從這封信裡，可以看到華萊士事件的真相。有關這一事件，這封信應該算是最接近事情的文字資料了。下面是書信裡的一段話。
這兩位先生——達爾文和華萊士，在不知情的情況下，獨立地建立了一個同樣的學說。這個學說，就是物種的起源問題。他們的見解是獨到的，就算稱他們為卓越的思想家，他們也當之無愧。不過，現在出現了一個難題：兩人都沒有在刊物上正式發表自己的觀點。儘管我們在許多年以前，就多次跟達爾文先生提出這樣的建議。現在，我們兩人不勝惶恐，因為兩位作者都把自己的著作權轉交給了我們，應允我們全權處理。賴爾先生代表華萊士先生（華萊士寫給達爾文的書信中，授權將論文交給賴爾），虎克代表達爾文先生。現在，我們二人達成一致意見，決定把這兩份珍貴的著作摘要交給林納學會，這樣一來，也算為科學事業盡了自己的一點綿薄之力。
1858年8月，林納學會的學會雜誌將此事作為一個重要話題，大做文章。除了發表整個會議記錄，賴爾和虎克寫給學會的證明信，還將達爾文和華萊士事件的整個報告一併刊登。
達爾文覺得心神不寧。因為他不知道華萊士作為整個事件的發起者，對待林納學會上的事情，將會作何反應？華萊士還在海外，等他得知消息的時候，肯定是很久以後，他根本無法干預此事，以維護自己的權利。這個時候，虎克看到了達爾文的為難，他又一次向達爾文伸出了援助之手。他給華萊士寫了一封書信，言辭非常客氣，但表意很明確。在信上，他將他們在林納學會上所有安排都告知了華萊士，並解釋了將他們二人的論文一併發表的原因。在信的末尾，達爾文附上了自己的幾句話。他說：自然選擇學說就像一劑瀉藥，治好了虎克不可變化的腸子。其實，他的意思就是，在他的影響下，虎克放棄了以前堅持的物種不變論，而接受了進化論的觀點。
由於工作和家庭都不順意，達爾文一時間陷入了極大的痛苦中，於是，他決定前往懷特島散散心，稍作休息。
事到如今，生活給他上了生動的一課，他發現，自己持續不停地搜集資料，而拖延書稿的完成時間的做法是錯誤的。於是，他作了一個決定，聽從賴爾很早以前給他提出的建議，馬上著手書寫《摘要》，從海濱回去以後立即開始。當時，虎克也給他提了建議，要他把書稿寫成可以單獨分離的部分，以便能摘出來在林納學會上作報告。好在這一次，達爾文沒有反對，在會議前，他把一篇名叫《在家養下的變異》給了虎克，這篇論文內容非富，足夠整次會議使用。
在海濱休息期間，達爾文沒有停止觀察，這彷彿是他的必修課。在此前期間，在他跟虎克的書信中轉述了自己的一篇札記，內容是有關海浪傳播生物的問題。研究了漲潮後衝擊到海岸上動物遺骸以後，達爾文發現了十三個已近絕跡的甲蟲種。另外，他還留心了飛簾種子的傳播過程，悉心觀察這些種子是通過何種途徑被風捲入海裡的。
在海島上休息一個後，已經是九月中旬，達爾文終於開始書寫《摘要》。這些日子，他的孩子們對收集甲蟲產生了極大的興趣，當然，這件事情也是他童年時期的最大樂趣。孩子進行收集工作時他經常參與。他跟拉伯克這樣寫道：
當我聽說他們發現了稀有甲蟲，我就興奮不已，就好像是一匹老馬聽到了衝鋒號，一下子精神抖擻起來。你知道，我對昆蟲學的熱愛已經達到狂熱的程度，這個比喻對我而言，無疑是貼切的。
十一月份，達爾文收到了哲學家赫伯特·斯賓塞寄來的一卷《試驗》。赫伯特·斯賓塞也支持生物進化論，並對「創造」生物的一般觀念進行抨擊。達爾文在給斯賓塞寫回信的時候，讚揚了他的觀點，並跟斯賓塞談到一些自己這方面的研究結果。此外，他還指出自己與哲學家的不同之處，即他是站在博物學的角度來研究對象的。
達爾文的《摘要》書寫仍在緊鑼密鼓地進行。截止十二月底，他已經完成了三百頁手稿；按照他的計劃，接下來還有一百五十頁至兩百頁的任務量。在書寫摘要的過程中，他每完成一章後，總會寄給朋友，請求他們為手稿提出一些修改意見。
1859年1月，達爾文終於收到了華萊士的回信，信是寫給他和虎克兩人的。這封回信讓達爾文心情大好，因為據回信的語氣和措辭來看，華萊士對與賴文和虎克的在林納學會上的安排，毫不介意，也不看重優先權問題。
在林納學會閉幕五十年後，華萊士提起此事的時候，是這樣說的：
我這種觀點是突然產生的，這一點跟達爾文先生一樣。接著，我花費了幾小時的時間，將這種想法理順，就以書面形式迅速記錄下來，並且寫明了產生這種想法的起因。寫完這些以後，我用幾張信紙謄寫了一遍，就寄給了達爾文先生。所有的事情，我在一個星期之內就完成了。當時，我只是一個毛毛躁躁的年輕人，而且這個毛病一直沒能完全克服，而他，是一個兢兢業業的學者，對研究事業滿懷熱忱。他一直致力於全面發現真理，並證明真理，而對個人成就的展示，不大關心。
《摘要》的進展相當緩慢。一直到1859年3月，達爾文才完成了有關地理分佈的章節，完成以後，他就把手稿寄給虎克審閱。3月16日，有關分類法、形態學、胚胎學等章節陸續完工。
這段時間，達爾文又做過幾次水療。因為水療能夠暫時地讓他振作精神，保持充沛的體力。3月24日，他寫信告知福克司一個喜訊：他的工作已經接近尾聲了，正在對出版的幾章內容做最後的修改。在信中他還態度堅決地駁斥了福克司的觀點。因為在福克司看來，他那樣拚命的工作是為了贏得一個好名譽。不過，達爾文在信中這樣寫道：
從某些方面來講，我的確很看重名譽。不過，我很有分寸，懂得取捨，不會被名譽所累。因此，我不贊同你的觀點，我的工作只有一個目的，那就是尋找真理，並證明真理。
同年三月，賴文開始著手將達爾文的全部手稿一併出版。之前，他已經把《地質學原理》出版成書。得知達爾文並不反對這種出版方式後，他找到了穆瑞洽談，準備把書稿交給這個出版商。三月底，達爾文得知穆瑞已經接受了自己的書稿，數日之後就會把書稿出版。這對於達爾文而言，無疑是個天大的喜訊。就出書一事，他詢問了賴文不少問題，並請求他給出意見。
他給賴爾寫道：
您得幫我想個主意。因為我書中的觀點，跟時下的正統觀點有些衝突。我想把這一點跟穆瑞說清楚，不知道是否合適？我是不是應該跟他說明，我沒有涉及人類的起源這一類的敏感話題，也沒有跟《創世紀》針鋒相對，只是在列舉一些現象，由這些現象分析出一些結論？
讀了這封書信，你會發現一件有趣的事情：一項重視思想自由的達爾文，正在有些違心地迴避出版者的宗教偏風。看得出來，他很擔心出版者被「蒙騙」。所以，在簽訂合約之前，他堅持讓出版商先讀上一部分，哪怕是前三章也好。事實確實如此，穆瑞讀完一段手稿後，震驚極了，他認為達爾文完全在胡言亂語，簡直是荒謬透頂，這種荒謬的程度絕對不亞於聽說一個老太太跟一隻兔子順利結了婚。不過，穆瑞畢竟是個商人，以一個商人的直覺，他預感這樣的書籍一定會很受歡迎，對他而言，只要有了這一點就足夠了。
接下來就開始出書了。在書本的命名上，他們的意見不太一致。達爾文將書命名為《關於通過自然選擇的物種和變種的起源一書的摘要》。穆瑞拒絕在書的名字裡出現「摘要」兩個字。賴爾不贊成出現「自然選擇」這個術語。不過，在一方面達爾文的態度很堅決，他認為「自然選擇」這個術語，會引起畜牧家的關注，因為在他們中間，這個術語很是流行，而且對於表明家養動物和野生動物的選擇或育種原則的共同性而言，這是一個很合適的術語。
四月初，書本進入了印刷階段。六月份，校樣成形了。拿到校樣以後，達爾文很是不滿，他把校樣全部更改一遍，另外還附上了自己的評價——文體差勁極了。用穆瑞的話說，達爾文差不多把校樣重寫了一遍。他對文體的要求極高，要求文體絕對清晰，事實完全準確。把校樣修改完以後，達爾文給賴文和虎克各寄去一份，請他們幫忙檢查，並要求他們改正一些事實和證據上的錯誤。
10月1日，隨著清樣校對的完成，書稿的出版工作也接近了尾聲。因為長時間的繁重工作，達爾文變得疲憊不堪。由於糟糕的身體狀況，他不得不住進約克郡的艾克雷水療機關。前三個星期，他徹底放下手頭的工作，過上了閒散的生活。儘管這樣無事可做的日子讓達爾文很不習慣，不過，由於這段時間的修養，他的體力恢復得很好。於是，他開始幫助虎克審閱《澳洲植物誌》的緒論部分。
1859年11月24日，《依據自然選擇的物種起源》一書出版，共計1250冊。該書出版以後，當天全部售完。這完全出乎了達爾文的預料，在他看來，作為第一次出版，印製這麼多冊有些冒險。
其實，在這一點上，達爾文完全不必如此悲觀。正如穆瑞所說，早在林納學會召開會議期間，達爾文正在準備物種起源一書的消息已經傳開了。對於這位卓越博物學家的著作，許多人都在拭目以待。
不過，在這一時期已經出現了反對達爾文的聲音。其中，都柏林的地質學家霍頓教授就是一位反對者。在愛爾蘭首都召開的一次都柏林地質學會年上，霍頓對達爾文的進化思想提出質疑，在他看來，達爾文和華萊士的思想沒有可取之處，因為凡是正確的都是一些業已成型的舊觀點，而他們提出的新想法都是錯誤的。後來，達爾文得知了這個發言的內容，評價它堪稱「未來批評的範例」。
然而，賴爾的發言作用極其重大。儘管他對達爾文本人有著強烈的好感，但是，在對待物種起源問題上，要想讓他徹底摒棄舊主張是很困難的。事實上，他仍然傾向於「創造力量的干預」是必然的這一類型的觀點。但是，這一觀點在達爾文看來，只會令「自然選擇學說喪失應有的價值」。
不過，即便是這樣，賴文在英國科學協會第二十九次代表大會上，他代表地質分會發表過有關《人類的古遠性》的演說後，提到了達爾文，在提及他本人和《物種起源》一書時，言語中充滿同情。
他在發言的結束語中說道：「在具有高度的理論興趣並且由於地質學和博物學的現代成就而引起人們注意的問題當中，沒有一個像物種起源問題這樣引人注目但同時又含混不清的問題了。在這個難度大而又神秘的問題方面，很快就要出版查理·達爾文先生的著作——這是在動物學、植物學和地質學方面二十年觀察和試驗的成果，這些觀察和試驗使他得出的結論：引起動植物形成亞種和經常的變種的自然界的力量，也是在較長的時期內產生物種，在更長的時期內使同屬產生差別的那種力量。」
在引證賴爾發言時，索博利指出了兩點有趣的現象：其一，在介紹達爾文學說時，賴文在這種學說身上賦予了『等速變說』的色彩，而在談及人類的古遠性問題的發言時，他也做過同樣類型的介紹。其實，所有這些類似的學說，都有著深刻的內在的聯繫。等速變說無非證明了一個問題：舊的宗教學校關於地球是在不久前通過創造才產生的，這一說法是錯誤的。其二，《人類的古遠性》認為把人類的存在可以追溯到很古遠的時期，至少，人類和犸猛動物應該屬於同一個時代。而達爾文的生物進化學說同樣把生物起源向前推移到很多個世紀以前，並認為這種起源歸因於現在還發揮著影響力的自然界。賴文和達爾文的學說涉及的對象一樣，都是針對「造化論者」和創造說的擁護者，而且人類古遠性學說的提出，必然會引起生物起源問題中有關人類起源的討論。
值得指出的是，由於華萊士事件的影響，達爾文只能放棄已經構思好，並且開始著手撰寫的大篇幅內容，他的寫作計劃也因此被打亂了。經歷了一系列的變故，達爾文暫時推遲了「巨著」構想，並將書本的敘述內容大量壓縮，引用證據數目也減少很多。最終，《物種起源》一書完成了，時年達爾文已經年過半百。