在太平洋裡，我們看到過一些被珊瑚礁包圍的島嶼（比如我先前在這本日記中提到的塔希提島和埃伊梅奧島），可是這些珊瑚礁被那些大大小小的海峽和靜水區隔開，距離海岸很遙遠。在這種條件下，珊瑚巖要增長可能受到阻礙的原因是多種多樣的。所以，如果我們設想：經過很長時間之後，這樣的島嶼要像南美大陸那樣，不過與南美大陸方向相反（南美洲呈逐年上升的去勢），下沉若干英尺的話，那麼珊瑚礁的底部將會繼續有珊瑚從周圍向上生長起來。海水將來會淹沒中間的陸地。與此同時珊瑚將完成它那好像圍牆一樣的建築。由此推斷，那時將會誕生一個環形的珊瑚島。按這個觀點來看，環形珊瑚島可以被當成一座紀念碑，上面標記著海洋淹沒陸地的地方。
4月29日早晨，「貝格爾」號從毛里求斯島（即法蘭西島）的北端繞了過去。島沿岸的平原上種著一些碧綠的甘蔗田，甘蔗田後面有些稀疏的小房子。幾座尖頂的高山聳立在島的中心，山頂白雲繚繞，山上綠樹蔥蘢。
第二天，達爾文訪問了一個城市。這個城市是一個文化中心，法蘭西特色鮮明，達爾文對它的印象很好。他對那些歌劇院、大書店等都很感興趣。在路易港這個城市的大街上，你可以看到被流放來的印度人。
5月2日，達爾文來到城外，立即登上750米高的拇指山。
5月3日，達爾文同斯托克斯一起，來到勞合大尉富麗堂皇的別墅，並在那裡住了兩天。他們騎著大尉的象走了一段路。達爾文說，他很驚訝，像在走路時不會有一點聲音。
從南邊繞過馬達加斯加後，「貝格爾」號在納塔爾附近駛抵非洲海岸，航行在非洲海岸附近的非常遼闊的地帶。
5月31日，「貝格爾」號停在了四蒙士灣。
第二天，達爾文到了卡普什塔德特，這裡距離四蒙士灣二十海里。在離卡普什塔德特七海里的地方，他看到了許多幼小的蘇格蘭雲杉林和低矮的橡樹林。這些「有一陣陣秋天英國的樹林的氣味散發出來」的雲杉林和橡樹林，對於懷念祖國的達爾文來說特別誘人。在卡普什塔德特有一條各族人雜居的大路，在這條路上的一個很大的旅館兼飯店了，達爾文好不容易才找到了一個房間。
6月2日，像往常一樣，達爾文登上了附近的一座山，從山頂可以俯瞰這座城市，和城市裡兩旁栽著樹木的筆直街道。不久前，這座城市還是由荷蘭人管轄的，現在卻越來越英國化了。除了英國人和荷蘭人以外，城裡還有很多法國人、戴著圓錐帽或紅頭巾的馬來亞人、黑人和「遭受虐待的」果天托特人。這裡的四輪車很引人注目，平常我們看到的都是兩隻犍牛前後一列套著的四輪車，可這裡有一前一後、四個一列、六個一列和八個一列都有。緊靠城外有一座桌子山，高達高兩千米，有很獨特的風景。
6月4日，達爾文深入到內地，作了一次路途更長的旅行。他租了兩匹馬和一個年輕的果天托特人，他可以兼任侍從馬伕和嚮導。通過這次旅行，達爾文對非洲南部的植物、土壤、地質構造和某些動物化石群的標本都有了一定的瞭解。接下來的一周，達爾文都是在卡普什塔德特度過的。在這裡，他認識了一些英國人，並且還認識了約翰·赫瑟爾，能認識這個天文學家讓達爾文很高興。在他還是少年時，約翰·赫瑟爾的著作就讓他印象深刻。
6月17日，達爾文回到了四蒙士灣。
第二天，「貝格爾」號又開始了它的航行，駛向大海。在《航行日記》中，達爾文寫道：「開始時颳大風暴，後來就沒有一絲風，我們總是遇到這種不愉快的事。」
6月29日的日記，達爾文是這樣記得：「第六次『貝格爾』號穿過了摩羯座回歸線，這也是最後一次了。固定刮信風的地方，我們到的時候卻只遇到到了微弱的北風，讓我們感到驚訝，也很不高興。」
7月8日，「貝格爾」號駛達「如一座巨大的黑色城堡般聳立著」的聖赫勒拿島。達爾文落腳的城市距拿破侖墓不遠。但是不要誤會，他會選擇這裡，「並不是因為對這位偉大統帥感興趣，也不是因為對他很敬仰」，主要是因為「這個地方是島的中心，方便去任何地方遊覽」。他住宿的地方有兩千英尺高，氣溫很低而且經常會有暴風雨。他在這裡給自己的朋友漢斯羅教授寫信說，他住的小屋子在白雲之間，並且與拿破侖墓近在咫尺。接著他說：「看到這裡的風雨，就知道什麼樣的才是真正的暴風驟雨。如果拿破侖的靈魂還在遊蕩的話，對於他那徘徊遊蕩著的靈魂來說，這樣的夜晚很適合。」在悉尼時，達爾文也曾寫信給他說，對於研究自然史的資料，去英屬殖民地那些更文明的地方的旅行，能夠得到的非常有限，而如果不這樣做，就沒有興趣去新的地方的遊覽了。在從聖赫勒拿島發出的這封信中，流露出了他對祖國的深切懷念。他們在海上航行已經有五年了，所有的人都已經非常疲憊，並且期盼著能回到英國，然而這一天還沒有來臨。達爾文請漢斯羅幫他做一件事，就是在塞治威克的幫助下讓他加入地質學會。
但是，不要以為我們這位博物學家從此就削弱了他遊覽收集的活動。他們在在聖赫勒拿島停留了四天，每天他從早到晚都在島上遊覽，觀察這個島的地質構造。一個頭髮花白的混血種人為他當嚮導，這個人從前是奴隸，在聖赫勒拿島轉歸英國的過程中從獲得解放。達爾文注意到，這個島上百分之九十以上的植物都是從英國運來的。但是這裡很少有鳥和昆蟲，英國人只運來了一些鷓鴣和野雞。他們關於保護野鳥的法令，使達爾文很憤怒，因為那些法令破壞了當地人的利益。這裡的懸崖峭壁上有一種草，燃燒後的草灰中能提取蘇打。可是這種副業是不被允許的，理由是：要留著那些草給鷓鴣築巢！
十六世紀初有些山羊和野豬被運到這個島上來，他們的繁殖能力很強，很快的這裡原有的森林被徹底毀滅了。這種事情也發生在了陸地上的軟體動物身上，在土壤中，達爾文發現了八種陸生軟體動物的空殼。這些軟體動物已經找不到活的了，隨著森林的毀滅它們也一起滅絕了。
「貝格爾」號又要起程了，所以達爾文不得不在7月14日回到船上，否則他很想到聖赫勒拿島的各個山上和懸崖峭壁處去遊歷一番，所以達爾文很不高興。
7月19日，「貝格爾」號到達亞森松島。這個島被高低不平的黑色熔岩覆蓋著，地面上最高大的是一座「綠色」山丘，這座山丘被一個個鮮紅的圓錐形山丘圍繞著。
第二天早晨，達爾文當然首先要登上這個海拔800米的山丘。在這些荒漠山丘當中，長青草的地方很少，那些長青草的地方就有綿羊、山羊、牛和馬放牧。達爾文發現，這裡體型比一般老鼠小的家鼠有很多。為了消滅各種老鼠，曾有一些貓被運來。但是貓繁殖的太快了，後來反而成了一種真正的禍患。
在亞森松島，達爾文受到一封家信，是從施魯斯伯裡寄來的，看到這封信他很高興。在信中，他的妹妹凱瑟琳說，在施魯斯伯裡，地質學家塞治威克曾去見父親。他對父親說，在科學界，達爾文將佔有重要的位置。但事實上，在此之前達爾文和塞治威克並沒通過信，所以起初他可能不明白，塞治威克是怎麼知道他在做什麼和他旅行期間的工作狀況的。但是在前文中我們已經談到了劍橋哲學學會和倫敦地質學會開會的事情。在那些會上，達爾文給漢斯羅的信曾幾次被摘要宣讀。令外，達爾文的收集工作非常了不起，他的那些南美古生物化石也使古生物學家們對他非常地注意。無論如何，受到像塞治威克這樣一個大地質學家的讚揚，達爾文怎能不感到愉快。毫無疑問，達爾文的性格中也曾有過一種虛榮心，儘管後來他清醒的頭腦，克制住了這種虛榮心。由於這種清醒的頭腦，他很少關心公眾的看法，而只在乎他尊重的那些人的意見。但是這時的達爾文還很年輕，讀了這封信之後，他大受鼓舞，「歡快地登上了亞森松島的各座山」，用他的小錘子「敲打著火山的巖壁，那聲音就好像是勝利的響聲」。在地質方面，他在這裡發現了大量「火山彈」並且知道了這種「火山彈」的多孔構造是如何形成的。
現在只要經過佛得角群島就可以直接駛往英國了。然而，當艦長菲茨·羅伊下令向又向巴西駛去時，可想而知，軍官們和達爾文會是多麼失望！原來，「貝格爾」號的材料中，記載的經度確定，有些地方矛盾。菲茨·羅伊認為，應該把這些矛盾解開之後，再回英國。
8月1日，「貝格爾」號又來到了巴伊亞。過去，達爾文怎麼也沒想到，還會有機會再來到這裡。在剛開始旅行時，這個美麗的城市和它的近郊，曾使達爾文十分讚賞。但是現在它完全失去了新奇的魅力，再加上那些美麗的紅樹林已經被砍光了，過去是它們增加了風景的鮮艷之色。在姐姐蘇珊娜的信中，他寫道：「最近四年來，我那寶貴的熱情消減了很多。現在走過巴西樹林時，我已經十分冷靜了。這並不是因為它不再美麗了，而是我已經不再進行探尋，從比較中作出研究了。現在，我倒是在用英國的七葉樹和勻稱的紅樹林加以對比。」儘管如此，熱帶風景的那些特點依然存在，所以在巴伊亞停留的四天中，作為旅行家，達爾文長途遊玩時，不去表達這些熱帶風景給他的印象和感受，是做不到的：
我在頭腦裡來回搜索者，想要找一個形容詞，來把我的感受傳達給那些沒有來到過熱帶的人，但和我的愉快心情相比，這些詞顯得那麼蒼白無力。這個國家就是一個巨大的、野生的、沒有人為痕跡的、色彩斑斕的溫室花房。大自然為自己創造了這個花房，但人類卻佔有了它……任何一個熱愛大自然的人都有一個夢想，就是有這個可能，想去另一個行星看看風景，這該是多麼偉大的願望啊！但現實是，對於我們這些歐洲人，只要從他們的家鄉跨出幾個經度，就可以欣賞到另一個世界的美景。
8月6日，「貝格爾」號向海上進發，直接駛向佛得角群島，可不幸的是船又遇到了逆風，前進受到阻礙。
8月12日，達爾文他們的船駛進了伯南布哥灣，這個城市位於南緯8°處，是巴西海岸上的一個大城市。它建在一個平坦而有沼澤的地方。當時正值雨季，雨水成災，把這個城市的周圍都淹沒了，所以達爾文沒辦法進行長途旅行了。在這裡，他的研究只限於形成海灣的礁脈，並指出了一些小的軟體蟲等有生命的海洋機體活動的意義。
8月19日，「貝格爾」號終於結束了對巴西的訪問。在結束的這一刻，達爾文對奴隸制度作出了淋漓盡致的評論：
謝天謝地，我再也不想去一個有奴隸制度的國家了。就算到今天，只要已讓我聽到遠處傳來的尖叫聲，就會勾起我經過伯南布哥附近的一所房屋時的痛苦感受：當時房屋裡傳來的那一陣陣淒慘的呻吟聲，不由得使我猜想，一定是某個可憐的奴隸在遭受嚴刑拷打。可是我知道，就像個小孩子一樣，我是完全無能為力的，我的抗議起不了任何作用……
「貝格爾」號在返回英國的路途中顛簸得很厲害。使得達爾文因暈船而非常難受。這時他只能安慰自己，這是最後一次航行，馬上就要到英國了。
8月31日，「貝格爾」號駛到了普拉亞港，並在這停泊了四天。這裡剛下了幾場雨，小草萌發出了新芽，波巴布樹綠葉蔥蘢。
9月4日晚上，「大家都很興奮，說：『聖地亞哥山，再見！』」這句話在旅行開始時，達爾文曾以讚歎的口吻說過。
9月20日，「貝格爾」號駛抵亞速爾群島，開始了為期六天的停靠。晚上，全體「貝格爾」號成員上岸，訪問了一個坐落在捷爾謝伊爾島上，名叫安格拉的小城市，這個城市的居民有一萬人。
21日，一名嚮導帶領著達爾文到這個島的中心作了一次旅行。那裡有一座被人們說成是活火山的山。在達爾文看來，那裡的風景、植物、昆蟲和鳥類和威爾士山上的一個地方很相似。達爾文來到了一個叫做火山口的地方，裂縫中噴出熱氣來，並對周圍的岩石和熔岩產生了一定的影響。如果地下的力量發作起來，就會爆發地震。讓達爾文驚訝的是，這個島上的葡萄牙居民整潔、漂亮並且很迷人。
22日，達爾文遊覽了普拉亞市。因為地震，這個曾經的大城市被毀滅了，後來變成了一個微不足道的小地方。
24日，「貝格爾」號停泊在聖米卡埃爾的西岸。這個島嶼人煙稠密，居民們把水果，主要是橙子輸出英國。從這裡，「貝格爾」號要起航直接回英國了。
1836年10月2日，「貝格爾」號在法爾茅斯拋了錨。當達爾文看到英國海岸時，感到驚訝，因為他承認，看到它並沒使他感到溫暖，同時也很慚愧，英國的海岸還比不上一個微不足道的葡萄牙村莊。那天夜裡，儘管可怕的暴風雨肆虐，他還是乘著郵政馬車急切地趕往施魯斯伯裡。他長達五年的大規模的旅行告一段落了。