達爾文的工作還算順利，期間，由於前往劍橋、施魯斯伯裡和梅爾旅行，而有所中斷。可是，倫敦的生活讓他很不滿意，因為他時常感到孤獨。他突然很想有個家。
達爾文的這段經歷，在他女兒——亨利埃塔·利奇菲爾德給母親寫的傳記裡有所體現。在這個傳記裡，她向讀者展現了父親的一段心理獨白。1837年達爾文，在一張小紙片上信手寫下了自己的想法，時隔多年，他的女兒為我們翻開了這段塵封的記憶。
首先，他在紙片上羅列了婚姻的利弊。在他看來，有利的因素有：孩子，老年伴侶，有音樂的家庭氣氛，跟一個女人促膝長談。而不利的方面是：因為孩子過多，必須花費很多精力去養家餬口；由於擁有家室，會給社交活動帶來困難。
接著，他又想到：若是沒有知心朋友，事業再成功也是徒勞，若是一個老年人沒有妻兒環繞膝下，他的晚景一定很淒涼。於是，他的結論出來了——我不要做一隻沒有性別的工蜂，只知道勞作，孤獨地度過此生，那種場景太可怕了！不一會兒，他的腦海裡顯現出另一種境況：沙發上，坐著一位慇勤溫柔的妻子，家庭氣氛相當和睦，房間裡擺著很多書籍，還播放著柔和的音樂。
此刻，他在大馬爾勃羅街的生存狀況與這種溫馨的一比，簡直是天堂和地獄的差別！
結婚！對！要結婚！他堅定了自己的信念。
這個美好的憧憬，在1838年年底實現了。當時，達爾文已經二十九歲。
11月11日對達爾文而言，是個值得紀念的日子。因為，他向家住梅爾的表姐——艾瑪·維茨沃德求婚，並得到了許可。據許多書信證明，他們的結合，得到了來自於施魯斯伯裡芒特和梅爾兩個家庭的祝福。達爾文的舅舅——喬斯，很早就獨具慧眼，發現了達爾文的天分，並且打心眼裡喜歡他，因此把女兒嫁給他，他們全家都十分滿意。而且，這兩家的關係原本就很密切。因為，不久之前，艾瑪的哥哥和查理的姐姐卡羅莉娜，剛剛度完蜜月。現在，則更為密切。賴爾夫婦和查理一同分享了他的喜悅，近段時間，他們相處的很好。
查理曾在書信裡跟未婚妻寫道：
此刻，我感到幸福無比。您非常善良。離開梅爾以後，我還沒有正式向您表達感激之情呢！我常常在想，我一定要做一個優秀的人，只有那樣才能配得上您。您一直在梅爾生活，在那裡有您的家人和許多親密的夥伴陪同。我們這裡的夜晚有些安靜，您可能會不習慣，會覺得枯燥乏味……我父親一再跟我強調喬斯舅舅的話：「娶到她，是你的幸運。」……親愛的艾瑪，請伸出您的雙手，我將懷著極其溫順而感激的心情，去親吻它們。我的幸福之杯裡，充滿了對您的感情。現在，我最大心願就是成為能匹配您的人。
而艾瑪對於達爾文的情感，體現在她寫給姨母西斯蒙迪夫人的書信裡：
當您問及查理·達爾文的為人時，我只是草草做了描述。對於他的一些優點，我很少透露。因為我害怕引起您的懷疑……上星期四，他陪著姨母範妮又回到了梅爾。星期日，他向我求了婚，我完全沒有想到他會這麼做。我一直以為，我們會繼續保持多年的友誼，從來沒有往婚姻方面考慮。
我覺得很難為情，但內心裡很幸福。當時，家裡來了許多客人，只有父親、伊麗莎白、卡羅莉娜知道這件事。親愛的爸爸，他簡直高興壞了，還流下了幸福的眼淚。您也知道，他一直很看重查理……晚上，我和查理來到爸爸的房間，漢斯利（艾瑪的哥哥）也在那兒，我們談了很久；我們說著說著，我肚子餓了。漢斯利去廚房給我們拿了一些吃的，還特意做了一盤精美小菜……
查理是個很坦然的人，他從不說謊，他說的每一句話都體現了內心的真實想法。他人緣很好，在自己的父親和姐妹們面前，總是彬彬有禮。他的性格也很溫和……還有一點，我覺得很欣慰，他很有上進心……
現在，我感覺，自己的生活裡時刻洋溢著幸福。查理很喜歡梅爾。我看得出來，只要有機會，他願意回到農村……在喝酒的問題上，我跟姨母薩拉不同，我沒有那麼多的忌諱。不過，查理不飲酒。不管怎麼說，這不是什麼壞事。這次訂婚，我原本不打算告訴您。但是，這是我生命裡一次重要轉折，作為長輩，您有權知曉……經過一段時間的休養，我動身去做禮拜，可是，我發現自己心不在焉，所以走到半途，又折返了。
由於感情的介入，在這一時期，查理稍稍偏離了學術研究。儘管在每天清晨他還會寫作南美洲鳥類的生物學，但是，這項工作時常被打斷。結婚之前，他必須找到一處合適的出租屋，作為婚後的住所。對於此事，賴爾夫婦也非常關心。
後來，艾瑪去了倫敦，她陪同查理去找房子。有時，他們也會去看戲。最終，他們在高爾街找了一處滿意的房子。房子漆得很漂亮。那是一座老房子，房前有一個小花園，也是這個原因，他們最終下定了決心。
1839年1月29日，這對年輕人在梅爾舉行了婚禮。沒過多久，他們就去了倫敦。從艾瑪的書信來看，她在婚後立即擔負起了主婦的重擔，並且完全勝任。新婚時期，查理夫婦花費了大量時間忙於迎來送往。客人到訪時，查理夫婦總是很熱情的招待，而查理看起來格外興奮。
扎德教授是這樣描述查理的：「去做客時，我完全被主人的熱情吸引了。他很親切，就算是很短時間的接觸，你也會對他產生好感。剛見面時，他真誠地跟你握手，告別時，他溫柔地撫摸你的手掌，用挽留的眼光看著你。整個來訪期間，他臉上始終掛著笑……」
新婚過後，達爾文和妻子就很少參加社交活動，他們的生活日漸平靜，甚至開始深居簡出。可是，不幸的事情還是發生了，達爾文的身體每況愈下，他只好前往梅爾和施魯斯伯里長期休養。1839年年底，達爾文有了一個兒子。他非常喜歡孩子，經常坐下來觀察這個小生命。他對孩子的喜愛程度，連他自己都有些吃驚。後來，那些觀察成果，都體現在《論感覺的表現》一書裡。
另外，他還在繼續整理一些地質論文。因為身體的原因，諸如《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂礫和冰川》的整理工作，總是時斷時續。可他，就是一個如此堅韌的人。這期間，他去地質學會作過報告，發表了《關於某些火山現象之間的聯繫》的演說，還完成了《「貝格爾」號動物學》一書中有關鳥類部分的研究。
很長時間，達爾文一直把精力放在物種和變種的研究工作上。後來，他才逐步轉向研究資料和思考理論。1841年1月，達爾文寫信給福克司（一位經驗豐富的養禽家）請求他的幫助，書信的內容大致是這樣的：
就算您只提供一些最微小的資料，對我而言，都是彌足珍貴的。如果您那裡有雜交的非洲貓，或者是雜交的鴿、雞、鴨，要死去的話，請把它們屍體裝在一個小盒子裡寄來，我需要它們的骨骼。對我而言，這些東西比任何鹿腿或最好的烏龜更有價值。
1841年年初，他的《珊瑚礁的構造和分佈》問世了。在這部作中，達爾文的寫作方法，完全有別於其他著作。
其一，基於對研究對像所有細節的瞭解，著作涉及的內容相當廣泛；其二，著作具有高度的概括性：他努力尋求一些規律，以便這些規律最恰當地反映被考察對象的特徵；其三，認真對待研究過程中出現的困難。在難題出現之前，他就想辦法去克服，還專門對它們加以解釋，避免讀者產生質疑；其四，從各個學科著眼進行研究考察。因此，在著作裡處處體現出他的博學多才。他不僅在地質學和地貌學上有很深的造詣，而且他還擅長動物學。在寫作時，他通過潛移默化讓讀者對他的觀點心悅誠服。儘管他所探索的問題還存在著很多分歧，其中還有一些枝節有些晦澀難懂，但是，他的觀點說服力很強。同時，這部著作的創作也體現了達爾文堅毅不拔的品質——他毫不避諱研究對象的難點，並能堅持自己的觀點，而且對於觀點中的漏洞也絕不掩飾。因為他相信一點：從多方的著眼而取得證據，最終會指向一個相同的結論。
在第一章裡，達爾文研究了環形島和珊瑚島。在此之前，關於這些島嶼的起源問題存在爭議，甚至還出現過錯誤的、虛構的假設。在著作裡，他將自己已經研究過的環形島——基林，作了一番描繪。就珊瑚島問題，他探討了暗礁外緣的珊瑚，圍成礁湖的珊瑚式的藻類地帶、礁湖本身、礁湖底層的沉積物以及靠吃淤泥和珊瑚的動物——比如綠鮶和管海參。另外，對於暗礁和小島嶼的變化情況，達爾文也有所涉及。在達爾文看來，這些數量很大並且遍及各地的島嶼都僅僅在海面上露出頂部，但是，就礁石的表面計算，通常的情況是，海洋越深環形島的形成基地就越堵峭。
第二章涉及了堡礁。在這種地貌和大陸中間隔著寬闊的水道和礁湖。達爾文重點從一個島嶼或一個群島嶼的堡礁進行研究，在著作中闡明了堡礁的形狀和結構非常近似環礁的形狀和結構。不僅如此，達爾文為了解釋某些環礁和堡礁，還採用了平面圖，將自己的想法很直觀地表達出來。
達爾文在第三章裡討論了有綠壁的礁或者說岸礁，比起堡礁它們距離大陸的位置很近，並且它們和大陸之間沒有像礁湖那樣的深水地區。
第四章的內容是描繪珊瑚礁的成長。在這裡，達爾文對珊瑚礁增長的有利條件、它們生長的速度、形成暗礁的珊瑚蟲生活的深度作了一番廣泛論述。從他所有的論斷來看，對珊瑚礁影響最大的一個問題是：不能低於最低限的深度，若是低於這個限度，珊瑚蟲就無法茁壯成長。
第五章具有極其重要的理論意義。在這一章，達爾文批判了先前存在的一個假設——噴火山口或在由沉積物變來的水下淺灘上，往往會形成大群島的環礁，並且發展了他自己的學說。達爾文指出，岸礁最終形成了堡礁，堡礁最終形成了環礁。而這種形成有兩方面的原因：一是陸地緩慢下沉；一是暗礁的珊瑚的增高，這種增高的實質就是為了營造有利於珊瑚生長的條件。接著，他又將自己的觀點用簡略、直觀的示意圖加以闡釋。
珊瑚結構的類型的分佈情況是最後談及的內容。在地圖上，深藍色代表著環礁的分佈情況，淺藍色代表堡礁的分佈情況，而岸礁的分佈情況則用紅色表示。根據達爾文的理論，藍色恰好表示他假設的下沉部分，紅色則表示升高部分或定態部分。因此，一幅清晰醒目的圖景就在地圖上顯現出來。如此來看，由於下沉和升高的部分佔據了多數空間，地圖的顏色沒有被塗染成五顏六色。不過，在地圖上，那些相互混雜起來的地方恰好就是用深藍色的斑點或淺藍色的斑點來表示的。根據達爾文的理論，可以很容易看出：這一區域完全可以依照下沉理論進行解釋。
1842年5月18日，達爾文前去梅爾逗留幾日。6月15日，他來到施魯斯伯裡。這兩個地方，達爾文過得相當愉快。此時，他已經著手草擬物種起源的理論概要。事實上，早在1839年，這個理論在他頭腦中已經成形，只是當時還不太完善。達爾文去世十四年以後，他的後人在唐恩的莊園裡才發現了《概要》的手稿。當時，繼承人準備拆毀這座莊園，誰知，竟在樓梯下面的壁櫥裡找到了這些珍貴的手稿。