1958∼1959年，達爾文的事業達到了巔峰。在他乘坐「貝格爾」號環球旅行的時候，他的進化論基本思想形成了。之後，他花費了二十年的時間，對這個問題進行深入、細緻的研究。這二十年來，他一直堅持不懈地搜集大量事實，逐步完善自己的理論和主張。最終，在唐恩小鎮——一個僻靜的地方，達爾文將自己的思想付諸於文字。為了使這些思想看起來井井有條，他採用了多種表述方式。簡略的提綱、系統的敘述、最詳盡的闡釋等形式，都在他的著作中有所體現。著作問世以後，引起了學術界的一番爭議。不管他們對這部著作評價如何，是惡意中傷和有失公允也好，是認同和震驚也罷，可是，這種現象最終指向了一個結論：學術界對這部著作的很重視，而非置之不理。
《物種起源》的出版問世，不僅對作者達爾文而言，意義重大，而且在學術界也是一次重要的轉折。該書問世後的一段時期，也就是19世紀50∼70年代，知識分子開始從新的角度重新審視人類與自然界的關係。這種變化，在人類歷史是一件大事，它給人類帶來的影響絕不亞於人類摒棄「地心說」而逐步堅信「日心說」。
不過，在此之前，進化論學說一直屬於異端學說，為了捍衛真理，達爾文進行了長達十年的尖銳鬥爭。在這十年裡，達爾文的思想，包括達爾文本人經常遭到猛烈的攻擊，這些攻擊的無禮和惡毒程度令人髮指。
達爾文是個溫和的人，對人一向是彬彬有禮，即便在對手面前也是如此。在這場持久的論爭中，儘管他是最主要的被攻擊對象，但是，他的朋友和擁護者遭受的攻擊一點也不比他少。在這場戰鬥中，這些人經常處於風口浪尖，為追求真理不懈地奮戰。在他們的努力之下，達爾文贏得了更多的擁護者，凝聚著達爾文思想精髓的著作，也在不斷地翻新版本和出現新的譯本。隨著著作的廣泛傳播，那些反對者的尖利爪牙被真理粉碎了。
一位早期的進化論維護者布豐說過：「風格即人。」早在1753年8月25日，布豐在法蘭西學院的一次會議上使用了這句名言。當時，他發表了一篇名為《風格論》的演講中，在演說結尾的時候，一句「風格即人」語驚四座，自此被人們廣泛引用。
談到《物種起源》一書，我們也不得不提到它的風格。整本書就是賴文評價的那樣是一個很長的論據，它解釋了進化論的所有理論內容。而且，用自然選擇理論完美地論證那個了進化論的原因。我們上面提過，這本書有一個擬訂提綱，因此全書很有條理、邏輯性很強。
就像提綱裡規劃的那樣，達爾文從一系列實踐活動入手，展開他的鴻篇巨製。
首先，達爾文以他自己飼養的家鴿為例，證明人工選擇能夠引起亞種之間很大差異。接著，他把這種選擇又轉向了麼自然界。在證明了自然界也有變異和遺傳，自然界中代替人工選擇的原因是「生存鬥爭」以後，達爾文轉而談到理論的難點。
在這部分，他列舉的例子不多。即便這樣，他的邏輯性依然很強。他先比較簡單的器官發展，接著才轉入複雜器官的比較。在對生物本能問題上的比較也是如此，先從簡單的著手，繼而進行複雜的。通過這樣循序漸進的比較，達爾文很自然地引出了自己的結論。在闡述複雜本能的發展情況時，達爾文不僅列舉了三個鮮活的例子——杜鵑把蛋下在別的鳥巢裡的本能，螞蟻的奴隸本能和蜜蜂營造精美的蜂房的本能，而且還擅長從自然界中找到一些過渡性狀，對本能的發展加以闡述。
另外，《物種起源》還有一個顯著特點：批評自己的理論。達爾文對於自己的批評相當懇切，對自己面臨的理論難點毫不隱瞞。他不會為了堅持自己的主張，減少非議，而避開難題。那不是他的做派。相反，他主動請求對手提出自己的弱點。得知這些不同的意見後，他相當重視，不僅將這些異議加以分析，而且努力去解決那些難點，讓自己的理論進一步完善。是的，多年以來，達爾文一直都遵循著這條金科玉律，最終才取得了巨大的成就。
當然，這本書的獨特風格不僅僅在於全書的大綱和邏輯性上，詳盡的敘述也是本書裡值得圈點的地方。在達爾文的心中始終抱著一個宗旨，即讓讀者相信各種物種因為自然選擇的作用在不斷地進化。自然選擇理論作為一個極為複雜的理論，因此達爾文對這個理論裡的每一個小分支都進行論證，並且舉出一些實例。並且，對於理論中的難點，達爾文進行額外的說明。然而，所有的這些理論都需要建立在大量的材料說明之上，對這些材料的合理利用，讓讀者對這些材料有個系統的把握很重要，不然的話，讀者很容易張冠李戴，使例子和概念脫節。
因此，為了方便讀者的閱讀，達爾文著作的緒論部分，將自己的行文思路作一番描述，並說明書本劃分章節的根據。而且，在每個章節結束時，達爾文會就整個章節的內容，寫出一個小結；在書本的末尾還附上一篇《複述和結論》，將人工選擇和自然選擇理論再一次進行闡述。另外，他還特意檢查了分散在全書各處的相反意見，仔細地推敲自己對於這些異議的論證，以方便讀者得出結論。
可做完這些，達爾文覺得還不夠。他又在每個提要的結尾，絕大部分章節的最後，加上一句精心編寫的結束語，用以進一步強調有關選擇和進化的思想。為了使這些結尾部分更加醒目，讓讀者重視這部分的內容，在結尾處，他通常採用大寫字母來書寫某個要素的名稱，如「變異」、「選擇」等。事實上，達爾文這麼做，是完全有必要的。因為，在所有章節的裡，都包含著大量引證的事實、證據、論斷和爭論，給予特別的強調以後，讀者在閱讀的時候，就容易對全書有個系統的感知，也很容易看出每一章所敘述的內容不是脫節的，都是為了論述全書的基本思想。
此外，書本的敘述口吻也值得讚揚。在闡明觀點的時候，達爾文的講話留有餘地。在閱讀全書的時候，你從來不會覺得咄咄逼人，作者從會把自己的觀點強加於人，也沒有強加指責對立的觀點。相反，他在證明或是反對異議思想時，他引用大量事實，引證各種意見和文獻，讓讀者自己去判斷是非曲直。
達爾文對自己的理論定位很準確。他很明白，自己所從事的進化理論是一個複雜的理論體系，需要由淺入深、循序漸進。因此，在將自己的思想付諸於文字的時候，他已經有了充分的心理準備：讀者不可能馬上接受自己的理論。他常常告誡自己說：「即使一個人贊同我的一部分理論，但並代表他會同意我的其他觀點，只有他理解了我的全部理論，他才能完全同意我的觀點。」
在書寫著作的時候，達爾文就是按照這樣的標準來要求自己。《物種起源》出版以後，很多讀者對於進化論有一個較為深入和廣泛的理解。這些讀者中間不乏達爾文的忠實膜拜者。他們已經被達爾文的全部理論說服，對他的進化論學說由衷認同。其中植物學家華生也是其中之列。1859年，華生給達爾文寫了一封熱情洋溢的書信，不僅表明了自己的立場，而且表達了對達爾文的敬仰之情。
當然，任何理論都不可能博得滿堂彩。有些讀者只能部分接受達爾文進化論理念。在他們中間，有一部分人贊同進化理論的基本原理，但是，認為一些次要的枝節還存在漏洞；還有一部分人認可自然選擇理論，可與此同時，他們認為這個理論對人類精神能力的解釋有些牽強。其中，華萊士就是持這種觀點。另外，在讀者群中還存在這種情況：他們接受了自然選擇的意義，但對於類型的可變性只是選擇性的接受——有人認為可變的只是物種，而屬是單獨形成的；有人認為可變的是物種、屬和科，而不是目和高級單位；也有人認為從種到綱都存在著可變性；而第四種人，他們也能為一直到門都是可變的。總之，每人一個主意，按照達爾文來說，他們已經不再認同他的理論了。
不僅如此，在達爾文的讀者中間也開始出現了一些敵對勢力，他們的影響也開始一天天加強。儘管一些人對達爾文的理論持有異議，但是，他們對達爾文的嚴謹治學給予了相對公允的評價。還有一些人，他們指出達爾文的研究方法本身存在缺陷，認為他在驗證一些理論的時候，從採用的論據並不是來自於具體事實和直接觀察。不過，態度最強硬的否定者是宗教信徒。因為在這些宗教徒眼裡，達爾文動搖了物種不變論，就動搖了自然宗教的基礎，因而也動搖了神的啟示。
總之，有關《物種起源》的評價可謂五花八門、種類繁多，這些各執一詞的個人或者流派經常為了維護自己的觀點而爭論不休。為了推翻人們的舊觀念，打敗物種不變論，達爾文不得不投身這場激烈的鬥爭中。這場鬥爭，後來被稱為捍衛達爾文主義。
在捍衛達爾文主義的鬥爭中，托馬斯·赫胥黎是一個非常重要的人物。他是個教授，只有三十五歲，在達爾文的眾多朋友中，算是比較年輕的一個。他從事博物學方面的工作是從一艘軍艦上開始的，這點經歷跟達爾文相似。
起初，赫胥黎在物種起源問題上，持觀望態度，或者可以稱做一種「積極的懷疑主義」。他既不相信創造論，即不相信神具有超自然的能力，能夠干預大自然，也不相信類型的進化的理論——這是當時廣泛流行的一種進化理論，由拉馬克提出，主要觀點都體現在《創造的痕跡》一書中——作者用以證明進化存在的論據太少，且書中對進化方式的論述和進化原因有些牽強，因此這個理論很難讓人接受。
由於在《物種起源》出版之初，物種創造論的觀念還未深入人心，所以在達爾文看來，他的觀念一旦公諸於世，必定會招致許多反對，甚至還會給自己帶來麻煩。但是，他的心裡有一個希望：當自己的論斷和證據被一些科學家理解以後，這些無私地追求真理的正義之士，一定會支持他。於是，書本剛剛印製完成，他就把自己的作品寄給了他們，請求他們作出評價，並提出意見。首先，他選中了三位評判者：賴文、虎克、赫胥黎。其中，賴文在地質科學中實行過變革，虎克讀完書本的校樣以後，就變成他忠實的支持者，至於赫胥黎，是一個很有作為的年輕科學家，他很關心自然史，有關這方面的每一個新主張，他都能客觀、公允地看待。
赫胥黎第一次讀了《物種起源》一書後，給達爾文這樣寫道：
除了九年前貝爾的那篇論文，我再也沒有讀過如此優秀的博物學著作。這本書論點新穎，給我留下了深刻的印象。而且，這本書的格調也是無可挑剔的，我相信，就算是對這個問題一無所知的人，讀完全書以後，也能理解您的觀點。至於您全書的內容，我很贊同第九章，還有第十章、第十一章和第十二章的大部分。另外第十三章，我認為也相當成功，但是，對於一個問題，我持有不同意見。這些問題，等我有了細緻的瞭解之後，我們再探討……