在李慎之的幫助下，茅於軾在經濟學上的認知突飛猛進，尤其是數量經濟理論方面。他把擇優分配從靜態推廣到了動態，分析了動態過程最優化必須滿足的條件，把數學規劃中的拉氏乘數法以及變分法中的歐拉方程聯繫起來，並用這個成果論證了價格改革的速度等方面的問題。
1985年，茅於軾出版了他的第一部經濟學著作《經濟學和它的數理基礎：擇優分配原理》，這部被認為是重構了微觀經濟學的著作奠定了他在經濟學界所公認的地位。
從開火車時的一個疑問到擇優分配原理的最終提出，幾十年來茅於軾始終在這個問題上刨根問底。既沒有經過嚴格的經濟學訓練，更沒有接受過西方經濟學現實環境熏陶的茅於軾，僅僅憑借自己的常識，加上深厚的數學功底，就推導出了這個對我國的改革開放具有重大實踐指導意義的經濟理論，可謂是一個奇跡。這也印證了「實踐出真知」這一真理。
1985年夏天，茅於軾獲得了一次出國機會。李慎之派他到美國的普魯金斯研究所進行訪問，並在美多逗留了兩個星期，藉機參加了中國留美經濟學會的成立大會，有機會認識了許多留美的中國學者，其中的很多人都回國成為了經濟改革的重要力量源泉。
由於這次機遇，茅於軾日後承擔了長達10年的留美經濟學會國內聯絡員的角色，為促進中美學術交流及學者互訪作出不可磨滅的貢獻。茅於軾所構架的學術橋樑為中國留美學者的赴美深造和日後的回國發展都起到了不可忽視的作用。
1986年，在福特基金會[福特基金會，1936年，亨利·福特的長子埃茲爾·福特捐資25萬美元，在汽車城底特律註冊成立。一開始其只是一家地區性的福利機構，宗旨是：接受和管理資金以用於科學、教育與慈善目的，一切為了公眾福利，此外無其他目的。後來隨著迅猛發展，很快成為國際性組織。1949年就進入中國，1959年到1970年對中國研究的資助達2300萬美元之巨。茅於軾曾多次接受福特基金會資助。
]的資助下，茅於軾以學者身份到哈佛大學進行了為期1年的訪問。訪美期間，茅於軾不僅深入觀察了世界上最發達的市場經濟體制的各方面運轉情況，還結交了很多國際著名的學者，與許多國際學術機構建立了聯繫。
回國以後，茅於軾結合自己在美國的所見、所聞、所感以及自己對經濟學的獨特理解，寫成了《生活中的經濟學——對美國市場的觀察》一書，受到讀者的追捧，好評如潮。在那個人們對經濟學知識渴求的年代，茅於軾的經濟學普及讀物如久旱甘霖，滋潤了一代中國青年。
5．創立天則所
1993年，盛洪[盛洪，1954年12月生於北京。1983年畢業於中國人民大學，1986年、1990年分別獲得中國社會科學院經濟學碩士和經濟學博士學位。現任北京天則經濟研究所執行理事，山東大學經濟研究中心教授。他的專著《分工與交易》是制度經濟學的研究方法在中國的成功嘗試之一；他的論文集《尋求改革的穩定形式》及主編的《中國的過渡經濟學》代表了過渡經濟學領域的領先水平；隨筆集《經濟學精神》透露了他普及經濟學的努力和對文化與道德問題的關注；文集《為萬世開太平》則交織著理性主義的冷靜思考和關注天下未來的文化激情。
]找到了茅於軾，商議成立天則經濟研究所的事情，兩人很快達成共識。7月，茅於軾、盛洪、張曙光、樊綱、唐壽寧等當時頗具影響力的經濟學者和北京大象文化有限公司共同發起成立了北京天則經濟研究所。
《詩經》有云：「天生烝民，有物有則」，意義為「合乎天道自然之制度規則」。經濟研究所取這句話的首尾二字命名，建立之初就奠定了制度經濟研究、服務改革開放的基調。幾位創始人也都是在制度經濟的相關領域有所見地的經濟學者，可謂是志同道合的智慧組合。
天則所在成立之初以工商企業的名義註冊，也設計了「學術和贏利並舉，以贏利養學術」的成長路線，然而幾位經濟學方面的行家貌似對如何贏利並不十分拿手，天則所接手的第一筆通過朋友介紹過來的「生意」：《萬縣長江大橋等四項投資可行性研究》共計收入了10萬元，然而總體算起來還是虧損。他們先後又談了一些業務，但均以失敗告終。
後來，投資方大象公司又遇到了經濟困難，投入100萬元資金的計劃也擱淺了，天則所一度陷入了困境。
天則所在茅於軾的帶領下，艱難地向前發展著。作為一個民間學術機構，在茅於軾看來，最大的困難就是沒有錢，資金來源幾乎全部依賴於外界捐助。
建立之初，主要都是靠發起人的學術聲望募集來的一些國外基金的贊助，例如美國的福特基金會和美國國際民營企業中心等。後來隨著國內經濟的發展，一些內資企業也開始了對天則所的贊助。據茅於軾回憶，天則在最困難的時候，他出差住旅館都是自己掏錢。
1995年左右，亞洲開發銀行委託天則所對「三茂鐵路」[三茂鐵路，即廣東三水到茂名之間的鐵路，全長357公里。作為聯繫南疆與內地的第二條通道，對促進廣東物資流動、改善廣東省經濟佈局、開發沿海地區資源、促進粵西地區經濟繁榮具有重要意義。
]項目進行經濟評估。由於天則所當時名小聲微，直到拿出了亞洲開發銀行的證明信，對方才勉強配合調查。
茅於軾在這個項目上花費了大量心血，一個個車站進行實地考察，光現場調查工作就做了整整一個半月。之後，又經過幾個月艱苦的後期分析，他們才成功完成了這個項目。
茅於軾認為這是亞洲開發銀行（亞行）所有類似項目中做得最成功的一個。剛開始亞行的經濟學家對茅於軾的調查方案頗有微詞，不過當項目完成後，他們全部認可並推廣了茅於軾的研究方法。這個項目的完成為天則所贏得了極大的社會聲譽，之後亞行又把一批重要項目委託給了天則所。
1996年，英國著名的《經濟學人》雜誌刊登了一篇題為《香港的午夜》的文章，把中國政府描述成了與納粹德國同樣的獨裁政府，還配了德軍通過凱旋門的圖片，喻指中國政府對香港恢復行使主權。這篇充滿挑釁意味的文章引起了天則所各位學者的強烈不滿。茅於軾、張曙光、盛洪、余永定[余永定，1948年11月18日生，廣東台山人。中國社會科學院學部委員，牛津大學經濟學博士，中國社會科學院世界經濟與政治研究所研究員、博士生導師，中國世界經濟學會會長，聯合國發展政策委員會委員。研究領域：宏觀經濟、世界經濟。主要學術專長是西方現代經濟理論。
]等人都撰文表示了抗議，刊登在是年9、10月號的《國際經濟評論》雜誌上。
文章一經刊出，《經濟學人》的一位主編就專程趕到北京致歉，並表示文章有失公允。他們還進行了內部通報，要求以後對中方的報道必須堅持客觀公正的原則。之後，《經濟學人》對中國的報道果然有了很大的轉變，天則所的義舉得到了中國外交部的高度認可，讚揚他們做了一件有重要外交意義的工作。
1995年，天則所在科委系統註冊了事業單位的牌照。1999年，天則所把企業和事業兩套機構完全分開，成立了天則咨詢有限公司，專司商業發展，而天則所則完全成為了一個公眾學術機構。
經過茅於軾等人的艱苦努力，十幾年後的今天，天則研究所已經從當初的名不見經傳發展成為中國最具影響力的民間智庫，在對經濟學理論和前沿社會經濟問題的研究中，為我國改革實踐提供著源源不斷的智力營養。
6．扶貧基金會的超前模式
親身經歷了1959年到1961年三年饑荒的人，都會對中國的農村有著特殊的感情。尤其是經歷了那一時期的經濟學者，更會用經濟的方式表達對那段時光的特殊情感。作為當年的「右派」分子下放到山東農村的茅於軾則選擇了更為直接的表達方式。
改革開放以後，日子一天天好過起來，茅於軾始終不忘廣大農民，和夫人鄭燕玲多次向貧困地區伸出援手。1992年6月，他們收到了自己贊助的山西省呂梁地區的學生韓海勤的來信、鄭燕玲給小韓寫了回信，就這樣一來二去，雙方建立了聯繫。
從與小韓的通信中，茅於軾瞭解到由於當地生活貧困，需要幫助的孩子還有很多，於是萌生了幫助孩子和村民的念頭。恰好時任亞洲開發銀行中國首席經濟學家的湯敏博士對此也饒有興趣，二人便產生了用嘗試小額貸款幫助當地農民致富，而不是單純提供救助的想法。在茅於軾看來，授人以魚不如授人以漁，「輸血救濟」並不能使農民從根本上擺脫貧困，必須建立一種機制幫助他們走向市場，利用市場交換的力量創造價值，從而實現致富。
1993年9月，茅於軾找到了小韓提到的好老師雒玉鰲，並提供了500元的資金，正式成立了龍水頭扶貧基金會。茅於軾親自製定了章程，規定基金有兩種用途：「扶貧基金」用於治病、治傷及求學，可貸款1年，不收利息；「付息基金」用於生產，如買化肥、經商、出門打工等，可借款6個月，要收利息。
基金成立之初，恰巧村民雒改娥的兒子得了肺炎需要錢治病，雒玉鰲猶豫了一下，最終寫下了基金會的第一張借款單據。半年後，雒改娥還上了這筆借款。慢慢地，扶貧基金會在當地的名聲越來越大，借錢的人也越來越多，後經茅於軾多方活動，很多朋友對基金會伸出援助之手，基金規模也不斷擴大。
茅於軾的扶貧基金會在當地產生了重要影響，讓龍水頭這個小山村發生了巨大的變化。村民們借助基金進行創業，一改過去僵化的思維，漸漸摸到了利用市場去致富的門路。很多村民都蓋了房子，看上了電視，用上了電話。
扶貧基金會給這個偏遠的小山村帶去的不僅僅是資本，更是一種新的思想。村裡賭博的現象基本消失了，村民們爭做創業先鋒，茅於軾用他的扶貧基金為村民送去希望的同時，也傳播了他的市場理論。利用基金利息成立的助學金也鼓勵了山村農民對子女的教育。可以說，這是一次偉大的嘗試。然而，扶貧基金也給茅於軾帶來了困擾。
從設立之初，龍水頭村的扶貧基金就存在與政策相牴觸的方面，在央行嚴格的金融管制之下，是不允許私人募集和提供資金貸款的，所以基金的合法性受到了質疑。基金運作過程中，國際上一些扶貧機構向茅於軾發出了合作意向，但合作計劃最終都是由於中國的金融管制政策而夭折了。
對於國家金融體制來說，茅於軾的實驗無疑於畸形產物。嚴格控制的金融機制使資金大量流入了國有企業和發達地區，而農民貸款難、融資難的情況一直都沒有得到根本改觀。
因此茅於軾主張國家應開放信貸市場，允許私人放貸。有些人對此表示擔憂，認為一旦開放私人信貸市場就會滋生大量的高利貸。對此，茅於軾的解釋是，正是因為沒有開放私人小額信貸市場，高利貸現象、地下錢莊才頻頻出現，如果使這些行為合法化，根據市場供求平衡原則，總會達到一個合適的利率水平，也就不存在所謂的高利貸現象了。
不過經過多方的努力，作為一個特例，2009年龍水頭的基金終於走上了合法的舞台。
是年6月，小額貸款公司在永濟註冊成功，資金3000萬元。作為唯一一家私人創辦的以扶貧貸款為主的基金會，茅於軾的扶貧基金會在中國金融市場開放方面走出了超前的一步。當然，很多學者所希望的並不僅僅是出現一個特例，而是國家政策也能夠隨之邁出一步。
7．富平學校的扶貧之路
茅於軾幫助農民的另一項舉措就是開辦農民職業培訓學校。在他看來，讓中國廣大農民脫貧致富的不二法門就是加速城鎮化建設，但是由於農民知識層次普遍較低，到了城市後都會出現或大或小的問題。
正是為了解決這個矛盾，2001年冬天，茅於軾和湯敏在檢查完小額貸款工作回北京的路上提出了「幫助農民進城，幫助農民找到工作」的構想，並且把目光投向了門檻最低的家政服務業。
調查瞭解到北京家政服務市場的供不應求的局面後，茅於軾與湯敏集資45萬元，籌辦家政服務員培訓學校，即北京富平學校。校名來自茅於軾的一個願望，那就是「使平民百姓富起來」，諧音「扶貧」也暗含辦學宗旨。
富平學校在發展的過程中遇到了不少困難，先是辦學之初的生源緊缺。所幸沈東曙的出現及時地解決了這個問題。沈東曙最初的職業與扶貧、慈善根本不搭界，但2001年底，他對投資感到厭倦，開始規劃新的職業生涯。一個偶然的機會，他在《財經》雜誌看到一篇介紹富平學校的文章。
沈東曙從新聞報道中分析認為，招生工作尚有許多改進之處，於是主動登門拜訪，試圖提一些建設性意見，譬如招生方式如何改進等，但最後誰也沒有說服誰。與其說這次無果而終的討論勾起了沈東曙的雄心壯志，倒不如說支持非營利組織的願望和茅於軾的人格魅力打動了他。最終他決定親身參與。