然而，就在人們沉浸在這種喜悅中時，楊小凱敏銳地發現了一個被人們忽視的問題，而它很可能成為我們日後經濟發展的最大障礙。剛跨進21世紀的大門，楊小凱就提出了中國經濟發展的「後發劣勢」，讓國內經濟學界為之一驚，這與眾不同的觀點很快引發了一場有關中國經濟發展的大討論。
2000年12月，楊小凱應邀到國內著名的經濟研究機構天則經濟研究所進行演講。在演講中，他提出了中國經濟的「後發劣勢」觀點，他引用沃森的研究成果，說明落後國家由於起步晚，很多東西可以照搬發達國家，這種模仿有兩種形式，一種是技術和工業化方面的模仿，而另外一種是制度的模仿。
由於落後國家的建設幾乎處於一片空白，可塑性比較強，所以起初的階段，對發達國家的技術和工業化模式以及管理方式的模仿會達到飛速發展的效果，而制度模仿會觸及到很多的既得利益，所以說落後國家往往會兩者相權擇其輕，也就是去模仿發達國家的技術以實現經濟初期的騰飛，但是這樣會給日後的發展留下很多的後遺症，甚至可能使社會產生重大動盪，從而毀掉整個改革的成果。
楊小凱認為，中國目前正處於這個初期階段，他舉了國外的一些例子，如18、19世紀的法國、南美洲的一些國家等，在模仿發達國家的時候就出現了由於其專制政體引起的後發劣勢。同時，為了證明他的這一論斷，他還舉了一些制度和技術並行的例子，如日本的明治維新，說明只有制度建設與技術模仿並行的國家才可能有「後發優勢」。
不願意觸及既得利益，只進行技術模仿的國家只是「圖一時之快」，最終會給以後的發展埋下「隱形炸彈」。
此外，楊小凱還以中國的部分行業為例說明了後發劣勢正在由隱性變為顯性，當時最典型的例子就是中國的股票市場。該市場設立之初是為了解決國有企業的融資問題，這就給中國的股市烙上了深深的「官辦印記」，最後不僅沒有因此救活國有企業，還使股市時刻保持著政府干預的色彩，市場化嚴重不足。
楊小凱的這種逆流而上的言論自然不會為國內官方主流的經濟學人所容忍，時任北京大學中國經濟研究中心主任的林毅夫作為一個最典型的代表，站出來對「後發劣勢」的觀點進行了反駁。
爭論的焦點集中在「中國是不是要完成像歐美那樣的憲政改革，社會主義體制下能不能建立一個完善的市場經濟體制」的問題上。林毅夫認為，在模仿先進技術的同時只要培養了自己的技術創新能力，這種「後發優勢」是可以持續的。他還列舉了前蘇聯「休克療法」[「休克療法」本是醫學術語，上世紀80年代中期被美國經濟學家傑弗裡·薩克斯引入經濟領域。20世紀80年代中期，南美小國玻利維亞爆發經濟危機，通貨膨脹率達24000％，國民經濟幾乎達到崩潰邊緣。受聘於危難之際，薩克斯提出一整套整頓措施，譬如緊縮金融政策、壓縮政府開支、放開價格、通過貨幣貶值實現匯率穩定等。由於這套經濟綱領和政策的實施具有較強的衝擊力，在短期內可能使社會的經濟生活產生巨大的震盪，因此人們借用醫學上的名詞，把薩克斯提出的這套穩定經濟、消除通貨膨脹的經濟綱領和政策稱為「休克療法」。
]的例子說明憲政改革先於技術發展同樣可能引發社會動盪和經濟發展的停滯，所以他得出市場經濟的發展跟國家政體沒有必然聯繫的結論。林毅夫的觀點代表了一大批中國主流經濟學家的聲音，更可以說是中國官方的聲音，因為楊小凱的觀點本身就是對政府行政權力的一種挑戰。
作為一個深諳中國社會經濟文化規則的經濟學者，楊小凱提出這樣的觀點，更多體現的是對祖國未來發展的關心，這份愛國之心的表現和寫下為自己招致災難的文章比起來，更增添了幾分理智的內涵。
在楊小凱提出這個觀點已經十餘年後的今天，改革所遇到的制度阻力能不能在社會主義的體制內進行消解，將直接影響今後我們經濟的發展和社會的穩定。不管對與否，楊小凱的聲音都應該像警鐘一樣長鳴於世人耳邊。
6．「離諾貝爾經濟學獎最近的華人經濟學者」
諾貝爾經濟學獎是幾代中國人的心病，我們太渴望擁有它了，這個獎項也因此變成了一顆明星，遙遙地掛在天際，等待著某一個炎黃子孫去摘取。
嚴格來講，我們開始發展市場經濟、研究現代經濟學理論才剛剛30多年，現在的各種理論和方法大部分都是「舶來品」，即使有所創見，也是用現代西方經濟的理論去解釋中國的改革發展，原創性的基礎理論確屬鮮見。
也正是因為如此，楊小凱所創的新興古典經濟學成為了華人經濟學領域的一顆頗為耀眼的明珠。
曾因為把經濟學方法運用於政治過程的研究而填補經濟學領域空白的傑出成就而獲得1986年諾貝爾經濟學獎的詹姆斯·布坎南對楊小凱的理論極為推崇，並對楊小凱的理論進行了解釋。
布坎南認為楊小凱建立了一個嚴密的分析框架，說明了即使在所有相關方面完全相同的人們之間，基於專業化選擇的交易仍有可能發生的現象，在深入研究的基礎上發展了比正統新古典均衡理論模型內涵更加豐富的均衡概念。因此，2002年與2003年度楊小凱兩次被提名為諾貝爾經濟學獎的候選人，所以楊小凱被認為是「離諾貝爾經濟學獎最近的華人經濟學者」。
把目光從那些耀眼的光環上移開，讓我們看看這位經濟學者是如何一步步開創他的新興古典經濟學的吧。也許，在我們對這個過程有了深刻的認識以後，就不會再沉浸在沒有獲得諾貝爾經濟學獎桂冠的遺憾中了。我相信，楊小凱的在天之靈也一定沒有因為這一遺憾感到不安。
經歷了長達10年的牢獄生活，楊小凱出獄後已然到了而立之年，這是人生的悲劇。但正是這個悲劇讓楊小凱產生了超越個體意識形態，通達全人類的學術普遍理論的思想轉變。
那本費盡周折才進入監獄的《資本論》為楊小凱開啟了經濟之門。勞動分工這個基礎而偉大的概念曾因其自身在理論上的難以逾越性而被拋棄，對知識的渴求讓楊小凱注意到了這個問題，並堅持不懈地去尋找自己的答案。
楊小凱的人生轉折與大字報密不可分，因為一張大字報而獲罪，同樣是一張大字報，因為寫有「把價值論數學化」的詞句而給他留下了極為深刻的印象，也成為他在獄中深入學習數學的動力之一。這兩種巧合在楊小凱的前半生種下了因緣，而成果之花卻在20多年以後綻放。
分工的數學化打開了他通向新興古典經濟學的大門，這是根植於楊小凱一片愛國赤誠之上的。
出獄之後，由於政治問題的束縛，他旁聽了數學的課程，有了到中國社會科學院經濟研究所工作的機會。懷著為中國經濟發展作出貢獻的心願，他翻譯了一些國外的教材，還親自編寫了《數理經濟學初步》、《控制論的經濟應用》等幾本教材。
這幾本教材雖然只能算是楊小凱數理基礎與經濟積累的牛刀小試，卻給他帶來了結識鄒至莊的機會，也迎來了到普林斯頓大學讀博士的機遇。一個沒有完整讀完中學的人，卻拿下了世界著名學府普林斯頓大學的博士，也因此有了之後的一系列成就。
在這一連串的巧合之下，是楊小凱個人堅定的意志和不斷追求真理的恆心，而主導這一切的精神動力，恰恰是他心中作為一名中華兒女的「根」的歸屬感。
有人說楊小凱錯過諾貝爾經濟學獎並不遺憾，這不是一種沒有得到的自我安慰，而是因為在一種如此厚重的歸屬感面前，一個舶來的獎項的吸引力已經顯得微不足道了。
困頓的精靈
我這一生基本上只是辛苦工作，我可以說，我活了75歲，沒有哪一個月過的是真正舒服的生活，就好像推一塊石頭上山，石頭不停地滾下來又被我推上去。
——歌德
剛剛對中國經濟的發展提出警告，楊小凱就病了。2001年8月底檢查結果出來，一切都晚了——肺癌晚期。這位命運多舛的經濟學者再次被判了刑，這次是較之有期徒刑更為嚴重的「死緩」。
這個一輩子都在無畏地進行戰鬥的勇士在精神上有些難以支撐了，他需要一個人來幫助他，他需要一個人來安撫他的脆弱，因為他也是一個普通人，他累了，一直的堅強讓他透支了自己的意志，更透支了自己的身體。
但是，這個時候不容他倒下，他的經濟事業剛剛步入繁榮，他需要繼續下去，他還想壯大他的經濟隊伍，更深刻地思考他的經濟問題。
正如歌德所言，「我這一生基本上只是辛苦工作，我可以說，我活了75歲，沒有哪一個月過的是真正舒服的生活，就好像推一塊石頭上山，石頭不停地滾下來又被我推上去。」最後的歲月，楊小凱似乎要把所有思考出的結果都留在世上。他到世界各地去傳播經濟學理論，出版《經濟學：新興古典與新古典框架》，刊發《百年中國經濟史讀書筆記》，並組織了數次超邊際分析的國際學術會議。
在學生的眼裡，楊小凱是一位良師，更是一位坦誠和平易的朋友，作為一名教授，他身上更多的是農民般的樸實和真誠。在最後的歲月裡，楊小凱對待學生更像是父親對兒子一樣關懷他們的命運，他常常跟他們談話，告訴他們應該讀什麼樣的書，關心他們的研究進展，並且對他們的進步感到欣慰。
2004年7月7日，一生充滿苦難的楊小凱停止了思考，永遠離開了這個他既愛又恨的世界。
聽聞此事，歷來對華人經濟學界不屑一顧的張五常感歎道：「只有上帝知道，如果小凱沒有坐牢10年，老早就有像我那種求學的機遇，他在經濟學上的成就會是怎樣的。拿個諾貝爾獎不會困難吧？」