在準備書稿的幾年裡，達爾文的身體總是時好時壞。通過幾次水療，他的精神暫時好轉很多，整個人也輕鬆不少。1857年，他在慕爾公園療養期間，稱讚了水療的良好治癒作用。他說：「現在，我可以活動自如，甚至可以像一個虔誠的基督教徒那樣轉圈和用餐。我的睡眠質量也提高了。而且，我發現水療能讓人的大腦徹底地安靜下來，這種功效實在出色極了。」
從達爾文的這番話裡，我們也能聽到一些言外之意：這部包含著許多數學運算的著作，很傷腦筋。1858年3月，他跟虎克這樣寫道：「今天早上，我的工作很不順利，進度很慢，我感覺有些煩悶。我的天！這些物種和變種，已經讓我痛苦不堪！」
有一次，他跟一個莊園的鄰居拉伯克聊天，提到了變種計算問題。對方也是一名博物學家，在談話的過程中指出了他的一處錯誤。在以後的兩三個星期裡，他的情緒很低落。用達爾文自己的話說，他感覺自己快成了全英國最不幸的人！他異常憂鬱，覺得自己就是一個最不起眼的動物。因為自己的盲目和一些幻想，他煩惱透了，最後忍不住大哭起來。發洩完以後，他又重新開始計算。
在他虎克的書信裡，涉及他這段經歷，他寫道：
那些書我還沒再一次審查，我找到了正確的原則，那些數據需要重新計算一遍，只要這兩項工作一天沒完成，我就得沉下心坐著，一直堅持到最後。對於拉伯克，我想向他表示最衷心地感謝，因為他及時地指出了我的錯誤。
由於長期的繁重工作，達爾文的身體越來越吃不消了，身體狀況日漸惡化。1858年4月，他再次去了慕爾公園，在那裡接受為期兩周的治療。這段時間，他仍然在跟賴爾通信，和他探討大量地質方面的問題。不過，在一次的書信結尾出現了這樣的話：
我不想再繼續寫下去了。我的身體狀況比以往更差了。我得暫時放下這些工作，好好放鬆一下，多出去走走，多吃點飯，而且多讀一些小說。
確實，在這一次的療養期間，他終於給自己放了假。他給妻子寫道：
昨天，我去樹林裡散步一個半小時。我沿著林間小徑一直往前走，這種悠閒的感覺真是一種享受。樹林裡的景色美極了。蒼勁的松樹上抽出了新芽，一些年齡很大的白樺樹已經開花了，深棕色柔荑花很漂亮。落葉松也是生機盎然，松葉茂密而柔軟，看起來很秀麗。最後，我忍不住在草地上躺了下來，還睡著了。後來，聽到了一陣鳥鳴聲才醒過來。醒來以後，我發現松鼠在樹上躥來躥去，兩隻啄木鳥在愉快地歌唱。這種場景真令人愉悅。我感覺自己的身心已經陶醉在這寧靜的景致裡，完全把鳥獸的來源問題，放置一旁……」
1856年年初，賴爾給達爾文提出了一個建議：盡量完整地闡釋進化論。達爾文接受了這個主張，開始寫他的物種一書。這和後來的《物種起源》一書是兩碼事。他在準備這本內容詳盡的書時，賴爾提議要他先將觀點和研究概要公諸於世。這樣一來，可以在理論上取得優先權。但是，達爾文認為這個辦法，可行性很小。因為他的進化論學說，是有許多小論點組成的。而每個論點，都需要加上事實的闡述。如果捨掉這些證據，對他而言是無法接受的。
因此，達爾文給賴文回信說：「對於優先權而從事的寫作，我痛恨不已，但是，若是真有人在我之前發表這些理論，我確實會非常懊惱。」可是，我們應該看出賴文的提議是很有道理的。一時之間達爾文左右為難，這種做法有悖於他的一貫原則：他從來不會寫出一條沒有事例證明的空洞理論。這時候，他想到了虎克，他向這個一直支持他的朋友，傾訴了自己的煩惱和猶豫，並向他透露，自己並不想出版理論概要。
虎克否定了他的看法，並在回信中明確了自己的立場：
到最後，一切的真相都會被事實證明。所以，我覺得您的顧慮是多餘的。看到您這樣的觀點，我感到很不安。因為在我看來，這個想法是不正確的。
達爾文在極大的矛盾中苦苦掙扎，最後，他還是放棄了寫作理論概要的念頭。他的日子又回到正常的軌道上來：搜集詳盡充分的事實依據，完成一部有關物種的鴻篇巨製。直到1858年6月，達爾文再一次陷入了不安。賴文的預言應驗了！另一個人提出了達爾文的理論！那個人叫華萊士，是一位航海家，同時也是一位動物標本搜集家。他完成自己的理論後，恰好將自己的手稿寄給了達爾文，請他幫忙檢閱。華萊士的理論比達爾文更進了一步。那時，達爾文已經繼續從事書稿寫作兩年了，已經完成了十個章節，也就是完成了整個書稿的一半。
華萊士是一個了不起的年輕人。他出生於1823年，家境貧寒，從十四歲起就自謀生計。他先後從事過許多職業，當過鐵路工人、土地測量員、承包人，還做過國民學校的教師。在植物學方面，他是自學成才。他閱讀過許多植物學書籍，十八歲起就開始製作植物標本。在從事教學職業期間，他跟一位年輕教師志同道合，交往甚密。這位年輕人和他的愛好相同，對自然科學和遊覽很感興趣。在他的熏陶下，華萊士迷上了搜集甲蟲。
達爾文對華萊士的影響很大。他的《一個博物學家的航行日記》一書，受到這位年輕人的推崇。華萊士在寫給好朋友貝茲的信中還極力地稱讚了這本書：「這本書的一切內容我都喜歡，敘述內容都是我感興趣的問題，敘述風格也極其質樸，看不出絲毫的矯揉造作和功利。達爾文的《創造的痕跡》一書，他也仔細閱讀過，他對書裡提及的物種起源問題很是重視。另外，看了達爾文的《航海日記》以及有關對洪堡德旅行的描寫，引發了他想去親近大自然的想法，而且這種念頭越來越強烈。
1848年，他同貝茲一起，開始了自己的夢鄉之旅。他們帶著自己的積蓄，乘著輪船前往巴西。之後，他們沿著亞馬孫河河口一路遊覽各個支流。當時，一些國外的蝴蝶和鳥類的搜集品在英國非常暢銷。因此，這兩個年輕人，將他們的搜集品賣給一個前往英國做生意的經紀人，以此來支付以後的旅行費用。
這次旅行對於華萊士和貝茲而言，不僅僅是一種謀生手段。在他們內心深處充滿了對於熱帶風物的熱愛。在旅途中，華萊士萌發了探索物種起源的念頭。於是，他找來九個當地嚮導一起沿著裡奧內格羅河一路向上遊走去，接著，他又沿著沃佩斯河（奧內格羅河的支流）來到了哥倫比亞。在亞馬孫河流域旅行四年，他收穫頗豐，不僅得來了豐富的搜集品，還親眼看見了尚未開化的野蠻人。
旅行結束以後，他踏上了回國的征途。至於那一大批量搜集品，他決定出售一部分，然後把剩餘的部分當做美洲各種動植物機體展覽出來。可是他沒能如願，他乘坐那艘輪船著了火，他的全部收藏品在這場大火裡化為灰燼，就連他花費許多心血寫成的旅行日記也一併葬送火海。後來，華萊士和船上的所有人員都被救上小艇，在汪洋大海中漂泊了七百海里後，終於遇到了一艘輪船。這艘船搭救了他們，並把他們送回了英國。
然而，華萊士沒有被這次的不幸遭遇打垮。他在赫胥黎教授的幫助下，他得到了另一次去馬來群島長途旅行的機會，這一次，由政府提供津貼。1854年，華萊士從英國起程前往該島。在那個島上，華萊士一待就是八年。在這八年裡，他得來大量的搜集品，並將這些都運回了英國。生活在島上的日子也給他親近自然提供了便利。他經常去群島各地實地考察，掌握了大量的第一手資料。這些資料，為他後來撰寫有關馬來群島的博物學著作幫助很大。另外，他的兩卷本《動物的地理分佈》一書的寫作，也得益於這段時期的經歷。
當華萊士還在馬來群島工作期間，就開始跟達爾文進行書信往來。他們的往來還得從華萊士發表的一篇文章說起。這篇文章名叫《控制新物種出現的規律》，1855年發表在倫敦的一家博物學雜誌上。這篇文章雖然影響力很小，但是意義重大，因為它牽扯了達爾文跟「華萊士的事件」的真相。
這篇文章所探討的問題，正是達爾文那個時期的研究課題。在文章裡，華萊士試圖去闡述物種起源問題。當然，他在進行理論證明的時候，不僅借助了自己的豐富經驗，而且也翻閱了許多文獻史料，其中，達爾文的《航海日記》也在他的參照之列。
但是，華萊士的論文發表以後，並沒有引起什麼關注。1856年10月，就論文的命運問題，華萊士寫信向達爾文請教。因為學術界的反應實在讓他失望，所以從蘇拉威西給達爾文寄信的時候，華萊士心事重重。
達爾文看到華萊士的信後，馬上就寫了一封措辭親切的回信。他告知華萊士，那篇論文的內容他已經看過了，非常同意他的觀點，還告訴他自己研究這個領域已經二十年了，但是這個理論涉及的內容太廣泛，他無法在書信中詳細討論。
從達爾文和華萊士兩個人通信可以看出：達爾文先於華萊士開始研究物種起源問題，關於這一點，華萊士本人也非常清楚。因此，達爾文在書信中，對於這方面的理論從未向華萊士提及。也就是說，華萊士得出選擇的思想，完全是自己努力的結果，跟達爾文沒有直接關係。另外，這種說法，也得到了達爾文朋友賴爾和虎克的極力贊同。不過，為了慎重起見，我們有必要弄清楚華萊士得出結論的過程。
1858年1月25日，華萊士來到了特爾納特島，這是一個位於安波那島北部的小島嶼。他達到那裡以後，就染上了瘧疾，而且很嚴重。所以一旦瘧發作，他就只能停下手頭的工作。不過，這也給他思考問題提供了時間。他想起了各種類型的問題，耗費他精力最多的還是物種起源問題。他當時的生存狀況，讓他想起了馬爾薩著作裡的話：災難、飢餓、疾病和戰爭，是影響人類繁衍的重要因素。
正是這句話，激發了他的靈感。他馬上明白了一個道理：一些適應性強的動物會存活下去，而那些適應能力差的，只會面臨滅頂之災。於是，物種起源和生物適應性的疑難一下子迎刃而解。就在當天晚上，等瘧疾給他帶來的痛苦稍有緩解後，他趕緊把自己的想法付諸於文字，接下來的兩個晚上，他又就此問題作了詳細地闡釋。這些文字，後來就成了《論變種無限地離開其原始類型的傾向》一文的手稿。論文完成以後，華萊士就把它寄給了達爾文，讓他變成了這篇論文的第一個讀者。
然而，達爾文讀完論文以後，在內心掀起了軒然大波。因為，華萊士的思路和他完全一致：都把「生存鬥爭」原則應用於解釋物種起源問題。達爾文在寫給賴爾的信中，表現出了極大的震驚，並稱這件事情是一次「驚人的巧合」。
儘管他們之間存在著許多相同點，不過，還有存在一個本質性的差異：達爾文的觀點是從家養動物的人工選擇中得出的，最後把這個選擇原則應用於自然界。而華萊士則是從自然界入手，認為在家養狀況下得到的變種或多或少是不穩定的，因為物種總是表現出要返回到原始物種的形態。
即使存在這些區別，情況對達爾文仍然很不利。如果華萊士發表論文在先，達爾文之後再出版自己的著作，難免引起別人的誤會，逃脫不了抄襲之嫌。因此，為了避免這種被動的局面，需要在發表華萊士的論文的同時，把達爾文很早的研究成果也一併發表出來，以此取得理論上的自主性和優先權。賴爾同虎克商議以後，就給達爾文寫信，向他提供了這條建議。
因為這件事的影響，達爾文的身體狀況越來越差。此段時期，他簡直是禍不單行。他的家裡又傳出了噩耗：他的一雙兒女都染上了重病。其中一個因為患上猩紅熱已經不治身亡。
1858年7月1日，林納學會緊急召開會議。這次的會議，達爾文缺席了。華萊士事件加之家庭的不幸遭遇，已經讓他不堪承受，再經不起任何波折。因此，在會議召開的前一天，他把全部材料都派人交給了虎克。會議當天，賴爾和虎克將達爾文的材料交給了書記賓尼，同時還附上了一封書信。