12月23日，在英國領事布貝和一位新西蘭領袖的陪同下，達爾文乘著一條小船，沿著一道小灣，做了一次短途旅行。這次他要去一個叫做惠馬特的小地方，那裡距離群島灣有15海裡。達爾文深入新西蘭各村莊去旅行時，都是由這位新西蘭的領袖帶領的。這裡的居民們主要食物是歐洲人運來的馬鈴薯、蕨類植物根和海濱的軟體動物。見面時相互碰鼻子和握手是當地人表示歡迎的禮節。他們的茅屋很髒，就像是露天的牛棚，在這種茅屋裡有一堵牆隔開了用來睡覺和保存財物的房間。
這裡屬於火山土壤，土地肥沃。從前這裡長著很多的樹木，後來為了開墾把樹木都燒光了，後來長在地上面的蕨類植物都長得非常茂密。樹林裡，那些高大的貝殼杉松讓達爾文很欣賞。這種松樹有可以延伸十米長的根部，樹干能長到25英尺那麼高，並且不會有樹枝伸出來，上下粗細差不多，光滑的像一根圓柱。新西蘭的樹林裡，很少有鳥飛過，並且根本找不到能通行的路。很多英國人和法國人運進來的歐洲植物長得很好，它們非常霸道，已開始排擠當地的植物。
12月25日，達爾文就在納希亞村度過了聖誕節。
第二天，達爾文坐上一只小船，和謝利萬和布希貝一起，沿卡瓦河逆流而上，欣賞美麗的風景。後來這三位旅客還尋訪了幾個村子，並觀看了一個當地酋長女兒的葬禮，查看了一些石灰巖（這些石灰巖看上去像是一座古城堡的廢墟，但後來被用作墳地了。）之後，就於當天回到了艦船上。
12月30日，“貝格爾”號駛離群島灣，駛往澳大利亞的悉尼。
1836年1月12日，“貝格爾”號抵達澳大利亞，停泊在悉尼海港。晚上，達爾文在這個城市散步，他感到很高興。在過去的幾十年中，一座嶄新的城市真的已經在這裡興起了。在市內，你可以看到許多寬闊的正規街道，還有許多兩三層樓那麼高的石屋和商店。
和到任何一個其他的地方一樣，達爾文在這裡也組織了一次深入到內地去的旅行。他雇了一名向導和兩匹馬，要去巴瑟斯特的村鎮，那裡從前是一個大畜牧區的中心，距離城區大約有120海裡。
達爾文走在一條非常漂亮的石子路上，他走得很快。這條路是靠強迫那些放逐到澳大利亞的苦役犯勞動修築起來的。石子路周圍沒什麼特別的風景，只有一個稀疏的樹林（這些樹的樹葉垂直地朝著太陽生長，所以沒有蔭涼）和一片並不怎麼茂盛的綠草地。傍晚時分，達爾文遇到了大約20個澳大利亞當地人，他們看起來都很善良，並給達爾文表演了精湛的投擲鏢槍的技藝。澳大利亞人比火地人的文化水平要高一些，並且也更聰明一些。雖然他們不種地、沒有居所、也不牧羊，過的完全是一種漂泊不定的生活。酒類的輸入、歐洲人帶來的各種疾病（其中有些病對對他們的危害特別大，比如麻疹）、被當地人當作主要食物的野生動物遭到捕殺，這些都使得殖民地的土著人數量銳減。後來，達爾文在《考察日記》中這樣寫道：“歐洲人所到之處，死亡的陰影就立即摧殘著當地的居民。”
1月17日，達爾文渡過尼比翁河，很快就來到了藍山山腳。藍山是比海濱低地要高的砂巖高地。站在藍山上往下看，映入眼簾的是一片廣闊的森林，風景很好看。那些有著筆直挺立的崖壁的山谷尤其漂亮，他們深達四百多米，突然出現在樹木的一邊，並且谷底長滿了茂密的樹木在樹木。
離開高地後，達爾文穿過芒特·維克托裡亞通道，來到了邊區的一個養羊場，這裡有一個樹林，但是樹木稀少，不過綠草很茂密。在這裡他想捕捉袋鼠，但捉不到，不過抓了一只小家鼠。他看到了一些白鸚鵡和其他種類的鳥。有一點他很滿意，就是看到了一會兒在水面上玩耍，一會兒又潛入水中的鴨嘴獸。
達爾文在一個水塘的岸邊躺了下來，但腦袋卻沒有停止思考，他思索著澳大利亞的動物和世界上其他地方的動物不同的那種奇怪的特性。達爾文的《航行日記》後來是由他的孫女出版的，他當時是這麼記載的：
一個人如果沒有宗教信仰，可能會感歎：“這裡肯定工作著兩種不同的創造者，但是要工作的對象是同一個，在每一場合下，他們的目標完全達到了。”在澳大利亞，哺乳動物的動物群和世界上其他地方的動物群有很多的區別，除了這些，他還發現了一個例外情況：在自己的腳下，他看到一個圓錐形的深坑。這種坑是典型的蟻獅陷阱。他觀察了蟻獅幼蟲是怎樣捕捉蒼蠅和螞蟻的：當昆蟲沿著陷阱的坑壁吃力地向外爬時，蟻獅幼蟲就從陷阱的深處射出一股股沙子，流動的沙粒就會把那些昆蟲帶到自己面前，蟻獅幼蟲就可毫不費力地享受美食了。不過這種陷坑可能是當地特有的蟻獅用的，比歐洲一般的陷坑要小一半。達爾文有了深入思考：“對於現在這種狀況，不信教的人會怎樣說呢？是不是可以這樣認為，在此工作的兩個創造者，他們同時發明了這種雖然簡單但很美觀，同時又非常精巧的裝置？答案是不可能的。毋庸置疑，只有一只手在創造世界。或許地質學家會推測說，因為是在不同的時期被創造的，這些時期都隔了很長的時間，並且創造者工作的時候偶爾會中斷工作。”
這段記載很精彩，同時表明：對於物種起源的問題，達爾文不斷地進行著深入的思考。他所了解到的許多事實，動搖了他心中《聖經》上關於上帝創造了世界的說法。他感覺到，自己可能是一個不信教的人了，並且他覺得人們口中的“創造者”，有很多滑稽可笑的地方。
1月20日，達爾文繼續向前走。天氣非常悶熱，有風從沙漠裡吹來，到處塵土飛揚。這一天他到旅行的目的地——巴瑟斯特。當時正值干旱，河流一滴水都沒有，草地變成了棕褐色，那些幼小的果樹和葡萄樹抵擋不住干旱，都死去了。他回去時，沿途沒有什麼特別的風景。
1月30日，“貝格爾”號起航，駛向塔斯馬尼亞，2月5日時到達目的地。塔斯馬尼亞的土著居民曾經拼命地反抗英國人，但後來還是被征服，並且他們被趕到一個孤島上生活，很快地就全都死在那裡了。
他們在塔斯馬尼亞停留了十天，達爾文經常出去，不過他主要是去研究當地的地質狀況。在自己的筆記中他提到，這裡有一座不是很高的山（大約1000米左右），叫惠靈頓山，滿山的茂密秀麗的植物，他曾登上這座山，要從滿山的植物中間找條路，極其困難。除了高大的桉樹外，更讓達爾文感到驚訝的是，這裡生長的這些茂盛的蕨類植物就像樹一樣。
3月6日，“貝格爾”號來到了喬治王灣，它位於澳大利亞的最西南角。“貝格爾”號在這裡只停了8天。達爾文覺得，這是他旅行期間度過的最無聊的幾天。因為這裡植物的種類非常單一，而且不多，在這裡沒有任何觀察的意義，這就使得達爾文提不起道附近游玩的興趣。當地人會舉行一種非比尋常的“柯羅別利”舞會，雖然有些粗魯，但還使人感到有種當地民族風俗的趣味。
在《考察日記》中，結束澳大利亞的一章時達爾文寫道：“澳大利亞，再見了！你雖然還是個小孩子，但正在茁壯地成長。我堅信，總有一天你將會成為南半球的偉大的女皇，你的溫柔和眷戀已經使你很偉大、很雄心勃勃了，但是你還要加強自己的尊嚴。離開你的海岸，我不會有任何的惋惜和感傷。”
和其他的環礁一樣，許多以環形圍繞著礁湖的低矮島嶼構成了它們，環形上有一個足夠大的缺口，船可以由此進入內灣。這裡的風景，色彩鮮明，非常奇特：礁湖內的水像綠寶石一樣的綠，一道雪白色的拍岸激浪環繞著綠水，與波濤洶湧的黑色海洋相互映襯。而一條條小島上那些整齊的椰子樹，則以藍天為背景。
第二天早晨，“貝格爾”號暫停前進，達爾文從一個島登岸。一排寬大的珊瑚構成了這個島海岸外沿的一邊。椰子樹是這裡的主要植物，決定了當地居民們生活的好壞，因為椰子和椰油經常被他們出口到新加坡和毛裡求斯島。有的時候，海浪會帶來一些種子或是植物，它們便在這裡生長起來。在這裡，達爾文進行了仔細地收集，包括大量的蜘蛛和很多昆蟲（據他自己計算，收集了十三種昆蟲），一只蜥蜴、一只沙錐還有一只麻鷸。各種各樣的寄居蝦爬來爬去，到處都是，管鼻鹱、熱帶鳥和燕鷗這些海鳥卻在樹上落著。
4月3日，達爾文和菲茨·羅伊訪問了位於一個島嶼的一角的馬來亞人的村子。在那裡，他們觀看了一種望月時舉行的半偶像崇拜的儀式，在死人墓上跳的“木勺舞”。
4月6日，他同菲茨·羅伊訪問了一個緊靠礁湖入口處的島嶼，還觀看了居民們是如何坐著兩只小船捕捉海龜的。看到迎風的岸邊將凶猛的海浪碰得粉碎，達爾文非常驚訝。在他的日記中，這位年輕的博物學家曾用表情豐富的語言，記述了他當時激動的情緒。現在我們不妨來看一看：
……對於看到這些礁湖島的外側海岸的景象時，我總是要感歎它的偉大，我也說不清是什麼原因。到底有多少淳樸之處，隱藏在這好似壁壘的岸邊、在這茂密的灌木叢和高大的椰樹邊緣、在那到處都散布著碎塊，巨大結實的死珊瑚巖上，最後還有那從四面八方襲來的波濤洶湧的巨浪中。大洋以一個戰無不勝、強大無比的敵人的姿態，把自己的波浪拋送到寬闊的珊瑚礁之外，可是，我們看到，要去抵御它還是有方法的，甚至可以用這種方法進攻它，盡管起初看來這種方法好像是軟弱無力，起不了什麼作用。大洋並沒有就此放過珊瑚巖，這些巨大的碎塊原來散布在珊瑚礁上面，現在卻堆積在這條生長著高大椰子樹的海岸上，這足可以證明大洋波流的威力。海洋從來不會安靜下來。有一種同一方向的風，永遠吹拂在廣闊的海平面上。
它微弱卻從不停歇，這種信風能引起的巨大海浪，掀起一種十分洶湧強大的波濤，所產生的力量無異於溫帶地區的刮起的一陣大風暴，而且這種波濤會永無休止地咆哮著。看到它們，你會堅定地相信：假如由班巖、花崗巖或者石英巖這些最堅硬的巖石，構成一個島，那這種難以抵抗的力量也早晚會把它征服、毀滅。可是斗爭中的勝利者竟是這些低矮而微小的珊瑚小島，它們並沒被摧毀，依然站在那裡。因為在戰斗中，出現了另外一種力量幫助它們對抗強大的波濤。浪濤洶湧、泡沫飛濺的波浪，不斷地將有機體中的碳酸鈣原子分離出來，這種原子又逐漸地形成了一種對稱結構。颶風，把它們撕裂成千萬塊碎片好了！如果和無數個建築師長年累月、不分晝夜地勞動，積累起來的勞動總和相比，這又有什麼意義呢？我們看到，一個水螅蟲，它僅有柔軟而有黏液的身體，但是依靠著生命規律的作用，卻能戰勝巨大的大洋波濤的機械力量。而這種力量，人的技能不能戰勝，自然界任何無生命的創造力也不能將其制服。
第二天，達爾文訪問了西島。這裡有比其他島嶼更加茂盛的植物，陸地干燥，一種吃食椰子的陸地椰蟹隨處可見。根據一位當地居民的講述，達爾文記錄了蟹是如何吃食椰子的。當地有兩種藍綠色的魚以吃珊瑚為生，他還觀察了它們咬破珊瑚的情況，同時觀察了許多生活在珊瑚礁中的軟體動物。
有4月12日的筆記被保留在他的《航行日記》中，就在這一天他們離開了礁湖。在這一天的筆記中，包含了他關於珊瑚礁和環形珊瑚島起源的著名理論的初稿。他寫道：
對於已經訪問了這些島嶼，我感到很高興，這些自然界形成的生物，無疑是最稀有的。當我們的肉眼剛看到它們並不會馬上感到驚訝，但是經過一定的思考之後，我們的理智就會使我們為這樣的奇跡而驚訝。
當旅行家們向我們講述某些古跡的結構有多麼神奇，體積有多麼龐大時，我們會感到驚奇。但是如果同這裡的由各種最小的動物堆積形成的物質相比，那些古跡中即使是最大的古跡，也會顯得微不足道的。這些面積廣大的島嶼上的每一個原子組成部分，從最小的微粒（先不問是從哪裡來的）到巨大的巖石碎塊，都曾遭受過有機物力量的作用。在離海岸一海裡遠的地方，菲茨·羅伊艦長用了一根7200英尺長的繩索測量海的深度，但沒有測到底。因此，這個島應當被看成一座險峻高山的巔峰。我們根本無從知道珊瑚蟲工作的結果延伸到何種深度或厚度。
另外一種觀點認為，由於火山的力量的作用，經過一段時間，島的基底逐漸下沉，制造巖礁的水螅蟲是在這個過程中不斷加高自己的建築物的。如果認同這種觀點的話，就可以認為，珊瑚石灰石的厚度一定很大。