就在這個時候，「貝格爾」號上發生了一件事，令人極為痛心：當時寒熱病正在流行，有三個人和其他船員一起乘快艇到馬卡去打了一次田鷸，這三人回來後就染上了很嚴重的寒熱病，很快就死去了。達爾文和他的夥伴們在熱帶航行時遇到了許多困難，這次是比較嚴重的一次，一下就失去三個人的性命。
達爾文在此期間，還結識了幾位曾經到過南美洲其他一些地方的商人。達爾文向他們打聽關於南美洲其他一些地方的生活條件和自然條件的事。達爾文很想去參觀這些地方，但最終還是沒能成行，因為「貝格爾」號快要起航去別的地方了。
就在他們快要離開的時候，碰上了聖者胡安婚禮日前夕的慶祝活動，他們十分愉快地觀看了這裡人民的慶祝活動，居民們燃起篝火，放焰火、燃爆竹、鳴槍炮，非常熱鬧。
7月5日，在其他軍艦鳴放的友好送別禮炮聲中，「貝格爾」號終於離開了這個熱帶地區，離開了這個到處都有沒開發的地方。「貝格爾」號轉向南方氣候溫和的地帶行去，那裡的海岸覆蓋著一些草本植物，應該又是一個新的天地。
離開巴西後的航行很不平靜，洶湧澎湃的大海用它的驚濤駭浪擊打著這艘軍艦，這使達爾文又遭受到剛出發時的那種痛苦。不過，令他欣慰的是，他終於看到了逆戟鯨，還觀賞了被人們稱為「開普小鴿子」的小海燕，以及口齒鋒利的抹香鯨。
7月25日，「貝格爾」號到了一個小海灣，這地方叫約德拉普拉塔。這裡的水很平靜，但卻又紅又髒。
26日，「貝格爾」號來到蒙得維的亞海灣，軍艦停泊後達爾文趕緊上岸去瞭解當地的情況。在城旁的一座小山頂上，達爾文看到了一望無際的綠色草原，一群群牛羊在草地上吃著草。在這遼闊的土地上，達爾文一邊散步，一邊觀察，在這裡，他第一次看到美洲鴕鳥。達爾文還去了蒙得維的亞遠郊，他是去那兒收集標本的。在那裡，他收集到一些自己喜愛的甲蟲，獵獲了一些美麗的蛇和蜥蜴，還打死了一隻重四十五公斤的水豚，它屬於齧齒類動物。
一路上這麼多的收集品，他是怎麼處理的呢？他及時地把這些東西包裝好。其中重要的一部分搜集品寄給了劍橋的漢斯羅，還有一部分寄到了施魯斯伯裡家裡。
在這裡停了幾天，「貝格爾」號便離開了，為了對海岸進行觀察，軍艦沿著海岸向南駛去。就在航行的時候，天氣變了，原本晴朗的天空，很快變得陰雲密佈，狂風暴雨相繼而來。
在這種天氣下，無法進行測量，一連六七天都是這種天氣。迫不得已，「貝格爾」號最後駛進一個比較安全的港灣——布蘭卡海灣。在這裡，菲茨·羅伊認識了一位捕海豹的船長——小帆船船主哈里森。對港口的情況，哈里森非常熟悉，在他的指引下，「貝格爾」號到了一個更安全的停泊處，有一隻小帆船已經停泊在那裡，那帆船是哈里森的。沿著通往居民區的海灣，「貝格爾」號艱難地沿著支流逆流而上。在這裡，達爾文第一次見到了高楚人。因為天氣惡劣的原因，菲茨·羅伊艦長和船員們的勘察工作開展得很艱難。為了工作，菲茨·羅伊還自費租了一些小帆船，以便坐上這些船進行勘察。
這裡的郊區有一條長滿了青草的沙丘，郊區的前面就是潘帕斯草原，達爾文有時會來郊區旅行，但他是帶著槍的。這裡的人經常捕獵，主要捕鹿、鴕鳥和刺鼠，這些都屬於尖嘴大齧齒動物。高楚人捉鴕鳥是用繩索錘——繫在一根長繩上的幾個沉重的球。達爾文沒有用這種方法，而是騎著馬去打獵，高楚人聽說他騎馬打獵不禁捧腹大笑。果不其然，他的馬最後像鴕鳥一樣被繩索錘套住。雖然這次打獵沒打到什麼，但達爾文還是極為幸運的，因為他發現了骨化石。在一個叫彭塔阿爾塔的地方，達爾文找到了一些巨大動物的化石的遺骸、顱骨以及許多貝殼。
彭塔阿爾塔在海灣周圍，雖然這裡風景不太美麗，但這個地方海水平靜，天氣晴和。第一次來這裡，達爾文是和菲茨·羅伊等人一起航行過來的。達爾文在這裡發現了山巖，並在裡面看到了貝殼化石和骨化石。達爾文正準備仔細研究，天公卻不作美，不但刮起了暴風，還下起了暴雨。沒辦法，他們只得返航。但這裡的化石已經深深地吸引了達爾文。第二天，他想辦法又來到了這裡。這一次，在含石灰質少的岩石中，他挖掘出了一個大型動物的頭骨，這使他極為高興。雖然他花了差不多三個小時才取出這個頭骨，但他覺得很值得。這是一個與犀牛很相似的動物顱骨，現在屬於古代有蹄類的箭齒獸頭骨這一類。他把它弄到艦上，忙活完的時候，天早就經黑了。次日，他又來到這裡，又發現了幾個化石。等他再想來的時候，又出現了連續多天的惡劣天氣，他暫時只能先停了下來。一直到10月8日，天氣才有所好轉，達爾文匆匆吃過早飯，又去了那裡。這次他挖出了一個頜骨，根據這個巨大的頜骨上的牙齒，他確定這就是居維葉所確定的樹懶科中的大懶獸的頜骨化石。
停泊期間，他還抓住過一條蛇，根據以往的經驗，他認為它是條毒蛇。這條蛇的尾端有一部分能發出響聲，這一部分像響尾蛇的發響器一般堅硬地突出著。他還撿到過美洲鴕鳥蛋，鴕鳥蛋很重，起碼是一隻雞蛋的十倍重。
「在貝格爾」號快要離開布蘭卡港的時候，達爾文又去了一次彭塔阿爾塔，他想看看那裡還有沒有別的什麼。達爾文後來自己又單獨訪問了這裡，並挖掘出一些骨化石。
10月17日，「貝格爾」號離開了布蘭卡港，駛向蒙得維的亞。
在大海的輝煌燦爛的陽光照耀下，「貝格爾」號急速向蒙得維的亞駛去，在強勁的順風作用下，二十五日抵達了那裡。在這幾天的海上航行中，達爾文閱讀了國內寄給他的大批信件和報紙，當然，他也不會忘了把化石以及其他的一些搜集品寄給漢斯羅。
「貝格爾」號很快來到布宜諾斯艾利斯，這個大城市的街道相交成直角，每座房屋都有一個平頂涼台，規劃得不錯，但市內卻很髒。在這裡，達爾文參觀了大教堂和博物館。離市區三十公里遠的地方，有一個英國人的領地，他去了那塊被綠草地包圍的領地旅行。這裡的草地，被一種叫「鼫」的齧齒動物挖的到處都是洞，弄得這裡坑坑窪窪的，不過，鴟鴞會在這些洞裡棲息。
高楚人的美麗服裝和當地婦女的走路姿勢令達爾文很欣賞，她們頭髮上別著一個大梳子，身上披著絲織披巾，走起路來不禁好看，還顯大方。
達爾文在這裡還參觀了一個劇院，使他感到奇怪的是，他注意到劇院裡的座位是按性別設的：男人們坐在正座，婦女則不能坐在正座，她們的座位是專門設置的樓座。
不久，「貝格爾」號離開了布宜諾斯艾利斯，又到了蒙得維的亞。在那裡停泊的時候，達爾文做過幾次騎馬旅行和徒步遊覽。
11月28日，「貝格爾」號後向火地島開去，為了勘察工作，還帶了幾隻小帆船。到了這裡，那幾名火地島人就能回到故鄉了。
到火地島的這段行程，雖然大部分都風平浪靜。但還是遇到了幾次暴風和逆風，還有大霧，天氣也越來越冷，這些都影響了航行速度。
12月15日，經過麥哲倫海峽的入口處，「貝格爾」號繼續向南。海岸由此開始也變得不再單調和荒涼，在這裡能看到懸巖峭壁上長滿了灌木叢和樹木，後面是屹立著的高大雪山。
12月17日，從東面繞過了東火地島的頂端——聖迭戈角，「貝格爾」號停泊在好結果灣。也只有停泊在這裡，才能躲避從山上突然刮來的暴風。看到「貝格爾」號，島上的居民高聲喧嘩起來。
火地島四周都是陰暗的森林，這裡被稱為野人的故鄉，也就是在這裡達爾文第一次清楚地看見了野人。
在「貝格爾」號駛進好結果灣時，一群火地島人坐在一座懸崖頂上，發出了我們聽不懂的叫喊聲。這些野人身材都很高大，皮膚是赤銅色的，他們披著用羊駝皮做成的斗篷，駝毛向上。他們長髮飛舞，頭髮又長又直，雙手有時候會在自己的頭部周圍野蠻地轉動。他們的臉上畫有兩條橫帶紋：一條是紅色的，從雙耳到嘴邊；另一條是白色的，在眼睛的上邊。他們看起來好像是另一個世界中的人。他們發不出清晰的聲音，喉音很重，含糊不清，還帶著卡嚓的響聲。他們的表情既帶著可憐、柔順，又有恐懼、驚慌。這些野人給達爾文留下非常深刻的印象。
其實，科克船長早在他的第二次環球旅行時就說過，與其他一些國家的部落相比，火地島人的文明程度是最低的。但正如菲茨·羅伊已經做過試驗（他上次航行時，從火地島帶走三個人，並教會了他們人類的文明，這次航行的時候又把他們帶回來了。），火地島人也是能夠接受文明的，而且表現得非常積極。
火地島人之間互相聯繫是靠在海岸的高地上燒起煙火信號，火地島因而得名。火地島多山，這裡有層巒疊嶂的群山，群山之間有一些很深的河谷，給人一種神秘的感覺，上面長滿了大片森林，茂密的森林長滿了那裡的山崖。在海拔五百米以內，山上全是森林；在海拔一千米以內，山上出現一條積雪帶。陰暗的森林裡到處是山毛櫸，地上堆滿了大量腐爛的小葉植物，很軟，經不起人的重量，踏上去人就會下落，所以別指望穿過森林。達爾文覺得，火地島在某種程度上很像熱帶森林，大量已經死去的植物和正在生長的植物混合在一起。登上附近的一個山頂，達爾文看著整個火地島，被它那壯麗而又怪異的景象所震撼。
這裡的空氣給人的感覺也是陰沉的，氣候更是惡劣，總是接連不斷地颳風、下雨、降冰雹、飄雪花。「貝格爾」號本想繞過合恩角，因為這裡經常出現風暴和煙霧，但暴風雨夾帶著冰雹異常兇猛地襲過來，艦長只好下令停下來。這場暴風雨毀壞了「貝格爾」號上的一隻小船，達爾文的搜集品受到了嚴重的損失，因為艦上進了好多雨水，這使所有用來包裝曬乾的植物標本的紙張，幾乎全部毀掉，大部分植物標本隨水而去。
「貝格爾」為了避開暴風雨，被迫轉向棚屋港。這裡也是火地島人的住處，但條件極為簡陋。幾根樹枝插進泥土，上面隨便覆蓋幾束乾草和蘆葦，就成了他們窩棚一樣的住房。男人們的胸口用繩子繫著幾塊小獸皮，剛剛可以遮蓋住背部，這就是他們隨風飄動的衣服。還有一部分火地島人在小船上打魚，那些人不管春夏秋冬，一概赤身裸體，就連女人也這樣，所有的人都披頭散髮，行為舉止毫無文明之態。