達爾文先生走向了歧途，他偏離一個博物學家本應該走的康莊大道而進入一片充滿罪惡的虛幻叢林。他以為自己可以把賴文拉攏過來，作為忠實的擁護者，遺憾的是，他的如意算盤打錯了。當然，達爾文先生的思想對於他的地質學夥伴很有影響力……可是，眾所周知，偉大的萊文先生曾經旗幟鮮明地反對物質可變論。他這種反對之詞是成熟的，他提出這一主張的時候已經不是少不更事的年紀，而是經歷了長時間的科學研究。
確實，賴文的立場還不太明確。儘管《物種起源》一書引起他的極大興趣，在仔細地閱讀之後，他也同意達爾文的主張，但是要他全盤接受達爾文的思想還有些困難。這段時間，賴文和達爾文的書信往來仍然很頻繁，在這些書信中，他經常寫到一些新的、次要的異議，而達爾文總會耐心地給予解釋。當達爾文得知，賴文著手開始寫一本名為《人類的古遠性》的著作時，他期望能在賴文的新作裡看到有利於進化論的主張。但是，他也不免憂慮，因為賴文曾經反對過進化論，而且在學術界德高望重，也許他不願公然引起非議？不過，事實證明賴文是沒有私心的。他曾經圓滿地處理了「華萊士事件」，還一再跟達爾文建議，讓他出版《物種起源》的摘要。達爾文很信賴這位聰明的朋友，但凡遇到什麼困難，很樂意徵求賴文的意見。
有一次，一篇有關《物種起源》的評論引起了達爾文的強烈憤慨，他打算在即將出版的新版本中予以駁斥。賴文向達爾文提了一條不錯的建議：在書本中稍微增添一部分內容，用以答覆各種各樣的異議，但是，這種回答是不具有指向性的。在賴文看來，達爾文直接干預論戰是不明智的。達爾文聽從了賴文的勸告。因為在捍衛達爾文主義的戰鬥中，他的朋友們一直在不遺餘力地努力著。其中，最值得一提的是赫胥黎，他被達爾文稱做「最慇勤周到的代理人」。
1863年，賴爾的《人類的古遠性》出版了。該書問世以後，不論是達爾文本人，還是達爾文的敵對者，都非常失望。即使在書中出現的對達爾文最有力的文字，達爾文也覺得力度不夠。因此，達爾文沮喪地跟虎克寫道：「有趣的事情發生了。在這個問題上，賴文以為他採取的這番行動，鼓足了極大的勇氣，就像過去的殉道者那樣。」
如同前面提到的，達爾文的進化論不僅在英國本土受到攻擊，在國外也時常遭到非議。在美國，最有影響力的敵對人物是博物學家亞格西，還有幾個教授是他的追隨者。而愛沙·葛雷則是達爾文主義的堅決擁護者，他收到《物種起源》一書後，就認真地開始研究。愛沙·葛雷曾在寫給達爾文的回信裡說：「這本書裡最出彩的部分是書本的結構和寫作手法，整本書事實材料充分，推論巧妙。」
接著，愛沙·葛雷出版了一本「美國」版的《物種起源》。書本問世以後，作者愛沙·葛雷在本國的《希利曼雜誌》上發表了一篇書評，這篇評論將亞格西和達爾文兩人的物種起源理論，進行對比。相比之下，前者就顯得淺薄，後者則顯得厚重；前者有些故弄玄虛，而後者則盡顯親切自然。
然而，亞格西絕非善罷甘休之輩。在一些學術研討上，新理論往往會引發的激烈爭論。愛沙·葛雷作為新理論的支持者，經常遭到亞格西、波文教授和其他一些人的圍攻。但是，面對這些像雨點一樣密集的反方觀點，愛沙·葛雷詳細地都予以批駁。後來，愛沙·葛雷的發言被刊登在《美國科學院院報》上，他把樣稿寄給了達爾文。
達爾文給愛沙·葛雷寫了一封回信，信上說：
看來，您是個內行人。對於《物種起源》一書，我覺得您理解得相當通透，就如同我對它的認識一般。您在探討問題時還提出了一些新的例證和論據，這讓我吃驚不小，並非常佩服……在您的發言，字字句句擲地有聲，其威力如同一顆三十二磅重的炮彈……在我看來，您完全你可以轉行做律師。
論戰仍在繼續。報刊上時常會出現奧溫和亞格西的攻擊言論。不過，他們有些強詞奪理。例如，亞格西採用過詭辯。他堅持說地質證據是完善的，而否認變異。曾經他還諷刺達爾文說：「要是物種都不存在了，看它們還怎麼去發生變異？」聽他的言外之意，好像達爾文曾經懷疑過物種存在的暫時性。甚至，因為達爾文把經不斷積累而形成新變種起源和新的方言的逐步形成作過比較，他竟然否認拉丁文、希臘文和梵文是來自一個共同的起源的地步，而認為這些語言都是獨立發展起來的。
愛沙·葛雷依然據理力爭。他通過證明，對《物種起源》一書進行解釋。他說，外界以為該書在攻擊神學，那完全是一個誤會。就像牛頓的萬有引力定律一樣，達爾文的進化論學說甚少涉及深刻的宗教的觀念。就這方面的話題，宗教信徒愛沙·葛雷一連寫了三篇文章，這些文章被一起刊登在《大西洋日刊》上，總標題為《自然選擇與自然神學並非水火不相容》。
這一次，達爾文再次向愛沙·葛雷表達了自己的敬仰，只是這些讚美之辭夾雜著一些言外之意：
在您的文章中，我看到了許多精彩的比喻。先前，我說您合適做一名律師，現在我發覺自己錯了。您應該是個詩人。哦，不！這不足以概括您的能力，在您身上兼具了律師、詩人、博物學家和神學家的優點，您絕對是一個優質的混合品種！您注意到了嗎？您自己是一個罕見的奇人。
達爾文稱愛沙·葛雷是神學家，其實帶著譏諷之意。因為，達爾文無法接受愛沙·葛雷從他的理論中引發出神學觀念。11月26日，他在寫給愛沙·葛雷的信中指責了他，在他看來，愛沙·葛雷對進化論的理解走得太遠了，已經偏離了主題，因為他竟然認為「變異是沿著某些有利的方向進行的」。對於這個主張，達爾文難以苟同，他明確地反駁道：「生物不是被設計出來的，他們不是『設計』的產物！難道在您看來，扇尾鴿的尾在羽毛的數目上和生長方向上發生變異，是取決於少數人的好惡嗎？」
之後，達爾文在自己的書信裡又提到了這個分歧，而且還不止一次地提及。在他看來，認為神會關心人類的業餘愛好，是愚不可及的，不可理解的。
1861年6月5日，他寫信給愛沙·葛雷說：
我們意見分歧越來越大了。在我看來，被設計的變異並不能讓我的信仰——自然選擇，顯得多餘。相反的是，當我研究了家養下的變異後，我發現了一種現象：大量未被設計的變異正準備著進行自然選擇，目的是促使每種生物都能適應環境。
1861年12月11日，達爾文在給愛沙·葛雷的信中說：「在您口中的內在意識，其實有另一個名字，那就是不準確的指導者。」此外，他還寫道：「恕我難以接受您的觀點，因為在我看來諸如男人的痕跡乳房是經過設計的這類觀點，實在很荒謬。」
達爾文為人極其誠實。他對自己老戰友的反駁在1860年著手書寫的《動物和植物在家養下的變異》一書的末尾已經有所體現，他聲稱自己斷然不能同意愛沙·葛雷的看法——上帝預先決定了每一種變異，而且這種變異具有固定的路線，如同為了灌溉而沿著一定的方向排出的水流一樣。
基於這種誠實態度，儘管達爾文手頭的材料不夠充分，但是，他在此書中沒有迴避人類起源的問題，他提出了自己的主張。在寫給劍橋一位老友——詹寧斯牧師的信中，他這樣說道：
在人類起源的問題上，我不會將自己的觀點強加於人。但是，我也不會完全隱瞞自己的意見，這樣的做法是不誠實的。當然，每個人都是自由的，他們有權利堅信：人類的產生源自於一個特殊的奇跡。不過，對我而言，我找不到支持這個觀念的依據，也沒有發現它存在的可能性。
在這段時期，赫胥黎在努力實施自己的計劃：批駁奧溫關於人在自然界中的地位的思想。早在1857年，奧溫就提出了新的分類法，這種分類法是針對哺乳動物的。在進行分類的時候，他把人類劃分出來，並將其和其他所有的哺乳動物進行比較，將人類列入特殊的一個「哺乳類」亞綱。關於這一點上，奧溫依據了人腦結構的幾個獨特的特點。（在他看來，人腦有下列三個存在：一是大腦半球中從上面蓋住小腦的「第三部分」；二是側腦室後角；三是所在每一個腦半球的後葉室裡的腦壁特別內陷。
對於奧溫的依據，赫胥黎提出了異議。他經過研究之後證明：奧溫提出的上述腦部特點並非人類獨有，類人猿的腦部同樣是這樣的結構。這種爭論一直延續了兩年，最終因為1867年的一次會議而宣告結束。這是「英國科學協會」的一次代表大會，會議在劍橋隆重開幕。在大會召開期間，弗洛烏耶爾教授展示了自己的解剖標本。通過這個事例，驗證了赫胥黎的主張：高等無尾猿同人一樣，也有人腦的那些特徵。
下面，我們提一下《物種起源》的版本更新問題。
1860年1月3日，《物種起源》第二版印製完成，共三千冊，同樣兜售一空。另外，在達愛沙·葛雷的幫助下，達爾文著手準備自己的「美國版」《物種起源》。在這個版本裡，他計劃寫一個歷史性的序言，並準備在序言部分提到一些進化論前輩。
其實，達爾文這樣做是有原因的：進化論和選擇原理吸引了打量的注意力，中途出現許多異想天開的人，他妄想以首先發現這種理論和原理自居。1860年4月，在一家園藝雜誌上出現了一篇簡訊，作者一欄署名是馬太，此人聲稱自己在1831年，也就是二十年前已經發現了達爾文理論的全部內容。此外，達爾文還聽人提起，早在1852年，法國的植物學家諾丹曾發表過《關於物種的起源》的一書，書中也涉及選擇的原理，著作發表以後，一度被人們作為選擇作物種子的理論依據。
最後，賴爾也告訴達爾文一件事情：1853年，德國人夏福浩森在本國的省級協會雜誌上，發表了《關於物種的不變性和可變性》一文。在這這篇論文裡，對於地球上的物種是由過去存在的物種變來的這一思想有所發展，此外，還對中間類型的絕滅問題也有所涉及。
鑒於這種情況，達爾文決定在自己的新版本《物種起源》序言中，將這些作者全部提及。比如，在著作中，達爾文提及馬太的《論造船業和育樹》一書，他評價說：「該書的作者清楚地看到了自然選擇原理的意義。」接著，他又提出了自己的意見，達爾文接著說：「不幸的是，對於這一觀點，馬太先生敘述得過於簡略，他的意見只是一個片段，而且，他用這一論斷去闡述一個完全不同的問題，因此，很少被人們注意。」
達爾文就是這樣一位規規矩矩的人，他把這些競爭者放進了先驅名單。但是，就像他指出的那樣，在那些人中間，有一些觀點分歧極端嚴重，因此，不能細究他們的主張。
總而言之，在自然科學史上，《物種起源》的問世是一件非常重要的事情，因為它的問世標誌著一個新的紀元：19世紀的絕大多數知識分子，從此開始改變世界觀。然而，這種變革的產生必然需要經過殘酷的鬥爭。在這次鬥爭中，《物種起源》一書發揮了主力作用。該書接二連三地一再出版，並被翻譯成世界上最通用的幾種語言。這本書以其格調和結構，還有作者的誠懇態度，散發著令人折服的魅力，從而促進了這次鬥爭的勝利。並且，這本書被達爾文爭取了的朋友，也贏得了一些忠實信徒，比如虎克、愛沙·葛雷、尤其是赫胥黎。在捍衛達爾文主義的鬥爭中，他們積極參與，毫不懈怠。沒過多久，這場鬥爭波及範圍越來越廣，大批量的博物學者都被牽扯其中。