為了繼續前進，我把一切交給時代和命運，並在自己的航途中經受一切考驗——查理·達爾文。
連續幾天的惡劣天氣過後，「貝格爾」號又往西行，向合恩角駛去。
1833年1月11日，「貝格爾」號到達約克·明斯特爾山附近。就在即將靠岸的時候，大風暴又來了。「貝格爾」號又退回了海上，因為怕被岸邊的激浪打沉。第二天，風暴不禁沒停，反而更加猛烈，13日還是這樣。在考察日記中，達爾文這樣寫道：
下暴雨的時候，在「貝格爾」號上除了天空中無數飛濺的水珠，什麼都看不見。大海露出了恐怖的一面：巨浪無情地翻騰著，捲起極高的浪花，浪頭把艦艇衝擊的精疲力竭。令人驚奇的是，海面上，有一隻信天翁展開雙翼，順著風平穩地飛翔在海面上。中午時分，一個巨浪打到「貝格爾」號上。因為受到浪擊，「貝格爾」號顫抖起來，有一小段時間甚至分不清誰是誰，全艦上的人都處於慌亂中；這隻船不一會兒又恢復了正常，繼續向目標前進。
如果那個巨浪之後，再來一個巨浪的話，那麼我們就會葬身魚腹，徹底被解決了……
最後，「貝格爾」號又繞過合恩角。因為天氣的原因，菲茨·羅伊艦長不得不放棄這個嘗試——繞著火地島向美洲西岸駛行。
同馬太傳教士一起，那三個火地島人被帶回故鄉，分別是：琴米·白登，在達爾文害暈船病時，這個快樂而敏感的男人總是憐憫達爾文；約克·明斯特爾，身材矮小、性情憂鬱、暴躁，但他看起來很健壯結實的一個男人；菲吉·巴斯凱特，她很樸素，看上去年輕，實際上卻很沉著的女青年。
「貝格爾」號連遭風雨打擊，這三個火地島人說話了，他們的意見是：能不能先停泊在的琴米·白登的出生地朋松布海峽，不一定非要在約克·明斯特爾山附近登陸。馬太傳教士為了自己的同胞們，也打算同他們一起留下。
為了到達朋松布海峽，菲茨·羅伊決定進行一次探險，他上次航行時發現一條河——貝格爾河。他打算乘坐三隻捕鯨船和一隻舢板渡過這條河。貝格爾河周圍，高達千米的群山連綿不絕，山峰陡峭，陰森森的密林覆蓋著群山，一直到半山腰上。探險是以一些小港灣作為落腳點，沿著貝格爾河進行的。這次探險，參加的共有二十八人。
在伏裡阿港口附近的土著人，一共大約有一百二十名。那三個火地島人和傳教士決定住在這裡。艦上的人一起動手，把他們的傢俱用品搬上岸，並為他們蓋起了三座大棚屋。他們開始在此地住下來。
菲茨·羅伊把艦上的人分成兩批，一批留守「貝格爾」號，另一批跟隨自己和達爾文去考察貝格爾河西段。
在一個大海灣的岸邊，天黑下來的時候，菲茨·羅伊和達爾文所在的那批人支起帳篷，岸邊到處都是鬆散的卵石，身體躺在上面，就像躺在軟床上一樣，鬆軟舒適。睡覺的時候，達爾文在值班，他值上半夜，一直到凌晨一點鐘才能休息。在這樣的夜晚、這樣的地方，他聽著酣睡的水手們發出的鼾聲和偶爾傳來的夜禽鳴叫聲，明顯意識到生命的某種莊嚴。偶然傳來的狗吠聲，打破了黑夜的寂靜，也把他從對生命的思考中拉了回來，他才想起這是野人居住的地方。
地形在探險隊進入北邊支流時開始變得更加壯觀，高達兩千米左右的群山，聳立在支流北岸。菲茨·羅伊為了紀念自己的這位旅伴，把其中的一座山叫「達爾文山」。達爾文興致勃勃地看著這裡優美的景色：溪流裡的水，洶湧地流向下面狹窄的河道裡，再穿過森林流向別處；一些碧綠色的美麗冰川，從山坡上一直通到水面；皚皚白雪覆蓋著山峰。
達爾文正看得出神，突然聽到菲茨·羅伊大叫道：「快去看住小船！」話音未落，達爾文便看到一大塊冰由冰川上向河裡砸落，瞬息之間，大冰塊已砸進河裡，激起了沖天的巨浪，捲走了那幾隻小船。達爾文和水手們立刻行動起來，馬上狂奔向那幾隻小船，其中有一個水手被這滾滾的巨浪沖倒。滔天巨浪將小船高高拋起，所幸的是，浪頭過後，小船還安然無恙。要是小船被捲走，情況就危險了，因為他們還要乘小船與「貝格爾」號會合，而且武器和食品也都留在這幾隻小船上。沿著南邊的支流，探險隊又返回到伏裡阿港。
那三個火地島人和傳教士雖然在這裡住了下來，但他們所處的境況並不好。達爾文不僅懷疑起來，把火地島人運到英國，還讓他們接受了先進文明，但他們回到故鄉之後，境況並沒什麼大的改觀。
早在1832年11月，漢斯羅寄給達爾文一本書——賴爾的《地質學原理》第二卷，那時候達爾文還在蒙得維的亞。在火地島期間，因為惡劣的天氣，不能出去考察，達爾文不得不躺在船艙裡的吊床上閱讀這卷書。
對達爾文來說，閱讀這卷書具有特殊的意義。
先來看看賴爾《地質學原理》第二卷的主要內容。從第一章起，本書就分析了物種問題，賴爾在各章裡都不同程度地研究了這個問題。物種問題是後來達爾文研究的基本課題，所以，這本書對達爾文的影響是巨大的。
不光如此，本書的其他內容對達爾文也有影響。書中探究了物種間的雜交，物種變異性的程度，物種的遺傳性是否受外部條件的影響，敘述了拉馬克的進化論，並對它進行了批判，最後，闡述了他自己對新物種產生和舊物種消失的看法。
賴爾在他的書中客觀地闡述了拉馬克的學說，賴爾不僅承認拉馬克的一些觀點是正確的，而且為了說明這一論點，他還用一些家畜和栽培出來的植物作實驗。但拉馬克學說的許多觀點都沒有確鑿的證據，這一點令賴爾很惱火，以至於賴爾對拉馬克很是不屑。賴爾本人同意不同意拉馬克關於物種起源的觀點呢？在這本書中，賴爾提到拉馬克的這樣一些觀點：「一些物種蛻變為另外一些物種。」「猩猩能變成人。」很顯然，他當時沒有接受這些觀點。賴爾認為，物種起源是最難以解開的謎，這一問題是秘密中的秘密。賴爾曾正確地指出造成舊物種絕滅及消失的原因，但關於新物種是怎麼出現的，他就進退兩難了，一方面對拉馬克的理論表示同意，但又不相信裡面的關於物種起源的觀點；另一方面，他認為物種起源是大自然界中最神秘的事，是不可捉摸的。
在本書中，通過分析物種的變異性，賴爾得出的結論：在一定範圍內，在外部條件的影響下，物種會發生變化；這些變異性的範圍包括各種物種，但各物種所發生變化的程度也不相同；動物變異具有極端的偶然性，最常見於家畜方面，還因為人為的干預才出現的。他認為，不管外部條件發生什麼變化，物種的變異都無法逾越某些界限。他還認為，即使借助於人的幫助，異種互相雜交，也無法產生出經久不變的種族，也不會產生出繁殖力強的後代。
在旅行途中，達爾文閱讀了這本《地質學原理》第二卷。這卷書向他廣泛展示出物種起源的理論問題。現代物種的形態與已絕種的物種形態之間的關係，變化的遺傳性，生存的鬥爭，物種變異性的界限，相近物種彼此之間的關係，物種和變種之間差別的實質，家養形態和野生形態變化的大小等，這些問題，都由賴爾提了出來。但對書中的觀點，達爾文是不是全部相信呢？應該不會，因為達爾文在收集各種各樣的物種時，就對賴爾的觀點不止一次地產生過懷疑。在收集時，達爾文發現，每一物種的變異都有一定的限度。這卷書對於達爾文及其思想的發展有著至關重要的作用，自此以後，達爾文的注意力和思考內容都用在了弄清物種起源的問題上。
2月26日，「貝格爾」號冒著大風向福克蘭群島駛去，到了路易港。菲茨·羅伊和達爾文驚異地發現，為了不讓從布宜諾斯艾利斯來的其他國家的殖民者佔領這些島嶼，英國已經搶先佔領了它們。從前這些島嶼無人居住，但最近，法國人、西班牙人和英國人，都在覬覦這些島嶼。現在，英國的旗幟飄揚在島嶼的上空。島上只住著二十幾個人：一名英國人、二十名西班牙人，一名西班牙女人和兩名女黑人。
1月12∼13日，颶風在這裡刮了起來，一艘停泊在這裡的法國捕鯨船葬身大海。有幾個法國人很幸運，搶救出捕鯨船裡的儲備食品，乘著舢船逃了出來。幾名逃出來的法國軍官，被菲茨·羅伊艦長接收，到了「貝格爾」號上。
這個島嶼長期被硬草覆蓋著，顯得陰森森的。達爾文在這裡走遍了全島。島上只有海岸上有一些動物，根本沒有樹。他在海岸上觀察到一種叫白色海牛的動物，它們一次能產很多卵，大概六十萬粒。雖然產卵很多，但能長大的海牛卻不多。
停泊在福克蘭群島期間，達爾文收集的動物並不多，因為這裡的動物本來就不多，他只好進行地質勘測，或尋找一些貝化石。
暴風雨把一艘英國縱帆船拋到岸上，一艘法國考察船為了避免遭到同樣的命運，下了四個錨。「貝格爾」號上也損失了不少索具和船帆，暴風雨還把「貝格爾」號的一隻小船刮了下來。
此時，「海豹捕獵者」也到了這裡，這艘船隻主要做販賣奴隸、捕獵海豹、在海上劫掠其他船隻。1月13日，在火地島海岸，從「貝格爾」號出來的一艘小船被暴風雨打碎，「海豹捕獵者」救了那艘小船上的全體船員，這次還把他們帶來了。「海豹捕獵者」的船長叫洛烏，長得很像海盜，菲茨·羅伊從他那裡買了一隻縱帆船，是為了進行測量用的。4月4日，買來的這只縱帆船，被派往裡奧內格羅，為了測量，那裡還留有一些小船。
一天後，「貝格爾」號也駛向那裡。