為一段有趣的軼事。只要人們一提起捍衛達爾文主義的這段歷史，就會想到此事。我們應該承認一點，韋伯福斯作為主教對赫胥黎說出那番有損形象的言論，實在是自取其辱，理應受到譴責。
在赫胥黎的一段精彩的演說之後，下一個發言的人是虎克。他進一步地反駁了主教，並舉出一些表明主教對植物學一無所知的例子。主教無言以對。
牛津辯論會的以後，達爾文開始振作起來。主教由於自己膚淺的言論，受到一次教訓。這次教訓，委實讓那些不懂自然科學的外行人收斂不少。讓人欣慰的是，倫敦輿論界在這次教訓之後也出現了轉折。後來，達爾文的兒子弗朗西斯從一個辯論會參加者那裡聽說了當時的一些情況：就在會議結束的那個夜晚，許多人都去了牛津的植物學教授道賓尼家，就《物種起源》的論戰，他們談論了很長時間。不光是進化論的信奉者，就連那些穿著黑禮服、繫著白領帶的宗教信徒都對韋伯福斯的發言表示不滿，而為贏得論戰的人感到欣慰。
可是，捍衛達爾文主義的鬥爭沒有就此結束。那些頑固的反對者們在《每季評論》上發表一篇文章，企圖挑撥賴文和達爾文的關係。達爾文的朋友們一致認為這篇別有用心的文章是韋伯福斯和奧溫寫的。文章是這樣的寫的：