1995年3月，在北京大學、世界銀行、美國福特基金會[福特基金會(TheFordFoundation)由美國「汽車大王」福特在1936年設立。以研究美國國內外重大問題，如教育、藝術、科技、人權、國際安全等方面課題為宗旨，用出資創辦研究機構、頒發獎學金、向國外派遣專家、捐款、捐贈圖書儀器等方式，向國內外有關組織、研究機構提供資助，以影響美國社會生活、文化教育事業和政府的內外政策。總部設在紐約。
]、洛克菲勒基金會[洛克菲勒基金會(RockefellerFoundation)1913年由約翰·D·洛克菲勒創立，是美國最早的私人基金會，也是世界上最有影響的少數基金會之一。它通過資助各種研究機構和社會團體，對美國政治、外交、軍事和經濟進行廣泛研究，予政府決策以重大影響。
]、德國諾曼基金會的共同支持下，中國經濟研究中心舉行了隆重的成立大會。諾貝爾經濟學獎獲得者道格拉斯·諾斯和羅伯特·蒙代爾都在成立大會上作了專題學術報告。已經95歲高齡，對林毅夫有著知遇之恩的我國老一輩著名經濟學家陳岱孫還對中國經濟研究中心的成立致辭祝賀。
北京大學中國經濟研究中心在發展過程中還受到了社會各界的捐助，林毅夫的哥哥林旺松[林旺松還出資在北京大學設立中國經濟研究獎，使中國經濟研究中心得以於2000年開始每年舉辦全國「經濟學優秀大學生夏令營」活動，以促進中國高校經濟學優秀大學生之間的思想交流，加強青年學生與經濟學家的聯繫，並從中選拔學生繼續深造。
]就是資助人之一。
2004年，北京大學中國經濟研究中心當選為「教育部人文社會科學百所重點基地」。自2005年以後，該研究中心還曾3次被《福布斯》中文版評為「中國最具價值商學院」第一名。
2008年，在原來為國家培養眾多經濟人才，為政府改革開放決策提供了無數重要建設性建議的北京大學中國經濟研究中心的基礎上，組建了北京大學國家改革發展研究院。它以更加強大的實力和更為廣闊的眼界，關注著國家的改革發展和中國社會科學的學術研究與發展，而原先的北京大學中國經濟研究中心作為學院的一個獨立機構繼續發揮著其在經濟理論與政策研究方面的巨大作用。
6．新農村運動的倡導者
農村問題一直是黨和國家高度關注的問題。新中國成立前，中國共產黨正是運用了正確的土地政策才為「農村包圍城市」的總戰略的成功實施奠定了基礎。新中國成立以後，農村經濟得到了進一步發展，但步伐始終非常緩慢。
改革開放以後，由農民自發形成的「農村聯產承包責任制」得到中央的承認，並且開始在全國推廣這一政策。1978年到1984年的6年間，農村經濟得到了迅速發展。到了上世紀90年代，全國範圍內已經基本解決了溫飽問題，為實現小康社會的發展目標打下了基礎。
農業經濟學出身的林毅夫研究中國農村經濟自然是得心應手，而且作為沒有經過那個「大饑荒」和「大混亂」年代的「局外人」，他更能以一種客觀的態度去研究這一關係國計民生的經濟問題。
對於「三年困難時期」，學術界長期保持沉默，直到改革開放以後人們才開始慢慢地正視這一問題，有相關學者通過研究提出了1959年到1961年發生「大饑荒」的原因。主要有三類不同的觀點：一種是饑荒產生於自然災害，一種是人民公社內部的管理不當，另外一種看法是公社規模太大從而導致社員激勵不足。對於以上三種觀點，林毅夫均持懷疑態度，於是收集了大量的資料，對其進行了檢驗。最後他發現，這三種觀點或者假說都有其自身的局限性。
首先，自然災害很大程度上是為其他原因辯護的一個理由，在一個幅員遼闊的國度，連續三年發生全國規模的大的自然災害的可能性是很小的，根據那三年氣象數據的記載，並不存在嚴重的氣候異常；第二種人民公社管理不當的解釋也是無法成立的，因為從1961年以後國家在一定程度上已經恢復了自留地的政策，然而農村經濟並沒有隨之得到巨大的發展；第三種說法，也就是頗為主流的一種觀點，林毅夫認為出現激勵不足的原因並不是因為公社的規模太大，而是由於政策的作用，限制了農民退出公社的自由，本來可以多次選擇合作的博弈過程，在高度統一的計劃體制的干擾下，變成了一種不可轉移和改變的「真理」，從而破壞了農業經濟的發展。
林毅夫最後得出了自己的結論，那就是在糧食產量銳減的情況下，政府又強制性進行了糧食的最終分配，導致農村的糧食資源供應不足，繼而引發「大饑荒」，推翻了糧食供應不足導致饑荒的傳統理論。
總結歷史教訓的同時，林毅夫還對實施「農村聯產承包責任制」以後的6年農村糧食產量連續高速增長的現象進行了深入研究。
他用定量的手法深入分析了1978年到1984年的農業數據，最後得出結論：這6年農村經濟發展迅速的主要原因是實施了「家庭承包」以後，農民有了對土地經營的獨立權，在長期的糧食不夠吃的刺激下，農民開發了一切可以開發的土地進行糧食生產，所以糧食產量的增加不足為奇，即便沒有糧食提價和地方政策，產量也會增長。
1984年以後糧食產量增長的緩慢也是基於同樣的原因。中國農村耕作的條件非常落後，不能形成規模的現代化農業生產，在「飢餓」的經驗和「家庭承包」政策刺激下，農民的生產積極性高漲，但經過6年的高速增長，這一突發性的增長效應已經基本釋放完畢，又加上這個時候國家糧食收購的限制，農業發展速度放慢自然不難理解。
基於這樣一種理論，中國農業的發展就需要一種突破性的出路。但是改革初期對於道路認識不夠清晰，又加上意識形態的束縛，我國出現了幾次大規模的通貨膨脹。
1993年，為了應對通貨膨脹，中央實行了嚴厲的經濟調控政策，抑制了通脹，還成功避免了亞洲金融風暴的侵襲，使中國經濟成功軟著陸。然而，到了1997年以後，我國又出現了嚴重的通貨緊縮現象，這個時候如何刺激經濟的發展成為經濟工作的一個重要議題。
這個時候林毅夫把目光投向了發展落後的農村。他立足於中國經濟的長遠發展，提出了「新農村運動」的主張。
林毅夫建議通過加快農村經濟發展的方式，刺激農村經濟的巨大發展空間，他的這一主張很快引起政府相關決策部門的重視。事實上，我國當時所面臨的經濟困難，正是由於長期的城鄉不協調發展造成的，加大農村基礎建設的投入，對於我國今後的經濟發展有著重要而深刻的戰略性意義。另外，通過農村的基礎性建設，也可以為推動農村城鎮化提供設施保障，從而將農村巨大的經濟潛能釋放出來。
回看我國「新農村運動」的光輝歷程和近年來農村經濟的長足發展，林毅夫提出的政策建議有著不可磨滅的功勞。
7．捲入產權之爭
改革開放之初一直到上世紀90年代中期，國有企業改革都沒有實質性的進展，一方面是由於意識形態的約束，一些人認為社會主義就應該是高度計劃的體制，盲目加快改革進程可能會引起社會的動盪；另一方面，對於處於行政干預下的國有企業如何推向市場的問題，還沒有一個成熟的解決方法，國企改革無從下手。
到了上世紀末的最後幾年，隨著市場化進程的不斷推進，國有企業所表現出來的弊病越來越明顯，社會上國有企業改革的呼聲也越來越高。但是對於如何改革卻爭論不休，主要有兩類觀點，一類是國有企業全面私有化，即「產權改革派」，這一派的主要代表是張維迎、周其仁等人；另一類是主張在國有的前提下，對國有企業進行漸進式改革的「溫和改革派」，這一主張最突出的代表人物就是林毅夫，此外還有2003年炮轟顧雛軍而一度走紅的香港經濟學者郎鹹平。
「產權改革派」認為，雖然國有企業在其他方面的改革取得了不可忽視的成績，但是如果不改革產權，這些成績只能算是枝節，國企改革的核心問題在產權的明晰上。只有明確了產權問題，才會徹底解決經營者自身與企業發展的根本性矛盾，從而促進國有企業的進一步發展。隨著其他手段作用的逐步消失，產權改革已經勢在必行。
張維迎更是提出「如果不改產權，國有企業根本沒有出路」的重磅觀點，一時間將自己推向了輿論的風口浪尖，甚至有人大罵張維迎是在為少數侵吞國有資產的權力投機分子搖旗吶喊。總之，「產權改革派」的社會支持度明顯不是很高。
進入21世紀，在國有企業通過各種方式進行私有化的進程中，郎鹹平旋風般地跳了出來，他言辭犀利地否定了這場改革。
他炮轟海爾、宇通、長虹等一大批知名國企的轉型，與格林柯爾系的掌門顧雛軍的爭論更是逐步升級，最後到了對簿公堂的地步，顧雛軍最終因「侵吞和挪用國有資產」的罪名鋃鐺入獄。直到今天，在國有企業改革問題上，「溫和改革派」仍然有著廣泛的群眾基礎。可見，公有制是一切制度中最優越的制度這一根深蒂固的思想仍然是主流。
與郎鹹平的逼人氣勢有所不同，林毅夫的論戰方式較為溫和。首先，林毅夫舉了幾個大家所熟知的例子，推翻了必須將國企私有化的觀點。縱觀世界經濟格局，印度、巴西、菲律賓等國家都在搞資本主義全面私有化的市場經濟，但是經濟情況卻比中國要糟，所以私有制不是企業高效發展的必要條件；而同時與之相對的新加坡、德國等經濟高度發達的國家，實行的部分國有制都取得了舉世矚目的成就。林毅夫進一步指出，企業的經營狀況怎麼樣，跟國有還是私有不存在絕對的聯繫。
林毅夫還指出了現在國有企業搞不好的原因，主要是因為一些政策性的負擔，而這些也正是民營企業的優勢所在。
政策的負擔主要體現在兩個方面，一個是戰略性負擔，即企業的生產不以市場為導向，而是為了滿足政府和國家的政策需求，如果企業是資金和技術密集型的企業，那麼與民營企業相比，就沒有絲毫競爭力可言；另外一個負擔是社會福利性負擔，不能隨便解雇國企職工，還要負責退休職工養老和看病問題，對下崗工人進行補貼等都是這一負擔的集中體現。正是由於這兩方面的束縛，導致國有企業的虧損。也正是虧損的現實情況，給企業經營者以「合理」侵吞國有資產的口實。
另一方面，也是比較容易忽視的一個方面，有些表面虧損的國有企業實際上是贏利的，造成表面虧損的主要原因是管理層採用種種隱蔽的手段對企業財產的私人佔有。另外，公款消費也給企業造成了管理費用方面的負擔。所以提高國有企業生產效率要從兩方面著手，一個是解除其政策性負擔，完善國企的市場競爭地位；另外一個就是完善公司管理結構，用制度杜絕管理層的「信託責任」缺失。