占星家離開不久，厄運就向剛剛生下的耶穌逼近。出於對這位未來猶太王的嫉妒，希律派出大批官兵，前往伯利恆清剿耶穌一家。
這天夜晚，約瑟一進入夢鄉，上帝的使者就在他夢中顯現，告知即將到來的不幸：「希律王要殺害耶穌。你們趕快動身，全家逃往埃及，住在那裡，直到我再通知你為止。」
得到啟示，約瑟即刻從夢中驚醒。他喚醒熟睡的馬利亞，對其講述了自己夢中的內容。馬利亞也知曉這是上帝的旨意，於是二人立即起身，收拾好行裝，抱起酣睡中的嬰兒，趕著牛車，趁著夜色向南部的埃及逃去。
剛出城沒多久，希律的官兵[旅的官兵]就追到伯利恆城。情急之下，約瑟發現一個隱蔽的山洞，於是一家人躲進去，靜靜觀察外面的動靜。山洞又黑又小，裡面什麼也沒有，約瑟惶恐，不斷向上帝禱告。這時，有一隻蜘蛛在洞口默默地織網。
不知過了多久，官兵的聲音離山洞越來越近，原來他們剛在城內完成血腥的屠殺，又開始在城外搜索。很快，官兵們發現了洞口。他們正準備進去搜查，卻看見洞口的蛛網，於是領頭的說：「不用搜了，既然蛛網完好無損，裡邊一定沒有人。」說完就離開了。
就這樣，耶穌一家又逃過一劫。官兵走遠後他們出了山洞，逕直向埃及逃去。埃及向來是猶太人的政治避難所，現在也成為約瑟一家躲避希律王追殺的逃亡地。
直至希律死後，天使又托夢對約瑟說：「要殺害孩子的人已經死了，帶著孩子和馬利亞回以色列去吧！」約瑟這才決定帶上孩子和馬利亞，重返故鄉。但由於希律的兒子亞基老繼位，約瑟一家沒回到猶太，而是改道去了加利利的拿撒勒，在那裡的一個村落定居下來。
當時的人都知道，基督將出生於猶太的伯利恆。但他怎麼會來自加利利的拿撒勒呢？馬太的這段記載解答了這一疑難：耶穌確實出生於伯利恆，只是後來又輾轉抵達加利利。