1998年3月，到國家開發銀行就任行長的陳元面對的是32.6%的銀行壞賬。上任之初，陳元就給自己定下了工作任務，那就是在保證國家大量的基礎設施建設得到融資支持的基礎上，對其進行市場化改革。在這一目標的指引下，陳元開始了大刀闊斧的改革動作。
陳元的改革思路事實上是如何把原先作為「政策性金融」組成部分的國家開發銀行變為開發性金融機構[開發性金融機構有世界銀行，亞洲開發銀行等。開發性銀行的資金主要用於開發和發展。中國的發展，特別是改革開放20多年以來，更離不開世界開發銀行和亞洲開發銀行的支持與幫助。這讓中國獲得了巨大的發展，也讓中國的老百姓獲得了許多實惠，更讓世界改變了對中國的看法。開發性金融實現政府發展目標，彌補體制落後和市場失靈，有助於維護國家經濟金融安全，增強競爭力。
]的一分子。在陳元看來，政策性金融與開發性金融雖然非常相像，都是為政府服務的，但是在其「自生能力」和「可持續發展」方面，顯然開發性金融更佔優勢。
開發性金融與政策性金融相比，不僅可以從事傳統的政策性金融業務，還多了一種通過市場化的經營模式進行自主投資的渠道，可以說開發性金融是政策性金融的深化和發展。陳元的改革目標是要把政策性金融的優勢和商業性金融的優勢集中體現在國家開發銀行這個載體之上，一方面協助政府為了彌補「市場失靈」而進行政策性非營利性業務，同時還通過商業性的營利業務，保證銀行自身的生存與發展，而不是單單依靠政府。
另外，在國家政策性引導下，開發性金融並沒有到商業市場與商業性金融進行直接角逐，而是著眼於不成熟的市場，或者說是在構建和完善市場，把社會資本向支持國家重點領域的方向引導，從而有效地加強和填補金融市場的薄弱和空白部分，通過「市場」去彌補「市場機制」在資源配置方面的缺陷。這和單純的政府宏觀經濟調控比起來更加靈活，也更為有效，避免了政府干預出現的調節盲點。
按照這一改革思路，陳元開始了國家開發銀行的改革創新之旅。1999年，在陳元的主持下，國家開發銀行和一家小型的商業銀行合併，這一舉措使得國家開發銀行增加了許多分支機構，而這些機構並不是用來進行商業貸款的，而是監督貸款的。陳元把貸款決策權由「前線」轉移到了「後方」，但是這仍然無法完全杜絕放款過程中的漏洞，因為有些客戶又作出了影響後方工作人員的嘗試。於是，陳元設立了一個「輪值委員會」。這一系列措施有效抑制了貸款申請人的尋租行為，在源頭上切斷了不良貸款的人為成因。
國家開發銀行內部流傳著陳元的一句話：「在貸款上，我只有否決權，沒有審批權。」
陳元入主國家開發銀行以後，嚴把貸款審核關，有些時候甚至因為一點兒小的問題，貸款申請都可能被否決，而這些決定都是由100多個人對貸款申請進行審核和投票作出的，行長只進行確認，同時還保留否決權。陳元從不丟開大家投票的結果強硬地指派項目。
很顯然，正如陳元本人所說的那樣，這樣一種民主的制度約束讓作為掌門人的陳元變成了一個更側重於監督者的「局外人」角色，有效減少了新增的不良貸款。
陳元提出，要將國家開發銀行建設成為具有國際一流市場業績的開發性金融機構，並且強調開發性金融的作用絕非拾遺補缺。
目前，我國正在進行市場經濟建設，需要開發性金融作為一種必要的補充。而作為政府開發性金融機構的國家開發銀行，具有與生俱來的政府賦予的法定信用。把准國債性質的開發性金融債券發行和金融資產管理結合起來，把融資優勢和政府的組織優勢結合起來，用建設市場的方法實現政府意志，以國家信用與市場業績的完整統一為經營目標，建立民主的投、融資治理結構，運用政府特許權和各種靈活的開發性金融產品支持基礎設施、基礎產業、支柱產業、高新技術產業等政府優先發展及市場失靈的行業和領域，用融資推進投融資體制建設和相關金融市場建設，彌補體制缺損和市場失靈，促進經濟和社會發展是陳元眼中的國家開發銀行的發展圖景。
事實也正是如此，進入21世紀後，陳元主持下的國家開發銀行不僅成功完成了由「政策性金融」到「開發性金融」的轉型，不良貸款率也大大降低。
2004年，國家開發銀行成立10週年時，其不良貸款率僅為1.21%，與陳元接任之初的數字相比，是一個非常偉大的突破。另外，在主要經營指標的綜合測評方面，國家開發銀行已經連續3年穩定地處於國際先進水平，這與陳元的戰略眼光是密不可分的。
陳元被國外投行業界的一位知名人士這樣評價:「他做了一件了不起的工作，他將一個政策性銀行改造成了一個敏捷而有遠見的金融機構。」
4．他山之石，可以攻玉
從擔任國家開發銀行的行長開始，陳元就把國際上先進的金融理論和實踐經驗與中國的特殊國情相結合，以轉變思想觀念為起點，有效地將理論與實踐在自己的改革思路上進行融合，走出了適合中國的開發性金融之路。
國家開發銀行利用世界銀行的援助，聘請了包括畢馬威、普華永道等在內的國際著名咨詢管理和會計事務所進行管理、會計等方面的咨詢和改進，逐步完善了內部管理體制，改進了治理結構和信息披露等方面的機制，迅速成長。近年來，國家開發銀行還參考世界銀行的信貸手冊，向國際上著名的投資銀行和商業銀行進行咨詢，編製了《信貸管理手冊》，在市場業績和風險控制等方面確立了目標。
陳元表示：「開發性金融的典型代表是世界銀行和亞洲開發銀行，這些機構和當前開行所使用的方法基本是一樣的，但我們的目標更清晰、明確和完整。然而，事物都是一分為二的。我還要強調，不要盲目照搬國外經驗。現在國內很多人喜歡請國際名人來講課，讓他們談應該採取什麼辦法解決中國問題。西方銀行的原理要與中國國情相結合，最後的實際操作還得靠我們自己。」
陳元的國際視野可以說是從小就培養起來的。早年能夠閱讀到《參考消息》的經歷給陳元上了一堂特殊的國際教育啟蒙課。也許那個時候陳元並沒有深刻地理解報紙上的很多觀點，但是這段經歷無疑為陳元日後的國際化眼光增添了幾分潛在的銳意。
有些人認為現在世界上的發展金融機構走向商業銀行的趨勢日益明顯，陳元對此卻持保留態度。他認為雖然在全球背景下有一種趨勢就是發展性的金融機構逐漸走向商業銀行，從長遠角度來看中國的開發性金融也有著這樣的發展態勢，但是目前還不行。因為在我國金融服務部門本身欠發達，有大量的低效行為，所以這種機制的建設還不能實現。目前，發展融資仍然發揮著重要作用，因為發展融資是由國家信貸支持的，它仍然會在市場上發揮作用。在過渡階段，隨著中國國內商業銀行的改革和發展，發展性的金融機制也會發揮一個基礎性的作用。也就是說，在一些市場不靈的情況下，讓其發揮重要的作用。在市場充分發育之前，發展性的金融機構仍然是大有可為的。
陳元的觀點無疑是一種站在國內發展實際情況之上的一種現代金融理論的闡釋，這種觀點在金融領域對我們的改革與發展有著重要的指導意義。
隨著市場化進程的加速，我們國家的改革開放也進入了攻堅階段，這個時候出現了一系列我們以前未曾預料的問題。在金融領域，由於種種金融管制，弊端頻現，開放金融市場的呼聲很高，有些專家和學者提出了允許私人開辦銀行，將金融業完全市場化等方面的主張，讓一切與政府有關的力量讓位於市場，實行完全自由主義，讓所有的資源配置由市場完成。
陳元在開發性金融這樣一個重要金融成分在我國發展趨勢問題上的「保守」，表現出了一個高層金融決策者的謹慎和沉著。
5．富國強民的力行者
1998年以來，陳元領導下的國家開發銀行扎根國內，做出了一系列符合國家發展的有效行動。
西部大開發是我國的一項重要戰略決策，只有全面發展西部地區經濟，才能為我國「共同富裕」的社會目標提供強大的物質支持。對於西部發展的融資問題，陳元提出了中央財政與金融協調配合建設重大基礎設施項目；地方財政與金融協調支持加快城市化建設；經濟優勢產業以商業貸款融資為主，輔以開發性金融機構貸款，為石油天然氣自然資源開發提供長期貸款以及利用資本市場融資等幾個層面上的操作方案，並強調只要有一個強大高效的金融體制支撐，西部大開發就可以持續推進。
在東北老工業基地的振興方面，國家開發銀行與地方政府及企業聯手，培育比較優勢和核心競爭力，通過融資重組和改制了一大批效率比較低的企業，使其能夠進一步發展。陳元還提出，在企業的重組過程中，國家開發銀行可以協助制訂方案，對搬遷改造、資本運作、再就業與安排多餘職工等方面進行融資支持。
不僅僅是這些特定的國家開發項目，國家開發銀行還對社會主義新農村建設這種對農民切身利益有著密切關係的遍及中華大地的項目進行積極的支持。此外，國家開發銀行還提供了貧困大學生的國家級助學貸款等一系列支持國家長遠發展的戰略性金融支持，踐行著「立足基本國情，樹立和落實科學發展觀，把金融發展和科學發展觀相結合，就全局論金融」的開發性金融理念。
對於這樣一系列具有政策導向性的融資行為，有人對陳元的理念提出了質疑，那就是國家開發銀行是不是可以做賠本的買賣？
實現國富民強的社會目標，國家發展銀行自有一番屬於自己的理念，陳元有機地將政策性的支援跟商業化結合起來，他認為開行從大的原則上來說是不能做賠本買賣的，因為我們拿的是公眾的錢，要對公眾負責。從這點來說，跟商業銀行、股市的基本原理是一樣的，你用了公眾的錢，你就要負責。整體業績下降、虧損的話，我們就面臨市場信譽的下降，我們的籌資成本就會上升。現在絕大部分業績和運行不是建立在純政府信用上，而是建立在市場業績上。
有關國家開發銀行能不能做賠本的買賣之類的問題，從根本上講，是源於對國家開發銀行貸款和國家財政撥款的混淆。陳元進一步在這個問題上進行了澄清：「假如什麼項目都貸款，不管還款前景好壞都貸，那開行就不是銀行，而是撥款的『機器』，這樣必然會形成一大堆不良資產，是『垃圾』銀行。」
在成立之初，為了實現富國強民的歷史使命，國家開發銀行確實做了很多基本等同於財政補貼之類的事情，向一些效益不好的企業，尤其是經營困難的國有企業提供了信貸資金，其實這也是國家開發銀行以前壞賬率居高不下的最直接的原因。
通過陳元的改革，逐步加大了國家開發銀行的市場化業務範圍，在未發育的市場領域為自己找到了合適的市場地位，制定和完善真空領域的市場機制，更多地通過市場化的方式對國家建設和發展提供資金支持。
改變了以前尷尬的處境，引入市場化的經營模式，國家開發銀行的業務範圍已經不僅僅局限於振興東北老工業基地、西部大開發、南水北調、國家石油儲備等一系列的國家重大項目上，還把眼光轉向了具有高成長性的企業發展方面。
在我國當前的發展階段，對具有成長潛力的企業進行大力支持是富國強民的一個重要途徑。2004年5月，國家開發銀行的信貸人員通過對安徽奇瑞汽車公司的深入調研，瞭解了這面民族汽車行業的重要旗幟。
從當年12月開始，國家開發銀行就組織了汽車行業的專家對奇瑞公司進行了更為細緻的實地考察，最後斷定奇瑞將有望在短時間內成為我國具有較強競爭力的大型轎車企業，於是批准了奇瑞汽車有限公司高科技研發項目的貸款。